Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  411  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
127749640--127749856
3
72.3
3
67
15
74
56
2
7
32
1.42
127749595--127749655
22
2.8
22
80
2
61
68
6
6
18
1.33
127749856--127749887
16
2.0
16
93
0
55
50
6
21
21
1.71
127749990--127750027
16
2.4
16
86
8
51
63
0
7
28
1.23
127750129--127750165
3
13.0
3
88
11
60
64
0
0
35
0.94
127750208--127750259
14
3.6
14
73
2
50
53
9
3
32
1.51
127750246--127750304
3
19.0
3
86
6
82
64
1
0
33
1.04
127750775--127750842
26
2.7
25
90
4
102
48
20
2
27
1.64
127751090--127751130
19
2.1
20
95
4
75
4
0
24
70
1.06
127752715--127752750
19
1.9
18
94
5
63
30
5
2
61
1.33
127753485--127753514
9
3.2
9
95
4
51
86
3
0
10
0.67
127755919--127755948
15
2.0
15
93
0
51
33
6
10
50
1.62
127759689--127759774
42
2.0
42
95
0
154
29
23
11
36
1.90
127759875--127759920
23
2.0
23
100
0
92
39
8
17
34
1.80
127774779--127774823
21
2.1
21
84
8
56
48
4
4
42
1.43
127775339--127775588
53
4.7
52
72
9
164
34
17
20
27
1.95
127776041--127776134
49
1.9
49
85
8
129
21
13
20
44
1.86
127785404--127785454
21
2.4
21
75
18
52
54
0
3
41
1.19
127785546--127785601
24
2.4
24
84
3
78
46
0
1
51
1.11
127788650--127788690
15
2.5
17
80
11
59
65
0
0
34
0.93
127791354--127791390
9
4.1
9
92
0
65
29
10
13
45
1.77
127794072--127794133
31
2.1
30
82
17
76
45
8
17
29
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
127801688--127801762
38
2.0
38
100
0
150
32
18
25
24
1.97
127801729--127801896
46
3.7
46
84
1
203
42
14
22
20
1.88
127802156--127802202
25
2.0
25
83
8
62
53
4
14
27
1.60
127813190--127813214
12
2.1
12
100
0
50
68
0
0
32
0.90
127813376--127813422
19
2.4
20
83
13
62
40
0
4
55
1.19
127818826--127819178
3
116.0
3
67
15
127
27
8
3
59
1.44
127818814--127818863
19
2.4
21
74
16
50
32
4
0
64
1.12
127818938--127818978
22
1.9
21
90
5
64
29
12
0
58
1.34
127819190--127819237
19
2.9
16
80
17
53
16
8
4
70
1.27
127823148--127823209
31
2.0
31
96
0
115
38
16
8
37
1.78
127824117--127824154
2
18.5
2
89
5
58
44
2
0
52
1.14
127826674--127827055
3
125.7
3
68
12
156
60
3
6
28
1.40
127826928--127826984
17
3.5
17
73
21
50
61
5
7
26
1.43
127829291--127829332
14
2.9
15
89
7
68
28
7
2
61
1.35
127833612--127833664
24
2.2
24
86
0
70
45
15
30
9
1.77
127833612--127833664
12
4.4
12
73
0
52
45
15
30
9
1.77
127841256--127841423
35
4.6
35
85
7
185
33
23
10
32
1.89
127841251--127841423
75
2.4
73
83
9
210
33
23
10
32
1.89
127848753--127848918
35
4.6
35
86
8
192
33
24
10
31
1.90
127848748--127848920
75
2.4
72
83
11
221
33
23
10
31
1.90
127850296--127850564
44
6.0
44
68
11
170
31
21
21
25
1.98
127851918--127851959
14
2.9
15
89
7
68
28
7
2
61
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
127851996--127852049
27
2.0
26
85
7
72
27
1
1
68
1.10
127864928--127864976
19
2.5
19
80
3
53
38
4
0
57
1.18
127864925--127864988
23
2.7
22
77
18
58
37
3
0
59
1.13
127868309--127868355
18
2.4
20
82
10
62
61
0
0
38
0.96
127871597--127871697
39
2.6
38
87
6
139
13
27
22
35
1.92
127874477--127874699
40
5.6
40
81
11
246
25
26
21
26
2.00
127874477--127874700
79
2.8
78
83
8
281
25
26
21
25
2.00
127877433--127877566
42
3.2
41
90
4
198
25
31
19
23
1.98
127877685--127877731
19
2.5
19
76
10
51
72
4
2
21
1.12
127879626--127880062
46
9.5
46
84
4
524
36
23
6
33
1.80
127879626--127880072
23
19.4
23
78
9
414
36
23
6
33
1.80
127880448--127880497
12
4.2
12
73
14
50
42
24
0
34
1.55
127881707--127881737
15
2.1
15
100
0
62
51
12
29
6
1.65
127883162--127883222
7
8.7
7
81
0
59
49
26
0
24
1.51
127883162--127883222
14
4.4
14
78
0
68
49
26
0
24
1.51
127883162--127883217
21
2.7
21
80
0
76
48
28
0
23
1.51
127883379--127883515
