genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  178  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54930934--54930989	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
54930923--54930989	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
54931039--54931205	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
54931039--54931205	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
54931039--54931204	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
54931397--54931460	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
54932871--54932935	27	2.4	27	82	5	78	20	24	21	33	1.97
54932986--54933298	27	11.6	27	76	6	184	32	9	19	38	1.85
54933072--54933271	81	2.5	81	87	2	269	31	9	21	39	1.84
54933339--54933417	38	2.1	38	82	0	95	34	7	32	25	1.84
54933250--54933385	27	5.0	27	88	0	182	39	10	22	27	1.86
54933426--54933512	27	3.2	27	83	3	95	32	12	16	39	1.86
54933446--54933521	27	2.8	27	82	6	82	34	11	14	39	1.83
54934955--54935012	19	3.2	19	68	22	61	36	1	10	51	1.46
54934958--54935024	35	1.9	35	93	0	116	34	1	13	50	1.51
54935345--54935577	49	4.7	50	77	3	220	26	18	25	30	1.98
54939952--54940081	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
54941582--54941620	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
54942869--54942897	11	2.6	11	100	0	58	31	10	17	41	1.83
54943832--54943889	19	3.2	19	68	22	61	36	1	10	51	1.46
54944216--54944466	49	5.0	50	75	5	222	25	17	27	29	1.98
54944229--54944452	100	2.3	99	81	3	254	25	17	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54945974--54946075	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
54953860--54953961	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
54958884--54959033	40	3.8	39	81	5	140	27	24	26	21	1.99
54958882--54959035	80	1.9	80	85	0	209	27	24	26	21	1.99
54958926--54959089	40	4.1	40	77	7	136	27	26	27	18	1.98
54958924--54959102	80	2.3	80	79	3	175	28	25	26	19	1.99
54966969--54967114	38	3.8	37	84	10	170	26	23	28	21	1.99
54968705--54968868	39	4.2	40	80	6	167	24	26	22	26	2.00
54976632--54976798	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
54976648--54976798	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
54977993--54978102	56	2.0	54	82	10	134	28	16	18	37	1.92
54979091--54979256	40	4.2	40	96	0	298	22	22	27	27	1.99
54983593--54983649	28	2.0	28	100	0	114	38	10	8	42	1.71
54991789--54991932	42	3.4	41	77	8	137	20	16	31	31	1.95
54991861--54991943	43	1.9	43	92	0	139	19	20	31	28	1.97
54993792--54993843	19	2.7	19	77	11	61	25	26	32	15	1.95
54995646--54995715	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
55003637--55003706	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
55007547--55007670	38	3.0	38	72	20	113	29	24	15	30	1.95
55012137--55012204	31	2.2	31	89	0	100	29	7	5	57	1.50
55013620--55013676	26	2.1	27	83	3	71	33	22	14	29	1.93
55016548--55016776	38	6.0	38	89	1	305	31	23	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55023003--55023217	40	5.4	40	91	1	306	24	28	21	25	1.99
55025078--55025147	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
55025078--55025159	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
55031697--55031808	56	2.1	53	81	11	129	38	17	16	27	1.91
55033029--55033157	40	3.2	40	80	8	138	23	23	28	24	1.99
55041800--55041976	79	2.2	79	92	2	293	25	27	22	23	2.00
55041800--55041964	40	4.2	40	94	2	289	26	27	22	23	1.99
55045633--55045773	57	2.5	57	80	8	144	29	25	18	26	1.98
55053126--55053197	24	2.9	24	85	8	83	34	19	23	22	1.96
55059170--55059382	77	2.8	77	86	2	302	21	20	27	30	1.98
55059677--55059756	40	2.0	40	97	0	151	28	12	17	41	1.86
55067352--55067627	48	5.9	48	84	5	348	26	19	24	28	1.99
55068921--55068968	20	2.4	20	100	0	96	20	31	35	12	1.90
55081275--55081393	43	2.7	44	90	5	186	28	30	20	21	1.98
