genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  94  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26213928--26213981	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
26213984--26214061	27	2.9	27	82	0	84	24	21	17	35	1.95
26214017--26214105	44	2.0	44	84	4	117	24	19	19	37	1.94
26214069--26214171	27	3.8	27	92	2	154	24	15	20	39	1.91
26219175--26219338	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
26219175--26219372	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
26223865--26224011	27	5.5	27	86	3	190	25	18	18	38	1.93
26223865--26223985	52	2.3	54	87	5	167	25	19	17	37	1.94
26226131--26226274	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
26226132--26226313	78	2.3	79	89	1	267	24	22	29	23	1.99
26240100--26240131	15	2.1	15	100	0	64	50	21	0	28	1.49
26241084--26241307	37	6.1	37	95	0	385	26	30	19	23	1.98
26241454--26241592	48	2.8	51	90	4	203	32	27	5	35	1.79
26241562--26241755	47	4.1	47	90	2	300	26	28	11	32	1.92
26241608--26241730	22	5.3	22	63	30	60	25	29	13	31	1.94
26245963--26246092	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
26249028--26249232	40	5.1	40	96	0	374	24	30	21	23	1.99
26250495--26250681	37	5.1	37	95	0	320	26	31	19	22	1.98
26250828--26250964	48	2.8	48	91	2	211	31	27	5	35	1.80
26250934--26251174	47	5.1	47	91	2	376	26	28	12	33	1.92
26261720--26261873	39	3.9	39	86	0	191	22	22	31	23	1.98
26261720--26261873	79	1.9	79	85	2	211	22	22	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26269635--26269788	39	3.9	39	86	0	191	22	22	31	23	1.98
26269635--26269788	79	1.9	79	85	2	211	22	22	31	23	1.98
26276961--26277028	34	2.0	34	100	0	136	23	8	17	50	1.74
26278837--26278893	29	2.0	29	89	6	89	29	31	14	24	1.94
26279112--26279148	16	2.3	16	90	0	56	8	21	18	51	1.72
26282758--26282847	29	3.1	29	78	7	103	31	24	12	32	1.92
26283066--26283102	16	2.3	16	100	0	74	21	24	5	48	1.71
26296639--26296780	67	2.1	67	85	5	185	32	21	27	19	1.97
26297414--26297612	27	7.4	27	83	1	238	27	20	16	36	1.94
26297443--26297612	54	3.2	54	91	1	270	25	20	16	37	1.93
26297441--26297612	80	2.1	81	89	1	256	25	19	17	37	1.94
26300029--26300093	28	2.3	29	81	7	71	43	1	24	30	1.64
26308632--26308676	16	2.8	16	93	0	63	46	13	22	17	1.83
26316106--26316268	39	4.2	39	91	0	254	22	19	33	24	1.97
26316106--26316299	39	4.9	39	88	0	244	22	21	32	23	1.98
26318461--26318637	38	4.6	39	81	5	173	32	23	20	23	1.98
26318461--26318602	38	3.7	38	84	1	176	33	23	21	22	1.98
26340178--26340316	39	3.5	39	75	12	124	27	28	23	20	1.99
26340210--26340332	39	3.2	39	80	7	128	25	30	24	20	1.99
26343523--26343729	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
26351265--26351471	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
26354737--26354761	11	2.3	11	100	0	50	36	8	8	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26355931--26356090	46	3.4	46	82	5	187	26	21	30	21	1.98
26357809--26358023	46	4.7	45	77	6	184	26	20	30	23	1.98
26358165--26358211	23	2.0	23	84	12	60	46	6	19	27	1.74
26364681--26364740	27	2.3	25	80	11	66	20	35	16	28	1.94
26364767--26364861	27	3.5	27	76	8	95	9	17	27	45	1.80
26364937--26365022	45	1.9	45	87	0	127	23	19	15	41	1.89
26367421--26367450	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26372722--26372875	60	2.5	61	89	2	238	17	16	25	40	1.90
26379549--26379586	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
26388020--26388180	39	4.1	39	91	0	250	24	19	31	24	1.98
26395909--26396069	38	4.2	39	91	3	245	23	20	31	24	1.98
26395926--26396105	38	4.6	40	85	2	145	22	22	31	22	1.98
26413791--26413863	35	2.1	35	86	0	101	31	32	19	16	1.94
26433695--26433775	26	3.2	26	65	25	73	27	16	27	29	1.97
26433635--26433814	50	3.6	50	86	1	245	27	18	25	28	1.98
26443486--26443526	20	2.0	20	100	0	82	24	21	24	29	1.99
26443506--26443647	43	3.4	43	83	7	179	29	18	23	28	1.98
