genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  272  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84738257--84738314	27	2.3	24	80	16	64	0	22	3	74	0.97
84740819--84740925	26	4.2	26	86	2	162	30	6	25	37	1.81
84740819--84740925	51	2.1	52	91	1	171	30	6	25	37	1.81
84740928--84740969	21	2.0	21	100	0	84	14	14	14	57	1.66
84742808--84742974	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
84750815--84750981	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
84754825--84754993	46	3.7	47	84	9	190	26	18	30	24	1.98
84757936--84758095	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
84765897--84766056	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
84780975--84781304	27	12.3	27	80	5	285	31	8	20	40	1.82
84780939--84781283	81	4.3	81	79	5	286	31	8	19	39	1.83
84780945--84781304	134	2.7	134	82	3	463	31	8	19	40	1.82
84784237--84784366	47	2.8	45	76	15	126	26	18	30	24	1.98
84784239--84784455	93	2.4	90	81	11	219	27	17	30	24	1.97
84784286--84784455	46	3.7	43	75	12	135	27	16	31	25	1.96
84791932--84791991	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
84791988--84792033	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
84792736--84792880	27	5.3	27	81	7	177	22	22	19	36	1.95
84792835--84793042	27	7.7	26	74	12	109	29	10	21	38	1.86
84792916--84793065	27	5.6	27	83	1	124	30	8	22	39	1.82
84792916--84793065	81	1.9	81	81	2	185	30	8	22	39	1.82
84806034--84806135	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84813890--84813991	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
84822917--84822975	26	2.3	26	82	5	66	35	20	22	22	1.96
84834099--84834170	23	3.1	23	64	33	55	38	5	13	41	1.68
84834072--84834170	46	2.2	46	98	0	189	40	5	13	41	1.66
84848037--84848154	41	3.1	41	60	28	98	33	17	27	21	1.96
84848005--84848168	71	2.3	71	97	0	319	35	17	27	18	1.94
84855145--84855262	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
84855113--84855276	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
84867826--84868001	46	3.8	45	78	10	185	23	20	27	28	1.99
84867822--84867992	93	1.8	93	91	0	279	23	20	28	28	1.99
84882490--84882584	29	3.3	29	91	2	138	27	15	30	26	1.96
84888902--84888982	40	2.0	40	80	4	92	38	16	25	19	1.92
84888956--84888994	20	2.0	20	84	0	51	43	20	25	10	1.83
84889913--84889941	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
84893053--84893170	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
84893076--84893170	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
84893362--84893528	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
84893361--84893528	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
84893579--84893638	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
84893579--84893633	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
84893681--84893728	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
84896700--84896743	16	2.8	16	80	10	54	38	15	4	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84898394--84898556	45	3.7	45	74	8	165	20	18	30	30	1.96
84899627--84899670	18	2.3	20	81	14	58	22	0	20	56	1.42
84906047--84906132	43	2.0	43	82	13	106	26	18	26	27	1.98
84912554--84912872	27	11.8	26	82	5	280	38	18	10	32	1.84
84912554--84912872	54	5.9	54	83	2	338	38	18	10	32	1.84
84912554--84912872	81	3.9	82	81	1	340	38	18	10	32	1.84
84912948--84913107	27	5.9	27	94	2	268	33	15	21	30	1.94
84913310--84913379	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
84913309--84913404	25	3.9	24	78	9	86	28	22	22	26	1.99
84916146--84916331	50	3.7	50	82	1	230	29	25	18	26	1.98
84916148--84916331	101	1.8	99	89	2	287	29	25	18	27	1.98
84916558--84916609	26	2.0	26	84	0	68	40	11	7	40	1.70
84921889--84922076	50	3.8	49	82	2	178	29	25	18	27	1.98
84922108--84922270	81	2.0	81	92	0	272	29	21	11	38	1.88
84922391--84922444	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
