genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  108  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31182058--31182297	54	4.5	54	84	2	295	35	17	21	26	1.95
31182032--31182284	134	1.9	133	82	5	314	35	18	19	26	1.95
31182503--31182572	25	2.8	25	86	0	104	28	24	21	25	1.99
31182502--31182585	25	3.4	24	79	8	89	30	21	21	26	1.98
31183547--31183791	55	4.6	53	75	15	204	36	16	24	22	1.94
31183555--31183754	108	1.8	110	87	6	300	35	16	24	23	1.95
31183993--31184023	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
31187688--31187895	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
31187690--31187895	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
31194784--31194990	40	5.2	40	82	2	193	25	23	25	25	2.00
31194825--31194990	80	2.1	80	85	4	219	24	24	27	23	2.00
31199423--31199682	130	2.0	130	96	0	484	30	12	21	35	1.91
31201539--31201793	55	4.8	53	77	8	234	35	16	25	21	1.95
31201547--31201746	108	1.8	110	84	4	280	34	16	26	23	1.95
31201984--31202032	4	12.2	4	77	0	53	42	0	22	34	1.54
31201983--31202029	16	2.9	16	96	0	85	42	0	21	36	1.53
31206322--31206368	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
31206416--31206523	50	2.2	49	85	8	139	26	21	23	28	1.99
31206416--31206523	25	4.4	24	83	5	119	26	21	23	28	1.99
31206732--31206813	38	2.4	33	82	15	96	34	14	24	26	1.94
31207603--31207673	20	3.7	20	83	5	83	36	2	5	54	1.38
31211687--31211916	115	2.0	115	97	0	433	30	16	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31223924--31223953	10	3.0	10	95	0	51	33	20	20	26	1.97
31230701--31230931	56	4.1	56	88	1	311	33	22	14	29	1.94
31230701--31230931	111	2.1	112	87	0	329	33	22	14	29	1.94
31230922--31231126	43	4.8	43	75	8	186	30	25	17	27	1.97
31237506--31237617	27	4.1	27	89	0	161	26	23	8	41	1.84
31237520--31237635	27	4.3	27	78	12	96	31	20	6	40	1.79
31237506--31237635	54	2.4	54	83	5	147	30	21	8	40	1.83
31237624--31237793	27	6.4	26	78	8	171	40	20	10	30	1.85
31237625--31237887	54	4.9	52	75	9	206	39	19	9	31	1.84
31237624--31237777	81	1.9	80	85	1	209	39	20	10	29	1.86
31237811--31237866	27	2.1	26	87	9	78	39	12	10	37	1.78
31238535--31238576	20	2.1	20	100	0	84	38	0	19	42	1.51
31238678--31238754	20	4.0	20	85	8	97	38	7	18	35	1.79
31238803--31238977	26	6.8	26	89	0	255	27	20	22	29	1.98
31239122--31239213	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
31246988--31247167	45	4.0	45	94	1	290	23	23	27	25	2.00
31249456--31249544	39	2.3	39	90	3	135	28	26	19	25	1.99
31258662--31258824	39	4.2	39	85	3	195	27	28	20	23	1.99
31258662--31258806	78	1.9	78	88	2	220	28	28	18	24	1.98
31270507--31270752	54	4.7	53	80	10	240	36	17	24	21	1.94
31270514--31270713	107	1.9	109	87	4	298	34	17	25	23	1.96
31270952--31270982	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31308063--31308328	49	5.4	49	95	0	469	30	27	8	33	1.86
31326485--31326606	24	4.9	23	75	10	82	24	25	19	30	1.98
31326769--31326806	20	1.9	20	88	0	58	28	7	26	36	1.84
31331696--31331724	11	2.6	11	100	0	58	10	17	17	55	1.69
31332156--31332194	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
31335717--31335818	27	3.8	27	85	0	123	25	14	17	42	1.88
31335717--31335850	54	2.5	54	82	2	144	25	14	17	42	1.87
31335728--31335839	27	4.1	27	78	4	91	23	12	18	45	1.83
31348017--31348177	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
31355977--31356077	29	3.5	29	91	0	157	25	29	14	29	1.95
31360956--31361025	27	2.5	28	83	2	88	32	24	15	27	1.95
31361033--31361139	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
31364303--31364417	57	2.0	57	94	0	203	33	18	16	31	1.93
31382498--31382559	27	2.3	27	83	5	72	27	12	24	35	1.92
31385482--31385863	206	1.9	206	91	0	629	41	14	12	31	1.84
31389550--31389611	3	20.3	3	76	12	56	37	1	0	61	1.06
