genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.327.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  327  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102462895--102463022	58	2.2	58	85	4	168	32	13	25	28	1.93
102470808--102470938	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
102470808--102470938	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
102473975--102474237	40	6.7	40	83	3	293	25	22	25	27	2.00
102473975--102474195	79	2.8	79	86	4	293	24	22	24	28	2.00
102476184--102476612	48	9.0	48	80	6	424	25	29	17	27	1.98
102477537--102477571	16	2.2	16	100	0	70	42	5	11	40	1.65
102480159--102480224	32	2.1	32	94	0	114	37	13	12	36	1.82
102495739--102495908	43	4.0	43	80	6	193	25	15	25	32	1.95
102495749--102495907	86	1.9	85	85	4	221	25	15	26	32	1.96
102507425--102507545	45	2.7	45	80	6	138	31	15	28	24	1.96
102507611--102507729	48	2.4	49	81	6	125	26	18	29	25	1.98
102509817--102509963	48	3.1	48	81	7	181	29	23	20	27	1.99
102510960--102510989	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
102511704--102511832	39	3.3	39	87	8	147	25	23	27	23	2.00
102511696--102511924	78	2.9	80	80	4	232	26	24	27	22	2.00
102511694--102511910	40	5.5	39	83	8	208	25	23	26	23	2.00
102511696--102511936	40	6.1	40	79	9	154	25	24	26	22	2.00
102511784--102511936	80	1.9	79	81	1	180	26	25	25	22	2.00
102519772--102519992	41	5.4	41	87	1	250	25	23	27	23	2.00
102519822--102520013	40	4.8	40	84	7	138	26	23	26	22	2.00
102519770--102520017	80	3.1	81	81	2	194	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102523440--102523466	13	2.1	13	100	0	54	7	51	14	25	1.68
102527583--102527612	11	2.7	11	89	0	51	30	6	6	56	1.51
102529320--102529374	27	2.0	27	96	0	101	23	25	20	30	1.98
102530422--102530527	53	2.0	53	100	0	212	41	16	11	30	1.84
102534217--102534512	123	2.4	122	88	5	438	45	7	17	28	1.76
102535006--102535050	19	2.3	21	82	14	53	26	4	4	64	1.32
102537495--102537627	42	3.2	42	85	0	176	25	24	30	18	1.98
102540016--102540185	41	4.2	40	73	18	143	28	27	21	22	1.99
102549545--102549800	25	10.2	25	90	0	377	29	12	10	47	1.75
102549618--102549823	25	8.2	25	87	2	72	28	12	10	48	1.74
102553910--102554129	45	5.0	45	93	2	340	23	22	28	25	1.99
102557489--102557596	26	4.2	25	90	4	162	33	8	22	36	1.84
102557489--102557596	52	2.1	52	92	0	180	33	8	22	36	1.84
102559126--102559266	27	5.2	26	83	6	174	17	23	23	35	1.95
102559126--102559266	54	2.6	53	90	2	219	17	23	23	35	1.95
102566372--102566472	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
102566401--102566476	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
102574226--102574326	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
102574255--102574330	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
102576418--102576582	40	4.2	40	78	9	137	24	31	20	23	1.98
102576441--102576595	79	2.0	78	85	3	213	24	32	20	22	1.97
102576441--102576595	39	4.0	40	84	4	183	24	32	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102584519--102584711	39	4.9	38	88	3	224	23	32	20	23	1.98
102584518--102584713	77	2.5	78	86	4	252	22	32	20	24	1.98
102584558--102584713	39	4.0	39	89	5	235	21	32	19	26	1.98
102588940--102589024	27	3.3	27	63	21	74	35	7	27	30	1.83
102588914--102589164	49	5.1	49	96	0	421	33	9	27	29	1.88
102589233--102589319	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
102591198--102591305	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
102592920--102593060	27	5.2	26	81	6	165	19	24	21	34	1.96
102592923--102593060	54	2.5	53	92	2	222	19	23	21	34	1.96
102601864--102602036	48	3.6	47	90	1	256	27	27	20	24	1.99
102601860--102602083	96	2.3	96	83	4	290	25	29	20	25	1.99
102604278--102604310	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
102607473--102607529	25	2.2	25	84	9	71	1	14	17	66	1.33
102608174--102608222	21	2.3	20	83	13	55	18	34	18	28	1.94
102608711--102609038	92	3.6	92	90	0	485	25	23	20	31	1.98
102611267--102611402	26	5.3	26	89	4	190	28	25	17	28	1.98
