genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.319.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  319  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99909319--99909802	202	2.4	202	85	2	648	32	11	15	40	1.84
99909979--99910133	46	3.4	46	76	7	136	25	5	21	47	1.72
99910141--99910224	29	2.9	29	90	1	123	28	7	26	38	1.82
99910226--99910323	29	3.4	29	94	0	169	34	17	14	33	1.90
99913997--99914042	17	2.6	18	76	13	51	45	15	0	39	1.46
99914778--99914877	5	20.6	5	86	10	145	59	0	1	40	1.04
99917680--99917738	28	2.1	28	100	0	118	23	3	16	55	1.56
99918306--99918354	20	2.5	20	93	0	80	32	6	4	57	1.42
99918317--99918380	20	3.2	20	86	2	74	26	6	4	62	1.39
99918367--99918430	18	3.7	18	78	14	55	34	1	1	62	1.14
99918548--99918590	22	1.9	23	85	4	61	41	2	0	55	1.12
99919134--99919179	15	2.9	16	72	18	51	58	0	2	39	1.10
99919135--99919228	37	2.6	37	81	5	111	54	3	4	38	1.36
99922005--99922096	24	3.8	24	74	9	71	36	18	21	22	1.95
99923755--99923791	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
99930101--99930193	47	2.0	47	97	0	177	37	21	8	32	1.84
99933354--99933410	21	3.0	21	62	32	56	45	22	12	19	1.83
99933340--99933410	35	2.0	35	97	0	133	46	23	11	18	1.81
99939795--99939848	18	3.0	18	97	0	99	22	7	20	50	1.73
99945436--99945467	12	2.6	13	85	14	50	71	0	0	28	0.86
99945731--99945787	7	7.9	7	75	21	55	70	3	0	26	1.03
99945730--99945786	22	2.6	22	86	13	82	70	3	0	26	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99945731--99945787	29	2.0	29	83	13	73	70	3	0	26	1.03
99946139--99946222	36	2.4	36	77	15	86	51	3	3	41	1.36
99947927--99948092	48	3.5	48	79	3	199	29	18	25	27	1.98
99947927--99948125	96	2.1	96	87	3	285	28	19	25	27	1.98
99950539--99950575	15	2.4	16	86	8	51	51	2	0	45	1.15
99950666--99950739	33	2.3	33	86	13	102	52	6	1	39	1.36
99952619--99952657	14	2.8	14	92	0	60	38	10	20	30	1.86
99953110--99953161	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
99953194--99953230	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
99953241--99953296	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
99953674--99953736	22	3.0	21	72	6	65	38	19	22	20	1.94
99955976--99956201	48	4.8	48	74	12	198	26	24	19	28	1.99
99963860--99964075	48	4.5	48	75	15	216	28	23	19	28	1.99
99965540--99965642	28	3.7	27	78	10	102	59	3	16	20	1.53
99965527--99965644	54	2.1	55	83	9	150	58	4	16	20	1.55
99966863--99966917	27	2.0	27	100	0	110	43	27	10	18	1.83
99967225--99967266	21	2.0	21	81	9	50	35	9	2	52	1.47
99970258--99970298	21	2.0	20	85	4	55	26	26	4	41	1.76
99970246--99970371	66	1.9	66	93	3	218	20	24	7	47	1.75
99970884--99970956	36	2.0	36	100	0	146	32	5	13	47	1.66
99976761--99976791	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
99977706--99977744	19	2.1	19	95	0	69	38	23	15	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99977981--99978011	12	2.6	12	100	0	62	32	29	16	22	1.95
99978064--99978104	13	3.1	13	82	6	55	53	31	0	14	1.41
99983702--99983755	25	2.0	28	82	10	69	33	3	20	42	1.70
99983848--99984164	48	6.6	48	79	8	322	29	19	27	23	1.98
99983831--99984164	144	2.3	143	84	6	399	29	19	27	23	1.98
99991600--99991928	144	2.3	143	84	4	405	27	17	28	25	1.98
99991599--99991929	48	6.9	48	78	5	321	27	17	29	25	1.98
99992696--99992825	68	2.0	67	82	8	160	35	19	22	23	1.96
99994419--99994494	11	6.8	11	68	24	52	53	2	0	43	1.14
99994410--99994488	25	3.3	23	77	15	79	54	5	0	40	1.22
99994425--99994494	37	1.9	36	82	8	88	54	2	0	42	1.15
99996396--99996444	20	2.5	21	77	12	59	42	12	8	36	1.72
100003254--100003365	27	4.2	26	82	7	125	38	23	22	16	1.93
100007363--100007402	20	2.0	21	85	5	55	42	12	7	37	1.71
100009617--100009704	40	2.2	40	84	8	108	46	13	9	30	1.74
100009634--100009706	20	3.7	20	75	12	69	45	16	6	31	1.74
