genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  98  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27619795--27620000	98	2.1	98	86	3	281	39	18	15	26	1.91
27619886--27620232	126	2.7	126	88	4	527	38	17	16	27	1.91
27623711--27623754	18	2.4	18	88	0	61	45	9	25	20	1.80
27630098--27630163	29	2.3	28	79	10	71	30	10	15	43	1.80
27632562--27632743	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
27632562--27632743	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
27640098--27640279	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
27640098--27640279	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
27642981--27643006	13	2.0	13	100	0	52	53	23	0	23	1.46
27648809--27648936	42	3.0	41	84	10	161	14	22	17	46	1.83
27648812--27648957	21	7.0	21	66	12	68	15	23	17	44	1.86
27648825--27648967	42	3.4	41	80	6	137	15	23	16	45	1.84
27653727--27653752	9	2.9	9	100	0	52	23	0	0	76	0.78
27656350--27656640	145	2.0	145	95	0	528	32	23	10	33	1.89
27657285--27657337	13	4.1	12	83	13	61	35	1	15	47	1.56
27662443--27662473	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
27663192--27663234	21	2.0	21	90	0	68	25	11	0	62	1.29
27665190--27665264	38	2.0	38	91	0	123	48	13	18	20	1.81
27665288--27665320	16	2.1	16	88	5	50	45	9	21	24	1.80
27665359--27665407	18	2.7	19	79	17	59	32	4	16	46	1.65
27668574--27668621	24	2.0	24	100	0	96	25	4	12	58	1.52
27669838--27669882	20	2.2	20	88	7	65	42	13	13	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27675019--27675073	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
27675137--27675204	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
27675222--27675355	25	5.6	25	70	16	77	56	2	5	35	1.37
27675306--27675349	13	3.2	14	78	15	56	63	0	2	34	1.07
27675308--27675352	15	3.2	15	76	23	53	64	0	2	33	1.06
27675622--27675660	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
27677553--27677796	40	6.1	40	90	0	355	22	20	29	27	1.98
27685779--27685986	40	5.2	40	90	1	303	23	21	28	26	1.99
27688274--27688481	40	5.2	40	83	3	231	25	25	22	26	2.00
27696217--27696424	40	5.2	40	83	3	231	25	25	22	26	2.00
27701207--27701304	33	2.9	34	82	10	114	22	24	24	28	1.99
27701998--27702023	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
27702491--27702523	13	2.4	14	90	5	50	18	0	6	75	1.00
27703502--27703606	54	1.9	54	94	0	183	22	26	26	23	2.00
27707388--27707424	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
27708310--27708340	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
27712007--27712084	22	3.5	22	96	0	138	14	35	33	16	1.89
27714395--27714518	40	3.1	40	80	2	124	21	28	24	25	1.99
27722405--27722534	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
27722405--27722567	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
27724883--27725116	40	5.8	41	78	5	226	19	28	15	37	1.92
27724924--27725026	20	5.0	21	65	19	56	19	28	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27724884--27725110	81	2.8	80	80	5	244	19	28	15	36	1.93
27728032--27728088	30	1.9	30	100	0	114	24	7	26	42	1.80
27729307--27729366	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
27735953--27736013	30	2.1	29	90	3	95	36	21	14	27	1.93
27743773--27743913	37	3.8	37	93	0	219	24	29	19	25	1.99
27744053--27744502	48	9.4	48	96	0	756	30	29	5	34	1.81
27747024--27747073	6	8.2	6	80	10	57	78	2	20	0	0.86
27747025--27747081	24	2.4	24	82	5	71	77	1	19	1	0.95
27747026--27747092	14	4.5	15	75	15	59	74	1	22	1	0.98
27747042--27747084	17	2.4	18	82	17	63	76	0	20	2	0.89
27747025--27747081	14	3.5	17	79	18	68	77	1	19	1	0.95
27750119--27750193	20	3.4	20	67	22	60	29	6	9	54	1.58
27750120--27750228	47	2.3	47	93	0	182	30	9	9	51	1.65
27754001--27754122	51	2.4	49	84	9	149	30	29	14	25	1.95
27758599--27758745	42	3.5	42	81	3	161	29	17	21	31	1.96
27768675--27768719	20	2.2	20	92	0	72	31	13	20	35	1.91
