genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  101  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28617318--28617387	35	2.0	35	94	0	122	42	25	4	27	1.73
28625200--28625257	29	2.0	29	100	0	116	31	27	6	34	1.83
28626100--28627236	569	2.0	569	86	1	1582	27	23	13	35	1.92
28628885--28628943	23	2.6	23	94	0	100	44	20	16	18	1.87
28635982--28636048	27	2.5	27	79	13	68	38	20	7	32	1.81
28643256--28643480	40	5.6	40	84	2	272	22	16	24	36	1.94
28643259--28643480	120	1.9	120	87	1	329	22	15	24	36	1.93
28643256--28643482	80	2.8	80	87	0	310	22	16	24	36	1.94
28645748--28645774	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28648312--28648493	40	4.6	38	79	6	154	23	25	22	28	1.99
28648348--28648493	40	3.7	39	86	2	159	22	25	22	29	1.99
28656974--28656998	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28663720--28664035	46	6.9	46	91	1	429	21	23	14	40	1.90
28663720--28664034	137	2.3	138	86	1	427	21	23	14	40	1.90
28669822--28669852	11	2.8	11	95	0	53	35	6	25	32	1.82
28670465--28670523	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
28670494--28670543	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
28675934--28676200	46	5.7	46	80	11	274	26	20	31	21	1.98
28675907--28676107	100	2.0	100	99	0	393	28	19	30	21	1.97
28678755--28678884	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
28686386--28686515	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
28693136--28693317	40	4.6	40	78	8	167	24	24	28	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28693136--28693286	78	1.9	80	85	5	209	25	23	28	23	1.99
28693136--28693317	78	2.3	80	82	6	201	24	24	28	22	2.00
28698146--28698239	29	3.2	29	93	0	161	26	27	15	29	1.96
28698108--28698239	58	2.3	58	81	2	158	25	32	15	25	1.96
28698720--28698744	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28705697--28705879	67	2.8	64	81	8	219	24	30	16	28	1.96
28706605--28706665	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
28710657--28710726	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
28710657--28710738	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
28718594--28718663	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
28718594--28718675	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
28722450--28722654	27	7.6	26	77	10	146	27	9	19	43	1.81
28722450--28722680	27	8.5	27	75	11	116	28	9	19	43	1.81
28722444--28722656	54	3.9	53	75	9	173	28	10	19	42	1.84
28722503--28722761	107	2.4	107	80	7	258	27	9	22	41	1.84
28722528--28722760	80	2.9	79	86	1	286	27	9	22	40	1.85
28722503--28722786	27	10.6	27	72	7	152	28	9	21	40	1.84
28725188--28725299	27	4.2	26	82	7	125	36	23	24	16	1.94
28726716--28726775	24	2.5	24	100	0	120	28	38	0	33	1.57
28733009--28733120	27	4.2	26	83	7	134	37	22	24	16	1.93
28734539--28734597	23	2.5	24	97	2	111	27	38	0	33	1.57
28739012--28739063	25	2.1	25	100	0	104	15	7	7	69	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28741757--28741830	29	2.6	29	89	4	105	27	16	31	25	1.96
28746183--28746336	43	3.6	43	74	10	111	26	25	22	25	2.00
28752082--28752211	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
28760049--28760199	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
28760086--28760215	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
28761970--28762070	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
28761970--28762152	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
28770118--28770230	40	2.8	40	87	0	163	28	22	27	22	1.99
28770074--28770260	40	4.8	38	76	10	155	28	21	26	22	1.99
28773986--28774055	23	2.9	24	81	10	72	34	18	21	25	1.96
28778769--28778794	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28780790--28780850	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
28785205--28785265	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
28787758--28787827	27	2.6	27	83	0	86	37	17	18	27	1.93
28787777--28787845	27	2.6	27	86	4	86	33	14	24	27	1.94
28788399--28788479	27	3.0	26	83	5	108	17	19	23	39	1.92
28788596--28788754	6	25.7	6	69	17	94	18	18	14	47	1.82
28788599--28788719	25	4.6	25	79	11	125	19	19	14	46	1.84
28788596--28788754	31	5.3	31	73	14	138	18	18	14	47	1.82
28788596--28788722	56	2.3	56	97	0	236	19	18	14	47	1.83
28788680--28788750	19	3.8	19	80	10	92	16	18	15	49	1.80
28788674--28788767	37	2.5	37	91	0	143	18	19	13	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28791636--28791736	36	2.9	36	83	4	118	26	39	14	18	1.90
28793367--28793465	38	2.5	40	83	9	141	50	14	9	26	1.72
28793387--28793479	38	2.4	38	94	1	159	51	15	7	25	1.69
28794139--28794177	20	2.0	20	89	0	60	20	28	12	38	1.89
28794261--28794359	46	2.2	46	82	10	114	29	9	14	47	1.74
28797537--28797974	47	9.3	47	93	0	687	33	10	28	27	1.89
28798092--28798174	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
28800087--28800408	40	8.1	40	92	2	504	28	20	25	26	1.99
28800418--28800517	28	3.5	28	73	8	94	23	20	27	30	1.98
28808662--28808792	46	2.8	48	77	14	157	22	19	27	29	1.98
28812857--28813247	47	8.3	47	95	0	640	32	9	30	27	1.88
28813364--28813446	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
28823547--28823713	40	4.2	40	79	3	158	23	27	23	25	2.00
28831534--28831701	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
28831550--28831699	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
28835041--28835106	29	2.2	29	83	2	78	12	24	0	63	1.28
28835175--28835233	14	4.2	14	80	8	75	0	16	3	79	0.86
28835177--28835220	15	2.9	16	86	10	65	0	15	2	81	0.78
28840190--28840320	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
28846577--28846649	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
28849777--28849838	32	1.9	32	93	0	106	35	14	12	37	1.85
28850208--28850283	39	2.0	39	92	2	127	31	11	11	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28850602--28850680	28	2.8	29	83	9	92	24	34	15	26	1.94
28850602--28850689	28	3.1	28	81	3	79	25	34	14	26	1.94
28874249--28874306	28	2.0	30	80	12	68	22	10	1	65	1.32
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28877883--28878033	78	1.9	80	84	8	202	23	27	23	25	2.00
28887490--28887569	31	2.6	31	86	2	108	27	25	17	30	1.97
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28897160--28897342	79	2.3	81	83	7	232	24	23	27	24	2.00
28897160--28897367	79	2.6	79	78	12	230	25	22	27	24	2.00
28898814--28898898	31	2.8	31	87	3	120	28	22	17	31	1.97
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28899119--28899187	25	2.8	25	88	0	102	24	20	26	28	1.99
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28921249--28921458	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
28931405--28931614	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
28939538--28939747	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
28941694--28941725	10	3.2	10	100	0	64	43	9	0	46	1.35
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28959427--28959560	42	3.1	42	77	7	135	28	18	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28960862--28961030	92	1.8	92	93	2	295	27	28	21	21	1.99
28960854--28961027	45	3.8	45	80	13	212	28	28	21	21	1.98
28964781--28964823	11	3.9	11	78	0	50	39	13	4	41	1.66
28964783--28964833	22	2.3	22	96	3	93	39	13	3	43	1.63
28966314--28966484	45	3.8	44	76	15	172	29	29	19	21	1.98
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28969744--28969777	15	2.4	14	85	9	50	67	5	17	8	1.37
28971750--28971813	25	2.4	27	80	10	71	37	1	7	53	1.40
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28972748--28972796	15	3.1	15	80	11	53	4	30	0	65	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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