genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21591790--21591900	39	2.8	39	81	0	114	32	6	22	38	1.79
21592167--21592191	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
21595267--21595304	18	2.1	18	90	9	60	52	0	0	47	1.00
21595274--21595316	18	2.5	17	82	14	52	51	4	0	44	1.22
21599902--21599932	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
21601980--21602115	56	2.4	56	91	0	218	27	15	24	33	1.95
21601981--21602144	56	2.9	56	86	5	181	26	14	26	32	1.95
21607141--21607193	25	2.1	25	86	6	72	16	22	3	56	1.56
21607137--21607182	20	2.3	20	82	10	51	17	21	4	56	1.58
21616053--21616176	46	2.7	46	83	8	146	25	16	31	26	1.97
21616100--21616222	48	2.7	45	82	7	142	26	16	29	27	1.97
21616324--21616446	46	2.7	43	83	7	129	25	17	30	27	1.97
21616370--21616538	48	3.6	47	81	7	175	27	15	30	27	1.96
21616052--21616617	269	2.1	269	96	0	1042	25	16	29	27	1.97
21616561--21616621	32	1.9	32	89	0	95	26	16	29	27	1.97
21627242--21627500	40	6.5	40	88	4	339	24	27	24	23	2.00
21635705--21635751	20	2.3	20	92	0	76	27	21	0	51	1.48
21635704--21635775	20	3.8	18	84	12	74	26	23	0	50	1.50
21637784--21637823	21	2.0	20	85	5	53	20	27	37	15	1.92
21639053--21639167	46	2.5	46	85	5	142	23	25	20	31	1.98
21639050--21639167	48	2.5	48	84	5	152	23	24	20	31	1.98
21640561--21640792	101	2.3	100	84	3	286	25	17	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21641004--21641033	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
21643077--21643249	46	3.7	46	78	13	210	20	21	28	28	1.98
21643074--21643244	93	1.8	93	94	0	306	20	21	29	28	1.98
21651693--21653192	352	4.3	352	86	1	1945	32	17	11	38	1.85
21662065--21662107	22	2.0	22	85	0	59	27	0	6	65	1.18
21662076--21662107	11	2.9	11	90	0	55	31	0	3	65	1.08
21662076--21662138	25	2.6	25	84	2	83	28	0	4	66	1.12
21662073--21662159	5	16.4	5	70	15	50	27	0	3	68	1.05
21667012--21667119	44	2.4	44	85	3	135	30	23	12	33	1.92
21668619--21668674	28	2.0	28	100	0	112	32	25	7	35	1.83
21673561--21673746	39	4.7	38	82	9	205	25	27	20	25	1.99
21673561--21673747	79	2.4	78	82	5	225	25	27	20	26	1.99
21681465--21681672	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
21681465--21681671	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
21689456--21689585	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
21689472--21689622	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
21689472--21689620	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
21697605--21697673	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
21703948--21703985	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
21707768--21708247	47	10.3	47	94	2	817	32	8	30	28	1.87
21707768--21708243	139	3.4	139	94	1	794	32	8	30	28	1.87
21707768--21708243	232	2.0	233	93	1	812	32	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21708365--21708447	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
21709914--21709972	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
21712861--21713028	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
21716492--21716754	48	5.5	48	89	1	341	26	29	17	26	1.98
21754472--21754632	58	2.8	58	88	2	180	25	31	15	27	1.96
21754521--21754632	29	3.9	29	100	0	224	26	28	14	30	1.95
21754472--21754632	88	1.8	87	84	4	216	25	31	15	27	1.96
21755789--21755846	20	3.2	18	79	13	57	5	15	1	77	1.02
21762422--21762553	59	2.3	58	84	4	158	25	31	15	27	1.96
21762471--21762558	29	3.1	29	98	1	169	27	27	13	31	1.94
21763456--21763484	7	4.1	7	100	0	58	58	27	0	13	1.36
21763715--21763771	21	3.0	20	80	14	59	5	15	1	77	1.03
21806964--21807163	61	3.3	61	80	4	224	27	25	15	32	1.96
21808398--21808480	41	2.0	41	97	0	157	21	20	15	42	1.89
21820100--21820150	6	8.5	6	82	8	59	78	3	1	15	0.99
21820100--21820140	19	2.2	19	90	0	64	80	2	2	14	0.92
21827871--21828011	40	3.5	40	87	3	185	25	14	26	32	1.95
21834248--21834345	34	2.9	33	87	3	126	25	26	24	23	2.00
21835292--21835340	22	2.2	23	78	10	57	46	22	12	18	1.82
21837653--21837718	34	1.9	34	90	6	107	25	27	15	31	1.95
21842953--21843036	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
21853914--21854017	54	1.9	54	100	0	208	30	25	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21868276--21868370	42	2.4	39	87	5	127	24	13	26	35	1.93
21868318--21868416	42	2.5	40	85	5	119	22	13	29	35	1.92
21869625--21869670	24	1.9	24	82	8	58	36	0	21	41	1.54
21873616--21873727	56	2.0	56	85	0	152	41	15	9	33	1.80
21875937--21875982	16	2.9	16	78	15	51	54	0	4	41	1.20
21878990--21879121	51	2.6	51	82	2	158	40	10	24	24	1.86
21879859--21879908	24	2.1	24	100	0	100	30	16	30	24	1.96
21883794--21884010	40	5.4	40	91	1	301	27	26	22	24	2.00
21892043--21892252	40	5.1	41	87	5	257	27	26	20	25	1.99
21892030--21892254	82	2.8	80	83	6	265	27	25	21	25	1.99
21894879--21894969	27	3.4	27	92	0	146	34	18	20	26	1.96
21897183--21897402	48	4.6	48	82	6	266	28	32	17	21	1.96
21903675--21903838	46	3.6	45	80	8	206	30	18	28	21	1.97
21903671--21903838	91	1.8	92	94	1	302	30	19	28	21	1.98
21903904--21904031	49	2.6	49	82	2	150	28	22	26	21	1.99
21910274--21910343	27	2.6	27	90	2	104	28	25	14	31	1.95
21910365--21910434	34	2.1	34	100	0	140	21	27	14	37	1.92
21910882--21910910	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21914382--21914502	43	2.9	41	76	7	134	32	17	23	27	1.96
21917163--21917265	41	2.5	42	77	16	106	25	28	19	27	1.99
21917253--21917297	22	2.0	22	100	0	90	33	31	13	22	1.92
21917278--21917421	45	3.2	45	82	3	166	31	25	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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21933208--21933433	77	2.9	77	93	0	380	25	28	23	23	2.00
21933208--21933433	116	1.9	117	91	0	373	25	28	23	23	2.00
21937593--21937640	25	1.9	25	95	0	87	39	12	14	33	1.84
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21955527--21955618	44	2.1	44	85	4	123	22	21	22	32	1.98
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21971390--21971430	13	3.3	13	73	13	50	34	2	21	41	1.67
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21981362--21981429	33	2.1	32	83	8	84	29	14	29	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21985744--21985814	35	2.0	35	91	0	115	35	11	25	28	1.90
21986619--21986670	20	2.6	21	84	6	72	57	7	0	34	1.27
21986680--21986746	30	2.2	29	80	12	73	68	4	2	23	1.22
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21989887--21989948	28	2.1	29	82	11	74	58	1	1	38	1.18
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21989971--21990013	19	2.3	19	88	4	61	69	0	0	30	0.88
21989950--21990013	9	6.9	9	75	12	58	65	4	0	29	1.13
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21990226--21990321	19	4.7	19	69	18	59	27	3	1	68	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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