genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.329.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  329  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103099608--103099757	39	3.8	39	84	2	176	18	21	30	30	1.96
103102495--103102676	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
103102493--103102676	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00
103110509--103110690	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
103110507--103110690	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00
103118699--103118763	28	2.3	28	83	0	85	40	7	23	29	1.82
103118836--103118989	39	4.1	39	85	9	212	16	22	31	29	1.95
103118972--103119076	39	2.7	39	96	0	192	18	20	29	31	1.96
103118936--103119139	39	5.2	39	83	4	160	21	21	28	28	1.98
103118953--103119125	78	2.2	78	78	5	188	21	21	27	28	1.99
103126997--103127073	39	2.0	39	97	0	145	40	12	3	42	1.62
103129453--103129506	24	2.3	23	81	12	65	33	3	0	62	1.12
103129640--103129695	28	2.0	28	100	0	112	32	17	3	46	1.66
103130087--103130125	20	1.9	21	89	5	62	48	0	2	48	1.15
103130399--103130432	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
103151205--103151284	39	2.1	39	100	0	160	43	2	25	28	1.67
103151660--103151717	30	2.0	30	96	3	109	25	17	25	31	1.97
103157353--103157503	39	3.8	39	86	2	178	29	27	21	21	1.99
103157335--103157522	39	4.8	39	82	3	155	28	28	22	20	1.99
103157450--103157657	39	5.1	39	78	16	165	27	31	23	17	1.97
103157513--103157607	49	1.9	49	95	4	174	25	32	25	16	1.96
103157730--103157802	28	2.6	28	82	0	92	28	24	8	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103159192--103159414	39	5.7	39	90	1	322	29	28	22	19	1.98
103163016--103163094	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
103163560--103163589	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
103165384--103165486	48	2.1	48	96	0	188	39	23	9	27	1.86
103169660--103169826	40	4.2	40	78	6	160	28	20	26	23	1.99
103169660--103169810	80	1.9	79	85	6	207	28	21	27	23	1.99
103172670--103172696	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
103187872--103187969	49	2.0	49	93	0	169	33	7	16	42	1.75
103191174--103191243	29	2.4	29	100	0	140	30	15	27	27	1.96
103191174--103191303	29	4.5	29	82	3	95	26	16	31	25	1.97
103201082--103201126	24	1.9	23	86	4	63	73	4	4	17	1.17
103202745--103202782	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
103212769--103212843	34	2.2	34	90	2	116	30	22	20	26	1.98
103213263--103213299	18	2.1	19	85	10	51	21	43	24	10	1.84
103220000--103220083	28	3.0	28	87	3	123	29	29	13	27	1.94
103223156--103223257	29	3.6	29	77	16	97	26	29	17	26	1.98
103224732--103224769	16	2.4	16	95	0	67	23	5	21	50	1.69
103225047--103225195	71	2.1	71	97	0	280	18	38	24	19	1.93
103227712--103227793	29	2.9	29	87	1	112	26	30	15	26	1.96
103229273--103229304	16	2.0	16	93	0	55	15	0	28	56	1.40
103234704--103234878	48	3.7	46	79	9	174	29	20	26	24	1.99
103234662--103234881	94	2.3	95	80	4	248	31	19	25	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103234664--103234827	46	3.5	46	78	8	161	32	17	26	24	1.96
103234751--103235023	49	5.8	46	72	12	162	28	20	27	23	1.99
103238012--103238229	40	5.6	40	90	3	320	25	30	21	22	1.99
103246051--103246271	40	5.6	40	92	1	347	25	30	21	22	1.99
103249114--103249304	40	4.8	40	76	8	151	24	28	22	24	2.00
103249121--103249302	78	2.3	79	79	8	192	24	28	22	24	2.00
103250780--103251179	200	2.0	200	95	0	721	33	20	12	33	1.90
103257020--103257189	48	3.7	45	75	6	153	31	18	27	22	1.97
103257020--103257189	93	1.8	93	83	1	223	31	18	27	22	1.97
103257020--103257216	94	2.1	93	80	2	225	31	19	26	22	1.98
103257253--103257378	49	2.5	49	83	5	137	29	19	28	23	1.98
103260862--103260914	24	2.2	24	100	0	106	32	3	20	43	1.70
103264331--103264544	23	9.3	23	90	4	283	20	24	25	29	1.99
103265879--103265914	18	2.0	18	94	0	63	30	11	13	44	1.79
103277131--103277334	40	5.1	40	89	2	304	27	27	21	23	1.99
103277131--103277347	80	2.7	80	92	3	341	27	27	21	23	1.99
