genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  249  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77144473--77144540	16	4.3	16	81	1	57	54	20	14	10	1.69
77144754--77144834	29	2.9	28	78	10	92	27	14	30	27	1.95
77152964--77153054	46	2.0	46	91	0	146	28	27	18	25	1.98
77153890--77153931	23	1.9	21	90	9	66	23	11	11	52	1.71
77157474--77157557	40	2.1	40	85	10	111	27	27	21	23	1.99
77157534--77157581	24	2.0	24	91	0	78	37	27	12	22	1.90
77157558--77157671	40	2.8	40	97	0	210	30	25	21	22	1.99
77157474--77157661	104	1.8	103	90	3	306	29	26	20	23	1.99
77160266--77160446	78	2.3	80	83	7	228	25	28	21	24	1.99
77160264--77160446	40	4.7	40	82	9	225	25	28	21	24	1.99
77168415--77168596	78	2.3	81	83	6	239	25	28	21	24	1.99
77168413--77168596	40	4.7	40	83	8	234	25	28	21	24	1.99
77171082--77171202	37	3.3	37	96	1	217	21	33	19	25	1.97
77171304--77171518	49	4.4	49	96	0	385	29	32	9	28	1.88
77179263--77179470	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
77179363--77179470	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
77184443--77184623	40	4.6	40	91	2	287	27	25	23	23	2.00
77191094--77191627	262	2.0	262	97	0	998	36	23	10	29	1.88
77192963--77193013	25	2.0	25	100	0	102	23	27	19	29	1.98
77192988--77193303	49	6.7	47	77	11	213	24	28	19	27	1.98
77193045--77193306	46	5.6	48	78	11	242	23	29	19	27	1.98
77193045--77193311	94	2.8	95	84	8	343	24	29	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77201070--77201189	43	2.8	43	77	7	129	28	18	23	30	1.98
77205183--77205231	23	2.1	23	92	0	80	42	14	12	30	1.82
77206630--77206661	17	1.9	16	93	6	55	34	31	12	21	1.91
77206836--77206931	46	2.1	46	96	0	174	35	18	8	37	1.81
77218735--77218837	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
77224595--77224629	13	2.8	13	95	4	63	17	11	22	48	1.79
77230746--77230852	37	2.9	37	94	0	178	25	31	20	22	1.98
77230993--77231732	48	15.0	48	91	4	1111	31	26	6	36	1.81
77231002--77231732	98	7.4	98	92	2	1223	31	25	6	36	1.81
77236388--77236424	11	3.5	11	78	14	51	10	32	29	27	1.90
77236380--77236425	20	2.3	20	100	0	92	10	32	28	28	1.91
77236389--77236432	20	2.2	20	91	0	70	11	36	27	25	1.90
77241553--77241762	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
77249617--77249826	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
77255703--77255739	11	3.5	11	78	14	51	10	32	29	27	1.90
77255695--77255740	20	2.3	20	100	0	92	10	32	28	28	1.91
77255704--77255747	20	2.2	20	91	0	70	11	36	27	25	1.90
77261228--77261377	43	3.5	42	74	11	126	27	20	23	29	1.98
77261214--77261323	44	2.5	43	77	10	114	27	17	20	34	1.95
77263406--77263510	40	2.6	40	89	3	158	23	27	22	25	2.00
77265815--77265915	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
77265844--77265915	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77273850--77273950	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
77273879--77273950	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
77282665--77282816	40	3.8	40	83	5	164	23	28	22	26	1.99
77287838--77287866	9	3.2	9	100	0	58	24	0	10	65	1.23
77293671--77293729	27	2.3	27	79	5	68	42	1	3	52	1.28
77299703--77299742	17	2.4	16	84	12	53	5	37	0	57	1.21
77307133--77307179	17	2.8	17	83	0	58	8	8	4	78	1.07
77307122--77307185	11	5.6	11	75	15	51	10	9	3	76	1.12
77307133--77307185	23	2.3	23	83	0	61	9	9	3	77	1.11
77308342--77308373	15	2.1	16	88	11	50	18	12	6	62	1.50
77317636--77317675	21	1.9	21	90	10	64	47	15	15	22	1.82
77319344--77319591	40	6.2	40	84	1	266	25	22	27	25	2.00
