genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  296  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92670259--92670664	88	4.6	88	76	11	326	23	24	18	33	1.97
92670690--92670833	44	3.2	46	82	2	168	26	24	20	29	1.99
92670704--92670835	46	2.9	46	83	3	144	25	25	18	30	1.98
92683679--92683710	10	2.8	12	86	13	50	84	3	12	0	0.74
92684368--92684698	20	15.8	20	70	13	125	62	2	4	30	1.28
92684389--92684984	133	4.4	131	70	17	305	61	2	5	30	1.33
92684689--92684757	14	4.8	15	76	15	65	56	0	10	33	1.33
92684283--92684984	3	234.0	3	69	15	307	60	2	5	31	1.33
92684796--92685107	159	2.0	157	93	3	538	61	3	3	30	1.30
92685763--92686212	3	149.0	3	70	11	224	32	5	2	60	1.33
92685768--92685830	14	4.4	14	69	23	51	34	9	0	55	1.32
92686161--92686257	9	9.6	11	82	13	65	37	0	3	59	1.13
92689131--92689168	14	2.9	14	88	7	53	5	5	81	7	0.98
92689509--92689540	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
92692674--92692820	38	3.9	38	89	4	199	48	5	17	29	1.69
92697287--92697314	14	2.0	14	100	0	56	57	0	35	7	1.26
92705308--92706486	210	5.7	210	87	4	1560	28	17	22	30	1.97
92706561--92706657	45	2.2	45	86	1	133	29	12	32	24	1.92
92705308--92706486	412	2.8	411	85	6	1658	28	17	22	30	1.97
92707876--92708023	39	3.8	38	88	4	190	47	5	17	29	1.69
92707876--92708023	77	1.9	78	86	4	210	47	5	17	29	1.69
92708740--92708778	18	2.0	20	90	9	64	30	5	7	56	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92709662--92709700	19	1.9	19	85	10	51	30	20	5	43	1.73
92712374--92712572	50	4.0	50	82	3	222	28	29	18	24	1.98
92712386--92712572	101	1.9	99	87	4	277	28	29	17	24	1.97
92715302--92715428	42	3.0	42	82	2	155	30	26	13	29	1.94
92720834--92720897	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
92721103--92721207	47	2.2	48	89	3	158	26	21	20	30	1.98
92721103--92721207	24	4.4	24	91	3	158	26	21	20	30	1.98
92721258--92721317	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
92721258--92721312	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
92721360--92721407	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
92728791--92728827	17	2.2	17	100	0	74	16	5	29	48	1.68
92734777--92734986	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
92745905--92746034	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
92745905--92746068	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
92749558--92749610	28	1.9	28	88	3	81	47	1	5	45	1.37
92751782--92751811	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
92752237--92752266	14	2.1	15	93	6	53	20	36	0	43	1.52
92755130--92755596	234	2.0	234	100	0	934	37	11	18	32	1.88
92759774--92759898	49	2.6	49	88	0	187	30	28	16	24	1.97
92766624--92766686	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
92774484--92774546	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
92779408--92779613	40	5.1	40	87	0	259	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92779408--92779626	120	1.8	121	86	3	316	26	22	26	25	2.00
92779408--92779640	80	2.9	80	81	1	198	26	22	26	24	2.00
92785421--92785459	18	2.1	19	85	4	53	28	0	15	56	1.40
92791348--92791518	88	1.9	88	89	2	263	30	19	22	26	1.98
92795033--92795330	40	7.5	40	88	1	359	24	27	24	23	2.00
92798811--92798887	23	3.4	23	82	5	95	38	24	20	15	1.92
92798811--92798899	23	4.0	23	79	4	83	39	23	20	16	1.92
92799271--92799328	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
92804443--92804512	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
92812511--92812580	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
92816556--92816619	21	2.9	23	79	6	87	42	25	17	15	1.88
92816992--92817049	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
92818299--92818331	9	3.7	9	92	8	50	3	12	6	78	1.04
92819087--92819111	13	1.9	13	100	0	50	32	0	40	28	1.57
92819084--92819118	11	3.0	11	84	15	52	34	0	37	28	1.58
