genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  258  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80018594--80018809	47	4.6	47	95	0	369	30	12	31	26	1.92
80018793--80018924	65	2.0	65	100	0	264	34	10	31	24	1.89
80018812--80018913	32	3.2	32	66	18	93	36	8	29	25	1.86
80018939--80018963	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
80023324--80023504	40	4.6	40	93	3	296	26	26	23	23	2.00
80031356--80031457	40	2.6	40	89	7	147	24	27	23	24	2.00
80034116--80034147	12	2.8	12	86	13	50	34	37	0	28	1.57
80035665--80035730	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
80036687--80036725	17	2.3	17	100	0	78	38	17	0	43	1.50
80038061--80038141	40	2.0	40	95	0	144	27	12	11	49	1.74
80040733--80040773	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
80043077--80043155	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
80043027--80043470	47	9.3	47	91	1	663	28	30	9	32	1.88
80043343--80043465	22	5.3	22	62	18	61	26	30	10	32	1.90
80049634--80049671	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
80049664--80050112	48	9.1	48	91	3	675	36	6	25	31	1.81
80049664--80050109	98	4.5	98	90	5	677	36	6	25	31	1.81
80049664--80050112	100	4.6	97	90	4	654	36	6	25	31	1.81
80049660--80050109	248	1.8	248	95	1	778	36	6	25	31	1.81
80050259--80050367	37	2.9	37	93	0	182	24	19	29	26	1.98
80053554--80053656	40	2.6	40	92	0	161	24	12	13	49	1.77
80055428--80055454	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80055537--80055578	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
80056319--80056364	23	2.1	22	84	11	60	50	4	0	45	1.21
80056432--80056504	24	3.1	23	75	7	76	54	1	1	42	1.17
80069367--80069429	19	3.2	21	66	25	64	42	14	17	25	1.87
80069364--80069440	38	2.0	38	100	0	154	41	12	18	27	1.87
80071047--80071085	18	2.2	18	100	0	78	28	10	28	33	1.90
80083598--80083662	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
80090258--80090319	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
80091484--80091548	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
80095946--80095970	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
80098017--80098056	13	3.1	13	96	0	71	20	32	32	15	1.93
80107647--80107723	25	3.1	25	92	1	120	27	19	22	31	1.98
80107925--80108221	27	11.0	27	86	2	382	24	21	18	35	1.96
80107925--80108221	54	5.5	54	89	1	425	24	21	18	35	1.96
80108225--80108432	54	3.8	53	81	3	209	32	8	18	40	1.81
80108250--80108432	81	2.3	81	82	3	226	31	8	19	40	1.81
80108383--80108557	80	2.2	81	80	1	181	37	8	21	32	1.84
80108427--80108566	27	5.2	27	89	0	210	37	9	25	27	1.86
80108225--80108605	27	14.1	27	80	3	185	33	8	20	36	1.84
80108427--80108591	81	2.0	80	85	1	222	36	9	24	29	1.86
80110943--80110995	25	2.2	25	89	3	81	28	20	22	28	1.99
80110956--80111021	25	2.6	25	82	0	69	28	21	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80111228--80111416	27	7.0	27	87	0	243	23	20	19	35	1.95
80111377--80111560	80	2.3	79	79	6	183	27	11	21	39	1.88
80111438--80111612	27	6.5	27	79	7	169	27	9	20	42	1.83
80111438--80111612	54	3.3	54	82	3	192	27	9	20	42	1.83
80111605--80111786	54	3.4	53	87	1	229	36	7	24	31	1.82
80111576--80111786	81	2.6	80	84	3	278	36	7	23	32	1.83
80111605--80111761	27	5.8	27	91	0	242	38	7	24	30	1.82
80111420--80111800	27	14.1	27	82	3	153	32	8	21	37	1.84
80113548--80113632	26	3.3	26	91	0	116	40	20	15	24	1.91
80113678--80113828	65	2.3	65	86	0	203	33	20	22	23	1.97
80115449--80115629	40	4.6	40	86	2	240	25	28	21	24	1.99
80119211--80119261	22	2.3	22	93	0	93	21	11	29	37	1.89
80123445--80123625	40	4.5	40	79	4	161	23	27	23	24	2.00
80138816--80138945	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
80141682--80141865	40	4.6	40	81	5	169	24	27	23	25	2.00
80144011--80144056	24	2.0	23	91	4	74	34	28	23	13	1.92
80144012--80144064	24	2.2	24	86	3	72	37	26	22	13	1.91
