genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  259  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80311538--80311617	42	1.9	42	89	0	124	28	17	22	31	1.97
80313287--80313671	193	2.0	192	96	1	718	30	23	23	22	1.99
80317198--80317270	29	2.5	29	82	4	85	23	16	32	27	1.96
80321469--80321566	45	2.2	45	89	3	146	22	14	26	36	1.92
80325731--80325888	68	2.3	68	78	11	169	20	29	15	34	1.94
80328374--80328414	21	2.0	21	85	9	57	29	2	12	56	1.49
80334947--80335108	46	3.5	44	77	12	150	23	27	19	29	1.98
80344260--80344361	28	3.6	29	80	9	104	27	27	15	29	1.96
80345700--80345730	16	1.9	16	100	0	62	22	6	19	51	1.69
80350145--80350216	35	2.1	35	100	0	144	37	19	2	40	1.66
80352801--80352861	18	3.4	18	77	8	61	16	39	3	40	1.65
80358680--80358733	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
80359031--80359088	30	1.9	30	85	3	80	34	22	3	39	1.71
80362000--80362069	27	2.6	27	93	2	113	28	30	14	27	1.95
80369901--80369970	27	2.6	27	93	2	113	28	30	14	27	1.95
80377740--80377808	27	2.6	27	95	0	111	28	28	14	27	1.95
80382953--80383093	49	2.8	49	80	4	167	31	24	18	25	1.98
80383339--80383392	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
80388686--80388833	51	3.0	50	82	6	183	32	25	17	25	1.97
80389086--80389142	27	2.1	27	83	6	71	38	14	7	40	1.73
80389420--80389641	46	4.7	47	79	8	213	28	18	30	22	1.97
80389425--80389641	93	2.3	94	80	11	241	28	18	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80389387--80389640	140	1.8	140	81	5	316	28	18	29	23	1.98
80394598--80394780	39	4.7	39	86	0	267	30	19	26	24	1.98
80394598--80394780	78	2.3	78	91	0	303	30	19	26	24	1.98
80402466--80402648	78	2.3	78	94	0	312	29	19	26	25	1.98
80402466--80402648	39	4.7	39	89	2	278	29	19	26	25	1.98
80407230--80407389	39	4.1	39	92	0	257	21	30	25	22	1.99
80413783--80413864	39	2.1	39	90	0	128	28	31	20	19	1.97
80414956--80414981	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
80420260--80420341	39	2.1	39	90	0	128	28	31	20	19	1.97
80426745--80426826	39	2.1	39	95	0	146	24	30	24	20	1.99
80427921--80427955	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
80428990--80429044	28	2.0	28	100	0	110	29	29	7	34	1.84
80431340--80431415	38	2.0	38	97	0	143	30	21	17	31	1.96
80433631--80433779	42	3.5	42	79	11	135	27	18	26	27	1.98
80444565--80444678	43	2.7	43	92	0	183	31	17	21	28	1.96
80447633--80447695	19	3.2	19	82	12	74	60	6	1	31	1.31
80447633--80447695	21	3.2	20	84	8	76	60	6	1	31	1.31
80447667--80447718	17	2.9	17	88	5	68	63	3	5	26	1.34
80448420--80448454	18	2.0	18	88	5	54	22	8	0	68	1.16
80448436--80448513	28	2.6	29	78	10	68	34	1	5	58	1.28
80448495--80448566	28	2.6	28	80	8	78	37	8	1	52	1.40
80448550--80448594	19	2.3	20	84	3	65	42	2	2	53	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80448654--80448727	17	4.3	17	75	16	71	28	4	2	64	1.25
80448654--80448718	25	2.5	26	78	14	71	27	4	1	66	1.20
80448654--80448727	25	2.9	24	73	18	60	28	4	2	64	1.25
80448727--80448785	30	2.0	30	100	0	118	42	13	10	33	1.78
80450607--80450638	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
80453379--80453413	3	11.7	3	93	0	61	0	31	0	68	0.90
80454661--80454954	77	3.7	76	80	7	297	29	13	11	44	1.80
80454679--80454971	78	3.7	77	79	8	290	27	12	12	47	1.78
80456042--80456175	47	2.8	49	79	14	174	29	28	19	23	1.98
80456055--80456198	46	3.1	44	75	15	132	29	27	20	22	1.98
80461264--80461473	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
80469398--80469607	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
80471910--80472067	70	2.3	70	80	6	160	21	10	27	40	1.85
80471927--80472065	35	4.0	35	76	5	138	23	10	25	41	1.85
80477503--80477605	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
80482294--80482331	17	2.2	17	90	0	58	31	13	0	55	1.38
80485538--80485576	20	2.0	20	94	0	69	48	0	10	41	1.37