92822450--92822579	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
92826384--92826455	34	2.1	35	84	7	94	20	25	11	43	1.85
92827428--92827576	60	2.5	61	78	11	148	26	23	20	29	1.99
92830001--92830184	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	24	2.00
92830001--92830184	80	2.3	80	86	3	255	25	23	26	24	2.00
92830446--92830490	22	2.0	22	83	8	56	31	11	13	44	1.78
92840470--92840654	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92840471--92840662	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
92840470--92840687	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
92848467--92848646	40	4.5	40	79	6	179	24	25	27	22	2.00
92848467--92848650	79	2.3	80	82	8	223	23	24	27	23	2.00
92856273--92856503	24	9.6	24	98	0	372	20	18	25	35	1.95
92860670--92860852	39	4.6	39	86	0	231	23	30	21	24	1.99
92862361--92862536	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
92862357--92862528	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
92865487--92865555	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
92865478--92865565	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
92867948--92868123	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
92867944--92868115	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
92876462--92876644	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
92883049--92883179	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
92900789--92900878	45	2.0	45	95	0	162	48	2	5	43	1.38
92905875--92905954	17	4.6	17	71	9	63	63	2	5	28	1.28
92908104--92908146	19	2.2	20	80	19	56	39	0	0	60	0.97
92919178--92919239	30	2.1	30	96	0	115	50	12	11	25	1.74
92920964--92921028	22	2.8	23	78	17	71	52	7	1	38	1.40
92920971--92921026	25	2.4	23	82	8	69	55	7	0	37	1.27
92921061--92921105	21	2.3	18	85	11	54	51	6	0	42	1.28
92921627--92921774	12	12.1	12	88	9	100	62	3	1	33	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92921642--92921762	3	40.3	3	96	0	224	65	0	1	33	1.03
92923781--92923811	14	2.2	14	100	0	62	67	6	6	19	1.35
92923706--92923884	86	2.0	87	86	7	247	37	20	16	25	1.93
92923794--92923947	72	2.1	73	82	1	202	35	24	16	24	1.95
92923864--92924202	90	3.8	88	79	9	359	35	21	17	25	1.95
92924121--92924148	14	2.0	14	100	0	56	64	7	14	14	1.48
92924140--92924370	74	3.1	73	86	6	288	35	21	15	28	1.94
92936613--92936677	22	2.8	23	78	17	71	52	7	1	38	1.40
92936620--92936675	25	2.4	23	82	8	69	55	7	0	37	1.27
92937106--92937143	8	4.9	8	83	6	51	55	7	0	36	1.29
92937152--92937182	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
92937283--92937358	3	25.7	3	97	2	145	65	0	0	34	0.93
92939766--92939943	97	1.9	94	84	5	241	26	16	30	25	1.97
92945623--92945665	23	1.9	23	85	4	61	32	6	37	23	1.82
92945910--92945948	20	2.0	20	84	0	51	23	33	25	17	1.96
92945966--92946006	20	2.0	20	86	9	57	34	7	12	46	1.69
92949839--92949907	34	2.0	34	94	0	120	56	13	13	17	1.67
92951171--92951211	19	2.2	19	90	0	64	51	17	7	24	1.70
92952099--92952141	20	2.2	20	100	0	86	30	23	4	41	1.74
92963230--92963323	25	3.8	24	77	13	75	25	3	20	51	1.62
92964310--92964373	17	3.6	18	89	4	94	35	15	12	35	1.85
92964727--92964953	44	5.1	45	74	11	198	26	28	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92964894--92965186	78	3.8	78	90	2	455	24	24	19	31	1.98
92976911--92976946	18	2.1	18	89	5	56	66	0	0	33	0.92
92977239--92977305	19	3.7	19	90	9	113	35	14	11	37	1.84
92977239--92977313	36	2.1	35	85	11	100	36	13	13	37	1.84
92977239--92977313	19	4.2	19	86	11	88	36	13	13	37	1.84
92977424--92977463	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
92977494--92977561	30	2.3	30	92	0	109	29	7	11	51	1.65
92978871--92979105	22	10.8	22	70	10	137	18	24	17	39	1.92
92978871--92979161	44	6.7	44	72	9	209	17	24	18	39	1.92
92978872--92979038	66	2.5	66	79	9	196	17	24	17	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438