genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  165  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50482180--50482332	32	4.8	32	86	0	216	45	9	12	32	1.73
50482180--50482332	64	2.4	64	91	0	243	45	9	12	32	1.73
50483538--50483573	18	2.0	18	100	0	72	44	11	16	27	1.82
50485411--50485737	161	2.0	161	99	0	645	40	13	14	30	1.85
50489859--50489948	37	2.4	36	90	3	144	24	33	17	24	1.96
50490038--50490136	49	2.0	49	98	0	189	33	31	6	29	1.82
50491878--50492007	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
50499924--50500053	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
50512524--50512653	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
50514034--50514157	49	2.5	49	93	0	203	29	31	10	29	1.90
50516380--50516516	34	3.9	35	74	15	113	52	2	2	42	1.28
50529165--50529252	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
50530826--50531005	40	4.5	40	89	4	233	27	25	19	27	1.99
50534054--50534199	40	3.6	41	82	11	153	25	27	23	23	2.00
50553884--50554163	40	7.0	40	87	2	375	22	20	26	31	1.98
50563526--50563574	25	2.0	25	87	0	71	42	16	6	34	1.73
50570009--50570184	46	3.8	46	81	10	214	21	21	28	28	1.98
50570005--50570177	93	1.9	93	95	0	310	22	21	28	27	1.99
50573887--50573935	25	2.0	25	87	0	71	42	16	8	32	1.77
50581771--50581945	40	4.4	40	91	0	287	21	18	30	29	1.97
50598585--50598679	40	2.4	40	98	0	181	20	20	30	29	1.97
50604439--50604482	20	2.2	20	83	0	52	36	13	4	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50611590--50611756	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	24	2.00
50614230--50614271	21	2.0	21	95	0	75	30	16	14	38	1.89
50617770--50617889	47	2.6	46	82	11	138	24	29	16	30	1.97
50624855--50625085	48	4.8	48	74	11	161	26	31	16	25	1.96
50624855--50625266	46	8.7	47	72	13	192	25	30	16	27	1.97
50627004--50627058	27	2.0	27	100	0	110	32	7	32	27	1.84
50634083--50634128	20	2.2	21	84	3	58	45	0	15	39	1.46
50637501--50637601	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
50637530--50637605	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
50656128--50656311	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
50656168--50656356	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
50666577--50666652	29	2.6	29	97	0	143	31	30	21	17	1.96
50673424--50673631	46	4.6	43	77	9	159	23	30	18	27	1.97
50673366--50673638	90	3.0	90	76	14	272	23	29	19	27	1.98
50679984--50680108	52	2.4	52	94	0	223	36	16	24	24	1.94
50679984--50680108	24	4.8	28	80	15	167	36	16	24	24	1.94
50683470--50683560	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
50683656--50684014	49	7.4	49	94	1	598	29	32	8	28	1.87
50683656--50684014	97	3.7	97	94	0	603	29	32	8	28	1.87
50683656--50684014	146	2.5	146	93	1	632	29	32	8	28	1.87
50686738--50686836	41	2.4	41	80	11	114	25	24	24	26	2.00
50687320--50687538	29	7.7	29	93	1	363	26	32	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50687320--50687538	56	3.8	57	94	1	368	26	32	15	26	1.95
50689632--50689722	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
50689818--50690267	49	9.4	49	92	4	731	29	34	8	27	1.87
50690138--50690218	39	2.1	39	97	0	153	27	37	9	25	1.88
50700729--50700831	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
50705721--50705784	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
50705975--50706119	24	6.0	24	90	5	204	26	22	22	28	1.99
50706169--50706228	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
50706271--50706318	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
50708669--50708840	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
50708661--50708836	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
50715543--50715635	37	2.4	38	92	3	152	22	23	16	37	1.93
50715827--50715965	23	6.0	24	87	9	182	26	21	22	29	1.99
50716015--50716074	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
50716015--50716069	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
