genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18366520--18366553	17	1.9	18	88	5	52	14	29	38	17	1.90
18368279--18368303	11	2.3	11	100	0	50	32	0	20	48	1.50
18368489--18368771	138	2.1	138	93	0	476	38	10	18	32	1.85
18369585--18369703	44	2.7	43	79	6	123	18	15	31	35	1.92
18380775--18380814	21	2.0	21	90	5	64	32	0	22	45	1.53
18386278--18386306	14	2.1	14	93	6	51	6	20	0	72	1.07
18391502--18391608	39	2.8	39	83	7	112	35	18	14	31	1.91
18397937--18398108	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
18397930--18398105	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
18405074--18405245	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
18405067--18405242	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
18408034--18408193	43	3.7	43	78	5	153	32	26	16	25	1.96
18408086--18408193	44	2.5	42	77	4	108	33	27	15	23	1.95
18410858--18410888	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
18411139--18411515	48	7.9	48	78	2	335	23	28	19	28	1.98
18411139--18411507	144	2.6	143	77	9	381	23	28	19	28	1.98
18413426--18413593	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
18413442--18413591	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
18420807--18420952	40	3.8	38	79	10	122	21	28	23	26	1.99
18428146--18428313	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
18428162--18428311	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
18433127--18433386	45	5.8	44	84	4	297	23	20	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18433127--18433386	90	2.9	89	86	2	349	23	20	16	38	1.93
18433127--18433386	135	1.9	135	85	1	360	23	20	16	38	1.93
18433283--18433482	104	1.9	105	86	3	287	26	21	15	37	1.92
18433328--18433445	59	2.0	60	83	5	150	23	23	13	38	1.91
18433396--18433480	45	1.9	45	86	11	122	30	18	12	37	1.89
18449127--18449220	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
18454390--18454507	43	2.7	43	81	10	150	22	19	27	31	1.98
18454477--18454576	51	2.0	51	83	0	128	25	16	26	33	1.96
18458216--18458264	15	3.3	15	82	0	62	10	10	18	61	1.55
18461812--18461855	22	2.0	23	90	4	72	25	0	50	25	1.50
18467501--18467538	18	2.1	18	85	9	51	42	15	26	15	1.87
18470388--18470467	41	2.0	41	97	0	151	20	15	28	36	1.92
18473015--18473046	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
18481885--18481916	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
18483955--18484087	49	2.7	49	85	2	169	23	27	19	29	1.98
18488519--18488558	13	3.1	13	85	0	62	15	32	37	15	1.88
18504448--18504478	13	2.4	13	100	0	62	29	12	6	51	1.65
18510242--18510509	49	5.6	49	73	7	169	26	27	18	27	1.98
18510337--18510510	93	1.9	92	83	3	224	26	28	18	27	1.98
18514552--18514584	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
18517321--18517547	47	4.8	49	87	5	304	28	31	7	32	1.86
18517321--18517547	96	2.4	96	88	2	325	28	31	7	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18521991--18522071	6	13.7	6	75	12	78	77	1	4	16	1.00
18521991--18522073	22	3.9	21	76	14	80	77	1	4	16	1.01
18525461--18525511	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
18525459--18525501	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
18525885--18527230	206	6.5	206	93	0	2217	29	22	18	30	1.97
18527201--18527667	44	10.7	43	75	10	356	27	23	17	31	1.97
18527193--18527666	132	3.6	132	87	3	609	27	23	17	32	1.97
18527318--18527671	175	2.0	175	91	1	575	27	23	16	31	1.96
18528525--18528579	7	7.6	7	84	9	58	3	10	0	85	0.72
18528525--18528579	16	3.8	14	79	13	58	3	10	0	85	0.72
18528525--18528579	22	2.6	21	86	11	76	3	10	0	85	0.72
18534089--18534135	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
18534106--18534165	17	3.2	19	86	13	88	35	16	10	38	1.82
18535790--18535820	15	2.1	15	100	0	62	38	0	12	48	1.42
18537784--18537816	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
