genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  89  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24446400--24446551	37	4.1	37	88	3	243	28	18	29	23	1.98
24446392--24446551	74	2.2	74	93	2	268	26	18	30	23	1.98
24452244--24452414	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
24460277--24460461	40	4.6	40	81	5	167	27	22	25	24	2.00
24462185--24462299	45	2.6	45	83	6	146	26	26	21	25	2.00
24467942--24468026	43	2.0	43	81	9	102	30	28	16	24	1.96
24472602--24472647	19	2.4	19	85	0	56	52	0	8	39	1.33
24474442--24474510	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
24476163--24476231	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
24483592--24483799	40	5.2	40	84	0	236	25	22	26	25	2.00
24491534--24491740	40	5.2	40	83	0	227	25	22	26	25	2.00
24495526--24495593	30	2.3	30	100	0	136	30	30	20	17	1.96
24495526--24495601	30	2.6	29	91	4	100	32	30	19	17	1.95
24495651--24495683	14	2.4	14	90	5	50	12	36	9	42	1.74
24501415--24501444	15	2.0	15	100	0	60	13	26	20	40	1.89
24501472--24501598	68	1.9	68	81	6	159	23	27	14	33	1.94
24503168--24503334	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
24503168--24503334	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
24504159--24504204	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
24511228--24511329	40	2.6	39	82	1	114	20	28	22	28	1.99
24512976--24513117	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
24513015--24513143	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24520984--24521125	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
24521023--24521151	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
24526278--24526426	46	3.2	44	79	12	133	24	32	18	24	1.97
24526350--24526520	46	3.7	45	74	9	157	22	30	19	27	1.98
24536376--24536537	44	3.8	42	77	10	132	22	16	27	33	1.96
24537110--24537139	12	2.5	12	100	0	60	36	6	23	33	1.81
24537365--24537413	21	2.2	23	85	7	66	30	0	26	42	1.55
24541954--24542019	20	3.2	20	75	14	64	12	27	19	40	1.87
24565206--24565388	39	4.7	39	91	3	305	26	20	29	22	1.99
24567856--24567918	31	2.0	30	81	9	72	57	14	0	28	1.38
24569921--24569974	20	2.7	20	82	0	63	38	18	7	35	1.79
24570498--24570533	17	2.1	17	100	0	72	47	11	0	41	1.39
24572993--24573105	23	4.9	23	80	9	124	34	20	23	22	1.97
24572991--24573105	45	2.5	44	86	8	151	33	20	23	22	1.97
24573265--24573320	23	2.5	24	83	11	66	46	14	0	39	1.44
24592456--24592480	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
24602378--24602553	46	3.8	46	74	12	171	28	28	20	22	1.98
24602387--24602557	93	1.8	93	89	0	270	27	29	20	22	1.99
24610264--24610435	93	1.8	93	93	0	299	27	29	22	20	1.98
24610257--24610435	46	3.9	46	81	10	220	27	29	21	20	1.98
24613040--24613251	46	4.5	48	76	14	180	26	17	30	25	1.97
24613040--24613255	47	4.6	48	76	16	181	26	17	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24619243--24619400	42	3.7	43	77	12	164	24	20	25	29	1.99
24621402--24621442	10	4.0	10	84	6	55	29	9	19	41	1.83
24627255--24627461	79	2.6	80	80	4	213	27	22	25	25	2.00
24627257--24627461	40	5.2	40	80	4	200	26	21	25	25	2.00
24628892--24629073	67	2.8	64	78	10	194	29	18	29	22	1.97
24628868--24629021	67	2.3	64	83	7	182	32	16	28	22	1.96
24635230--24635273	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
24637918--24638083	43	3.9	43	77	10	162	31	25	16	26	1.96
24638719--24638780	18	3.6	18	79	16	85	46	22	1	29	1.61
24638712--24638782	34	2.1	34	100	0	142	47	19	2	29	1.64
24638712--24638762	16	3.1	16	74	20	59	49	17	3	29	1.65
24640141--24640191	20	2.7	19	82	14	54	43	0	19	37	1.51
24642172--24642202	15	2.1	15	93	0	53	22	16	12	48	1.80
24646510--24646560	20	2.7	19	82	14	54	43	0	19	37	1.51
24648513--24648546	16	2.0	18	88	11	54	52	11	11	23	1.70
24649087--24649245	45	3.6	45	77	6	155	26	25	22	25	2.00
