genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.354.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  354  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110349112--110349281	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
110353919--110353987	28	2.5	28	93	4	115	30	27	14	27	1.95
110364916--110365131	46	4.6	46	80	9	172	29	19	28	22	1.98
110364915--110365186	47	5.8	48	75	13	230	29	18	27	23	1.98
110364921--110365178	140	1.8	140	85	3	358	29	18	27	23	1.98
110365336--110365369	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
110366157--110366212	28	2.0	28	86	10	78	14	21	46	17	1.84
110375261--110375482	47	4.7	47	77	11	199	29	19	28	22	1.98
110378497--110378574	38	2.1	37	92	7	131	44	15	8	30	1.77
110381461--110381499	20	1.9	21	89	5	62	41	12	15	30	1.85
110388235--110389432	398	3.0	398	99	0	2380	34	26	16	22	1.95
110398126--110398285	39	4.1	39	93	0	266	21	23	30	24	1.99
110402804--110402952	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
110402845--110402952	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
110410848--110410976	40	3.2	40	81	4	163	24	28	23	23	1.99
110410864--110410973	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
110410864--110411014	40	3.8	39	78	9	146	23	26	23	27	2.00
110424755--110424818	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
110425026--110425176	23	6.4	24	90	3	236	27	21	21	29	1.99
110425033--110425175	47	3.1	47	93	1	243	27	20	22	28	1.99
110425226--110425292	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
110425226--110425281	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110432878--110432941	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
110433132--110433320	47	4.0	47	89	4	276	27	21	22	28	1.99
110433154--110433319	23	7.1	23	93	2	278	28	21	22	28	1.99
110433154--110433321	70	2.4	70	94	0	309	27	20	22	29	1.98
110433355--110433437	41	2.0	40	86	9	114	32	19	12	36	1.88
110433370--110433437	20	3.3	20	89	4	109	32	20	11	35	1.89
110433474--110433521	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
110436709--110436976	49	5.6	47	75	11	226	26	29	19	24	1.98
110436703--110437021	93	3.4	93	85	3	390	27	30	19	23	1.98
110436755--110437063	93	3.3	93	83	5	293	27	29	19	24	1.98
110444857--110444939	27	3.0	27	87	1	112	33	15	20	30	1.94
110452768--110452837	27	2.5	28	93	2	115	30	14	25	30	1.95
110458343--110458545	42	4.7	42	70	12	158	30	24	17	27	1.97
110463054--110463099	22	2.1	22	100	0	92	15	26	8	50	1.73
110466629--110466658	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
110468550--110468685	43	3.2	43	67	12	127	26	19	28	25	1.98
110473689--110473818	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
110481752--110481881	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
110495017--110495180	40	4.1	40	79	6	179	25	21	28	25	1.99
110503101--110503261	39	4.1	39	78	10	166	25	21	27	26	1.99
110504964--110505125	40	4.1	40	79	8	179	25	20	28	25	1.99
110505001--110505109	39	2.8	40	88	4	150	27	22	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110507839--110507958	46	2.6	44	83	10	127	28	19	28	24	1.98
110510036--110510145	42	2.6	43	82	5	134	30	19	23	27	1.98
110526834--110526872	17	2.3	17	100	0	78	23	20	12	43	1.86
110527569--110527625	28	2.0	28	100	0	114	35	15	21	28	1.94
110527606--110527830	46	4.8	45	78	11	179	28	18	30	22	1.97
110527604--110527830	94	2.4	93	80	13	243	28	18	30	22	1.97
110530829--110531033	42	4.7	42	77	8	203	31	24	15	29	1.95
110530826--110531040	90	2.5	85	79	6	234	32	25	14	28	1.95
110534083--110534155	31	2.4	31	82	11	87	30	8	1	60	1.34
110534726--110534751	11	2.4	11	100	0	52	46	19	0	34	1.50
110534890--110535024	48	2.8	46	86	8	173	32	9	5	52	1.56
110536617--110536660	18	2.4	18	92	0	70	20	27	9	43	1.82
110536902--110536941	21	1.9	21	85	10	55	30	45	20	5	1.72
110540352--110540803	126	3.6	126	87	2	642	26	20	19	33	1.96
110541480--110541538	22	2.5	24	83	13	86	55	25	0	18	1.42
