genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  274  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85279290--85279461	93	1.8	93	93	2	301	20	20	30	27	1.98
85280883--85280969	44	2.0	44	90	4	140	27	28	14	28	1.96
85282404--85282585	78	2.3	81	83	8	223	26	26	21	24	1.99
85282402--85282585	40	4.7	40	80	9	209	27	27	21	24	1.99
85285303--85285343	15	2.7	15	85	14	66	2	14	0	82	0.76
85285303--85285360	11	5.0	11	76	16	55	1	13	0	84	0.70
85285308--85285360	17	3.2	16	84	7	61	1	13	0	84	0.69
85285303--85285359	23	2.5	23	86	8	73	1	14	0	84	0.71
85291100--85291156	17	3.5	17	76	11	57	63	0	1	35	1.05
85291639--85291772	17	7.6	17	86	6	187	36	12	11	38	1.80
85291639--85291780	35	4.0	35	96	2	248	36	13	11	38	1.80
85294636--85294690	24	2.3	24	81	6	67	25	9	29	36	1.87
85313223--85313270	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
85313314--85313352	20	2.0	20	94	0	69	35	12	23	28	1.91
85313403--85313545	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
85313403--85313545	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
85313403--85313546	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
85313737--85313800	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
85318267--85318314	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
85318357--85318417	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
85318467--85318586	24	5.0	24	90	3	170	28	22	22	26	1.99
85318778--85318841	31	2.1	31	87	0	92	37	15	23	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85328108--85328189	42	1.9	42	85	2	110	32	25	17	24	1.96
85332717--85332811	46	2.1	46	97	0	181	25	9	30	34	1.88
85340981--85341137	43	3.7	43	80	6	176	26	17	26	30	1.97
85341306--85341344	19	2.0	20	90	5	62	46	0	15	38	1.46
85344440--85344551	56	2.0	56	94	0	197	21	33	22	23	1.98
85352043--85352084	16	2.6	16	81	11	50	42	11	30	14	1.81
85355357--85355514	27	5.8	27	86	3	192	42	20	18	18	1.90
85355511--85355641	27	4.9	27	79	4	122	27	17	16	38	1.92
85355520--85355641	54	2.3	54	83	0	145	24	18	17	40	1.91
85355864--85355909	24	1.9	24	82	8	58	19	2	47	30	1.61
85355922--85355976	18	3.1	18	82	7	69	18	18	14	49	1.80
85358362--85358413	18	2.9	18	88	0	68	53	15	3	26	1.59
85358362--85358400	6	6.5	6	96	0	69	53	15	0	30	1.42
85361847--85361891	15	2.9	15	83	6	63	57	15	20	6	1.60
85368503--85368542	18	2.2	18	86	0	53	57	15	5	22	1.57
85368503--85368529	12	2.2	12	100	0	54	59	14	0	25	1.36
85371143--85371392	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
85379297--85379545	40	6.2	40	90	2	376	22	28	23	25	1.99
85382724--85382907	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
85382764--85382952	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
85390021--85390204	40	4.6	39	74	6	129	26	23	26	22	2.00
85391507--85391561	18	3.1	18	86	0	65	43	12	20	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85391874--85392194	81	4.0	81	84	1	403	38	20	14	26	1.91
85391904--85392194	27	10.8	27	85	5	338	38	21	14	26	1.91
85391904--85392194	54	5.4	54	89	1	422	38	21	14	26	1.91
85399562--85399793	49	4.7	49	77	5	241	29	26	18	25	1.98
85400040--85400093	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
85405501--85405627	40	3.2	39	76	8	121	22	29	24	23	1.99
85405517--85405668	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
85405517--85405666	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
85417067--85417243	40	4.4	40	82	4	216	26	27	22	24	2.00
85436156--85436199	19	2.3	19	88	7	63	47	0	15	36	1.46
85437253--85437340	28	3.1	28	95	0	149	18	12	37	31	1.88
85437337--85437387	14	3.7	14	68	5	50	21	7	27	43	1.80
85437630--85438126	27	18.7	27	82	6	507	39	19	9	30	1.84
85437630--85438153	80	6.6	81	82	5	593	39	20	9	30	1.85
85438078--85438167	27	3.3	27	90	0	117	38	17	15	27	1.90
85440992--85441136	20	7.2	20	66	8	71	38	17	26	17	1.91
85440927--85441143	120	1.8	120	87	2	328	36	16	29	17	1.92
