genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.378.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  378  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118001196--118001394	88	2.3	86	81	6	222	36	18	15	29	1.92
118001360--118001781	73	5.5	73	76	13	327	34	17	15	32	1.92
118001238--118001781	228	2.3	234	81	8	608	35	18	15	31	1.92
118010077--118010108	4	8.0	4	92	0	55	53	0	21	25	1.46
118013984--118014039	20	2.6	22	75	10	62	53	5	7	33	1.51
118013984--118014065	23	3.7	22	77	4	69	53	6	7	32	1.53
118014075--118014103	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
118014129--118014199	25	2.8	26	79	8	76	56	4	5	33	1.42
118014133--118014214	25	3.5	23	77	12	62	58	4	4	31	1.40
118014156--118014260	11	8.8	11	70	21	61	60	4	2	31	1.32
118014204--118014269	13	5.1	13	76	5	53	60	4	3	31	1.32
118014346--118014397	21	2.5	21	83	0	59	53	3	5	36	1.43
118014384--118014442	3	20.0	3	92	3	102	67	0	0	32	0.91
118015203--118015259	7	8.6	7	92	7	93	15	0	0	84	0.63
118015203--118015259	13	4.3	13	87	12	89	15	0	0	84	0.63
118018446--118018502	27	2.1	27	96	0	105	19	17	5	57	1.58
118029798--118029855	20	3.0	20	82	2	73	60	0	0	39	0.97
118029798--118029831	9	3.6	9	88	11	50	67	0	0	32	0.91
118029797--118029840	11	4.2	11	82	11	56	68	0	0	31	0.90
118029802--118029888	11	9.0	10	68	20	51	55	0	1	43	1.07
118030390--118030493	30	3.5	30	69	12	97	30	9	15	44	1.78
118030395--118030520	59	2.1	59	89	2	191	33	10	13	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118031635--118031687	27	2.0	26	85	10	72	32	9	9	49	1.67
118032771--118032795	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
118042219--118042251	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
118043558--118043602	6	7.7	6	92	5	65	71	2	8	17	1.23
118045168--118045204	8	4.9	8	87	9	51	81	0	8	10	0.89
118049728--118049835	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
118051429--118051572	54	2.7	54	92	2	236	17	24	22	35	1.95
118051432--118051590	27	5.9	27	81	11	175	18	24	21	35	1.96
118056403--118056440	18	2.1	18	90	0	58	21	2	5	71	1.19
118057120--118057249	40	3.4	39	73	10	124	21	17	23	37	1.94
118057120--118057279	76	2.1	75	82	9	191	20	17	24	37	1.94
118058797--118058873	40	1.9	40	84	5	102	28	15	22	33	1.94
118058795--118058887	40	2.3	40	77	3	98	26	15	24	33	1.95
118065531--118065719	93	2.0	93	98	0	369	31	8	21	38	1.84
118066232--118066328	40	2.4	41	79	3	108	25	15	26	31	1.96
118066635--118066693	31	1.9	30	83	10	75	49	1	18	30	1.58
118071289--118071370	26	3.2	26	85	0	110	34	6	23	36	1.79
118072960--118073096	27	5.1	27	80	11	165	18	24	21	35	1.95
118072960--118073096	54	2.5	54	91	2	222	18	24	21	35	1.95
118072969--118073114	27	5.4	26	73	16	111	19	24	19	35	1.95
118077546--118077580	2	17.5	2	93	0	61	51	0	2	45	1.16
118078676--118078794	57	2.1	58	95	1	213	44	10	19	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118082342--118082526	40	4.6	40	80	5	180	26	23	27	22	2.00
118082342--118082529	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
118090322--118090506	40	4.6	40	80	5	180	26	23	27	22	2.00
118090322--118090509	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
118093115--118093186	35	2.1	35	84	5	92	11	9	16	62	1.53
118093136--118093215	38	2.1	38	81	9	92	10	6	17	66	1.42
118095559--118095635	37	2.1	37	82	2	93	33	1	22	42	1.62
118096455--118096579	54	2.3	55	84	2	162	33	18	10	37	1.85
118099987--118100042	20	2.8	20	97	0	103	35	12	19	32	1.89
118100093--118100218	23	5.4	24	90	6	197	30	20	21	27	1.98
118100423--118100486	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
118104307--118104333	13	2.1	13	100	0	54	25	7	37	29	1.83
118107992--118108039	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
118108083--118108146	20	3.2	20	95	0	110	34	10	21	32	1.89
118108087--118108141	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
118108191--118108320	24	5.4	24	93	2	199	30	20	21	26	1.98
