genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  282  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88246407--88246648	40	6.1	39	88	3	243	26	24	20	28	1.99
88246440--88246648	80	2.6	80	94	0	373	26	23	20	29	1.99
88248559--88248641	37	2.2	37	89	0	121	20	31	22	25	1.98
88248759--88249666	47	19.3	47	95	0	1519	27	30	9	32	1.88
88248809--88248887	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
88256240--88256279	10	3.9	10	87	6	62	30	17	22	30	1.97
88256324--88256401	25	3.2	25	81	1	95	32	19	19	29	1.96
88264120--88264159	10	3.9	10	93	6	71	32	17	20	30	1.95
88264119--88264159	21	2.0	21	100	0	82	34	17	19	29	1.94
88264204--88264274	25	2.8	25	89	0	115	26	23	22	26	2.00
88264491--88264573	30	2.7	31	94	3	143	33	18	25	22	1.96
88266325--88266349	13	1.9	13	100	0	50	8	16	32	44	1.76
88273184--88273313	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
88273200--88273351	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
88273200--88273349	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
88275850--88275920	30	2.4	30	83	2	90	28	18	16	36	1.93
88283292--88283353	20	3.1	19	68	11	52	38	16	14	30	1.88
88283470--88283598	23	5.5	24	73	16	92	34	19	22	24	1.97
88283492--88283633	45	3.0	43	78	12	124	35	18	22	23	1.96
88285287--88285462	68	2.6	67	77	13	148	21	27	17	34	1.95
88287341--88287420	40	2.0	40	97	0	151	33	20	13	32	1.91
88287610--88287767	57	2.7	58	72	4	149	35	17	16	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88297957--88298004	23	2.1	23	85	11	64	56	22	4	16	1.58
88315750--88316190	221	2.0	221	99	0	873	35	16	15	31	1.91
88319148--88319252	43	2.4	43	77	0	111	33	23	14	28	1.94
88320955--88321084	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
88320971--88321122	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
88320971--88321120	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
88328953--88329082	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
88328969--88329120	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
88328969--88329118	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
88333177--88333306	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
88333193--88333344	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
88333193--88333342	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
88341084--88341144	30	2.0	30	83	0	77	31	24	6	37	1.81
88345541--88345663	43	2.9	43	77	7	119	29	24	16	30	1.96
88349429--88349601	43	4.1	42	77	13	156	27	12	25	35	1.91
88356613--88356759	43	3.4	43	80	0	159	26	16	23	33	1.96
88356603--88356767	43	3.8	43	77	3	152	27	16	24	32	1.96
88357121--88357186	33	2.0	33	96	0	123	31	21	22	24	1.98
88363409--88363464	26	2.2	26	93	0	94	23	14	10	51	1.73
88363944--88364137	96	2.0	96	100	0	388	27	23	25	23	2.00
88365969--88366140	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
88365961--88366136	46	3.8	46	80	10	205	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88370613--88370802	39	4.8	39	90	1	290	23	22	28	24	1.99
88370609--88370795	79	2.4	79	88	2	295	24	22	27	25	2.00
88370609--88370828	79	2.8	78	83	5	282	25	21	27	25	1.99
88377767--88377922	40	3.9	40	88	5	235	24	23	28	23	1.99
88381850--88382019	46	3.7	46	78	4	189	29	27	20	22	1.98
88394783--88394954	46	3.8	44	78	12	134	27	18	29	25	1.98
88394735--88394956	47	4.8	46	75	11	170	27	18	29	24	1.98
88399039--88399141	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
88407123--88407225	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
88413805--88413907	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
88421881--88421983	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
88424042--88424257	39	5.5	40	88	4	298	24	22	28	25	1.99
88424038--88424257	79	2.8	79	84	8	297	25	21	28	25	1.99
