genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.385.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  385  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120025171--120025373	109	1.9	108	84	5	275	21	24	16	37	1.94
120025347--120025467	47	2.6	47	95	0	215	25	23	14	37	1.92
120025595--120025680	44	2.0	44	86	4	120	24	24	13	37	1.92
120026217--120026276	29	2.0	30	90	3	95	35	23	5	36	1.77
120027080--120027117	16	2.3	17	86	4	51	71	10	0	18	1.14
120033987--120034017	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
120037916--120037968	20	2.7	22	81	18	64	52	7	0	39	1.30
120038016--120038049	14	2.3	15	85	10	52	52	5	2	38	1.41
120038256--120038298	22	1.9	23	81	13	54	72	4	0	23	1.04
120038347--120038394	3	16.3	3	82	4	62	64	0	2	33	1.05
120040365--120040665	88	3.4	87	88	1	440	35	19	17	27	1.94
120040803--120040838	14	2.6	13	87	12	54	58	0	13	27	1.36
120040805--120040836	14	2.2	14	94	5	55	62	0	12	25	1.30
120040685--120040897	89	2.5	82	83	10	250	35	17	17	29	1.93
120040455--120040900	225	2.0	229	84	7	588	35	18	17	28	1.94
120043351--120043394	15	2.9	15	80	12	54	29	4	9	56	1.50
120043419--120043474	24	2.3	25	78	9	62	35	5	3	55	1.40
120046038--120046095	26	2.2	26	90	0	89	36	5	24	34	1.78
120050546--120050588	18	2.3	18	88	11	61	23	23	13	39	1.90
120058033--120058207	55	3.2	55	96	0	323	20	17	11	50	1.76
120058724--120058868	44	3.3	42	72	10	130	35	20	22	20	1.96
120058717--120058880	88	1.9	87	89	3	258	37	20	21	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120066167--120066210	15	2.9	15	80	12	54	29	4	9	56	1.50
120066235--120066290	24	2.3	25	78	9	62	35	5	3	55	1.40
120079340--120079374	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
120079777--120079821	3	15.3	3	81	4	56	64	0	2	33	1.06
120086542--120086714	39	4.4	39	89	2	267	25	19	31	23	1.98
120086542--120086742	39	5.1	39	88	0	249	25	20	30	23	1.99
120094369--120094507	40	3.5	40	85	4	167	24	29	21	24	1.99
120102243--120102354	44	2.5	44	80	8	129	27	25	25	22	2.00
120103953--120103982	12	2.6	12	94	5	53	80	0	0	20	0.72
120107178--120107255	31	2.5	31	80	0	93	44	7	11	35	1.69
120108095--120108122	1	28.0	1	100	0	56	0	100	0	0	0.00
120114051--120114172	43	2.9	42	80	7	129	24	18	25	31	1.97
120114777--120114828	26	2.0	26	100	0	104	23	11	19	46	1.82
120116499--120116660	63	2.6	63	75	5	166	25	8	32	33	1.85
120118144--120118191	24	2.0	25	84	12	64	60	8	0	31	1.26
120118343--120118398	14	4.0	14	78	0	58	39	1	30	28	1.67
120121237--120121320	42	2.0	42	100	0	168	40	4	7	47	1.52
120122802--120122831	9	3.3	9	90	0	51	23	13	23	40	1.90
120122883--120122919	9	4.1	9	86	13	58	45	10	10	32	1.74
120139818--120139886	19	3.5	18	76	13	57	37	8	17	36	1.81
120140337--120140485	45	3.3	44	87	2	210	18	20	20	40	1.91
120140477--120140587	51	2.1	53	90	3	172	17	16	22	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120145578--120145732	43	3.6	43	92	1	240	32	31	23	12	1.92
120145730--120145908	38	4.7	38	90	2	263	30	25	22	22	1.99
120150215--120150260	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
120159986--120160021	17	2.0	18	89	10	56	0	27	0	72	0.85
120159995--120160042	25	1.9	25	86	0	69	2	27	2	68	1.11
120159995--120160042	21	2.3	21	82	13	55	2	27	2	68	1.11
120160052--120160098	25	1.9	24	83	12	60	12	10	2	74	1.16
120160101--120160155	5	11.0	5	96	0	101	60	1	0	38	1.08
120161862--120162010	38	3.9	38	87	3	192	29	16	4	48	1.66
120161862--120162010	77	1.9	77	85	5	203	29	16	4	48	1.66
120172142--120172245	26	4.0	26	93	0	181	35	24	7	32	1.84
120186112--120186136	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
120209735--120209885	40	3.8	40	77	11	132	26	23	26	23	2.00