27769976--27770043	21	3.2	21	72	4	64	44	8	25	22	1.81
27769968--27770030	21	2.9	22	73	4	74	47	3	25	23	1.66
27772607--27772861	55	4.8	54	80	7	247	22	25	16	35	1.95
27772652--27772854	108	1.9	110	86	4	295	24	24	17	33	1.96
27782664--27782763	39	2.6	38	79	4	103	39	7	10	44	1.65
27786744--27786789	19	2.4	19	96	0	83	39	15	19	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27801530--27801705	46	3.8	45	79	12	205	20	20	29	29	1.98
27801527--27801698	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
27804497--27804529	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
27805411--27805436	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
27808873--27809125	127	2.0	124	90	3	391	40	4	9	45	1.56
27809554--27809648	46	2.0	47	89	4	147	24	14	4	56	1.56
27813020--27813266	51	4.8	51	93	1	397	31	26	12	30	1.92
27813290--27813434	28	5.5	28	78	12	162	26	22	13	36	1.92
27813290--27813429	52	2.7	53	81	8	164	25	22	14	37	1.92
27814820--27815142	48	6.8	47	75	11	184	28	19	27	24	1.98
27814820--27815138	142	2.2	139	83	8	367	28	19	27	24	1.98
27816272--27816310	21	1.9	21	89	5	62	10	35	30	23	1.88
27822542--27822808	48	5.8	47	76	14	231	27	20	28	23	1.99
27822582--27822803	92	2.4	89	77	16	247	27	19	29	23	1.98
27822541--27822806	142	1.9	139	84	8	355	27	20	28	23	1.99
27824223--27824263	22	1.9	21	85	5	55	14	26	46	12	1.80
27825338--27825561	46	4.8	45	78	10	204	22	29	19	27	1.98
27825435--27825561	47	2.7	46	83	9	168	22	30	18	28	1.97
27828296--27828331	17	2.1	18	89	5	56	66	2	25	5	1.27
27838171--27838271	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
27846115--27846215	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
27847607--27847867	105	2.6	102	78	9	246	31	17	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27851047--27851076	16	1.9	15	93	6	51	40	33	0	26	1.57
27852622--27852708	27	3.2	27	88	9	133	34	24	24	17	1.96
27854328--27854435	26	4.2	26	91	0	180	37	24	7	31	1.83
27856468--27856529	20	3.1	20	83	0	79	41	24	27	6	1.79
27857401--27857446	11	4.4	10	81	10	56	36	8	0	54	1.32
27860914--27860975	25	2.5	25	97	0	115	35	11	3	50	1.55
27861882--27861949	28	2.5	28	85	2	84	20	17	5	55	1.62
27862067--27862103	14	2.4	16	78	17	51	43	0	2	54	1.14
27864779--27864858	25	3.2	25	76	5	72	23	17	23	35	1.96
27867463--27867532	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
27882307--27882473	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
27883994--27884161	40	4.2	40	91	2	259	23	22	27	25	2.00
27887259--27887515	46	5.7	46	69	18	157	22	19	29	28	1.98
27887269--27887508	88	2.7	91	87	9	361	22	20	29	27	1.99
27889777--27889822	23	2.0	23	100	0	92	17	17	17	47	1.83
27890213--27890269	30	1.9	29	89	3	87	10	15	17	56	1.67
27892696--27893053	46	7.7	46	70	12	257	22	19	28	29	1.98
27892689--27893038	93	3.8	93	91	3	553	23	19	28	28	1.98
27897294--27897369	33	2.3	34	88	8	113	28	23	21	26	1.99
27899426--27899690	131	2.0	132	97	0	496	36	20	14	27	1.92
27903739--27903829	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
27903925--27904240	49	6.5	49	94	2	498	29	30	8	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27907784--27908027	29	8.4	29	98	0	454	25	31	16	26	1.97
27907779--27908059	87	3.2	86	91	3	404	25	30	17	26	1.97
27910112--27910202	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
27910298--27910663	49	7.5	49	94	2	587	30	30	8	30	1.87
27910585--27910659	23	3.2	23	65	22	57	26	33	12	28	1.92
27916188--27916239	27	1.9	27	88	0	77	30	17	17	34	1.93
27924177--27924227	16	3.2	16	82	0	57	50	17	21	9	1.74
27924177--27924222	24	1.9	24	90	0	74	50	19	21	8	1.75
27924443--27924557	29	4.0	29	74	5	108	28	13	31	26	1.93
27931870--27931900	16	1.9	16	100	0	62	51	19	19	9	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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