genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  265  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82278814--82278869	19	2.9	19	83	0	76	55	25	5	14	1.60
82288176--82288276	32	3.1	32	88	7	150	32	38	9	18	1.84
82294996--82295049	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
82294986--82295084	30	3.3	30	95	0	171	25	50	6	18	1.69
82295556--82295676	47	2.6	48	70	12	106	36	5	3	54	1.41
82295691--82295730	21	1.9	21	89	0	62	30	2	7	60	1.38
82295818--82295873	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
82302432--82302477	23	2.0	24	83	12	60	10	21	23	43	1.84
82311287--82311318	17	1.9	16	93	6	55	87	0	12	0	0.54
82312183--82312628	88	4.8	88	74	19	304	26	17	19	37	1.93
82312330--82312376	13	3.5	13	85	5	58	17	10	4	68	1.35
82312244--82312628	100	4.0	99	80	12	408	25	16	18	39	1.91
82312545--82313153	73	8.3	74	85	4	793	30	16	19	33	1.94
82312545--82313153	148	4.1	149	88	2	808	30	16	19	33	1.94
82313224--82313256	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
82313122--82313612	91	5.3	90	75	9	366	26	16	17	39	1.91
82313080--82313412	182	1.8	178	84	6	447	28	17	18	35	1.94
82313325--82313514	102	1.8	103	87	4	285	27	14	17	40	1.89
82313452--82313657	87	2.4	87	84	4	245	30	14	18	35	1.91
82314291--82314389	30	3.3	30	94	0	171	26	49	6	18	1.70
82315014--82315080	25	2.9	23	78	10	73	29	5	5	58	1.46
82315144--82315199	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82316242--82316304	26	2.4	26	75	15	67	4	12	4	77	1.08
82320886--82321016	47	2.8	46	81	5	165	32	23	14	29	1.94
82329290--82329367	41	1.9	41	82	10	97	46	5	6	42	1.51
82329454--82329482	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
82330633--82330680	26	1.9	25	87	8	71	18	6	8	66	1.39
82330746--82330770	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
82331078--82331226	72	2.1	72	81	0	172	45	6	9	38	1.63
82333085--82333122	14	2.9	13	88	7	51	42	0	0	57	0.98
82334156--82334204	5	9.8	5	100	0	98	59	0	0	40	0.98
82335485--82335535	22	2.3	21	80	9	57	21	0	7	70	1.12
82336181--82336221	21	1.9	22	85	5	57	12	26	36	24	1.91
82336539--82336573	14	2.5	14	90	0	52	31	31	11	25	1.91
82347835--82347894	30	2.0	30	96	0	111	25	0	15	60	1.35
82354929--82355243	161	2.0	161	92	0	531	33	13	12	40	1.82
82355144--82355306	74	2.2	74	84	6	222	39	9	11	39	1.74
82359742--82359766	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
82362167--82362204	19	2.0	19	89	0	58	63	13	5	18	1.48
82370002--82370083	41	2.0	41	97	0	155	37	7	6	48	1.56
82375766--82375873	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
82381930--82382184	55	4.8	53	76	11	204	35	18	24	21	1.96
82381940--82382137	108	1.8	110	85	4	285	33	18	24	22	1.97
82382376--82382406	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82382460--82382533	37	2.0	37	100	0	148	35	10	16	37	1.83
82393091--82393347	55	4.8	54	78	7	233	35	17	25	21	1.95
82393101--82393298	108	1.8	110	87	4	303	34	17	25	22	1.96
82427482--82427508	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
82429856--82429897	19	2.2	20	86	4	59	38	4	9	47	1.57
82435562--82435676	55	2.1	55	80	0	122	20	27	34	16	1.94
82436131--82436173	17	2.5	17	84	0	50	2	20	2	74	1.04
82437831--82438373	181	3.0	181	98	0	1032	39	19	16	24	1.91
82441039--82441285	40	6.2	40	81	4	286	26	27	21	24	1.99
82441030--82441285	80	3.2	80	89	2	356	26	26	21	25	1.99
82449134--82449380	40	6.2	40	79	4	268	26	27	21	25	1.99
82449134--82449379	80	3.1	79	88	2	332	26	27	21	25	1.99
82449161--82449384	80	2.8	80	91	0	342	24	26	22	26	2.00
82451448--82451499	8	6.8	8	86	8	81	38	1	0	59	1.08
82452502--82452619	58	2.0	58	88	0	173	23	13	27	35	1.92
82455090--82455137	25	2.0	23	84	8	60	75	0	16	8	1.04
82456424--82456524	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95