88429091--88429121	5	6.0	5	96	3	53	19	3	0	77	0.90
88437874--88438044	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
88443214--88443367	27	5.5	27	80	4	164	28	15	25	30	1.96
88443264--88443367	55	1.9	55	97	0	199	26	14	24	34	1.94
88456664--88456699	17	2.2	16	90	5	54	36	8	22	33	1.84
88457759--88457943	61	2.9	61	79	13	196	22	22	18	36	1.95
88457752--88457971	67	3.4	62	76	15	205	23	24	16	35	1.95
88467545--88467570	13	2.0	13	100	0	52	15	30	46	7	1.74
88471174--88471264	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88471278--88471663	47	8.2	47	91	0	529	26	28	11	33	1.91
88471375--88471450	22	3.3	22	65	28	59	25	30	13	31	1.93
88471495--88471568	23	3.2	23	62	24	55	31	28	12	28	1.93
88475357--88475526	46	3.7	46	79	7	209	28	30	20	20	1.97
88475365--88475536	93	1.8	93	93	0	299	27	30	21	20	1.98
88475408--88475551	46	3.1	45	70	15	114	28	29	20	20	1.98
88478558--88478596	7	5.9	7	93	6	64	15	0	0	84	0.62
88478558--88478594	6	5.8	6	96	3	56	13	0	0	86	0.57
88478558--88478596	13	3.0	13	85	14	62	15	0	0	84	0.62
88490597--88490697	28	3.5	28	83	6	105	28	14	26	29	1.95
88490626--88490697	29	2.5	28	88	6	101	29	15	26	29	1.96
88497517--88497595	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
88505175--88505212	16	2.4	16	86	0	58	55	21	15	7	1.66
88505440--88505570	28	4.6	28	75	11	124	29	14	32	24	1.94
88506897--88506926	14	2.1	14	93	0	51	33	0	13	53	1.40
88506832--88507281	232	1.9	232	96	0	830	30	12	18	39	1.88
88507361--88507429	34	2.0	34	100	0	138	20	8	20	50	1.74
88507799--88507839	22	1.9	22	90	5	66	4	26	31	36	1.78
88508092--88508134	21	2.0	21	82	8	52	30	2	23	44	1.66
88510226--88510335	40	2.7	41	86	8	138	20	28	27	24	1.99
88513395--88513481	26	3.3	26	82	7	106	27	22	21	27	1.99
88513410--88513491	26	3.2	24	79	10	83	29	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88518860--88518895	8	4.4	8	89	3	54	50	22	22	5	1.70
88518861--88518895	16	2.2	16	100	0	70	48	22	22	5	1.72
88519106--88519166	29	2.1	28	93	3	104	26	16	29	27	1.97
88519118--88519199	29	2.8	29	84	0	92	26	17	28	28	1.97
88525877--88525912	16	2.2	17	90	5	56	52	30	5	11	1.59
88526456--88526529	33	2.2	33	92	0	121	41	28	6	22	1.79
88527433--88527543	58	1.9	57	88	1	168	27	14	29	28	1.95
88527420--88527534	29	4.0	29	85	6	146	26	13	29	29	1.95
88531955--88532065	57	1.9	57	88	1	168	27	16	29	27	1.97
88531942--88532056	29	4.0	29	85	6	146	26	15	29	27	1.96
88537537--88537603	33	2.0	33	97	0	125	38	8	13	38	1.76
88544989--88545020	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
88547558--88547588	15	2.1	15	93	0	53	35	12	19	32	1.90
88551262--88551442	44	4.2	42	80	5	127	32	21	17	28	1.96
88551305--88551419	44	2.7	44	85	5	146	33	21	17	26	1.96
88555088--88555135	21	2.3	21	92	0	78	33	4	35	27	1.76
88555088--88555142	18	2.9	18	83	8	56	34	5	34	25	1.79
88558338--88558458	64	1.9	64	86	6	174	41	14	9	34	1.78
88558344--88558478	64	2.1	64	82	5	157	40	19	8	32	1.81
88562436--88562544	42	2.6	42	81	7	123	30	21	19	29	1.97
88563783--88563814	15	2.1	15	100	0	64	37	12	6	43	1.68
88565875--88566030	42	3.7	41	84	3	204	30	15	24	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88565875--88566030	85	1.8	84	89	4	242	30	15	24	30	1.95
88568780--88568914	40	3.4	41	85	6	143	25	25	25	22	2.00
88571267--88571292	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
88572273--88572358	29	3.0	29	86	1	120	25	13	24	36	1.93
88572273--88572380	57	1.9	57	81	7	130	26	12	27	32	1.93
88575061--88575371	54	5.8	54	83	4	326	38	21	9	30	1.86
88575061--88575428	81	4.6	80	80	5	316	37	21	9	31	1.85
88575061--88575389	27	12.3	27	81	6	296	37	20	9	31	1.85
88575418--88575820	27	15.0	27	89	1	513	36	18	20	24	1.95
88576104--88576222	27	4.5	26	87	5	157	15	23	22	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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