genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  250  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77509265--77509326	20	3.1	19	78	15	63	62	1	20	14	1.39
77509756--77509782	14	1.9	14	100	0	54	14	18	14	51	1.76
77514776--77514857	42	2.0	42	82	4	103	28	26	29	15	1.96
77515754--77515807	25	2.2	25	86	0	72	3	22	20	53	1.61
77515817--77515867	20	2.5	20	78	9	59	3	21	15	58	1.53
77515754--77515849	25	3.6	25	72	13	66	5	23	18	52	1.66
77515775--77515849	30	2.5	29	75	12	71	5	22	18	53	1.65
77517293--77517357	32	2.0	32	96	0	121	46	16	3	33	1.63
77531165--77531213	25	2.0	25	95	0	89	48	8	18	24	1.75
77535008--77535147	40	3.5	40	84	4	142	22	27	25	25	2.00
77535016--77535196	79	2.3	81	82	7	219	23	27	23	24	2.00
77537522--77537581	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
77537576--77537611	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
77538050--77538084	10	3.5	10	88	0	52	14	25	22	37	1.92
77538040--77538084	20	2.2	20	84	0	54	17	28	20	33	1.95
77539954--77540125	27	6.4	27	84	1	211	26	22	16	34	1.95
77546708--77546767	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
77546735--77546876	67	2.1	67	88	5	203	30	22	28	18	1.97
77546806--77546857	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
77547507--77547674	26	6.4	26	86	4	232	24	20	19	35	1.95
77547507--77547674	53	3.2	53	88	3	243	24	20	19	35	1.95
77550431--77550640	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77558495--77558704	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
77562973--77563053	34	2.4	34	85	0	108	23	27	23	25	2.00
77567519--77567646	55	2.3	55	80	7	143	28	26	27	17	1.98
77570323--77570433	27	4.2	26	87	5	150	39	22	22	15	1.91
77571838--77571884	25	1.9	25	91	4	78	21	42	0	36	1.53
77573707--77573930	27	8.3	27	82	9	210	39	22	8	28	1.84
77573707--77573930	54	4.2	55	79	6	235	39	22	8	28	1.84
77573707--77573930	81	2.8	81	81	4	256	39	22	8	28	1.84
77573707--77573955	27	9.3	27	82	6	145	38	22	8	30	1.84
77573958--77574092	27	5.0	27	87	0	180	34	19	21	24	1.96
77574606--77574668	22	2.9	22	76	9	74	17	23	23	34	1.96
77574923--77575020	6	15.8	6	74	17	85	17	20	14	47	1.82
77574923--77575015	25	3.7	25	91	0	159	17	20	15	47	1.83
77574948--77575032	19	4.6	18	72	17	59	17	20	12	49	1.79
77577229--77577320	6	14.8	6	74	18	82	46	14	21	17	1.83
77577229--77577320	25	3.7	25	94	0	166	46	14	21	17	1.83
77577217--77577320	50	2.1	49	94	5	183	47	13	22	17	1.82
77577936--77578068	27	4.9	27	87	0	185	24	22	18	34	1.96
77585023--77585364	27	12.7	27	77	7	245	39	19	9	32	1.83
77585032--77585333	54	5.6	54	81	4	315	39	19	8	32	1.82
77585023--77585389	81	4.6	81	78	5	332	38	19	9	32	1.84
77585050--77585333	133	2.1	134	84	3	374	39	20	8	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77585314--77585407	27	3.5	27	85	5	109	37	13	18	30	1.90
77587400--77587790	202	1.9	202	87	1	577	30	21	14	33	1.93
77590694--77591016	48	6.7	48	91	0	495	23	17	26	31	1.97
77592677--77592709	16	2.0	17	88	5	50	39	0	15	45	1.46
77592980--77593170	30	6.4	29	73	6	136	39	14	25	19	1.90
77593010--77593200	89	2.1	89	83	8	228	39	14	24	21	1.90
77592978--77593170	59	3.3	59	71	9	151	39	14	25	20	1.90
77596027--77596058	15	2.1	15	100	0	64	31	18	0	50	1.48
77596793--77596829	19	1.9	19	88	0	56	83	2	13	0	0.74
77598060--77598166	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
77598101--77598227	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
77604907--77604943	17	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
77604907--77604943	18	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
77606213--77606319	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
77606254--77606380	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
77607883--77607993	40	2.8	40	86	9	147	21	28	26	23	1.99
77615855--77616022	40	4.2	40	80	4	169	22	26	24	26	2.00
77619206--77619342	6	22.3	6	71	15	102	48	13	18	18	1.80
77619215--77619320	43	2.5	43	90	0	149	48	13	19	18	1.81
77619251--77619342	31	3.0	31	82	4	116	47	14	18	19	1.82
77619460--77619567	27	4.0	26	84	5	108	38	21	22	17	1.93
77619460--77619567	54	2.0	53	83	1	135	38	21	22	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77627017--77627224	40	5.2	39	85	4	240	25	26	22	25	2.00
77632801--77632964	47	3.5	48	81	11	173	29	18	28	23	1.97
77636684--77636865	40	4.6	40	78	8	176	24	24	28	23	2.00
77636684--77636865	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
77643178--77643235	30	2.0	30	89	3	91	31	12	25	31	1.92
77643582--77643799	94	2.3	93	85	8	291	27	17	30	24	1.97
77643582--77643803	47	4.7	48	81	12	248	27	17	30	24	1.97
77644606--77644638	13	2.5	13	100	0	66	6	24	33	36	1.80
77645570--77645667	24	4.0	24	90	1	151	35	4	38	21	1.73
77647055--77647142	27	3.3	27	91	3	133	18	21	26	34	1.96
77647143--77647176	7	4.9	7	100	0	68	41	44	0	14	1.45
77653578--77653674	24	4.0	24	87	4	133	38	5	37	19	1.74
77653578--77653674	47	2.0	49	86	4	135	38	5	37	19	1.74
77655061--77655171	27	4.1	27	81	5	109	16	26	20	36	1.93
77655064--77655169	54	2.0	53	84	1	140	16	26	18	37	1.93
77656918--77657092	46	3.8	45	76	10	174	29	28	20	21	1.98
77656925--77657096	93	1.8	93	91	0	281	29	28	20	21	1.98
77659743--77659843	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
77666864--77667031	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
77666880--77667029	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
77674861--77675027	40	4.2	40	77	4	151	22	26	23	27	2.00
77677424--77677522	48	2.1	48	88	3	146	27	19	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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