100009762--100009829	33	2.1	33	86	5	93	51	19	8	20	1.73
100009883--100009923	20	2.0	20	85	9	55	41	14	4	39	1.67
100011259--100011298	19	2.1	19	100	0	80	22	32	25	20	1.98
100012302--100012395	42	2.2	42	80	0	116	17	28	30	23	1.97
100012583--100012637	28	2.0	28	88	0	83	21	20	40	18	1.92
100018322--100018354	16	2.0	17	88	5	50	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100018322--100018364	18	2.5	17	84	3	50	55	0	0	44	0.99
100018843--100018884	21	2.1	21	82	8	52	52	2	9	35	1.47
100025221--100025264	19	2.3	19	84	4	52	63	4	0	31	1.14
100033002--100033188	40	4.7	40	80	4	171	28	22	25	22	1.99
100033002--100033155	80	1.9	80	85	0	209	27	22	26	23	1.99
100033006--100033188	80	2.3	80	80	0	204	28	23	26	21	1.99
100040867--100041074	40	5.2	40	79	1	175	27	23	26	22	1.99
100040867--100041020	80	1.9	80	83	0	200	27	21	26	24	1.99
100040871--100041053	80	2.3	80	79	0	195	28	22	26	22	1.99
100047049--100047092	15	2.9	15	80	6	54	56	13	9	20	1.64
100052606--100052680	21	3.4	21	69	16	62	38	24	13	24	1.91
100052593--100052680	45	2.0	45	95	0	158	37	25	12	25	1.91
100055955--100056127	93	1.9	94	95	1	312	28	29	21	20	1.98
100055956--100056124	47	3.6	46	78	14	202	28	28	21	20	1.98
100063395--100063566	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
100063388--100063563	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
100066572--100066645	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
100066629--100066703	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
100066572--100066703	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
100074447--100074520	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
100074504--100074578	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
100074447--100074578	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100080513--100080575	28	2.2	28	88	0	90	30	28	11	30	1.91
100082286--100082498	28	7.5	28	72	5	167	29	34	18	17	1.94
100082255--100082497	57	4.3	57	91	0	378	29	34	17	18	1.94
100082314--100082469	29	5.4	29	73	3	154	30	36	17	16	1.91
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100089454--100089697	57	4.2	57	96	1	425	28	36	18	17	1.93
100089454--100089667	29	7.4	29	73	4	191	28	36	18	16	1.93
100091659--100091718	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
100091673--100091744	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
100104674--100104795	51	2.5	51	81	9	137	29	18	26	25	1.98
100104623--100104843	47	4.7	46	76	11	189	28	19	27	24	1.98
100108388--100108518	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
100116385--100116515	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
100123335--100123557	46	4.8	46	80	6	211	29	20	28	21	1.98
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100130779--100130920	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
100130778--100130921	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
100130971--100131031	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
100131074--100131121	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100132361--100132755	27	14.6	27	85	6	460	40	9	22	28	1.85
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100137544--100137709	48	3.5	48	80	3	147	27	16	25	29	1.97
100137691--100137856	42	3.8	42	72	9	116	28	13	25	31	1.94
100137723--100137886	90	1.8	90	81	2	204	28	15	26	29	1.96
100153106--100153181	29	2.6	29	97	0	143	28	15	26	28	1.96
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100154841--100154882	18	2.3	18	88	8	59	30	7	23	38	1.82
100154850--100154885	18	2.0	18	100	0	72	33	5	22	38	1.77
100155510--100155556	19	2.5	19	89	0	76	21	25	38	14	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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