31389550--31389593	20	2.2	20	87	0	61	34	2	0	63	1.07
31390576--31390635	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
31391324--31391377	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
31391395--31391575	80	2.2	81	85	2	231	24	18	20	35	1.95
31391378--31391571	107	1.8	107	82	0	253	25	19	19	35	1.95
31391378--31391575	27	7.4	27	85	1	236	25	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31397767--31397818	27	2.0	26	84	3	68	36	21	26	15	1.93
31398433--31398489	27	2.1	27	83	0	69	38	17	21	22	1.93
31398469--31398641	27	6.4	27	83	2	213	25	18	19	36	1.94
31398469--31398641	54	3.2	54	86	4	242	25	18	19	36	1.94
31405521--31405572	10	5.1	10	82	11	52	61	3	0	34	1.14
31405530--31405573	22	2.0	22	90	0	70	56	4	0	38	1.20
31410751--31410814	31	2.1	31	90	0	101	23	23	14	39	1.91
31411036--31411117	25	3.3	25	91	3	130	30	20	25	23	1.99
31411164--31411242	40	2.0	39	80	14	90	36	18	10	34	1.85
31411178--31411233	11	5.5	11	73	16	57	35	19	10	33	1.87
31411178--31411234	20	2.8	20	97	0	105	36	19	10	33	1.86
31414024--31414229	40	5.2	40	91	1	308	26	28	22	22	1.99
31421105--31421271	80	2.1	79	81	7	187	27	21	26	23	1.99
31425284--31425347	31	2.1	31	90	0	101	21	23	15	39	1.92
31425562--31425663	25	4.2	24	90	5	143	29	20	21	28	1.98
31425711--31425777	20	3.3	20	91	4	109	34	17	10	37	1.85
31425697--31425777	40	2.0	39	81	13	94	34	17	11	37	1.85
31425711--31425766	11	5.5	11	71	16	57	33	17	10	37	1.85
31428183--31428272	37	2.4	37	92	0	144	21	33	23	22	1.97
31429694--31430506	47	17.3	47	92	0	1322	27	29	9	33	1.88
31429744--31429822	25	3.3	25	71	16	85	31	29	5	34	1.79
31430379--31430501	22	5.3	22	62	18	61	26	30	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31433822--31433933	43	2.6	43	81	4	136	29	13	26	30	1.94
31439379--31439479	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
31447303--31447403	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
31464462--31464568	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
31464576--31464645	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
31468303--31468403	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
31476218--31476318	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
31480271--31480399	42	3.1	42	82	0	132	43	15	20	20	1.88
31490740--31490839	42	2.4	42	91	0	155	20	30	19	31	1.96
31493557--31493675	46	2.5	47	94	5	213	25	30	22	21	1.99
31496948--31496987	20	2.0	20	85	9	55	42	20	15	22	1.88
31496948--31496987	19	2.0	20	86	13	57	42	20	15	22	1.88
31497608--31497653	23	2.0	23	87	8	67	10	15	0	73	1.08
31501366--31501421	4	13.5	4	85	14	78	73	1	1	23	1.03
31503758--31504004	84	2.9	86	80	4	266	24	26	19	28	1.99
31503756--31504086	129	2.6	126	82	2	401	24	25	20	29	1.99
31503756--31504102	43	8.1	43	80	2	313	25	26	19	28	1.99
31504874--31504902	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
31507119--31507146	13	2.2	13	100	0	56	35	14	32	17	1.90
31507980--31508071	34	2.7	34	78	6	89	27	23	22	26	2.00
31508484--31508524	19	2.2	19	100	0	82	39	17	9	34	1.82
31512664--31512735	9	8.0	9	72	6	65	31	1	19	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31512657--31512771	56	2.1	55	88	3	153	34	3	17	44	1.66
31512717--31512809	38	2.5	38	94	3	163	35	5	15	44	1.69
31516195--31516277	41	2.0	40	86	2	112	30	21	16	31	1.96
31518570--31518623	21	2.5	20	80	11	63	31	0	3	64	1.11
31518583--31518629	20	2.3	21	85	3	60	31	2	4	61	1.27
31527880--31527927	15	3.3	14	75	18	53	66	2	2	29	1.14
31529864--31529901	19	2.0	19	100	0	76	36	5	10	47	1.61
31535446--31535511	20	3.3	20	70	8	62	31	16	36	15	1.90
31535445--31535527	40	2.1	40	88	0	121	30	16	32	20	1.95
31535561--31535615	26	2.1	26	100	0	110	61	10	7	20	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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