118108192--118108313	47	2.6	47	94	1	208	30	21	20	27	1.98
118108527--118108590	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
118121488--118121597	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
118121488--118121637	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
118123164--118123205	5	8.6	5	89	5	68	16	0	0	83	0.65
118127573--118127611	5	7.4	5	83	11	51	15	2	0	82	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118130722--118130755	2	17.0	2	87	0	50	52	44	0	2	1.16
118130725--118130759	8	4.4	8	88	0	52	54	40	0	5	1.24
118131924--118132031	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
118136781--118136836	27	2.1	27	96	0	103	44	16	10	28	1.80
118138549--118138583	16	2.2	16	90	10	54	17	5	2	74	1.14
118140134--118140233	27	3.7	27	82	1	119	38	19	7	36	1.78
118140224--118140637	27	15.4	27	87	3	502	31	21	23	24	1.98
118140224--118140637	54	7.7	54	88	0	580	31	21	23	24	1.98
118141040--118141101	22	2.8	22	83	11	74	20	22	24	32	1.98
118141260--118141361	27	3.8	27	85	5	116	19	23	20	36	1.95
118141260--118141361	54	1.9	53	83	2	132	19	23	20	36	1.95
118141521--118141624	6	16.8	6	67	20	54	20	20	14	45	1.85
118141498--118141566	31	2.2	32	94	2	122	18	15	14	50	1.78
118141540--118141604	19	3.4	19	93	0	103	20	23	13	43	1.87
118141552--118141610	19	2.6	22	75	25	61	20	23	13	42	1.88
118142345--118142758	87	4.8	87	85	2	474	38	21	17	21	1.93
118142311--118142759	43	10.4	43	79	2	441	39	21	17	21	1.92
118149536--118149586	21	2.5	20	84	12	59	35	1	1	60	1.19
118149549--118149598	21	2.3	21	83	10	57	38	2	0	60	1.09
118150447--118150622	88	2.0	88	100	0	352	38	17	10	34	1.83
118154450--118154546	40	2.5	40	79	3	108	38	34	14	13	1.85
118156604--118156706	33	3.1	33	81	0	125	47	17	16	18	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118158190--118158289	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
118166036--118166135	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
118168753--118168787	17	2.1	17	88	0	52	40	34	0	25	1.56
118178693--118179178	244	2.0	244	93	0	837	27	22	22	26	1.99
118185123--118185177	28	1.9	29	85	3	76	16	21	41	20	1.90
118185934--118186046	43	2.6	43	88	2	156	28	20	19	31	1.97
118186556--118186611	27	2.1	27	96	0	103	28	0	21	50	1.49
118195742--118195773	13	2.5	13	94	0	55	0	18	0	81	0.70
118197081--118197121	22	2.0	20	85	9	55	7	14	0	78	0.96
118197832--118197857	9	2.9	9	100	0	52	46	0	23	30	1.53
118198308--118198360	23	2.3	23	100	0	106	35	16	20	26	1.94
118200277--118200313	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
118201463--118201487	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
118209734--118209764	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
118209809--118209869	2	32.0	2	80	9	65	52	6	0	40	1.27
118210696--118210757	17	3.7	17	69	26	51	9	8	19	62	1.50
118210704--118210742	19	2.0	19	90	5	60	12	10	28	48	1.74
118211159--118211229	35	2.0	35	91	0	115	26	9	45	18	1.81
118211541--118211639	44	2.2	44	80	3	101	29	15	17	38	1.90
118212290--118212318	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
118212216--118212441	91	2.6	87	83	7	267	34	20	19	24	1.96
118212441--118213029	147	4.1	140	92	4	971	31	19	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118212540--118213029	70	6.9	70	94	3	863	31	20	15	32	1.94
118212441--118213029	217	2.7	217	96	2	1084	31	19	16	32	1.94
118215346--118215445	39	2.6	39	77	4	105	54	4	6	36	1.44
118215967--118216006	16	2.5	16	84	8	55	5	2	27	65	1.27
118215998--118216031	1	34.0	1	87	0	50	0	5	0	94	0.32
118216675--118217252	88	7.0	83	71	15	299	36	18	16	27	1.93
118216843--118216904	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
118217000--118217034	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
118217052--118217579	72	6.8	73	76	12	441	33	19	17	29	1.95
118217418--118217579	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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