18539014--18539139	47	2.6	50	83	6	143	23	31	15	29	1.95
18539150--18539283	46	2.9	46	83	6	155	23	31	18	26	1.98
18543165--18543205	20	2.0	20	86	9	57	73	2	0	24	0.96
18543373--18543403	14	2.2	14	100	0	62	67	6	6	19	1.35
18543533--18543572	21	2.0	20	85	14	55	62	0	5	32	1.17
18544600--18544650	26	2.0	26	100	0	102	31	7	11	49	1.68
18548416--18548508	20	4.7	19	74	11	71	32	3	3	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18548416--18548491	30	2.5	31	83	8	86	32	3	2	60	1.29
18548414--18548538	10	13.0	9	69	13	63	33	3	2	60	1.25
18548501--18548545	20	2.4	18	82	17	56	28	2	0	68	1.01
18549092--18549529	127	3.5	126	84	2	583	39	14	16	29	1.89
18552814--18552857	21	2.0	22	91	4	72	2	15	50	31	1.57
18555231--18555286	26	2.2	26	83	0	67	26	16	16	41	1.88
18555323--18555378	26	2.3	25	84	9	71	12	23	21	42	1.86
18555332--18555390	26	2.3	26	85	11	86	13	16	22	47	1.82
18561620--18561783	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
18561620--18561817	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
18568718--18568881	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
18568718--18568915	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
18572788--18572949	43	3.8	43	80	9	179	32	22	17	27	1.96
18573635--18573772	69	2.0	69	98	0	267	45	15	16	21	1.85
18573774--18573859	34	2.5	34	80	1	109	25	24	22	27	1.99
18574050--18574114	22	2.9	22	67	24	55	26	20	27	26	1.99
18574277--18574350	27	2.7	27	91	0	121	35	18	18	27	1.95
18580197--18580358	43	3.8	43	80	9	179	32	22	17	27	1.96
18581045--18581182	69	2.0	69	98	0	267	45	15	16	21	1.85
18581184--18581269	34	2.5	34	80	1	109	25	24	22	27	1.99
18581460--18581524	22	2.9	22	67	24	55	26	20	27	26	1.99
18581687--18581760	27	2.7	27	91	0	121	35	18	18	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18583091--18583254	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
18583091--18583288	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
18590667--18590830	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
18590667--18590864	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
18592122--18592195	27	2.7	27	87	0	112	16	17	20	45	1.85
18592461--18592564	31	3.2	31	63	24	77	14	37	29	18	1.90
18592444--18592579	68	2.0	68	100	0	272	16	38	27	17	1.91
18596388--18596474	42	2.1	42	97	0	165	39	4	10	45	1.59
18597628--18597684	29	2.0	28	89	3	87	21	22	24	31	1.98
18599804--18599881	37	2.1	37	97	0	147	20	30	19	29	1.97
18599984--18600502	49	10.5	49	95	1	876	30	32	8	28	1.87
18603216--18603330	37	3.1	37	100	0	230	20	32	19	27	1.97
18603433--18603850	49	8.5	49	95	1	721	30	32	8	28	1.87
18603597--18603681	27	3.3	27	61	15	72	32	31	4	30	1.78
18606944--18607042	41	2.4	41	82	11	123	24	24	25	26	2.00
18607525--18607742	29	7.5	29	97	0	400	24	30	16	27	1.97
18609103--18609227	40	3.2	40	80	8	132	24	27	25	23	2.00
18610953--18611167	29	7.4	29	97	0	412	24	30	16	27	1.97
18613210--18613287	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
18613390--18613859	49	9.5	49	96	1	796	30	32	8	28	1.87
18616950--18617048	41	2.4	41	82	11	123	24	24	25	26	2.00
18617531--18617719	29	6.5	29	96	0	342	24	30	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18619079--18619195	40	2.9	40	82	7	132	23	27	25	23	2.00
18620931--18621145	29	7.4	29	97	0	412	24	30	16	27	1.97
18623191--18623305	37	3.1	37	100	0	230	20	32	19	27	1.97
18623408--18623828	49	8.5	49	95	1	707	30	32	8	28	1.87
18623572--18623656	27	3.3	27	61	15	72	32	31	4	30	1.78
18632538--18632624	37	2.3	37	94	2	147	27	31	20	20	1.98
18632703--18632931	49	4.7	49	92	2	379	28	29	8	33	1.87
18649348--18649455	26	4.2	26	96	0	198	30	5	26	37	1.79
18650945--18650999	26	2.1	26	86	6	76	40	25	12	21	1.89
18656044--18656207	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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