genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.398.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  398  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124221834--124222043	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
124223767--124223833	24	2.8	24	76	15	66	67	1	8	22	1.27
124223822--124223860	20	2.0	20	89	0	60	76	2	5	15	1.06
124246540--124246600	11	5.9	10	74	16	54	80	0	1	18	0.80
124246549--124246660	6	18.8	6	98	0	154	74	0	8	16	1.07
124246936--124247001	30	2.2	30	94	0	114	18	37	25	18	1.93
124247859--124248040	91	2.0	91	97	0	346	32	20	19	26	1.97
124250257--124250290	14	2.4	14	90	5	50	26	5	11	55	1.58
124258154--124258178	13	1.9	13	100	0	50	20	8	32	40	1.81
124273414--124273456	22	2.0	22	95	0	77	44	11	4	39	1.62
124276497--124276540	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
124278582--124278621	2	21.5	2	80	14	50	42	0	0	57	0.98
124278686--124278736	20	2.4	22	83	6	70	33	1	0	64	1.05
124278686--124278751	23	2.9	24	78	17	70	33	4	0	62	1.16
124285208--124285239	15	2.1	16	94	5	57	40	18	3	37	1.67
124287929--124288081	19	8.2	19	84	7	188	39	6	15	37	1.74
124287929--124288081	36	4.1	37	84	8	168	39	6	15	37	1.74
124287927--124288081	55	2.8	55	91	2	238	40	6	16	37	1.74
124295581--124295616	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
124295782--124295819	14	2.7	14	91	0	58	39	15	5	39	1.70
124298183--124298208	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
124300925--124301044	62	1.9	63	91	1	197	23	30	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124300925--124301061	62	2.2	63	86	1	195	23	30	23	22	1.99
124301726--124302179	229	2.0	229	87	0	658	34	18	20	25	1.96
124308358--124308508	62	2.4	62	83	5	180	23	29	23	23	1.99
124310271--124310369	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
124319848--124320099	131	2.0	125	92	4	414	47	12	9	30	1.73
124320275--124320340	5	13.6	5	73	12	57	65	3	0	31	1.08
124320309--124320341	8	4.2	8	88	7	50	66	0	0	33	0.92
124320231--124320336	14	7.7	15	65	25	56	60	2	0	36	1.12
124320375--124320422	21	2.4	19	86	6	60	56	2	2	39	1.23
124320373--124320429	20	2.9	18	74	20	53	54	1	1	42	1.21
124321742--124321775	11	3.0	11	86	4	50	14	0	2	82	0.79
124321989--124322137	44	3.5	43	87	4	207	26	28	14	31	1.94
124322111--124322958	221	3.8	218	87	3	1087	28	22	17	31	1.96
124322681--124322800	44	2.8	44	88	1	161	27	26	14	31	1.95
124322906--124323018	44	2.6	44	84	4	140	26	23	15	33	1.95
124333823--124334020	43	4.6	43	89	0	288	31	30	23	14	1.94
124333810--124334040	86	2.7	85	87	4	322	31	31	22	15	1.95
124338728--124338979	131	2.0	125	92	4	423	46	13	9	29	1.75
124339150--124339221	25	2.9	23	77	20	74	62	2	0	34	1.10
124339158--124339219	27	2.3	27	86	8	83	64	3	0	32	1.09
124339153--124339218	5	13.6	5	75	12	57	63	3	0	33	1.10
124339109--124339214	14	7.7	15	65	24	63	59	2	0	37	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124339151--124339219	23	2.9	23	76	19	70	63	2	0	33	1.09
124339482--124339539	30	1.9	30	85	0	80	60	6	12	20	1.54
124345312--124345348	18	2.1	18	100	0	74	48	0	10	40	1.38
124346793--124346879	42	2.1	42	84	0	111	33	22	11	32	1.90
124355150--124355291	19	7.9	18	75	20	84	38	11	14	35	1.82
124355157--124355291	35	3.8	36	94	2	211	39	11	14	34	1.82
124355183--124355300	18	6.4	20	82	10	75	41	10	14	33	1.79
124355151--124355297	17	8.3	18	78	15	146	39	10	14	34	1.82
124361041--124361099	7	8.6	7	83	12	70	86	0	13	0	0.57
124361044--124361099	16	3.4	15	85	14	67	85	0	14	0	0.59
124361029--124361090	19	3.2	19	88	11	83	83	1	14	0	0.71
124361043--124361097	28	2.0	28	89	7	85	85	0	14	0	0.60
124362289--124363599	207	6.3	207	93	0	2122	29	17	23	29	1.97
124362289--124363599	413	3.2	412	92	0	2147	29	17	23	29	1.97
124362289--124363599	620	2.1	619	92	1	2167	29	17	23	29	1.97
124364031--124364111	17	4.6	17	86	6	108	39	14	11	34	1.82
124364015--124364109	35	2.7	36	86	3	129	37	13	11	36	1.81