103280582--103280655	38	1.9	38	94	0	130	32	8	24	35	1.85
103285371--103285436	20	3.2	20	67	12	62	13	33	18	34	1.90
103285354--103285473	41	2.9	41	89	0	177	20	28	19	32	1.96
103292389--103292427	20	2.0	20	85	10	53	38	5	17	38	1.72
103294117--103294157	18	2.3	18	83	8	57	21	41	21	14	1.89
103295442--103295639	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103295508--103295625	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
103295476--103295639	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
103302264--103302461	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
103302330--103302447	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
103302298--103302461	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
103305290--103305414	64	2.0	64	98	0	241	37	11	10	40	1.75
103305675--103305703	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
103307025--103307056	15	2.1	15	100	0	64	28	12	25	34	1.92
103309826--103309994	40	4.2	39	75	7	135	27	23	27	21	1.99
103316461--103316493	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
103323391--103323430	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
103333297--103333362	27	2.5	28	78	14	77	30	7	16	45	1.75
103341332--103341510	67	2.7	66	87	6	270	39	16	21	22	1.92
103353867--103353905	20	2.0	20	85	10	53	35	5	0	58	1.20
103360936--103361121	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
103368974--103369159	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
103387809--103387992	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
103387849--103388037	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
103398223--103398270	21	2.3	21	89	7	71	68	10	0	20	1.18
103399602--103399626	12	2.1	12	100	0	50	36	8	0	56	1.29
103403885--103403914	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
103404126--103404237	49	2.3	49	84	1	143	31	27	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103404208--103404268	32	1.9	32	100	0	122	32	29	13	24	1.93
103404251--103404539	50	5.7	50	83	2	312	30	23	17	27	1.97
103408691--103408733	21	2.0	21	82	8	52	60	11	9	18	1.57
103410211--103410296	45	1.9	45	90	0	136	25	13	22	38	1.91
103411884--103412075	46	4.2	46	73	17	123	29	18	28	23	1.98
103417863--103417961	27	3.6	27	82	6	94	37	18	10	34	1.84
103417955--103418015	26	2.3	26	80	2	68	34	27	6	31	1.83
103417967--103418174	27	7.8	27	86	4	237	28	23	7	39	1.82
103417967--103418175	80	2.6	79	83	5	242	28	23	7	39	1.82
103417967--103418175	107	2.0	107	86	1	294	28	23	7	39	1.82
103417974--103418175	54	3.8	53	86	3	262	29	22	7	40	1.82
103418074--103418350	27	10.2	27	76	11	113	37	19	7	35	1.81
103417940--103418186	107	2.3	107	80	1	289	30	24	7	37	1.83
103418154--103418377	54	4.1	55	68	12	138	38	20	8	32	1.83
103418127--103418352	27	8.3	27	75	9	129	38	19	8	33	1.82
103418410--103418500	27	3.4	27	90	3	130	34	19	25	20	1.97
103419659--103419707	25	2.0	25	87	0	71	32	24	16	26	1.96
103419751--103419806	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
103419741--103419806	20	3.3	20	93	2	116	34	12	19	33	1.89
103419855--103420016	23	7.0	23	84	10	208	29	22	21	27	1.99
103419855--103419992	70	2.0	70	94	2	242	28	22	21	28	1.99
103419855--103420014	24	7.1	20	80	16	61	28	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103434178--103434369	68	2.9	68	82	4	212	27	22	15	34	1.94
103438752--103438869	55	2.2	55	96	1	220	40	28	5	25	1.77
103443031--103443166	68	2.0	68	98	0	263	32	16	14	36	1.90
103446390--103446494	24	4.3	23	76	15	70	35	19	22	22	1.96
103454581--103454765	40	4.7	40	87	4	218	25	27	22	25	2.00
103462617--103462801	40	4.7	40	86	6	227	25	27	22	25	2.00
103465533--103465795	68	3.9	67	82	6	307	26	20	16	35	1.94
103466053--103466092	19	2.1	19	100	0	80	47	10	10	32	1.70
103466641--103466684	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
103467470--103467509	18	2.3	17	86	4	53	27	0	5	67	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438