genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.391.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  391  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121977061--121977115	11	5.5	10	79	12	60	36	10	18	34	1.86
121977163--121977232	25	2.8	25	93	0	113	25	24	22	27	2.00
121977452--121977535	31	2.7	31	94	1	143	32	16	26	25	1.96
121980504--121980569	29	2.3	29	97	0	123	37	3	16	42	1.64
121984652--121984685	17	2.0	17	88	11	52	41	47	5	5	1.52
121986074--121986244	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
121986066--121986246	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
121988630--121988718	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
121988630--121988709	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
121988641--121988718	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
121991635--121991805	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
121991627--121991807	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
121993364--121993428	22	3.0	22	80	8	78	30	24	26	18	1.98
121993570--121993811	123	2.0	123	86	3	344	28	28	21	21	1.99
121993570--121993815	41	6.0	41	84	1	305	29	28	20	21	1.98
121994072--121994441	27	13.7	27	77	9	220	33	11	17	38	1.85
121994054--121994441	54	7.2	55	76	9	300	32	11	17	38	1.85
121994054--121994448	81	4.9	80	74	9	286	32	10	17	38	1.85
122000992--122001125	27	5.0	26	88	4	142	34	21	24	19	1.96
122000992--122001125	54	2.5	55	86	2	173	34	21	24	19	1.96
122002754--122002889	26	5.2	26	96	1	220	36	24	5	34	1.78
122006818--122006954	27	5.2	27	85	11	160	35	23	24	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122006818--122006954	51	2.6	54	86	6	183	35	23	24	17	1.96
122008569--122008677	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
122010421--122010455	14	2.5	14	95	0	61	40	11	2	45	1.55
122022236--122022290	13	4.2	13	80	13	67	27	12	40	20	1.88
122022234--122022282	14	3.6	14	82	15	59	24	12	42	20	1.86
122024883--122024930	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
122024974--122025032	20	3.0	20	94	0	100	35	11	22	30	1.90
122025083--122025225	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
122025083--122025225	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
122025083--122025226	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
122025417--122025480	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
122030822--122030877	25	2.2	26	93	6	98	66	10	7	16	1.44
122030866--122030895	5	5.8	5	96	4	51	80	0	16	3	0.85
122036897--122036965	28	2.5	28	95	0	129	24	18	30	26	1.98
122036897--122036979	28	3.0	28	87	0	76	30	15	26	27	1.96
122038343--122038416	37	2.0	37	100	0	148	27	5	24	43	1.76
122039667--122039698	12	2.8	12	86	13	50	31	0	6	62	1.20
122040508--122040546	20	2.0	20	84	0	51	71	12	0	15	1.14
122047827--122047868	16	2.6	16	82	10	50	52	2	2	42	1.27
122050192--122050359	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
122050208--122050357	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
122058185--122058352	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122058201--122058350	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
122065244--122065298	27	2.0	28	83	16	71	45	12	1	40	1.53
122065260--122065318	21	2.8	20	73	12	57	50	10	0	38	1.36
122068951--122069003	16	3.4	16	76	19	51	47	1	0	50	1.12
122070981--122071082	47	2.1	47	87	1	141	19	19	21	39	1.93
122070987--122071099	47	2.3	50	78	13	133	18	18	21	41	1.90
122071221--122071306	18	4.7	18	82	1	100	36	9	13	40	1.77
122071218--122071306	36	2.4	37	83	1	117	35	10	14	39	1.80
122072947--122073000	27	2.0	27	100	0	108	25	22	0	51	1.48
122074331--122074382	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
122075865--122075972	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
122082926--122083033	26	4.2	26	96	0	198	36	25	7	31	1.83
122101931--122101981	25	2.0	25	100	0	102	29	7	27	35	1.85
122106328--122106384	30	2.0	28	86	6	78	35	1	21	42	1.63
122106966--122107068	41	2.5	41	81	4	111	32	18	21	28	1.97
