Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  197  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61109228--61109272
14
3.2
15
87
9
60
82
8
0
8
0.85
61109228--61109264
7
5.1
7
87
6
56
83
5
0
10
0.79
61109235--61109282
22
2.1
23
85
11
64
79
12
0
8
0.94
61109248--61109272
13
1.9
13
100
0
50
80
16
0
4
0.87
61113480--61113568
46
1.9
46
86
4
126
30
15
28
25
1.96
61113481--61113583
46
2.2
46
77
6
109
33
16
24
26
1.96
61122569--61122659
45
2.0
45
89
0
137
38
24
12
25
1.90
61122587--61122663
21
3.5
21
70
16
66
37
25
12
23
1.91
61125172--61125229
24
2.4
24
94
0
98
31
24
15
29
1.95
61126380--61126412
4
8.5
4
93
6
59
72
0
0
27
0.85
61128584--61128750
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
61134822--61134963
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
61134861--61134989
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
61136525--61136670
39
3.8
36
79
7
130
22
26
23
26
2.00
61146846--61146980
43
3.1
43
93
0
225
32
32
20
14
1.92
61146963--61147174
40
5.2
42
82
4
211
25
27
22
24
2.00
61149107--61149423
47
6.7
47
89
4
465
29
31
7
31
1.85
61149107--61149423
96
3.3
94
89
5
483
29
31
7
31
1.85
61155030--61155079
20
2.5
20
86
3
64
50
2
12
36
1.51
61157340--61157371
2
16.0
2
100
0
64
50
50
0
0
1.00
61161036--61161071
18
2.0
18
94
0
63
25
16
36
22
1.94
61160981--61161125
72
2.0
72
98
0
281
26
17
25
30
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61161169--61161340
46
3.7
46
89
3
231
41
12
24
21
1.88
61163473--61163582
25
4.3
25
72
11
87
43
0
2
52
1.21
61163449--61163540
33
2.6
36
84
6
118
43
0
2
54
1.12
61164357--61164404
23
2.2
22
82
14
55
41
6
18
33
1.76
61173650--61173712
31
2.0
31
96
0
117
39
28
22
9
1.85
61177071--61177165
41
2.3
41
76
5
104
29
27
23
20
1.98
61180195--61180290
27
3.5
28
88
7
144
19
9
25
45
1.80
61181918--61181955
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
61188160--61188251
27
3.4
27
89
8
134
20
9
25
44
1.82
61188160--61188254
28
3.5
28
88
9
135
20
10
25
44
1.83
61198811--61198856
23
2.0
23
100
0
92
17
8
26
47
1.76
61200944--61201060
40
2.9
39
79
10
130
25
26
21
26
1.99
61200916--61201060
40
3.6
39
78
10
125
26
26
21
25
1.99
61205788--61205879
42
2.2
42
82
2
112
34
19
19
26
1.96
61211071--61211196
46
2.7
46
92
2
209
21
21
26
30
1.98
61212967--61213149
39
4.6
39
87
0
240
24
22
30
22
1.99
61217841--61217908
31
2.2
30
92
5
118
27
8
30
32
1.87
61220871--61221053
39
4.6
39
87
0
240
24
22
30
22
1.99
61226778--61226960
39
4.6
39
87
0
240
24
22
30
22
1.99
61232679--61232862
40
4.6
40
82
4
174
28
22
26
23
1.99
61232721--61232907
80
2.3
80
79
3
189
24
22
29
24
1.99
61251218--61251253
8
4.5
8
89
0
54
38
0
25
36
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61254024--61254121
19
5.2
19
90
7
155
36
10
16
36
1.82
61254014--61254121
36
2.9
35
75
20
103
37
10
15
37
1.82
61256912--61257010
33
2.9
34
79
5
94
43
18
9
29
1.80
61259040--61259121
10
7.5
11
70
22
57
76
0
18
4
0.95
61259040--61259121
6
13.8
6
71
19
57
76
0
18
4
0.95
61259052--61259119
18
3.8
18
74
20
70
75
0
19
5
1.01
61259042--61259121
28
3.0
27
81
15
94
76
0
18
5
0.97
61263650--61263686
7
5.3
7
100
0
74
29
0
29
40
1.57
61264020--61264054
17
1.9
19
88
11
56
48
0
14
37
1.44
61264675--61264719
23
2.0
23
95
4
83
22
17
22
37
1.94
61264938--61264975
19
2.0
19
100
0
76
52
0
15
31
1.43
61264977--61265015
18
2.1
19
85
4
53
46
0
23
30
1.53
61267233--61267381
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
61267274--61267381
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
61275378--61275525
40
3.8
39
76
8
131
21
26
25
27
1.99
61276576--61276782
40
5.2
40
84
2
249
26