84922749--84922788	19	2.1	19	86	9	55	35	25	2	37	1.69
84924998--84925068	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
84925052--84925175	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
84925036--84925175	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
84925052--84925204	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
84925158--84925219	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
84925052--84925202	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84925839--84925934	28	3.5	28	90	5	144	45	25	8	20	1.79
84929186--84929309	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
84929186--84929309	54	2.3	54	92	0	203	41	20	7	30	1.79
84929186--84929338	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
84929292--84929353	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
84929186--84929336	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
84929973--84930055	28	3.0	28	96	0	148	46	20	9	22	1.79
84932486--84932567	34	2.4	35	80	8	89	25	25	19	29	1.99
84936650--84936775	48	2.6	48	89	0	189	36	7	25	30	1.84
84936661--84936804	48	3.0	47	83	6	173	34	8	26	30	1.86
84936934--84937023	37	2.4	37	90	1	135	23	23	30	23	1.99
84939248--84939594	40	8.7	40	83	2	407	22	23	29	24	1.99
84939248--84939603	80	4.5	80	89	2	497	21	23	30	24	1.99
84942955--84943055	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
84946421--84946546	48	2.6	48	89	0	189	37	7	25	29	1.84
84946432--84946575	48	3.0	47	82	6	164	35	8	26	29	1.86
84946705--84946785	37	2.2	37	93	0	135	20	22	32	24	1.98
84951868--84952079	50	4.2	50	77	4	183	26	16	25	31	1.96
84952874--84952997	27	4.6	27	82	4	142	41	20	8	29	1.82
84952894--84953013	54	2.2	54	81	0	141	41	18	8	31	1.80
84953038--84953122	27	3.1	27	80	6	100	31	15	21	31	1.94
84953527--84953575	22	2.2	22	85	7	64	22	28	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84953736--84953841	27	4.0	26	81	6	104	19	21	20	37	1.94
84953959--84954145	6	30.3	6	70	19	109	21	18	12	47	1.82
84953959--84954124	25	6.7	25	77	10	119	22	19	12	46	1.82
84953959--84954075	37	3.2	37	88	0	189	22	17	13	46	1.83
84956047--84956224	27	6.6	27	84	2	178	41	20	8	29	1.82
84956047--84956224	54	3.3	54	80	3	196	41	20	8	29	1.82
84956047--84956240	81	2.4	81	80	3	212	41	19	7	30	1.80
84956047--84956279	81	2.9	78	77	7	189	39	20	8	31	1.82
84956265--84956334	27	2.6	27	77	8	79	34	18	15	31	1.92
84956738--84956802	22	3.0	22	77	8	69	20	24	23	32	1.98
84956961--84957064	27	3.9	27	83	5	129	21	23	18	37	1.94
84957185--84957356	6	27.8	6	73	16	129	20	20	11	46	1.82
84957188--84957320	25	5.6	25	74	15	129	22	20	11	45	1.82
84957207--84957356	37	4.2	37	73	16	145	20	21	12	46	1.83
84957185--84957332	68	2.2	68	95	0	260	22	19	11	46	1.82
84957245--84957356	31	3.7	29	74	13	109	18	21	13	46	1.83
84958019--84958209	49	3.9	50	86	3	271	26	16	26	29	1.97
84958403--84958432	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
84963401--84963487	37	2.3	36	92	5	138	26	32	19	21	1.97
84963536--84963657	51	2.4	51	92	0	199	28	27	9	33	1.89
84963621--84963688	31	2.2	31	97	0	127	26	30	11	30	1.92
84963570--84963737	80	2.1	81	94	2	293	28	28	10	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84966462--84966642	40	4.5	40	79	9	145	24	25	23	26	2.00
84966540--84966642	41	2.5	39	87	4	134	26	26	23	24	2.00
84967159--84967210	25	2.1	25	82	7	61	28	32	9	28	1.89
84967386--84967617	40	5.8	40	95	0	392	25	26	20	26	1.99
84970933--84971116	78	2.3	80	80	10	200	24	24	27	23	2.00
84970934--84971124	40	4.8	40	76	10	160	24	24	28	22	2.00
84978973--84979157	79	2.3	82	82	9	222	24	24	27	23	2.00
84978974--84979165	40	4.8	40	77	8	169	25	24	28	22	2.00
84978973--84979190	79	2.7	79	78	7	176	25	23	27	23	2.00
84980899--84981053	53	3.0	53	91	5	264	30	26	8	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438