genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

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This is table  117  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34262219--34262266	24	2.0	24	100	0	96	20	12	29	37	1.90
34263045--34263100	28	2.0	28	85	0	76	32	28	19	19	1.97
34265747--34265783	19	1.9	19	94	0	65	10	48	21	18	1.78
34267055--34267275	48	4.6	48	80	5	216	28	28	14	28	1.96
34267054--34267275	96	2.3	97	80	6	238	28	28	14	28	1.96
34274716--34274844	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
34274724--34274863	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
34279969--34280074	52	2.0	52	100	0	212	16	24	5	52	1.65
34282285--34282456	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
34282278--34282453	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
34287803--34287935	67	2.0	67	93	0	230	30	28	11	30	1.91
34294034--34294241	40	5.2	39	85	1	227	25	25	22	26	2.00
34294034--34294241	80	2.6	80	84	1	256	25	25	22	26	2.00
34302049--34302256	40	5.2	39	85	1	227	25	25	22	26	2.00
34302049--34302256	80	2.6	80	84	1	256	25	25	22	26	2.00
34309878--34309960	44	1.9	43	92	2	139	25	14	30	30	1.95
34309884--34310009	44	3.0	42	82	11	132	25	16	27	30	1.97
34315305--34315621	48	6.6	48	85	3	381	27	29	17	25	1.98
34332060--34332119	30	2.0	30	84	9	79	30	25	6	38	1.81
34336371--34336416	18	2.6	18	82	3	58	21	26	36	15	1.93
34336632--34336997	27	13.6	27	86	3	497	27	22	9	40	1.85
34336632--34337041	81	5.1	81	84	4	272	28	22	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34338323--34338399	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
34338332--34338403	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
34338321--34338403	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
34338458--34338647	24	8.0	24	89	3	269	28	22	21	26	1.99
34338458--34338626	47	3.6	47	92	1	284	29	22	20	27	1.99
34338457--34338647	71	2.7	71	87	5	269	29	22	21	26	1.99
34338840--34338903	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
34344558--34344613	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
34347342--34347371	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
34347581--34347605	13	1.9	13	100	0	50	24	8	24	44	1.80
34347495--34347694	101	2.0	101	86	2	276	25	14	26	35	1.93
34354469--34354691	99	2.4	93	80	8	229	22	28	19	29	1.98
34358026--34358130	44	2.5	42	81	7	113	22	20	23	33	1.97
34360422--34360637	50	4.3	50	75	4	202	38	19	12	30	1.88
34363236--34363391	66	2.3	69	81	7	185	17	26	19	35	1.95
34368880--34368961	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
34376784--34376865	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
34380972--34381053	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
34385162--34385243	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
34401058--34401236	50	3.6	50	75	3	126	42	16	9	31	1.80
34406280--34406388	28	3.9	28	85	1	137	23	15	33	26	1.95
34406688--34407241	107	5.2	106	82	5	571	39	19	8	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34406688--34407229	27	20.2	27	81	1	491	39	19	8	32	1.82
34406716--34407235	80	6.5	80	83	3	287	39	19	9	31	1.83
34407222--34407281	27	2.2	27	81	0	75	43	16	10	30	1.81
34407815--34407874	27	2.2	27	78	0	66	21	21	26	30	1.99
34420518--34421885	686	2.0	687	99	0	2684	34	17	14	33	1.90
34427677--34427816	37	3.7	38	81	3	120	34	24	20	20	1.97
34427677--34427865	38	4.9	38	80	3	164	31	24	21	22	1.98
34433356--34433414	20	3.0	20	92	0	100	35	10	20	33	1.86
34433464--34433559	24	4.0	24	90	4	140	29	22	21	26	1.99
34433751--34433845	31	3.1	31	93	0	154	36	16	24	22	1.94
34445317--34445428	43	2.6	43	97	0	206	30	33	25	10	1.90
34445421--34445528	38	2.8	38	80	5	128	27	25	23	23	2.00
34450332--34450436	43	2.5	43	79	1	113	31	15	25	27	1.95
34450333--34450424	42	2.2	42	82	2	103	32	15	25	27	1.95
34451992--34452034	19	2.3	19	84	8	52	41	16	6	34	1.75
34455638--34456016	48	7.9	48	96	0	668	35	7	27	29	1.83
