Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  405  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
126022552--126022590
18
2.2
18
90
0
60
33
0
0
66
0.92
126023696--126023735
2
20.0
2
94
0
71
47
0
0
52
1.00
126023750--126023908
61
2.8
55
77
13
153
44
16
6
32
1.74
126025858--126025974
35
3.4
35
96
1
209
18
51
10
19
1.75
126026369--126026394
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
126026479--126026512
11
3.1
11
88
12
52
0
52
0
47
1.00
126026474--126026515
18
2.5
17
84
7
50
0
52
0
47
1.00
126026477--126026514
11
3.4
11
83
16
51
0
52
0
47
1.00
126026960--126027198
3
77.0
3
73
14
132
31
3
5
59
1.37
126027378--126027432
22
2.5
23
77
13
62
43
0
3
52
1.18
126027415--126027487
33
2.3
30
82
11
92
36
5
2
54
1.38
126030322--126030359
17
2.2
17
86
9
51
65
21
0
13
1.26
126031620--126031668
19
2.5
20
81
12
57
20
4
2
73
1.10
126031677--126031728
12
4.6
11
79
11
52
17
7
1
73
1.16
126031789--126031871
3
28.0
3
76
9
73
28
2
6
62
1.31
126034776--126034801
12
2.2
12
100
0
52
34
7
19
38
1.80
126040130--126040224
3
32.3
3
87
12
144
66
1
0
32
0.99
126047681--126047749
3
24.0
3
83
14
92
63
1
0
34
1.03
126049455--126049534
41
1.9
42
85
7
110
23
26
31
18
1.98
126057143--126057183
2
21.5
2
90
9
68
48
0
0
51
1.00
126063168--126063266
44
2.2
44
89
0
144
24
22
16
37
1.93
126063191--126063295
44
2.4
44
81
0
120
27
25
17
29
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
126063770--126063874
42
2.5
43
81
3
124
20
21
22
34
1.97
126078979--126079220
119
2.0
119
100
0
484
24
17
27
30
1.97
126080747--126080804
29
2.0
30
82
3
73
50
8
1
39
1.43
126080758--126080805
20
2.5
19
83
10
53
54
6
2
37
1.38
126083405--126083462
31
2.0
29
83
10
73
58
3
0
37
1.15
126084268--126084301
17
1.9
18
88
5
52
50
0
0
50
1.00
126093572--126093732
80
2.0
80
96
0
295
36
17
13
32
1.88
126094098--126094145
18
2.5
20
83
10
64
45
10
10
33
1.72
126094342--126094410
24
2.8
23
76
10
66
34
11
24
28
1.91
126099390--126099432
17
2.5
17
80
3
50
44
4
6
44
1.52
126099853--126099904
15
3.3
15
74
10
50
71
1
19
7
1.20
126101420--126101496
39
2.0
39
92
0
127
33
25
7
32
1.85
126105702--126105970
50
5.6
46
73
13
177
24
28
18
27
1.98
126105846--126105971
49
2.7
46
86
7
157
27
29
15
26
1.96
126105702--126105977
145
1.9
147
83
4
362
24
29
18
27
1.98
126108717--126108802
34
2.5
34
86
0
109
29
22
18
30
1.97
126109174--126109259
27
3.2
27
84
0
109
33
19
11
34
1.88
126109252--126109351
27
3.7
27
82
0
119
38
16
15
31
1.89
126111773--126111866
29
3.2
29
69
19
77
29
25
20
24
1.99
126111872--126111955
31
2.7
31
90
1
134
28
26
17
27
1.98
126111979--126112070
42
2.2
42
96
0
166
32
20
16
30
1.95
126112217--126112286
25
2.8
25
89
4
97
24
24
25
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
126112590--126112619
15
2.0
15
100
0
60
13
26
33
26
1.93
126113224--126113325
27
3.8
27
74
12
84
32
7
16
43
1.77
126113306--126113430
27
4.7
27
84
4
164
30
8
20
40
1.81
126113282--126113430
54
2.8
53
80
9
169
30
8
19
42
1.80
126113306--126113463
54
2.9
54
81
3
185
30
10
19
39
1.86
126113302--126113470
27
6.3
27
75
14
109
30
11
20
37
1.88
126113466--126113611
27
5.4
26
87
2
175
39
5
26
29
1.78
126113462--126113612
54
2.8
53
86
3
212
39
5
25
29
1.79
126113569--126113650
40
2.1
38
84
4
101
39
8
25
26
1.85
126113608--126113673
26
2.5
26
82
2
87
39
10
22
27
1.87
126115982--126116065
31
2.7
31
94
1
143
28
27
16
27
1.97
126116089--126116180
42
2.2
42
96
0
166
33
20
14
31
1.92
126116323--126116396
25
3.0
26
88
5
100
28
24
22
24
2.00
126117168--126117357
27
7.0
27
75
11
115
33
10
16
39
1.82
126117168--126117338
54
3.1
54
78
5
182
33
11
16
38
1.84
126117235--126117390
81
1.9
81