41
3.4
40
83
7
170
16
20
20
42
1.89
127892873--127892908
17
2.1
17
90
10
56
38
5
0
55
1.23
127897536--127897567
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
127903949--127904203
3
83.7
3
73
11
74
60
5
8
25
1.46
127905659--127906166
44
11.6
44
69
5
296
20
23
20
35
1.96
127905656--127906185
174
3.0
175
93
0
902
21
23
20
35
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
127905653--127906185
88
6.1
88
88
1
804
21
23
20
35
1.96
127906190--127906280
43
2.1
44
81
2
103
26
24
20
28
1.99
127912701--127912744
22
2.0
22
81
0
52
2
45
0
52
1.13
127913291--127913321
13
2.3
14
94
5
55
41
0
6
51
1.27
127913520--127913549
12
2.6
11
90
10
51
36
0
0
63
0.95
127915963--127916009
24
2.0
24
83
8
60
23
23
23
29
1.99
127917892--127917975
26
3.2
26
94
0
141
34
5
23
35
1.80
127919760--127920046
137
2.1
137
97
0
538
25
19
23
31
1.98
127921238--127921302
29
2.2
29
83
2
76
36
12
18
32
1.88
127921253--127921310
29
2.0
29
96
0
107
34
6
18
39
1.78
127921566--127921602
14
2.6
14
86
4
56
72
0
5
21
1.04
127923515--127923996
44
10.6
44
71
8
216
28
21
18
31
1.97
127923515--127923990
133
3.5
133
75
7
393
28
22
17
31
1.97
127933132--127933176
22
2.0
23
95
4
83
42
22
17
17
1.89
127933367--127933484
23
4.6
26
86
7
131
45
33
4
16
1.67
127939754--127939797
19
2.3
19
84
7
54
38
11
27
22
1.88
127943735--127943781
3
15.3
3
78
12
51
63
0
6
29
1.19
127943730--127943781
18
2.7
19
82
14
63
65
0
5
28
1.16
127943878--127943916
18
2.2
17
86
13
53
71
0
2
25
0.98
127943877--127943915
21
1.9
20
89
5
60
71
0
2
25
0.98
127944974--127945023
20
2.4
22
83
12
61
20
12
46
22
1.83
127947348--127947393
19
2.3
19
85
7
56
21
2
13
63
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
127949132--127949181
25
2.0
25
88
7
75
24
20
2
54
1.55
127949302--127949408
54
2.0
54
98
0
205
34
7
17
40
1.78
127949689--127949738
26
2.0
24
88
7
73
64
6
0
30
1.18
127949709--127949767
21
2.8
21
78
12
59
69
8
0
22
1.15
127952682--127952706
6
4.2
6
100
0
50
64
0
0
36
0.94
127953824--127953892
32
2.2
32
94
5
122
34
7
14
43
1.73
127963005--127963153
4
37.2
4
100
0
298
49
25
0
24
1.50
127969094--127969139
24
1.9
24
90
0
74
54
15
21
8
1.68
127969513--127969630
27
4.4
27
78
8
89
43
15
18
22
1.88
127969622--127969832
27
7.8
27
86
0
224
27
12
16
43
1.84
127969620--127969855
54
4.4
54
81
1
249
26
12
18
42
1.86
127969676--127969854
27
6.6
27
83
5
92
26
12
18
41
1.87
127969649--127969863
81
2.7
81
80
2
191
26
13
18
41
1.88
127970169--127970214
18
2.6
18
85
0
65
26
19
10
43
1.84
127972933--127972993
3
20.3
3
100
0
122
32
0
0
67
0.91
127989722--127989760
20
2.0
19
85
5
51
69
0
10
20
1.17
127993666--127993739
27
2.7
27
91
0
121
43
24
16
16
1.87
127993677--127993755
27
2.9
27
88
0
104
44
18
16
20
1.87
127993719--127993954
27
8.8
27
78
3
174
28
13
19
38
1.90
127996285--127996333
20
2.5
20
80
6
55
67
2
6
24
1.24
128011749--128011814
26
2.5
26
78
9
73
27
13
19
39
1.89
128013258--128013393
26
5.2
26
94
0
236
36
25
5
33
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
128014418--128014472
5
10.6
5
90
5
83
41
20
0
38
1.52
128020889--128020925
17
2.2
18
90
9
60
59
0
0
40
0.97
128020892--128020932
18
2.3
19
83
12
59
53
2
0
43
1.13
128022357--128022413
20
2.7
22
75
19
59
24
0
14
61
1.33
128022471--128022518
20
2.5
20
83
16
66
22
2
4
70
1.15
128022470--128022525
19
2.9
19
77
17
62
21
1
3
73
1.08
128029276--128029433
86
1.8
85
85
4
219
31
27
16
24
1.96
128029284--128029445
43
3.8
42
82
5
182
32
26
16
24
1.96
128035516--128035567
4
13.0
4
79
0
50
26
9
0
63
1.25
128035598--128035702
3
34.7
3
96
1
192
33
0
0
65
0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438