Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  13  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3578465--3578495
15
2.1
15
100
0
62
41
25
6
25
1.79
3582507--3582595
31
2.8
31
77
8
90
43
7
2
46
1.45
3583448--3583493
23
2.0
23
100
0
92
34
13
8
43
1.74
3583525--3583610
45
1.9
45
97
0
163
23
19
32
24
1.98
3591186--3591269
30
2.9
29
73
21
77
42
13
1
42
1.51
3593681--3593715
17
2.1
17
94
0
61
37
20
17
25
1.94
3593731--3593790
25
2.4
25
91
2
95
58
0
1
40
1.08
3594161--3594247
40
2.1
41
82
2
104
21
2
8
67
1.28
3600571--3600722
23
6.5
22
79
12
137
25
23
18
33
1.97
3600571--3600722
45
3.2
45
81
12
157
25
23
18
33
1.97
3602497--3602583
21
4.0
23
80
10
92
37
25
21
14
1.92
3604111--3604157
24
1.9
25
91
4
78
4
17
4
74
1.14
3604130--3604166
18
2.1
17
90
5
56
2
13
5
78
1.03
3604119--3604170
12
4.2
12
78
14
52
5
17
3
73
1.19
3607229--3607267
6
6.2
6
82
11
51
66
0
2
30
1.05
3613274--3613330
29
2.0
29
85
0
78
36
15
3
43
1.64
3617543--3617599
29
2.0
29
82
3
71
42
14
3
40
1.62
3625614--3625648
15
2.3
15
95
0
61
37
14
2
45
1.59
3628887--3629050
57
2.9
57
78
10
208
31
10
17
40
1.83
3630939--3630982
21
2.1
21
87
4
63
6
13
0
79
0.92
3631689--3632050
3
122.3
3
65
16
100
29
7
2
60
1.35
3631689--3631726
14
2.6
15
91
8
69
31
5
0
63
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3631702--3631770
23
3.0
22
73
10
66
34
4
0
60
1.16
3631689--3632050
15
24.3
15
66
20
115
29
7
2
60
1.35
3631704--3631815
47
2.4
46
80
8
111
32
7
0
59
1.30
3631778--3631821
20
2.1
21
87
4
63
29
6
0
63
1.20
3632326--3632355
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
3632396--3632452
24
2.2
27
84
12
75
36
5
5
52
1.47
3635504--3635547
20
2.2
20
100
0
88
38
4
6
50
1.50
3641663--3641747
29
2.9
28
76
11
82
65
3
0
30
1.09
3642999--3643023
13
1.9
13
100
0
50
32
8
0
60
1.26
3646435--3646488
21
2.5
21
78
3
54
9
11
0
79
0.93
3646442--3646493
26
2.1
25
82
7
61
9
13
0
76
1.01
3666374--3666398
10
2.5
10
100
0
50
52
0
8
40
1.31
3670396--3670451
26
2.2
25
83
3
76
57
0
5
37
1.22
3675063--3675108
20
2.4
19
89
7
74
54
8
0
36
1.32
3675628--3675664
11
3.2
12
88
11
60
45
0
54
0
1.00
3675626--3675675
11
4.5
11
82
9
57
44
0
56
0
0.99
3675938--3675993
14
3.9
14
78
17
69
16
7
19
57
1.62
3675935--3676007
30
2.4
30
90
2
110
12
6
16
64
1.47
3675936--3676001
13
4.5
15
77
19
77
13
6
16
63
1.48
3676408--3676478
35
2.0
35
100
0
142
23
11
47
16
1.79
3677187--3677333
54
2.9
50
80
12
183
34
19
16
29
1.94
3677390--3677978
147
4.1
140
92
4
980
31
20
15
32
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3677489--3677978
70
6.9
70
94
3
863
31
20
15
32
1.94
3677390--3677978
217
2.7
217
97
2
1093
31
20
15
32
1.94
3694886--3694958
33
2.3
30
82
11
92
54
2
5
36
1.38
3695171--3695412
3
78.0
3
74
15
149
60
5
2
31
1.34
3696010--3696049
11
3.5
11
96
3
71
15
0
7
77
0.98
3696010--3696058
23
2.2
22
92
3
80
14
0
8
77
0.98
3696009--3696050
12
3.6
12
93
6
77
14
0
7
78
0.95
3696017--3696067
23
2.2
23
82
6
59
23
0
5
70
1.09
3696429--3696499
35
2.0
35
94
0
124
25
9
46
18
1.79
3701529--3701582
26
2.1
27
82
6
67
24
14
24
37
1.93
3701546--3701621
26
2.8
27
82
4
82
27
13
22
36
1.91
3704010--3704143
26
5.2
26
94
3
218
33
5
24
36
1.78
3711865--3711906
22
1.9
22
90
0
66
66
2
7
23
1.28
3712060--3712107
12
3.8
12
81
10
60
64
4
4
27
1.30
3712060--3712117
26
2.2
25
79
8
62
63
3
6
25
1.35
3712825--3712865
18
2.3
18
87
8
57
75
0
9