110541480--110541546	23	2.9	22	86	6	89	55	25	0	19	1.43
110545757--110545794	15	2.4	16	87	12	53	34	2	5	57	1.35
110546012--110546198	93	2.0	93	97	0	356	26	13	9	51	1.70
110547478--110547545	33	2.1	33	94	5	120	58	26	1	13	1.43
110555159--110555325	40	4.2	40	80	2	167	23	27	22	26	2.00
110555159--110555325	80	2.1	79	84	7	214	23	27	22	26	2.00
110563161--110563311	40	3.8	40	77	11	148	21	27	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110563161--110563310	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
110567248--110567313	31	2.1	31	83	5	80	30	10	13	45	1.77
110568866--110568941	17	4.6	16	79	8	80	18	32	19	28	1.96
110568869--110568941	33	2.1	34	85	5	94	16	34	19	30	1.94
110584300--110584372	29	2.5	29	100	0	146	31	15	28	24	1.95
110584359--110584431	29	2.5	29	79	0	83	28	16	26	28	1.97
110590713--110590754	21	2.0	21	86	4	59	23	4	21	50	1.68
110591371--110591426	29	2.0	28	92	3	94	19	19	28	32	1.97
110592158--110592218	30	2.0	30	100	0	122	29	6	19	44	1.76
110592962--110592999	16	2.3	17	90	4	60	34	0	23	42	1.55
110594899--110595130	48	4.8	50	76	10	216	26	19	30	22	1.98
110594906--110595130	99	2.3	95	84	6	276	26	20	30	23	1.98
110605835--110605913	39	2.0	39	100	0	158	36	10	10	43	1.72
110605839--110605902	21	3.2	21	68	18	64	35	10	10	42	1.75
110621589--110621678	23	3.9	24	81	7	98	35	16	21	26	1.94
110633620--110633695	29	2.7	27	80	13	84	26	31	14	27	1.95
110635716--110635784	30	2.3	30	97	0	129	23	33	21	21	1.97
110637746--110637819	36	2.1	36	97	0	139	29	5	13	51	1.63
110639053--110639146	40	2.4	39	87	3	127	12	12	38	36	1.82
110645548--110645586	20	2.0	20	85	10	53	25	15	12	46	1.81
110647749--110647839	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
110647876--110647954	35	2.3	34	86	6	122	31	29	7	31	1.85
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110647903--110648065	48	3.4	48	93	0	290	31	28	6	33	1.83
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110648057--110648388	145	2.3	144	97	1	621	29	28	8	33	1.86
110663372--110663436	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
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110663551--110663641	27	3.2	28	82	4	94	23	26	18	31	1.97
110663541--110663655	55	2.1	56	82	8	137	20	24	20	34	1.96
110664624--110664673	20	2.7	19	84	9	59	64	4	4	28	1.30
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110671204--110671268	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
110671374--110671463	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
110671374--110671488	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
110672545--110672578	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
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110679412--110679498	37	2.3	36	90	5	138	25	33	20	20	1.97
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110683091--110683183	28	3.3	28	93	0	159	36	25	6	31	1.81
110683301--110683378	27	2.8	28	84	5	104	23	25	19	32	1.98
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110699118--110699323	40	5.2	39	80	5	202	25	26	21	26	2.00
110707183--110707388	40	5.2	39	83	2	209	25	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110707199--110707386	39	4.8	40	83	5	204	23	26	23	26	2.00
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110712865--110712981	55	2.1	55	82	3	137	21	25	26	26	1.99
110717060--110717158	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
110726136--110726167	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
110729980--110730242	77	3.4	78	79	11	242	21	35	3	39	1.69
110730865--110730890	12	2.2	12	100	0	52	19	0	7	73	1.07
110732612--110732683	24	3.0	24	74	10	67	27	2	5	63	1.30
110736828--110736910	43	1.9	43	85	0	112	38	24	9	27	1.86
110737407--110737446	19	2.0	20	86	13	57	37	0	0	62	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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