85440927--85441144	40	5.4	40	85	0	265	36	16	29	17	1.91
85447182--85447243	27	2.3	26	83	8	72	40	20	20	17	1.92
85451919--85452135	40	5.6	40	91	4	338	27	27	21	23	1.99
85451919--85452135	78	2.8	79	90	6	327	27	27	21	23	1.99
85459984--85460202	39	5.6	40	91	4	331	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85459984--85460202	79	2.8	79	91	3	336	27	27	21	23	1.99
85461112--85461148	18	2.1	18	100	0	74	45	16	5	32	1.70
85468628--85468652	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
85468684--85468724	21	2.0	21	100	0	82	58	12	4	24	1.53
85469837--85469881	6	7.5	6	84	0	54	75	0	8	15	1.03
85474545--85474754	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
85477367--85477454	42	2.1	42	89	4	133	34	20	19	26	1.96
85485181--85485353	46	3.7	46	74	11	156	30	28	19	21	1.98
85485188--85485359	93	1.8	93	88	2	265	29	28	20	22	1.98
85487817--85487904	42	2.1	42	95	0	158	32	22	20	23	1.98
85488359--85488405	23	2.0	23	100	0	94	40	21	0	38	1.53
85495010--85495042	18	1.9	17	88	11	50	66	3	6	24	1.28
85498731--85498781	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
85498713--85498853	71	2.1	66	84	6	174	21	27	20	30	1.98
85498821--85498880	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
85500833--85500866	18	1.9	18	94	5	61	47	11	26	14	1.79
85509920--85509957	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
85511426--85511598	46	3.7	46	78	7	206	30	27	20	22	1.98
85511431--85511601	93	1.8	93	94	0	306	29	28	20	22	1.98
85517684--85517740	25	2.3	24	78	3	69	66	0	1	31	1.02
85520078--85520143	31	2.1	32	88	8	100	40	0	13	45	1.44
85527618--85527649	16	2.0	16	100	0	64	31	6	25	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85530940--85531016	27	2.8	27	83	13	86	36	22	20	20	1.95
85531432--85531462	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
85533077--85533240	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
85533077--85533274	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
85540653--85540815	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	35	1.94
85540653--85540853	70	2.8	73	84	10	215	21	28	16	33	1.95
85548401--85548513	27	4.2	28	86	7	137	36	22	23	18	1.95
85548401--85548514	55	2.1	55	87	6	162	36	21	22	18	1.95
85548622--85548680	26	2.2	27	87	3	84	27	8	27	37	1.85
85568675--85568866	40	4.8	41	87	3	169	24	25	21	28	1.99
85568724--85568914	40	4.8	40	87	0	229	26	26	21	25	1.99
85577525--85577550	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
85578023--85578123	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
85578052--85578123	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
85579761--85580007	40	6.1	41	78	7	168	25	25	21	27	1.99
85579818--85580007	40	4.7	40	82	3	202	26	26	20	26	1.99
85585439--85585511	28	2.6	28	91	2	112	27	15	28	28	1.96
85585439--85585523	27	3.1	27	84	5	82	28	16	25	29	1.97
85595602--85595761	42	3.8	42	86	3	214	30	24	13	31	1.93
85595602--85595761	85	1.9	84	84	3	214	30	24	13	31	1.93
85602780--85602847	34	2.0	34	97	0	127	32	27	13	26	1.93
85605032--85605077	24	2.0	23	83	12	58	43	8	17	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85607699--85607917	40	5.4	40	88	0	276	23	25	23	27	2.00
85609741--85609777	16	2.2	17	90	4	58	29	5	5	59	1.42
85616556--85616581	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
85616895--85617080	40	4.7	40	84	5	209	26	22	25	25	2.00
85616948--85617103	80	2.0	79	81	11	185	27	21	25	25	1.99
85621935--85621978	15	2.9	15	80	16	54	38	15	2	43	1.60
85622695--85622731	16	2.2	17	90	4	58	29	5	5	59	1.42
85625394--85625661	27	9.9	27	77	4	200	38	20	10	30	1.86
85630130--85630181	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
85633894--85633950	25	2.2	25	90	3	87	31	12	22	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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