77327329--77327468	40	3.5	40	84	4	142	22	27	25	25	2.00
77327337--77327517	79	2.3	81	82	7	219	23	27	23	24	2.00
77329831--77329882	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
77330357--77330391	10	3.5	10	88	0	52	14	25	22	37	1.92
77330347--77330391	20	2.2	20	84	0	54	17	28	20	33	1.95
77332252--77332421	27	6.4	27	81	4	202	26	22	16	34	1.95
77332256--77332410	53	2.9	53	83	3	181	26	23	15	34	1.94
77339028--77339084	30	1.9	29	85	3	78	35	22	21	21	1.96
77339102--77339153	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
77339796--77339966	27	6.4	26	86	2	225	23	21	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77339796--77339962	53	3.1	53	87	0	235	23	20	19	35	1.95
77346148--77346232	43	2.0	43	97	0	143	25	28	18	27	1.98
77346153--77346246	43	2.2	43	83	10	140	26	28	17	27	1.97
77346224--77346366	56	2.6	57	84	6	186	34	22	13	29	1.93
77346959--77346988	15	2.0	15	93	0	51	56	23	0	20	1.42
77347626--77347801	49	3.5	48	75	11	149	23	26	21	27	1.99
77347822--77348036	46	4.6	48	80	5	226	22	28	20	28	1.98
77347822--77348036	94	2.3	93	83	4	281	22	28	20	28	1.98
77348695--77348733	20	2.0	20	90	10	62	35	17	0	46	1.49
77349492--77349585	25	3.8	25	92	0	143	28	23	17	30	1.97
77351148--77351181	2	17.0	2	87	0	50	44	5	0	50	1.26
77353594--77353640	11	4.6	10	80	12	51	51	27	4	17	1.64
77354353--77354477	43	2.9	42	75	10	128	32	24	17	25	1.97
77357398--77357428	16	1.9	16	100	0	62	38	22	0	38	1.54
77358877--77358927	2	25.5	2	95	0	93	47	0	1	50	1.12
77364647--77364820	49	3.5	49	84	3	242	25	17	26	29	1.98
77364642--77364833	99	1.9	100	94	1	341	26	18	26	29	1.98
77367661--77367800	42	3.3	43	80	4	165	23	13	28	34	1.93
77379218--77379315	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
77390576--77390651	24	3.2	24	92	0	125	32	1	40	25	1.64
77392052--77392162	27	4.1	27	88	1	152	16	23	22	37	1.93
77397008--77397038	10	3.0	10	95	4	53	38	19	32	9	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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77406969--77407101	59	2.3	58	97	1	248	37	14	24	24	1.92
77406939--77407101	88	1.8	89	90	1	265	36	14	24	25	1.93
77412925--77413065	38	3.6	39	90	3	214	26	20	30	22	1.98
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77432527--77432714	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
77440600--77440757	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
77440600--77440787	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
77447331--77447540	40	5.3	39	78	5	190	24	26	22	26	2.00
77447331--77447540	79	2.7	79	80	6	230	24	26	22	26	2.00
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77463395--77463448	23	2.5	22	87	6	74	25	0	18	55	1.43
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77482462--77482672	40	5.3	40	81	3	194	24	27	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77482462--77482672	80	2.7	80	80	2	230	24	27	22	26	2.00
77490470--77490658	40	4.8	39	79	10	154	21	29	23	24	1.99
77490477--77490662	80	2.4	78	82	6	207	22	28	23	25	1.99
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77501336--77501556	40	5.6	40	82	2	241	24	25	23	26	2.00
77506916--77507047	50	2.6	51	77	6	124	36	13	11	38	1.81
77506929--77507046	50	2.3	50	80	2	137	33	12	12	40	1.81
77508219--77508259	18	2.2	19	91	4	66	63	0	7	29	1.21
77508372--77508412	18	2.3	18	82	0	55	46	12	9	31	1.74
77508696--77508832	47	2.9	47	95	0	247	34	15	12	37	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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