102611452--102611508	20	3.0	20	82	10	66	33	21	8	36	1.84
102621071--102621201	40	3.3	39	75	8	138	24	24	28	22	2.00
102621034--102621201	80	2.1	80	80	6	189	26	23	26	22	2.00
102629015--102629179	40	4.2	39	75	6	147	26	23	27	23	2.00
102629016--102629163	40	3.8	38	77	12	149	26	23	27	22	1.99
102629015--102629179	78	2.1	78	81	7	192	26	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102634879--102634991	39	2.9	39	84	7	140	21	30	24	23	1.99
102634868--102635031	40	4.2	39	77	8	140	23	26	23	26	2.00
102637193--102637357	40	4.2	40	82	5	176	24	27	22	26	2.00
102644404--102644470	28	2.3	29	82	2	82	31	29	11	26	1.92
102644685--102644715	16	1.9	16	100	0	62	9	25	19	45	1.81
102649155--102649185	16	1.9	16	93	0	53	9	25	19	45	1.81
102657393--102657538	40	3.8	39	77	4	129	27	23	26	22	2.00
102657607--102657857	126	2.0	126	98	1	486	35	15	19	29	1.92
102659204--102659374	40	4.3	40	84	2	211	24	21	28	26	1.99
102659167--102659374	80	2.6	80	79	3	213	24	21	27	26	1.99
102662571--102662666	26	3.7	25	82	6	111	26	23	23	26	2.00
102662716--102662772	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
102669954--102670127	46	3.8	45	77	12	194	21	20	29	28	1.98
102673065--102673144	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
102673056--102673143	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
102675445--102675616	93	1.8	93	87	0	254	22	20	28	28	1.99
102675446--102675623	46	3.8	46	71	7	162	22	20	28	29	1.98
102677618--102677675	30	1.9	30	89	6	91	22	34	27	15	1.94
102687803--102687926	46	2.7	46	83	6	144	20	19	27	33	1.96
102708426--102708635	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
102716568--102716777	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
102724184--102724331	80	1.9	80	83	8	194	24	25	29	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102724184--102724331	40	3.7	38	89	7	163	24	25	29	20	1.99
102724140--102724363	40	5.6	39	80	5	155	26	23	27	21	1.99
102724224--102724372	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
102732309--102732370	28	2.2	28	97	0	115	33	19	25	20	1.96
102732345--102732484	40	3.5	39	80	3	136	23	25	29	22	1.99
102732345--102732493	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
102737966--102738177	53	3.9	54	73	5	187	37	17	23	21	1.94
102748539--102748611	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
102757993--102758054	30	2.1	30	96	0	115	25	14	22	37	1.92
102769836--102769886	24	2.1	24	100	0	102	39	3	11	45	1.59
102771084--102771209	44	2.9	42	79	8	121	30	24	19	24	1.98
102774055--102774172	45	2.7	44	79	10	134	27	31	16	24	1.97
102774092--102774184	45	2.1	45	85	4	125	34	29	13	22	1.93
102775303--102775335	15	2.2	16	89	10	52	54	15	0	30	1.41
102782165--102782349	45	4.2	44	68	16	123	31	28	16	23	1.96
102784458--102784651	27	7.3	27	86	5	252	30	12	15	40	1.85
102784998--102785031	18	1.9	17	94	5	59	26	17	11	44	1.83
102786114--102786144	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
102798396--102798476	24	3.6	23	74	17	80	60	0	33	6	1.22
102798392--102798475	6	14.2	6	67	16	50	61	0	32	5	1.20
102798415--102798458	15	2.9	15	80	12	54	63	0	29	6	1.20
102798411--102798475	15	4.3	15	77	11	53	61	0	32	6	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102804274--102804581	49	6.4	49	91	2	507	29	29	8	32	1.86
102807958--102808265	40	7.7	40	97	0	573	24	29	22	23	1.99
102810562--102810858	49	6.4	49	85	10	417	29	30	8	32	1.86
102810672--102810752	39	2.1	39	95	0	144	27	33	9	29	1.89
102810562--102810858	88	3.2	89	84	9	350	29	30	8	32	1.86
102810710--102810855	48	3.0	48	96	2	265	31	30	8	30	1.86
102810572--102810849	136	2.1	135	93	2	470	28	30	8	31	1.87
102820378--102820563	40	4.7	40	86	6	227	26	25	21	25	1.99
102825657--102825782	47	2.7	47	88	0	189	25	17	26	30	1.97
102837140--102837288	57	2.6	58	80	7	169	29	16	20	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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