14
1.04
3712824--3712868
21
2.1
22
87
4
65
75
0
8
15
1.03
3714758--3714854
32
3.0
32
92
5
167
78
14
4
3
1.02
3724295--3724446
71
2.1
71
86
3
225
23
16
21
38
1.92
3724380--3725004
140
4.5
140
95
2
1132
25
16
20
37
1.93
3724840--3724864
13
1.9
13
100
0
50
24
12
0
64
1.27
3724380--3725004
278
2.2
280
95
3
1125
25
16
20
37
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3725009--3725150
72
2.0
73
97
1
268
33
16
18
32
1.93
3725104--3725199
49
2.0
49
95
0
174
31
16
20
31
1.95
3725032--3725271
121
2.0
121
94
0
426
31
16
18
33
1.94
3725153--3725506
78
4.7
76
86
5
452
32
16
18
32
1.94
3725153--3725503
153
2.3
148
86
4
463
31
16
18
32
1.94
3725486--3725512
14
1.9
14
100
0
54
14
14
7
62
1.51
3725487--3725520
14
2.4
14
90
0
50
17
20
5
55
1.62
3725428--3725600
94
1.8
94
83
2
231
28
19
18
32
1.96
3725500--3726090
88
7.2
77
72
15
316
28
16
18
36
1.93
3725522--3725885
79
4.5
76
75
12
264
29
17
18
34
1.94
3725865--3725925
30
2.0
30
87
6
88
21
9
26
42
1.84
3725280--3726094
253
3.3
246
83
7
799
29
16
18
34
1.93
3726749--3726849
33
3.1
33
83
6
127
75
13
4
5
1.16
3726779--3726842
19
3.6
18
71
16
53
75
12
6
6
1.19
3726749--3726850
32
3.1
31
82
10
116
75
13
4
5
1.15
3726749--3726851
34
3.1
32
81
9
118
75
13
4
5
1.15
3728883--3728943
30
2.0
30
87
6
88
16
4
50
27
1.65
3728915--3729010
42
2.3
42
94
0
165
14
8
54
22
1.67
3728980--3729043
33
1.9
33
93
0
110
15
14
53
17
1.74
3729042--3729163
57
2.1
57
90
0
190
13
9
50
26
1.71
3730315--3730379
29
2.2
29
80
2
76
36
3
4
55
1.36
3730443--3730578
68
2.0
66
85
2
182
29
13
11
44
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3732020--3732113
47
2.0
47
100
0
188
31
17
17
34
1.92
3738595--3738638
19
2.4
18
78
14
54
59
0
0
40
0.98
3740509--3740554
23
2.0
23
86
0
65
30
2
19
47
1.61
3740979--3741015
2
18.5
2
100
0
74
51
0
0
48
1.00
3745048--3745086
12
3.5
12
86
13
57
25
5
7
61
1.44
3748667--3748719
28
1.9
28
88
3
81
45
0
11
43
1.40
3748705--3748729
13
1.9
13
100
0
50
40
0
4
56
1.18
3755129--3755165
12
3.1
12
96
0
65
8
5
0
86
0.70
3755133--3755210
6
12.7
6
75
20
56
14
5
0
80
0.87
3755146--3755211
5
13.0
5
75
9
53
16
4
0
78
0.90
3755134--3755210
16
4.5
17
71
19
54
14
5
0
80
0.87
3756183--3756512
118
2.8
118
97
0
606
21
17
32
28
1.96
3756638--3756677
7
5.6
7
82
5
53
82
2
12
2
0.87
3756638--3756677
15
2.8
14
81
7
53
82
2
12
2
0.87
3757311--3757342
10
3.3
10
95
4
57
31
6
0
62
1.20
3762532--3762618
26
3.2
27
75
11
88
35
5
3
55
1.41
3765027--3765063
12
3.0
13
88
11
60
13
40
8
37
1.74
3766307--3766343
20
2.0
20
84
10
51
59
0
0
40
0.97
3768297--3768357
31
2.0
31
96
0
113
34
9
27
27
1.89
3773458--3773490
11
2.9
12
86
13
52
33
0
0
66
0.92
3773492--3773531
18
2.2
18
86
8
55
67
12
0
20
1.22
3773614--3773670
30
1.9
30
88
0
87
59
10
0
29
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3773701--3773752
22
2.3
23
81
15
65
63
5
7
23
1.43
3778456--3778493
20
1.9
20
100
0
76
36
5
10
47
1.61
3780780--3780836
28
2.0
29
82
3
71
57
3
7
31
1.42
3790006--3790062
21
2.7
20
73
10
51
63
1
5
29
1.27
3790067--3790124
19
3.0
20
75
9
59
65
0
8
25
1.21
3791119--3791169
3
17.0
3
100
0
102
66
0
0
33
0.92
3791483--3791526
18
2.4
18
92
0
70
43
0
0
56
0.99
3791481--3791535
10
5.7
10
75
14
53
40
0
0
60
0.97
3791497--3791553
20
3.0
20
85
10
66
35
0
1
63
1.05
3791486--3791560
10
7.6
10
69
19
50
40
0
1
58
1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438