34456158--34456302	37	3.9	37	86	0	191	25	18	30	25	1.98
34457576--34457897	40	8.0	40	87	3	457	23	22	28	25	1.99
34457574--34457899	82	4.0	82	93	1	541	23	21	28	25	1.99
34458061--34458111	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
34461485--34461673	48	3.9	48	96	0	333	34	7	29	28	1.84
34461815--34461959	37	3.9	37	92	0	227	24	16	31	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34463206--34463266	30	2.0	30	96	0	113	65	11	3	19	1.38
34464538--34464586	24	1.9	26	88	12	75	12	0	10	77	0.99
34467403--34467798	27	14.7	27	85	0	522	39	19	9	31	1.84
34467398--34467840	27	16.4	27	82	1	152	39	20	8	31	1.83
34467397--34467817	81	5.2	81	88	0	599	39	20	9	31	1.83
34467844--34468248	27	15.0	27	88	0	459	33	18	20	27	1.96
34468361--34468410	21	2.4	21	89	0	73	38	12	20	30	1.88
34468361--34468435	11	7.1	11	76	7	66	36	13	17	33	1.88
34468373--34468421	21	2.3	21	96	0	89	34	10	18	36	1.85
34468494--34468565	25	2.9	24	83	6	72	31	20	20	26	1.98
34474096--34474164	7	9.7	7	96	3	129	40	44	0	14	1.45
34477043--34477160	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
34477011--34477174	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
34484156--34484273	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
34484124--34484287	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
34486423--34486564	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
34486462--34486590	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
34494416--34494582	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
34502424--34502590	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
34504011--34504113	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
34512045--34512147	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
34514763--34514801	19	2.0	20	85	5	53	38	15	5	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34516554--34516695	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
34516593--34516721	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
34520364--34520449	43	2.0	43	100	0	172	39	11	11	37	1.78
34522183--34522284	51	2.0	51	98	0	195	25	16	28	29	1.97
34523073--34523126	28	1.9	28	92	0	90	33	9	24	33	1.87
34523082--34523139	28	2.1	28	86	0	80	32	8	20	37	1.83
34524172--34524222	23	2.2	24	89	3	77	58	0	35	5	1.22
34530657--34530746	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
34530851--34530913	26	2.3	27	89	5	92	30	7	28	33	1.86
34530851--34530922	26	2.7	26	80	8	74	30	8	26	34	1.86
34544817--34544947	6	21.3	6	75	16	117	48	14	18	18	1.81
34544846--34544947	25	4.4	25	80	16	128	47	14	19	18	1.83
34544838--34544947	31	3.4	31	73	18	105	48	14	19	18	1.82
34544826--34544947	43	2.8	43	87	3	156	49	13	18	18	1.80
34544838--34544931	37	2.5	37	84	6	111	47	14	19	18	1.82
34545168--34545219	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
34546048--34546112	27	2.4	27	76	5	69	20	24	20	35	1.96
34546157--34546213	27	2.1	27	83	0	69	42	14	10	33	1.79
34546253--34546352	27	3.7	27	90	4	166	28	6	24	42	1.78
34546228--34546352	54	2.3	54	87	5	173	28	5	23	42	1.76
34546228--34546394	54	3.1	54	82	7	171	28	8	22	39	1.84
34546254--34546392	27	5.1	27	79	9	131	28	10	23	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34546384--34546691	27	11.4	27	83	4	370	41	7	21	30	1.79
34546686--34546919	27	8.7	27	86	1	263	30	9	21	38	1.85
34546656--34546815	81	2.0	81	80	7	182	32	10	20	36	1.87
34546686--34546919	81	2.9	80	85	4	292	30	9	21	38	1.85
34550883--34550930	24	2.0	24	91	0	78	39	10	2	47	1.49
34552465--34552645	39	4.6	40	83	8	228	25	27	22	24	2.00
34552465--34552645	79	2.3	80	84	6	235	25	27	22	24	2.00
34564382--34564441	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
34565176--34565291	54	2.1	55	81	7	139	26	17	21	34	1.95
34565188--34565387	27	7.4	27	86	0	229	26	19	18	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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