82456453--82456524	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
82469943--82470101	29	5.5	29	82	5	171	25	31	16	25	1.97
82471385--82471417	17	1.9	17	100	0	66	6	15	0	78	0.93
82478022--82478181	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
82480064--82480226	40	4.1	40	86	7	224	23	22	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82480064--82480226	80	2.0	80	89	2	247	23	22	26	27	1.99
82488286--82488503	40	5.5	40	92	1	323	24	22	25	26	2.00
82501725--82501846	46	2.7	46	89	0	172	31	26	20	22	1.98
82502269--82502328	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
82504357--82504455	28	3.5	29	93	5	159	32	28	12	27	1.92
82512087--82512185	28	3.5	29	90	5	141	32	28	12	27	1.92
82516311--82516380	30	2.3	30	95	0	122	42	0	37	20	1.52
82519286--82519448	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
82519286--82519479	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
82526191--82526322	29	4.6	29	83	0	138	25	33	15	25	1.95
82534102--82534311	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
82542238--82542447	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
82550288--82550379	29	3.2	29	84	6	114	25	27	16	31	1.96
82550299--82550381	29	2.9	29	92	0	130	26	30	14	28	1.95
82554356--82554518	39	4.2	39	91	0	254	23	20	32	23	1.98
82554356--82554549	39	4.9	39	88	0	244	23	21	31	23	1.98
82556722--82556770	23	2.1	23	88	0	71	18	32	20	28	1.96
82556722--82556780	23	2.6	23	80	0	64	16	27	27	28	1.97
82557958--82558070	37	3.1	37	94	0	190	27	31	19	21	1.97
82558321--82558443	22	5.3	22	64	27	67	25	30	13	31	1.93
82558275--82558468	47	4.1	47	92	0	307	26	28	11	33	1.91
82558390--82558469	25	3.3	25	70	16	78	31	27	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82563446--82563559	43	2.6	45	92	5	196	28	18	30	22	1.97
82563394--82563559	46	3.7	46	84	4	212	29	19	28	22	1.98
82563610--82563830	49	4.5	49	81	4	232	32	20	23	23	1.98
82569760--82569919	39	4.1	39	93	0	266	21	22	31	23	1.98
82573987--82574205	40	5.5	39	82	4	206	23	25	23	26	2.00
82573987--82574207	80	2.7	79	79	4	237	23	25	23	27	2.00
82582094--82582312	40	5.5	39	80	8	199	23	26	23	26	2.00
82582094--82582314	80	2.7	79	81	4	246	23	25	23	26	2.00
82587313--82587349	2	18.5	2	88	0	56	54	0	2	43	1.14
82590959--82590983	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
82595541--82595581	22	1.9	22	90	5	66	19	26	41	12	1.87
82596754--82596923	47	3.6	47	80	12	179	24	30	18	26	1.98
82600035--82600069	16	2.2	16	89	0	52	8	14	22	54	1.67
82600853--82600919	24	2.8	24	75	8	73	28	34	2	34	1.73
82608010--82608077	6	11.3	6	84	6	84	76	5	1	16	1.05
82620596--82620636	17	2.5	16	85	14	57	73	2	7	17	1.17
82620592--82620636	19	2.4	19	82	10	58	73	2	6	17	1.15
82625251--82625630	189	2.0	189	98	0	742	41	16	6	35	1.75
82636989--82637203	46	4.6	45	80	7	175	24	28	18	28	1.98
82637032--82637202	46	3.7	46	82	6	220	23	29	19	27	1.98
82645148--82645208	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
82653118--82653296	50	3.5	50	87	3	243	26	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82664167--82664191	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
82665175--82665396	46	4.8	46	79	8	193	21	30	20	27	1.98
82670177--82670287	42	2.7	41	82	2	150	16	33	19	30	1.94
82670177--82670301	42	3.0	41	77	11	128	16	31	20	32	1.94
82673018--82673132	24	4.8	24	97	0	212	35	26	17	20	1.94
82673115--82673188	29	2.6	29	97	0	139	28	32	14	24	1.95
82679944--82680100	46	3.3	47	76	7	149	26	28	17	27	1.98
82679931--82680109	94	1.9	94	85	4	245	24	29	18	27	1.98
82679931--82680149	93	2.3	93	79	7	230	25	28	18	27	1.98
82685733--82685777	22	2.0	22	95	0	81	35	17	2	44	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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