120209775--120209901	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
120211968--120211996	12	2.5	12	94	5	51	41	0	0	58	0.98
120215012--120215068	26	2.1	27	81	9	64	8	31	7	52	1.59
120221062--120221098	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
120222775--120222883	42	2.6	42	86	7	150	30	23	19	26	1.98
120222775--120222887	43	2.6	44	86	8	162	30	23	18	26	1.98
120230251--120230300	22	2.2	22	82	10	57	62	8	0	30	1.24
120230793--120230856	30	2.1	30	88	0	92	18	31	23	26	1.98
120231540--120231570	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120232725--120233260	265	2.0	265	98	0	1045	36	21	7	35	1.82
120235260--120235345	28	3.1	28	81	0	100	33	11	24	30	1.91
120236931--120237044	43	2.7	42	86	5	149	30	26	14	28	1.95
120237677--120237721	20	2.1	21	84	8	56	53	15	4	26	1.61
120249033--120249292	40	6.4	40	82	5	319	26	25	22	25	2.00
120249033--120249296	123	2.2	120	87	2	368	26	25	22	25	2.00
120254310--120254377	33	2.1	33	100	0	136	14	30	5	48	1.68
120254847--120254918	28	2.6	28	86	4	92	37	12	23	26	1.90
120257064--120257120	26	2.2	26	96	3	107	38	14	7	40	1.73
120257390--120257505	46	2.4	47	80	12	123	34	17	23	25	1.96
120257437--120257505	26	2.7	26	80	4	79	33	18	23	24	1.97
120265187--120265218	15	2.1	15	100	0	64	43	6	31	18	1.75
120265844--120265922	40	2.0	40	100	0	158	11	25	20	43	1.85
120274609--120274709	28	3.5	30	83	6	127	30	14	26	27	1.95
120274635--120274713	29	2.8	28	77	12	81	31	15	25	27	1.95
120294408--120294510	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
120301443--120301545	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
120309201--120309303	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
120316230--120316332	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
120324694--120324799	42	2.5	43	84	3	151	35	26	22	15	1.93
120324694--120324789	21	4.5	21	89	2	129	36	27	22	13	1.92
120325172--120325229	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
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120340014--120340098	44	1.9	44	85	0	116	20	20	22	37	1.94
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120357908--120358027	39	3.1	39	93	2	206	23	32	24	20	1.98
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120366905--120367107	72	2.8	72	78	5	198	36	13	12	37	1.82
120366812--120367107	18	16.1	18	71	9	150	36	14	12	37	1.83
120367270--120367412	45	3.2	45	81	11	170	41	18	18	20	1.90
120368280--120368404	7	17.4	7	80	11	137	16	0	36	47	1.52
120368280--120368404	22	5.8	21	79	11	137	16	0	36	47	1.52
120368280--120368400	29	4.2	28	83	9	138	16	0	34	47	1.52
120369221--120369253	5	6.6	5	100	0	66	60	0	0	39	0.97
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120392839--120392885	19	2.3	21	79	13	55	44	4	12	38	1.62
120393192--120393247	5	10.6	5	77	11	58	37	1	3	57	1.27
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120394524--120394580	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
120394965--120395060	21	4.5	21	81	2	102	15	21	25	37	1.93
120394952--120395060	42	2.5	43	83	4	148	17	22	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120396193--120396233	21	2.0	20	90	4	64	58	4	2	34	1.32
120398632--120398695	8	7.7	9	75	19	59	40	0	1	57	1.08
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120399907--120399949	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
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120423314--120423339	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
120424806--120424921	45	2.6	45	85	6	164	43	18	18	18	1.88
120425181--120425208	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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