27
21
25
1.99
61276576--61276782
79
2.6
79
83
5
256
26
27
21
25
1.99
61284692--61284896
40
5.2
40
81
6
217
25
27
21
25
2.00
61284692--61284896
78
2.6
79
83
6
247
25
27
21
25
2.00
61289972--61290020
21
2.2
23
85
7
66
42
26
0
30
1.55
61290589--61290670
24
3.2
24
64
29
60
43
17
2
36
1.62
61290578--61290686
54
2.0
54
100
0
218
42
18
1
37
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61301645--61301752
55
2.0
55
88
3
164
21
35
25
18
1.96
61304795--61304963
50
3.4
50
90
1
270
27
26
18
26
1.98
61304773--61304963
100
1.9
98
90
2
301
28
26
18
26
1.98
61307045--61307089
21
2.3
19
80
7
54
77
2
11
8
1.07
61311010--61311110
50
2.0
50
84
0
130
28
17
27
25
1.98
61321043--61321212
93
1.8
92
94
1
304
21
21
29
28
1.98
61321047--61321220
46
3.8
46
79
13
214
21
20
29
28
1.98
61323501--61323642
50
2.8
50
82
0
176
29
19
27
23
1.98
61325658--61325991
164
2.0
164
97
0
632
25
12
27
35
1.91
61334747--61334778
16
2.0
16
93
0
55
34
0
34
31
1.58
61336144--61336244
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
61344050--61344150
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
61346147--61346220
29
2.6
29
82
0
85
20
16
33
29
1.94
61354883--61355033
40
3.8
40
77
13
141
25
24
27
22
2.00
61354920--61355049
40
3.2
40
81
2
163
23
23
28
24
2.00
61362818--61362968
40
3.8
40
77
13
141
25
24
27
22
2.00
61362855--61362984
40
3.2
40
81
2
163
23
23
28
24
2.00
61365595--61365640
5
10.0
5
77
17
55
58
0
2
39
1.10
61365595--61365640
18
2.6
18
92
0
83
58
0
2
39
1.10
61365596--61365637
13
3.2
13
83
10
59
59
0
2
38
1.10
61377018--61377079
26
2.3
26
79
15
65
61
3
3
32
1.28
61380470--61380537
28
2.4
29
78
14
70
33
2
1
61
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61380504--61380600
33
3.1
32
77
14
78
36
4
1
58
1.24
61380505--61380600
40
2.4
39
76
15
99
36
4
1
58
1.24
61380560--61380602
12
3.7
12
84
3
61
34
2
0
62
1.08
61384863--61385037
46
3.8
46
77
15
189
29
29
20
21
1.98
61384871--61385042
93
1.8
93
91
0
281
28
29
20
21
1.98
61384868--61385057
46
4.1
44
70
18
118
29
28
20
22
1.98
61388522--61388614
46
2.0
46
89
0
141
27
29
8
34
1.87
61390359--61390406
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
61390445--61390501
9
5.9
9
73
15
51
35
8
21
35
1.84
61390443--61390505
20
3.2
20
95
0
117
36
12
19
31
1.89
61390558--61390674
23
5.0
24
91
7
179
28
21
22
28
1.99
61398420--61398467
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
61398506--61398561
9
5.9
9
76
12
58
33
8
21
35
1.85
61398504--61398565
20
3.2
20
90
4
108
35
12
19
32
1.90
61398619--61398736
23
5.0
24
87
9
154
28
19
22
29
1.98
61399661--61399845
47
3.9
47
92
0
280
25
28
11
34
1.91
61403492--61403591
28
3.5
28
75
2
92
30
29
20
21
1.98
61403470--61403595
57
2.2
57
84
4
166
29
30
19
21
1.97
61403623--61403917
40
7.4
40
96
0
518
29
26
18
25
1.98
61405402--61405495
45
2.1
46
87
2
136
28
30
8
31
1.87
61405422--61405592
47
3.7
45
83
3
137
25
29
10
33
1.90
61405513--61405588
22
3.3
22
66
28
59
25
28
11
34
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61405470--61405761
47
6.2
47
91
0
442
26
28
11
32
1.92
61405682--61405831
77
1.9
77
89
0
228
27
27
9
36
1.87
61420552--61420722
40
4.3
39
77
10
159
28
21
26
23
1.99
61428567--61428667
39
2.5
40
85
1
132
30
22
24
21
1.99
61428567--61428717
40
3.8
40
84
4
180
28
22
25
23
1.99
61428563--61428734
40
4.4
38
77
10
161
29
21
26
23
1.99
61436425--61436462
20
1.9
20
88
0
58
42
31
7
18
1.79
61438142--61438185
18
2.4
18
96
0
79
40
9
13
36
1.76
61438608--61438667
31
1.9
31
89
0
93
28
21
15
35
1.93
61438895--61438962
26
2.7
25
88
4
102
27
20
26
25
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438