genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  315  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98549897--98549967	23	3.1	23	79	0	70	25	22	18	33	1.96
98549907--98550005	23	4.3	23	70	8	69	26	20	21	32	1.97
98549975--98550029	24	2.5	20	76	21	56	29	20	18	32	1.96
98549907--98550006	46	2.2	46	85	1	130	26	21	21	32	1.98
98562341--98562425	29	3.0	28	87	3	93	23	15	34	27	1.95
98562358--98562425	28	2.4	29	92	2	111	25	14	32	27	1.95
98563103--98563128	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
98564000--98564041	22	1.9	21	81	18	50	26	0	26	47	1.52
98564003--98565173	597	2.0	596	96	0	2171	28	18	19	33	1.95
98569480--98569527	25	1.9	25	83	8	62	29	4	0	66	1.10
98572487--98572579	21	4.4	21	69	0	69	33	22	29	15	1.94
98572566--98572627	21	2.9	22	73	7	65	32	24	30	12	1.93
98575074--98575221	40	3.7	40	82	3	172	25	22	27	23	2.00
98575074--98575242	80	2.1	80	83	4	207	25	21	27	25	2.00
98578488--98578579	38	2.4	38	83	7	107	54	7	2	35	1.41
98583066--98583195	66	2.0	66	96	0	242	32	23	16	26	1.96
98584960--98584992	13	2.6	13	95	4	59	39	6	0	54	1.25
98586696--98586918	119	1.9	119	96	0	410	43	17	22	15	1.87
98599286--98599327	21	2.0	21	95	0	75	35	16	0	47	1.47
98603031--98603203	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
98603028--98603198	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
98610593--98610765	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98610593--98610762	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
98616651--98616878	46	5.0	46	91	1	323	22	23	14	39	1.91
98618806--98618844	20	1.9	21	84	5	53	0	20	0	79	0.73
98623470--98623675	40	5.2	40	83	2	211	24	19	28	27	1.99
98631514--98631582	34	2.0	34	100	0	138	23	11	28	36	1.90
98633499--98633638	70	2.0	70	95	0	253	33	25	22	18	1.97
98642669--98642703	17	2.1	17	94	0	61	37	2	11	48	1.54
98643874--98643900	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
98650375--98650579	102	2.0	102	98	1	394	41	5	19	33	1.75
98650896--98650966	22	3.2	22	84	7	90	26	21	15	36	1.93
98650851--98650961	23	4.8	23	76	11	104	25	21	18	35	1.95
98655027--98655295	46	5.8	46	75	14	257	21	21	28	28	1.99
98655023--98655287	93	2.8	93	94	0	458	21	21	28	27	1.99
98655073--98655241	47	3.6	47	77	13	186	21	21	28	28	1.98
98672462--98672500	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
98672799--98672866	26	2.6	26	97	0	127	23	23	29	23	1.99
98676577--98676635	27	2.1	28	90	3	93	37	1	0	61	1.07
98676596--98676669	22	3.5	22	76	10	73	37	0	1	60	1.05
98677190--98677248	28	2.1	28	81	6	66	52	3	1	42	1.28
98683370--98683403	13	2.5	14	90	4	52	29	20	5	44	1.75
98688613--98688987	96	3.9	94	81	5	448	24	28	18	29	1.98
98688619--98688997	144	2.6	144	85	1	499	25	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98688619--98688980	48	7.5	48	83	2	406	24	27	18	29	1.98
98691801--98691840	20	2.0	21	85	5	55	42	0	20	37	1.52
98692486--98692696	48	4.5	48	79	8	211	31	19	26	22	1.98
98692486--98692801	93	3.3	94	79	8	284	31	19	25	22	1.98
98708275--98708452	40	4.5	40	87	3	227	23	22	28	26	1.99
98714954--98715026	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
98715117--98715155	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
98717236--98717601	144	2.5	144	85	3	486	23	27	19	29	1.98
98717236--98717613	48	7.9	48	81	5	354	23	27	19	29	1.98
98720344--98720385	18	2.4	17	84	11	57	7	21	2	69	1.25
98741660--98741703	18	2.4	17	82	14	52	65	0	2	31	1.05
98746171--98746432	46	5.6	46	75	13	207	23	28	18	30	1.97
98746170--98746437	94	2.8	93	77	10	296	23	28	17	29	1.97
98746171--98746427	140	1.8	140	83	7	342	23	28	18	30	1.97
98750818--98750986	46	3.6	48	74	15	133	26	29	16	27	1.97
98756639--98756811	47	3.7	47	95	0	310	24	30	18	26	1.98
