genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  261  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81056957--81057120	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81064482--81064679	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
81064548--81064665	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81064516--81064679	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81069326--81069711	47	8.3	47	92	1	589	27	29	8	34	1.86
81069328--81069689	187	1.9	185	90	1	580	27	29	8	34	1.86
81069635--81069708	22	3.3	22	67	10	69	25	29	10	33	1.90
81078709--81078834	43	3.0	43	80	1	128	22	19	29	28	1.98
81078793--81078892	51	2.0	51	82	4	121	23	19	27	31	1.98
81081274--81081344	37	1.9	37	97	0	133	26	32	15	25	1.95
81081275--81081355	37	2.2	37	91	4	128	24	33	14	27	1.95
81081344--81081482	48	2.9	48	97	0	260	32	28	5	33	1.79
81085061--81085110	24	2.0	25	88	3	75	30	32	8	30	1.86
81085287--81085660	40	9.5	40	86	3	368	27	26	20	26	1.99
81085287--81085548	79	3.3	80	89	2	377	26	25	20	27	1.99
81085287--81085651	79	4.6	80	83	6	372	27	26	20	26	1.99
81087565--81087691	37	3.4	37	94	2	220	25	33	17	23	1.96
81087731--81087928	48	4.2	48	92	2	328	31	28	6	32	1.83
81087731--81087928	94	2.1	95	92	1	326	31	28	6	32	1.83
81093172--81093227	15	3.8	15	80	2	69	12	17	14	55	1.69
81096420--81096448	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
81096759--81096799	21	2.0	21	85	0	55	51	7	12	29	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81099799--81099974	46	3.8	45	75	10	167	22	19	27	29	1.98
81099795--81099966	93	1.8	93	88	2	265	22	20	28	28	1.99
81104742--81104856	42	2.7	43	82	1	133	21	21	27	28	1.99
81108411--81108455	21	2.1	22	84	12	58	11	20	15	53	1.72
81108675--81108730	15	3.8	15	80	2	69	12	17	14	55	1.69
81111582--81111680	51	1.9	51	81	4	119	23	19	27	30	1.98
81111921--81111947	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
81116094--81116268	46	3.8	45	78	11	185	21	20	29	29	1.98
81116090--81116260	92	1.8	93	92	1	290	21	20	29	28	1.98
81121590--81121766	46	3.8	45	79	10	196	22	20	28	28	1.98
81121586--81121757	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
81122393--81122436	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
81124252--81124308	28	2.0	28	100	0	114	49	22	10	17	1.77
81125684--81125849	40	4.2	40	78	3	149	22	27	22	26	1.99
81125700--81125847	80	1.9	79	83	8	194	21	27	23	27	1.99
81132875--81133041	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
81132891--81133039	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
81136280--81136323	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
81138133--81138188	28	2.0	28	96	3	105	46	25	10	17	1.80
81148326--81148404	29	2.7	29	84	0	77	25	32	16	25	1.96
81153936--81154112	46	3.8	45	78	10	187	22	20	28	28	1.98
81153932--81154103	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81154458--81154490	10	3.3	10	100	0	66	9	33	0	57	1.30
81157193--81157246	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
81157496--81157674	49	3.6	48	79	8	207	28	17	25	28	1.98
81157495--81157687	100	1.9	100	87	2	280	27	18	25	28	1.98
81163348--81163542	49	3.9	51	77	4	193	27	16	26	29	1.97
81164709--81164788	40	2.0	40	100	0	160	22	5	25	47	1.71
81165254--81165311	15	3.9	15	79	0	71	12	17	12	58	1.63
81167183--81167284	42	2.4	43	85	1	125	22	16	27	33	1.96
81167262--81167360	51	1.9	51	81	4	119	24	13	27	35	1.92
81167595--81167629	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
81183441--81183465	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
81183461--81183565	46	2.2	50	86	6	146	36	14	22	26	1.93
81206321--81206368	24	2.0	24	100	0	96	33	8	4	54	1.50
81207493--81207538	21	2.2	21	100	0	92	69	6	13	10	1.35
81209362--81209489	48	2.7	49	85	7	160	27	17	31	23	1.97
81211980--81212049	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