24652118--24652149	14	2.3	14	94	0	55	37	28	28	6	1.81
24656942--24657072	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
24656942--24657072	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
24664935--24665087	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
24664936--24665117	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
24673020--24673171	39	3.9	39	89	6	236	23	21	30	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24673021--24673171	77	1.9	79	93	2	261	23	21	30	24	1.99
24673027--24673201	39	4.5	40	87	5	162	23	22	30	22	1.99
24675164--24675261	44	2.3	43	79	8	110	31	25	16	26	1.96
24679905--24679937	17	2.1	17	88	11	52	12	18	45	24	1.83
24680833--24680868	18	2.0	18	88	0	54	47	5	5	41	1.50
24688308--24688341	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
24689108--24689302	39	5.0	39	93	2	295	20	21	27	31	1.98
24689434--24689469	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
24692156--24692254	42	2.3	43	83	10	114	32	25	18	24	1.97
24696053--24696153	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
24696053--24696229	40	4.5	40	82	4	180	28	22	25	23	1.99
24703517--24703617	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
24703517--24703698	40	4.6	40	82	4	181	28	22	26	23	1.99
24716656--24716820	40	4.2	40	79	5	167	24	27	22	26	2.00
24716672--24716819	78	1.9	77	83	6	192	23	27	22	25	2.00
24724665--24724829	40	4.2	40	79	5	167	24	27	22	26	2.00
24724681--24724828	78	1.9	77	83	6	192	23	27	22	25	2.00
24741996--24742042	24	2.0	24	91	0	76	34	25	14	25	1.94
24742079--24742143	20	3.2	20	93	0	112	32	12	23	32	1.91
24742194--24742315	23	5.3	23	93	1	199	29	19	19	31	1.97
24742528--24742591	31	2.1	31	90	0	101	39	14	23	23	1.91
24751876--24751947	25	3.0	24	78	13	67	26	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24752167--24752316	27	5.6	27	85	0	201	22	19	20	37	1.94
24752167--24752308	54	2.6	54	92	0	230	22	20	20	36	1.95
24752175--24752341	54	3.1	53	87	3	183	24	16	20	37	1.93
24752167--24752343	81	2.2	81	81	4	205	23	16	20	38	1.93
24752298--24752479	27	6.8	27	83	3	233	28	6	23	41	1.79
24752299--24752538	27	8.9	27	75	13	140	29	7	24	38	1.83
24752704--24752738	18	2.0	18	94	5	63	17	37	28	17	1.92
24754950--24754987	19	2.0	19	89	0	58	36	23	28	10	1.88
24759624--24759677	27	2.0	27	88	0	81	42	7	11	38	1.68
24763346--24763466	43	2.9	41	74	6	107	28	22	14	33	1.94
24775849--24775978	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
24775849--24776012	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
24775984--24776318	124	2.7	124	94	1	568	32	23	12	31	1.92
24785203--24785227	10	2.5	10	100	0	50	52	0	8	40	1.31
24785477--24785555	39	2.1	38	85	7	106	26	24	22	26	2.00
24786900--24786937	20	1.9	20	84	10	51	52	23	0	23	1.47
24788017--24788055	19	1.9	21	85	15	55	33	17	33	15	1.92
24790484--24790579	42	2.3	42	83	1	111	32	25	18	23	1.97
24797458--24797821	47	7.7	47	91	3	541	32	7	30	29	1.85
24799928--24800159	40	5.8	40	95	0	383	25	21	27	25	1.99
24802708--24802879	86	2.0	86	98	0	335	31	9	24	34	1.87
24802944--24803357	98	4.3	94	93	3	632	33	7	29	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24802944--24803357	47	8.7	47	93	4	632	33	7	29	28	1.86
24803207--24803282	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
24802944--24803357	191	2.2	189	90	3	634	33	7	29	28	1.86
24807507--24807535	14	2.1	14	100	0	58	37	34	0	27	1.57
24808170--24808445	49	5.7	49	78	8	278	25	27	19	27	1.99
24808170--24808447	97	2.9	98	86	4	359	24	27	19	27	1.99
24810318--24810489	31	5.5	31	74	13	129	50	13	18	18	1.79
24810348--24810439	25	3.8	25	78	5	91	52	15	16	16	1.76
24810318--24810439	37	3.3	37	79	4	113	51	13	18	16	1.76
24810330--24810489	62	2.6	62	89	0	248	49	13	18	18	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438