98756831--98756997	46	3.6	46	74	18	173	25	26	16	30	1.97
98760627--98760830	40	5.1	40	83	2	221	25	22	26	25	2.00
98761764--98761794	15	2.1	15	100	0	62	38	6	6	48	1.55
98768606--98768792	40	4.7	40	82	2	207	26	23	26	24	2.00
98768606--98768807	81	2.6	77	84	4	226	25	22	26	25	2.00
98776545--98776748	40	5.1	40	84	2	230	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98778914--98779076	48	3.4	48	77	9	188	30	16	26	25	1.97
98780043--98780125	35	2.4	35	81	0	94	30	21	26	21	1.99
98781510--98781548	18	2.2	18	90	0	60	41	10	28	20	1.85
98783265--98783459	40	4.9	39	82	6	205	26	27	21	25	1.99
98783265--98783459	80	2.4	79	82	4	230	26	27	21	25	1.99
98783285--98783459	40	4.4	40	88	1	226	25	28	21	25	1.99
98786680--98786790	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
98787547--98787579	4	8.2	4	90	10	50	0	24	0	75	0.80
98793207--98793317	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
98794081--98794109	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
98800609--98800637	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
98804061--98804142	42	2.0	42	97	0	155	32	7	24	35	1.83
98809577--98809619	12	3.7	11	81	9	50	62	2	0	34	1.08
98813049--98813096	24	1.9	24	87	8	69	68	4	0	27	1.07
98821467--98821501	15	2.4	15	90	4	54	25	2	0	71	1.00
98821557--98821598	21	2.0	21	90	4	66	2	21	0	76	0.90
98821557--98821611	27	2.0	28	82	10	69	3	20	3	72	1.15
98823103--98823170	32	2.1	32	97	0	127	41	19	16	23	1.90
98825138--98825256	49	2.4	49	81	4	123	15	24	36	23	1.94
98829359--98829509	43	3.5	42	77	2	149	29	13	22	33	1.93
98837121--98837219	40	2.3	44	81	6	116	30	28	15	26	1.96
98843939--98843984	23	2.0	22	87	4	65	36	17	6	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98843963--98844085	17	6.8	19	86	10	186	37	13	12	36	1.83
98843963--98844080	35	3.3	35	87	8	166	37	13	12	36	1.83
98843963--98844085	54	2.3	54	97	0	228	37	13	12	36	1.83
98844471--98844847	87	4.3	87	68	17	251	27	23	17	31	1.97
98844660--98844742	43	1.9	43	82	2	103	26	27	15	30	1.96
98844383--98844873	261	1.9	256	89	2	759	26	22	17	32	1.97
98844705--98845452	200	3.7	201	94	1	1277	28	22	18	31	1.97
98846396--98846456	7	8.9	7	82	10	81	0	14	0	85	0.60
98846396--98846467	21	3.5	22	83	9	89	0	15	0	84	0.62
98846402--98846466	15	4.4	15	86	7	80	0	15	0	84	0.62
98846396--98846467	14	5.2	13	82	11	81	0	15	0	84	0.62
98848489--98848941	40	11.5	39	86	2	476	28	28	22	20	1.99
98848453--98848958	79	6.4	80	82	1	563	28	27	22	21	1.99
98848497--98848941	158	2.8	157	90	2	642	28	27	22	21	1.99
98848528--98848951	119	3.6	119	87	1	625	27	28	22	21	1.99
98850761--98850950	40	4.7	40	86	0	227	26	22	26	24	2.00
98850761--98850974	80	2.7	79	80	5	232	26	23	25	23	2.00
98858249--98858307	25	2.4	25	97	0	109	33	30	13	22	1.92
98858825--98859014	40	4.7	40	85	0	227	25	22	27	24	2.00
98858825--98859038	80	2.7	79	80	5	232	26	23	26	24	2.00
98858825--98859038	40	5.3	39	82	7	207	26	23	26	24	2.00
98858891--98859056	80	2.1	80	80	2	181	29	23	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98864020--98864186	46	3.6	47	74	16	159	34	31	13	20	1.92
98870382--98870457	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
98870418--98870540	17	6.8	19	85	10	186	37	14	10	37	1.81
98870418--98870540	54	2.3	54	97	0	228	37	14	10	37	1.81
98870418--98870537	35	3.3	36	85	6	172	37	15	10	36	1.82
98871467--98871682	45	4.6	48	79	11	209	29	19	30	21	1.97
98873421--98873487	28	2.4	28	87	5	91	29	14	23	31	1.95
98877089--98877280	79	2.4	80	81	6	212	25	27	22	25	2.00
98877089--98877280	40	4.8	39	78	6	163	25	27	22	25	2.00
98893806--98893832	11	2.5	11	100	0	54	25	29	25	18	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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