124368422--124368455	13	2.6	13	90	0	50	23	0	44	32	1.54
124371534--124371605	9	7.7	9	76	7	54	61	0	1	37	1.05
124371534--124371607	19	3.9	18	74	8	67	60	0	1	37	1.05
124389569--124389784	87	2.4	87	75	11	206	32	18	21	27	1.96
124389478--124390049	220	2.6	220	91	0	903	33	18	21	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124391693--124391753	24	2.5	24	79	7	61	31	1	1	65	1.12
124391732--124391794	32	1.9	32	84	9	83	31	4	3	60	1.33
124411553--124411609	14	4.0	15	75	20	52	35	0	3	61	1.13
124411582--124411613	11	3.1	11	91	8	50	31	0	0	68	0.90
124412225--124412452	46	5.0	46	90	1	314	39	14	23	22	1.90
124420258--124420314	30	1.9	30	85	0	78	29	36	22	10	1.88
124426308--124426492	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
124426309--124426500	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
124426308--124426525	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
124434365--124434549	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
124434366--124434557	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
124434365--124434582	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
124440026--124440071	20	2.3	20	85	7	58	17	19	2	60	1.46
124440146--124440192	23	2.0	23	83	0	58	23	29	10	36	1.89
124444005--124444229	46	4.9	46	89	2	312	22	24	12	40	1.89
124444840--124444873	14	2.5	13	86	13	50	67	0	0	32	0.91
124447953--124448004	11	4.6	11	81	9	61	0	28	0	71	0.87
124447954--124448016	12	5.3	12	76	17	69	0	28	0	71	0.86
124448319--124448396	3	25.0	3	70	17	52	29	6	5	58	1.44
124469764--124469829	19	3.2	21	87	6	64	34	19	10	34	1.86
124469781--124469842	19	3.2	19	95	4	106	35	17	9	37	1.83
124471682--124471727	19	2.3	20	92	3	76	45	17	13	23	1.83
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124472635--124472705	26	2.7	26	86	4	90	23	26	22	26	2.00
124472656--124472706	26	2.0	26	96	0	93	21	23	21	33	1.97
124479240--124479315	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
124479276--124479366	19	4.9	19	88	8	143	36	15	10	37	1.83
124479739--124479862	45	2.8	45	88	2	169	28	29	11	30	1.91
124479886--124480179	78	3.8	78	89	1	455	25	24	18	31	1.97
124491979--124492011	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
124491979--124492012	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
124492266--124492341	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
124492295--124492373	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
124492316--124492371	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
124492302--124492373	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
124502392--124502440	18	2.8	18	81	3	55	57	4	10	28	1.50
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124507253--124507307	29	1.9	28	82	17	69	54	0	7	38	1.28
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124517395--124517450	21	2.6	22	75	8	62	41	26	0	32	1.56
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124545826--124546531	148	4.8	147	87	3	900	29	16	22	31	1.95
124546984--124547171	26	7.2	26	90	0	295	34	5	23	37	1.78
124551044--124551211	40	4.2	40	80	4	160	22	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124556675--124556726	20	2.5	20	96	3	95	28	17	13	40	1.87
124559802--124559853	26	2.0	26	100	0	104	50	11	19	19	1.77
124567379--124567582	40	5.1	40	90	3	295	25	28	23	21	1.99
124571771--124571804	14	2.4	14	90	5	50	88	2	8	0	0.62
124571800--124571832	15	2.3	15	90	10	52	66	27	0	6	1.15
124571755--124571878	56	2.2	56	81	9	137	74	16	4	4	1.17
124574391--124574426	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
124579585--124579728	71	2.1	70	85	7	195	24	14	21	39	1.91
124585864--124585921	29	2.0	29	100	0	116	31	13	17	37	1.89
124586273--124586460	40	4.7	40	88	0	250	32	23	15	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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