122109783--122109892	45	2.4	45	81	0	130	43	15	17	23	1.87
122111224--122111261	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
122111313--122111384	14	5.4	13	75	16	58	61	1	5	31	1.28
122111304--122111413	41	2.7	41	77	14	111	62	0	5	30	1.24
122111369--122111401	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
122111306--122111409	26	3.8	26	78	12	93	63	0	5	29	1.24
122111525--122111573	13	3.9	12	84	7	62	73	0	0	26	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122111526--122111579	13	4.3	12	77	22	58	72	0	0	27	0.85
122113168--122113445	44	6.4	44	77	10	218	28	25	15	29	1.96
122114480--122114661	46	4.0	46	89	1	249	21	23	14	40	1.90
122123387--122123457	37	1.9	37	94	0	124	15	21	12	50	1.77
122129030--122129067	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
122129118--122129219	12	8.5	12	72	14	50	61	0	5	31	1.26
122129147--122129218	27	2.6	27	80	8	74	62	1	5	30	1.26
122129175--122129207	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
122129100--122129219	42	2.8	41	75	15	111	61	0	6	30	1.27
122129332--122129370	12	3.1	12	85	10	51	69	0	0	30	0.89
122129332--122129394	30	2.2	30	86	10	89	65	0	1	33	1.03
122129347--122129397	17	2.7	19	77	17	54	62	0	1	35	1.06
122129332--122129402	30	2.5	29	80	14	87	66	0	1	32	1.01
122129307--122129397	22	3.6	25	71	21	57	63	2	2	31	1.18
122130898--122130981	40	2.1	40	84	0	105	39	15	10	34	1.82
122131314--122131359	22	2.1	22	84	8	58	23	19	0	56	1.42
122131914--122131948	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
122131975--122132042	24	2.8	23	72	16	57	27	11	4	55	1.55
122132601--122132626	6	4.3	6	100	0	52	65	0	34	0	0.93
122134933--122135255	68	4.8	68	80	0	324	37	19	19	23	1.94
122135581--122135646	14	4.6	14	77	17	64	50	0	4	45	1.22
122136094--122136126	14	2.4	14	94	0	57	69	0	6	24	1.10
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122139693--122139758	33	2.0	33	100	0	132	27	6	18	48	1.71
122140011--122140052	21	2.0	21	100	0	84	38	4	19	38	1.73
122140504--122140547	20	2.3	20	81	18	58	45	0	4	50	1.22
122140890--122140930	21	2.0	20	85	4	55	73	0	21	4	1.02
122143035--122143319	50	5.7	50	82	2	324	31	27	15	25	1.96
122143024--122143316	150	2.0	150	93	1	498	31	26	16	25	1.96
122143565--122143618	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
122148310--122148362	26	2.0	26	85	7	72	24	16	22	35	1.95
122149849--122149906	26	2.2	26	100	0	116	37	25	3	32	1.73
122152755--122152861	39	2.7	39	83	2	142	27	20	28	24	1.99
122152761--122152890	40	3.3	40	86	3	174	24	22	28	24	1.99
122155329--122155436	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
122159091--122159191	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
122167051--122167151	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
122177794--122177892	17	5.6	17	85	7	135	39	12	12	36	1.80
122177786--122177890	35	2.9	35	94	4	174	39	11	12	37	1.79
122177794--122177892	18	5.6	18	87	4	148	39	12	12	36	1.80
122178375--122178434	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
122178376--122178434	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
122178411--122178460	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
122180444--122180476	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
122181262--122181399	60	2.3	58	81	9	145	26	26	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122181392--122181437	20	2.3	20	85	3	67	28	26	17	28	1.98
122182049--122182086	8	4.8	8	100	0	76	0	23	23	52	1.47
122187951--122188011	1	61.0	1	73	0	50	86	0	13	0	0.56
122187951--122188011	13	4.8	12	86	9	86	86	0	13	0	0.56
122187952--122188011	23	2.7	22	87	10	86	86	0	13	0	0.57
122187951--122188010	24	2.4	24	86	13	86	86	0	13	0	0.57
122188886--122189065	44	4.1	44	76	8	186	31	14	25	29	1.95
122189057--122189634	119	4.9	119	96	0	1047	33	17	19	29	1.95
122189571--122189918	83	4.2	83	93	3	571	32	20	19	27	1.97
122190303--122190442	35	3.9	35	92	6	228	38	11	13	36	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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