81
5
190
32
10
16
40
1.83
126117389--126117542
27
5.7
27
86
3
213
37
7
26
27
1.84
126119663--126119709
19
2.3
20
76
20
53
38
4
17
40
1.69
126120017--126120084
28
2.3
28
85
7
82
41
0
4
54
1.20
126120287--126120313
8
3.4
8
100
0
54
77
11
11
0
0.99
126123089--126123200
36
3.1
36
79
2
118
33
13
16
36
1.87
126123089--126123200
18
6.2
18
70
12
77
33
13
16
36
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
126126060--126126095
5
6.8
5
90
9
54
80
0
2
16
0.83
126126060--126126096
16
2.2
17
95
4
67
81
0
2
16
0.81
126126060--126126095
11
3.4
10
88
11
54
80
0
2
16
0.83
126134309--126134394
30
2.9
30
78
11
88
29
19
17
33
1.95
126135978--126136020
12
3.5
13
93
6
72
76
6
4
11
1.13
126136320--126136357
20
1.9
20
84
10
51
71
0
26
2
1.00
126136321--126136361
17
2.3
17
87
8
55
70
0
26
2
0.99
126136384--126136430
18
2.5
19
83
10
53
61
4
21
12
1.48
126145567--126145645
40
2.0
40
85
5
106
18
18
29
32
1.96
126146937--126147464
258
2.0
258
93
0
903
27
16
28
27
1.97
126153011--126153086
40
1.9
40
94
0
134
13
18
35
32
1.89
126154132--126154213
32
2.6
30
84
11
94
41
3
6
48
1.45
126160006--126160032
14
1.9
14
100
0
54
66
7
14
11
1.43
126167020--126167058
13
3.0
13
92
0
69
66
0
10
23
1.22
126167062--126167091
10
3.0
10
100
0
60
30
0
30
40
1.57
126167229--126167308
21
3.8
21
77
1
79
15
21
22
41
1.90
126168376--126168405
13
2.3
13
94
0
51
83
0
0
16
0.65
126174876--126174929
24
2.2
24
83
0
63
51
7
3
37
1.48
126179146--126179172
9
3.0
9
100
0
54
55
0
0
44
0.99
126182873--126182924
15
3.5
15
91
0
86
40
34
7
17
1.78
126182942--126183006
21
2.9
23
80
17
82
41
38
12
7
1.71
126182944--126183019
24
3.3
23
75
14
77
40
36
13
9
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
126184456--126184481
3
8.7
3
100
0
52
69
0
30
0
0.89
126208759--126208783
1
25.0
1
100
0
50
0
0
0
100
0.00
126209520--126209550
2
15.5
2
100
0
62
0
51
0
48
1.00
126209619--126209649
6
5.3
6
96
3
55
0
19
12
67
1.22
126213445--126213490
22
2.0
23
87
8
67
54
0
0
45
0.99
126227891--126228138
40
6.2
40
90
2
367
22
28
24
25
1.99
126236027--126236276
40
6.2
40
91
1
385
22
28
24
25
1.99
126238056--126238132
24
3.2
24
81
1
82
25
23
11
38
1.89
126238284--126238340
20
2.8
20
72
2
60
33
7
19
40
1.78
126244983--126245016
17
2.0
17
88
0
50
70
0
0
29
0.87
126245269--126245314
23
2.1
23
84
8
60
43
15
4
36
1.66
126245269--126245345
22
3.7
21
77
14
70
40
16
6
36
1.75
126245299--126245396
35
2.7
37
87
12
150
35
16
10
37
1.82
126245306--126245396
19
4.9
19
92
8
161
36
15
10
37
1.83
126245744--126245942
45
4.5
45
82
4
233
24
26
15
33
1.95
126245761--126245926
89
1.9
88
87
3
244
25
28
15
30
1.95
126245956--126246248
78
3.8
78
87
1
381
26
23
18
31
1.97
126254923--126254957
18
2.0
18
88
5
54
68
0
0
31
0.90
126255211--126255286
22
3.7
21
76
15
68
40
17
6
35
1.75
126255247--126255301
18
2.9
19
94
5
103
36
16
10
36
1.84
126260224--126260262
15
2.6
15
88
11
62
41
0
0
58
0.98
126260224--126260263
16
2.6
16
92
7
66
42
0
0
57
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
126263086--126263180
35
2.7
35
96
0
172
28
9
26
35
1.88
126263086--126263258
77
2.4
75
82
9
198
32
10
23
32
1.89
126263090--126263256
35
4.6
35
81
11
158
32
11
22
32
1.90
126265747--126265784
5
7.6
5
100
0
76
21
0
0
78
0.74
126266407--126266628
110
2.0
111
98
0
428
40
20
13
25
1.88
126266437--126266609
55
3.1
55
64
15
149
41
21
12
24
1.88
126269482--126269764
131
2.2
132
87
1
408
31
19
16
32
1.94
126269482--126269838
131
2.7
131
83
4
346
29
19
18
32
1.95
126274039--126274099
16
3.3
18
73
15
54
36
1
0
62
1.05
126274050--126274091
16
2.4
18
84
7
61
35
0
0
64
0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438