50716115--50716162	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
50716879--50716911	16	2.1	16	88	11	50	30	18	0	51	1.46
50717650--50717750	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
50725607--50725707	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
50738069--50738335	48	5.5	49	75	4	238	29	16	27	26	1.97
50738070--50738347	96	2.9	97	85	6	361	29	17	27	25	1.97
50739392--50739446	28	1.9	28	85	10	76	18	23	41	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50744010--50744186	46	3.8	46	79	4	203	22	20	29	28	1.98
50744008--50744178	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	27	1.98
50752767--50752805	20	2.1	19	86	13	55	51	7	15	25	1.70
50754295--50754328	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
50759783--50759859	24	3.2	24	78	9	75	19	31	2	46	1.63
50762122--50762159	15	2.4	16	82	8	51	57	18	5	18	1.58
50765017--50765072	7	7.2	8	79	20	66	23	0	1	75	0.90
50767036--50767255	40	5.6	40	80	6	234	25	25	22	25	2.00
50767036--50767255	80	2.8	79	84	6	259	25	25	22	25	2.00
50769190--50769311	53	2.5	48	75	16	115	21	0	27	50	1.54
50769321--50769545	41	5.5	41	86	0	297	21	22	20	35	1.96
50769321--50769545	123	1.8	123	88	1	344	21	22	20	35	1.96
50769336--50769585	123	2.0	123	79	6	265	25	23	18	33	1.97
50772449--50772590	48	3.0	48	82	4	180	35	29	16	18	1.93
50774837--50775017	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
50774839--50775009	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
50779697--50779725	15	1.9	15	100	0	58	13	13	20	51	1.75
50783093--50783138	20	2.3	19	82	10	56	0	28	0	71	0.86
50784282--50784363	24	3.4	24	86	6	94	24	20	23	31	1.98
50785291--50785520	27	8.4	27	77	11	164	31	8	20	40	1.82
50785499--50785682	27	6.8	27	91	0	287	39	8	22	28	1.84
50785353--50785706	27	13.1	27	83	3	212	34	7	22	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50785499--50785706	81	2.6	81	87	0	308	38	8	22	30	1.83
50785661--50785727	27	2.5	27	80	0	71	32	4	20	41	1.73
50788023--50788103	30	2.8	29	90	7	128	29	25	16	28	1.96
50788341--50788401	25	2.4	25	86	0	77	27	21	21	29	1.98
50789193--50789253	27	2.3	27	81	10	65	24	24	21	29	1.99
50789208--50789285	27	2.9	27	77	11	79	21	20	20	37	1.95
50789327--50789556	27	8.4	27	77	9	126	32	7	19	40	1.80
50789304--50789532	83	2.8	82	76	5	230	31	8	19	40	1.82
50789304--50789542	54	4.4	54	75	6	221	31	8	19	41	1.81
50789304--50789541	81	2.9	81	73	8	214	31	8	19	40	1.81
50789535--50789691	27	5.8	27	86	0	197	42	8	21	28	1.81
50789507--50789691	54	3.4	54	77	5	160	40	8	21	30	1.82
50789508--50789710	81	2.5	80	77	4	219	40	8	19	32	1.81
50792477--50792531	25	2.2	25	87	9	78	21	21	16	40	1.91
50798629--50798731	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
50800036--50800074	20	2.1	19	86	13	55	7	15	0	76	0.99
50806663--50806765	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
50808075--50808112	20	2.1	19	85	14	53	7	15	0	76	1.01
50812417--50812561	44	3.4	41	74	14	107	31	26	18	22	1.97
50812413--50812561	43	3.5	44	75	14	125	30	27	18	23	1.97
50826249--50826312	34	1.9	33	87	3	92	28	25	21	25	1.99
50826744--50826778	12	2.9	12	100	0	70	40	0	8	51	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50828915--50828984	22	3.2	22	78	8	72	55	25	0	18	1.43
50828973--50829053	29	2.8	29	84	1	101	54	24	1	19	1.52
50828979--50829061	36	2.3	36	81	2	87	53	26	1	19	1.53
50828973--50829069	28	3.4	30	80	11	96	55	24	1	18	1.49
50832055--50832170	40	2.9	38	75	16	101	30	3	4	62	1.31
50832428--50832469	16	2.6	16	88	0	66	16	4	14	64	1.45
50843288--50843321	17	2.0	17	100	0	68	41	5	35	17	1.74
50846073--50846185	38	3.0	38	79	8	113	32	12	11	43	1.78
50848403--50848445	16	2.7	16	92	0	68	16	6	9	67	1.40
50848405--50848453	16	3.0	16	87	3	53	18	6	10	65	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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