80487034--80487134	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
80495114--80495214	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
80502000--80502045	22	2.1	22	100	0	92	41	13	21	23	1.88
80514819--80514878	27	2.3	26	82	2	66	33	20	23	23	1.97
80514847--80514983	67	2.0	67	84	5	175	29	19	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80514918--80514968	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
80519288--80519364	33	2.4	33	87	6	106	15	37	24	22	1.93
80519339--80519392	23	2.3	23	87	0	72	11	38	29	20	1.87
80527962--80527994	14	2.5	13	90	9	57	72	0	9	18	1.10
80530149--80530208	23	2.6	23	91	0	93	36	45	3	15	1.62
80530211--80530286	40	1.9	40	86	5	109	34	32	14	18	1.91
80532457--80532489	17	1.9	17	93	0	57	48	0	12	39	1.40
80532480--80532514	9	3.9	9	88	0	52	45	0	2	51	1.16
80532470--80532522	13	4.1	13	76	7	54	45	0	9	45	1.36
80535782--80535857	27	2.8	27	81	0	89	39	21	13	26	1.89
80536303--80536336	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
80537590--80537692	28	3.7	28	84	2	136	28	33	13	24	1.93
80537906--80537958	16	3.4	16	84	12	74	9	11	24	54	1.65
80545804--80545845	21	2.0	21	95	0	75	47	11	21	19	1.81
80546570--80546672	28	3.7	28	87	5	145	26	33	14	25	1.94
80550010--80550083	28	2.7	27	77	8	69	39	20	14	25	1.91
80550314--80550371	22	2.6	22	86	0	80	10	18	29	41	1.84
80550512--80550564	27	2.0	27	88	7	81	16	26	26	30	1.97
80558197--80558372	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80558193--80558364	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80560233--80560335	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
80562618--80562785	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80562634--80562785	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
80569131--80569199	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
80573416--80573484	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
80575080--80575191	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
80575080--80575191	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
80579559--80579808	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
80587732--80587953	79	2.8	79	89	3	270	24	23	28	22	1.99
80587732--80587953	40	5.6	40	86	4	308	24	23	28	22	1.99
80591258--80591507	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
80599349--80599598	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
80603388--80603610	49	4.6	49	76	6	179	22	27	20	29	1.98
80603387--80603572	98	1.9	97	86	3	266	22	28	19	29	1.98
80605050--80605129	30	2.7	30	88	0	115	18	12	27	41	1.87
80605137--80605246	29	3.8	29	78	2	103	18	16	28	37	1.92
80605138--80605391	59	4.3	59	80	2	274	20	16	22	40	1.91
80605167--80605329	30	5.4	30	72	8	134	19	16	21	42	1.89
80605158--80605388	120	1.9	118	84	1	309	20	16	22	40	1.91
80605580--80605648	30	2.3	29	82	9	77	20	14	30	34	1.92
80615382--80615466	45	1.9	44	87	2	125	57	14	16	11	1.65
80615393--80615470	15	5.2	15	72	6	68	57	14	15	12	1.65
80628415--80628485	35	2.0	35	94	0	124	25	12	22	39	1.89
80629838--80630059	46	4.8	46	80	9	236	29	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80643798--80643959	40	4.0	40	78	10	150	25	24	27	22	2.00
80643798--80643986	40	4.6	40	78	11	136	25	24	27	22	2.00
80652624--80652723	24	4.0	24	71	10	83	40	17	18	25	1.91
80652617--80652731	52	2.2	52	82	0	140	38	16	18	26	1.92
80652760--80652907	51	2.9	51	90	4	237	32	14	25	27	1.95
80656539--80656608	35	2.0	35	94	0	122	42	25	8	22	1.82
80668313--80668481	45	3.7	45	76	8	180	29	27	20	21	1.98
80670880--80670959	30	2.7	30	80	7	90	57	15	17	10	1.64
80670880--80670954	15	5.0	15	79	6	80	57	16	17	9	1.64
80673918--80674090	46	3.8	44	77	15	138	29	28	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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