55081272--55081458	43	4.1	46	70	19	124	29	28	19	21	1.98
55085643--55085680	13	2.9	13	96	0	67	39	15	0	44	1.47
55086304--55086570	46	5.8	45	75	11	263	28	28	19	23	1.98
55086311--55086575	93	2.8	93	93	1	451	28	29	19	23	1.98
55086356--55086525	47	3.7	46	74	11	184	28	29	18	23	1.98
55088584--55088803	45	4.8	46	82	11	290	20	20	29	29	1.98
55091755--55091823	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
55091746--55091833	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55094219--55094437	46	4.8	46	81	10	288	20	21	29	29	1.98
55108231--55108294	31	2.1	31	87	0	92	21	21	15	40	1.91
55108480--55108623	24	6.0	24	88	7	204	29	20	20	29	1.98
55108681--55108737	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
55108677--55108739	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
55108776--55108823	25	1.9	25	83	8	62	27	12	25	35	1.92
55114517--55114722	53	3.8	54	79	1	234	19	24	18	36	1.94
55118509--55118653	43	3.4	43	79	7	161	31	22	16	29	1.96
55133873--55134040	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
55133889--55134038	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
55138178--55138336	28	5.5	29	89	5	232	35	13	25	25	1.93
55138178--55138336	58	2.8	57	90	4	230	35	13	25	25	1.93
55138178--55138336	86	1.8	86	90	1	255	35	13	25	25	1.93
55149678--55149900	24	9.6	24	90	7	345	37	25	17	20	1.94
55149741--55149874	40	3.2	40	84	15	196	38	24	15	20	1.92
55149765--55149802	16	2.4	16	100	0	76	42	23	13	21	1.88
55149694--55149874	88	2.1	88	97	0	344	38	24	16	20	1.92
55149678--55149898	112	2.0	112	95	0	397	37	24	16	20	1.93
55154027--55154068	19	2.2	19	91	8	68	30	0	19	50	1.48
55155834--55156164	48	6.9	48	78	4	301	27	18	29	24	1.98
55155843--55156164	96	3.4	94	80	6	353	27	19	29	24	1.98
55155848--55156164	144	2.2	144	86	2	431	27	18	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55159434--55159654	39	5.6	39	86	0	289	23	29	21	24	1.99
55162686--55162810	62	2.0	62	96	0	232	34	12	12	40	1.82
55163557--55163591	17	2.1	17	100	0	70	40	14	0	45	1.45
55173087--55173143	29	1.9	30	92	3	98	61	15	1	21	1.43
55173973--55174002	9	3.3	9	90	0	51	40	0	3	56	1.16
55178437--55178557	52	2.3	53	84	5	156	24	15	28	31	1.96
55185956--55186091	52	2.6	52	83	3	166	26	14	27	31	1.95
55187574--55187609	18	2.0	18	89	10	56	41	19	0	38	1.52
55191329--55191390	27	2.3	26	78	8	70	35	0	12	51	1.40
55194388--55194571	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
55202492--55202675	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
55209220--55209264	5	9.0	5	80	0	54	20	2	4	73	1.11
55209227--55209264	20	1.9	20	94	0	67	18	0	5	76	0.97
55211928--55212107	100	1.8	100	84	7	249	23	16	27	32	1.96
55212718--55212779	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
55213529--55213562	17	1.9	18	94	5	61	26	8	5	58	1.51
55219299--55219467	71	2.4	71	98	0	329	18	27	17	36	1.93
55219299--55219501	71	2.9	70	91	3	259	20	28	16	34	1.94
55220825--55220982	86	1.8	85	82	9	205	35	25	15	23	1.94
55223872--55223903	13	2.4	14	94	5	57	75	0	0	25	0.81
55224522--55224563	22	1.9	22	85	0	57	59	2	7	30	1.37
55224696--55224720	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55233464--55233521	28	2.1	28	100	0	116	24	25	6	43	1.79
55235150--55235200	16	3.2	16	94	0	84	21	9	13	54	1.67
55235634--55235660	14	1.9	14	100	0	54	37	7	18	37	1.79
55236833--55236871	16	2.6	15	84	11	53	51	0	0	48	1.00
55236860--55236903	20	2.3	19	81	14	54	59	2	0	38	1.10
55237634--55237675	21	2.0	22	85	4	59	26	40	21	11	1.88
55239785--55239879	40	2.4	40	96	0	181	20	20	29	30	1.97
55242104--55242160	16	3.7	15	77	15	55	29	0	3	66	1.08
55244650--55244689	21	2.0	21	85	5	55	20	25	40	15	1.90
55246856--55247039	40	4.6	40	87	5	239	23	20	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438