80146798--80146829	15	2.1	15	94	0	55	59	6	6	28	1.46
80150409--80150549	27	5.2	27	82	11	182	34	23	24	17	1.96
80150409--80150549	54	2.6	54	92	2	239	34	23	24	17	1.96
80150654--80150716	26	2.3	26	83	5	72	28	11	25	34	1.90
80152155--80152262	26	4.2	26	96	0	198	36	25	6	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80155702--80155803	28	3.5	30	80	6	111	28	15	27	28	1.96
80155731--80155806	29	2.7	28	76	13	75	28	15	26	28	1.96
80157981--80158035	27	2.0	27	92	0	92	41	5	16	36	1.71
80190191--80190217	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
80190574--80190611	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
80192960--80193067	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
80194689--80194802	27	4.2	27	82	6	133	19	21	23	35	1.96
80194689--80194802	54	2.1	54	90	3	176	19	21	23	35	1.96
80194689--80194820	27	4.9	26	79	5	129	19	21	22	35	1.96
80195792--80195822	16	1.9	16	93	0	53	61	9	3	25	1.42
80198269--80198416	40	3.7	40	89	5	237	24	28	22	25	1.99
80198269--80198416	79	1.9	80	90	4	237	24	28	22	25	1.99
80203234--80203341	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
80204950--80205104	27	5.9	27	86	8	198	18	24	22	34	1.96
80204950--80205104	54	3.0	53	90	6	237	18	24	22	34	1.96
80214786--80214952	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
80222756--80222923	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
80224737--80224766	13	2.3	13	94	0	51	20	33	33	13	1.91
80233167--80233321	39	3.9	39	92	0	247	24	32	20	22	1.98
80241115--80241296	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
80241145--80241299	39	3.9	39	93	0	256	24	31	20	23	1.98
80243139--80243188	25	2.0	25	100	0	100	12	24	16	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80248660--80248760	43	2.3	43	91	0	157	30	20	11	36	1.89
80253167--80253296	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
80258343--80258377	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
80259462--80259703	63	3.8	63	86	5	310	23	29	16	30	1.96
80261192--80261217	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
80262213--80262283	20	3.6	20	86	3	108	15	21	22	40	1.90
80262971--80263068	24	4.0	24	89	1	142	35	5	37	21	1.76
80264454--80264559	27	4.0	25	75	11	86	18	21	18	40	1.91
80264456--80264561	54	2.0	53	84	1	140	18	22	17	40	1.91
80271674--80271828	39	3.9	40	90	0	215	22	21	31	23	1.98
80271674--80271828	79	2.0	79	85	2	213	22	21	31	23	1.98
80271684--80271866	79	2.3	78	81	6	199	24	21	30	24	1.99
80273955--80274028	24	3.0	24	90	2	121	36	5	37	20	1.76
80275413--80275547	27	5.0	26	83	6	144	18	25	20	35	1.95
80275413--80275547	54	2.5	55	83	4	159	18	25	20	35	1.95
80280208--80280385	20	8.9	20	79	3	180	16	21	23	38	1.93
80280208--80280337	39	3.3	39	86	1	161	16	20	22	40	1.91
80280215--80280385	59	2.9	59	82	3	173	16	22	24	36	1.94
80282277--80282311	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
80285808--80285854	24	2.0	24	87	8	69	25	27	19	27	1.99
80290173--80290439	48	5.6	50	74	14	176	26	27	18	27	1.98
80290412--80290534	46	2.7	46	77	7	124	25	24	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80292033--80292078	21	2.2	20	84	3	56	21	34	15	28	1.94
80295457--80295501	21	2.2	20	84	4	54	24	2	22	51	1.60
80297889--80298006	44	2.7	44	81	1	110	27	14	24	33	1.94
80302623--80302944	48	6.7	48	79	5	321	23	30	18	27	1.98
80302630--80302956	144	2.3	144	87	3	444	24	30	18	27	1.97
80303676--80303754	31	2.5	31	93	2	131	27	27	17	26	1.98
80303960--80304147	26	7.3	26	86	2	240	28	22	21	27	1.99
80303960--80304147	52	3.7	52	87	3	276	28	22	21	27	1.99
80304946--80305037	27	3.4	27	85	8	116	19	26	19	34	1.96
80306725--80306782	29	2.0	29	100	0	116	27	27	10	34	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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