81211980--81212061	27	3.0	26	81	12	85	28	14	26	30	1.95
81213466--81213553	42	2.1	42	100	0	176	15	22	37	23	1.93
81217746--81217826	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
81217666--81217842	48	3.7	48	96	0	327	34	6	29	29	1.82
81217995--81218093	37	2.7	37	95	0	171	25	19	31	24	1.98
81223756--81223942	48	3.9	48	76	7	173	28	17	29	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81223759--81223938	97	1.8	98	83	1	236	28	17	30	24	1.97
81225345--81225448	44	2.4	43	82	4	111	35	10	21	32	1.87
81236541--81236569	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
81243273--81243373	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
81243302--81243373	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
81251356--81251455	28	3.5	28	86	6	112	29	14	27	30	1.95
81252156--81252303	47	3.1	47	93	1	242	28	29	8	33	1.86
81253736--81253884	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
81253777--81253884	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
81261888--81262037	40	3.8	39	78	7	133	21	27	24	26	1.99
81274968--81275134	40	4.2	40	77	4	151	22	26	23	27	2.00
81286026--81286161	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
81285972--81286160	58	3.3	58	78	4	177	24	33	15	26	1.95
81287320--81287377	20	3.2	18	79	13	57	5	15	1	77	1.02
81287880--81288060	40	4.6	40	87	2	231	24	23	25	25	2.00
81287880--81288060	80	2.3	80	88	0	256	24	23	25	25	2.00
81289900--81290010	27	4.1	26	79	7	114	36	21	24	17	1.94
81289902--81290008	54	2.0	54	87	3	153	36	21	24	17	1.95
81290425--81290456	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
81293362--81293430	24	2.9	24	95	0	120	21	42	4	31	1.73
81298679--81298712	14	2.4	14	90	5	50	50	5	8	35	1.58
81298687--81298720	14	2.4	14	90	0	50	41	2	14	41	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81299721--81299832	27	4.1	27	79	7	102	35	21	24	18	1.95
81299721--81299832	54	2.1	54	81	3	127	35	21	24	18	1.95
81320308--81320348	17	2.4	17	95	0	73	46	14	7	31	1.72
81324234--81324271	19	2.0	19	100	0	76	36	21	15	26	1.93
81326742--81326776	15	2.3	15	90	0	52	34	25	14	25	1.94
81329284--81329434	40	3.8	40	83	1	187	29	23	23	23	1.99
81329267--81329471	80	2.6	79	82	5	227	26	21	25	26	1.99
81332009--81332045	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
81334454--81334572	43	2.8	42	84	5	159	30	26	14	29	1.95
81334876--81334907	16	2.0	16	100	0	64	43	6	6	43	1.54
81337418--81337460	16	2.7	16	100	0	86	16	25	25	32	1.96
81337437--81337513	40	1.9	41	83	2	102	15	16	25	41	1.88
81337536--81337852	107	2.9	110	80	4	356	27	15	24	31	1.96
81340705--81340817	27	4.2	26	83	8	127	36	21	23	18	1.95
81340718--81340817	28	3.6	28	81	5	114	34	22	25	19	1.96
81340705--81340817	55	2.1	54	85	5	147	36	21	23	18	1.95
81342010--81342044	15	2.3	15	100	0	70	34	0	40	25	1.56
81342298--81342340	10	4.1	10	82	11	50	58	4	0	37	1.19
81342298--81342342	22	2.0	22	91	0	72	57	4	0	37	1.19
81345876--81345988	27	4.2	26	84	8	127	38	23	21	16	1.92
81345876--81345988	55	2.1	54	85	5	147	38	23	21	16	1.92
81351245--81351448	40	5.1	39	83	5	203	24	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81356740--81356852	27	4.2	26	84	8	136	37	23	23	16	1.94
81356740--81356852	55	2.1	54	86	5	156	37	23	23	16	1.94
81358046--81358080	15	2.3	15	100	0	70	34	0	40	25	1.56
81358334--81358376	10	4.1	10	85	11	59	58	2	0	39	1.11
81358334--81358378	22	2.0	22	95	0	81	57	2	0	40	1.11
81360358--81360424	33	2.0	33	100	0	134	35	28	0	35	1.58
81360704--81360775	36	2.0	36	100	0	144	33	11	13	41	1.80
81361812--81361982	46	3.7	46	75	3	180	30	15	28	26	1.96
81361812--81362026	46	4.6	48	74	3	177	30	16	26	25	1.97
81361812--81362026	94	2.3	94	85	0	304	30	16	26	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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