26446699--26446727	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
26447558--26447716	42	3.8	42	82	5	212	29	14	24	31	1.95
26447557--26447730	85	2.1	84	86	3	242	28	13	25	32	1.94
26449237--26449393	43	3.7	42	80	5	165	25	17	24	32	1.97
26468342--26468478	38	3.6	38	76	10	118	27	28	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26468411--26468493	38	2.2	38	89	4	123	26	28	22	21	1.99
26471330--26471432	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
26479311--26479413	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
26484304--26484490	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
26484327--26484490	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
26484327--26484524	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
26491874--26492060	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
26491897--26492060	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
26491897--26492094	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
26499203--26499472	48	5.6	48	89	1	371	25	17	30	25	1.97
26508753--26508796	23	1.9	23	86	9	63	34	15	6	43	1.74
26515124--26515247	40	3.1	40	90	2	178	23	22	28	25	1.99
26519884--26519927	23	1.9	23	86	9	63	34	15	6	43	1.74
26524179--26524207	15	1.9	15	100	0	58	34	0	24	41	1.55
26528037--26528091	21	2.6	21	77	13	58	20	32	7	40	1.80
26536037--26536099	29	2.2	28	83	8	81	66	9	1	22	1.29
26540391--26540562	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
26540383--26540558	46	3.8	46	80	7	212	28	30	20	20	1.98
26545838--26545863	10	2.6	10	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26548707--26548748	18	2.4	18	92	4	68	30	30	11	26	1.92
26552169--26552229	24	2.6	22	79	20	63	70	3	18	8	1.26
26556801--26556948	40	3.7	40	96	0	269	28	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26558171--26558204	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
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26562954--26563103	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
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26568628--26568847	40	5.5	40	87	2	282	27	25	21	25	1.99
26576845--26577054	40	5.2	40	86	6	248	29	26	20	24	1.99
26576845--26577062	80	2.7	79	85	5	287	28	26	20	24	1.99
26580253--26580310	29	2.0	29	100	0	116	27	6	27	37	1.82
26580257--26580320	29	2.2	29	91	0	101	32	6	25	35	1.81
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26586349--26586381	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
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26620736--26620886	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
26620772--26620902	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
26628652--26628802	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
26628688--26628818	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
26633392--26633493	29	3.6	28	89	2	141	27	16	27	28	1.97
26639442--26639493	23	2.3	22	74	9	52	40	7	3	48	1.50
26664871--26665052	40	4.6	40	87	2	242	23	27	23	25	2.00
26667237--26667367	66	2.0	66	81	0	154	37	18	18	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26674020--26674071	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
26674701--26674811	27	4.1	27	83	5	127	26	19	18	36	1.94
26675960--26676097	69	2.0	67	90	2	213	52	4	2	41	1.33
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26680486--26680836	94	3.7	93	73	10	261	22	28	21	27	1.99
26682404--26682589	40	4.7	40	84	5	184	26	25	21	26	2.00
26682404--26682588	80	2.3	80	77	9	207	25	25	21	26	2.00
26687989--26688195	40	5.2	40	87	2	276	23	21	28	26	1.99
26687985--26688195	79	2.7	79	88	0	323	23	21	28	26	1.99
26696096--26696283	40	4.7	40	88	1	261	23	23	28	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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