genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  317  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99237639--99237801	42	3.9	41	79	10	143	30	23	15	30	1.95
99237639--99237801	84	1.9	84	82	4	204	30	23	15	30	1.95
99249304--99249332	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
99251530--99251775	49	4.9	50	81	4	282	26	16	26	30	1.97
99255717--99255776	27	2.2	27	77	11	68	35	16	18	30	1.93
99257872--99258079	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
99257873--99258079	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
99265758--99265810	18	2.9	18	91	0	79	43	13	22	20	1.86
99266129--99266532	27	15.0	27	85	1	423	42	19	13	24	1.87
99281191--99281282	39	2.3	40	80	9	109	26	27	21	25	2.00
99281135--99281337	40	5.1	39	71	11	135	26	27	22	23	1.99
99289335--99289446	56	2.0	56	84	6	147	36	17	16	28	1.93
99290642--99290792	80	1.9	79	85	6	207	27	22	26	23	2.00
99290642--99290808	40	4.2	40	75	6	153	26	22	26	24	2.00
99293315--99293369	23	2.3	23	96	3	101	16	10	21	50	1.75
99297633--99297659	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
99303565--99303667	37	2.8	37	92	0	170	25	31	19	24	1.98
99303808--99304133	48	6.8	48	95	0	571	28	28	7	34	1.85
99310324--99310455	29	4.6	29	90	1	158	28	15	31	25	1.95
99310324--99310455	58	2.3	58	86	2	176	28	15	31	25	1.95
99318426--99318528	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
99320480--99320639	43	3.8	42	76	10	173	29	29	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99331702--99331730	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
99334075--99334224	75	2.0	75	100	0	300	36	16	10	37	1.83
99338699--99338829	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
99338698--99338829	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
99346658--99346788	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
99346657--99346788	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
99351098--99351189	42	2.2	41	88	5	132	27	26	20	26	1.99
99359778--99359908	47	2.8	48	85	2	167	33	28	15	22	1.94
99368042--99368075	17	1.9	18	88	5	52	50	5	2	41	1.42
99369318--99369436	43	2.8	42	79	2	139	33	25	15	25	1.95
99376067--99376095	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
99389516--99389551	18	2.0	18	100	0	72	22	27	5	44	1.75
99398241--99398433	107	1.8	106	80	3	235	32	18	26	23	1.97
99399390--99399430	20	2.0	22	85	9	59	26	2	24	46	1.65
99408766--99408933	40	4.2	40	82	1	176	24	26	22	26	2.00
99417871--99418027	43	3.6	44	77	9	162	33	25	16	24	1.96
99417871--99418027	86	1.8	85	83	6	210	33	25	16	24	1.96
99421995--99422129	23	5.8	23	73	14	98	19	1	31	47	1.58
99432375--99432427	22	2.4	21	77	22	56	39	5	7	47	1.56
99432377--99432424	20	2.3	21	85	7	62	39	6	8	45	1.59
99434288--99434320	17	1.9	17	93	0	57	69	0	9	21	1.15
99435976--99436155	48	3.8	48	71	15	140	29	23	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99445906--99446109	53	3.8	53	77	3	192	39	17	24	19	1.92
99452808--99452883	20	3.8	19	79	6	80	46	13	11	28	1.78
99454096--99454173	28	2.8	28	81	9	79	29	32	16	21	1.96
99454393--99454434	16	2.6	16	80	0	57	11	21	21	45	1.84
99460465--99460503	17	2.3	17	100	0	78	56	5	15	23	1.59
99464659--99464705	17	2.7	18	83	6	53	25	23	36	14	1.93
99466164--99466202	17	2.3	17	86	0	51	46	15	17	20	1.84
99483968--99484080	54	2.1	54	83	3	147	37	18	23	21	1.94
99483966--99484073	27	4.0	26	84	7	126	35	20	23	21	1.96
99487450--99487479	15	2.0	15	93	0	51	40	13	16	30	1.87
99489838--99489887	26	1.9	26	100	0	100	36	6	36	22	1.79
99492013--99492147	29	4.7	29	97	0	252	34	14	20	30	1.92
99495861--99496051	39	4.8	40	87	0	208	24	31	21	22	1.98
99495897--99496059	39	4.2	39	90	0	254	23	32	20	23	1.98
99498617--99499291	47	14.4	47	93	0	1068	26	31	8	32	1.87
99498880--99498955	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
99502878--99503216	40	8.5	40	96	0	597	28	27	18	25	1.98
99504869--99505683	47	17.4	47	93	0	1301	26	31	9	32	1.88
99504869--99505683	187	4.3	188	92	0	1328	26	31	9	32	1.88
99505460--99505532	22	3.2	22	63	14	58	21	32	13	31	1.93
99504869--99505686	234	3.5	234	93	0	1359	26	31	9	32	1.88
99509271--99509567	40	7.5	40	94	1	508	28	27	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99509271--99509567	158	1.9	158	94	0	531	28	27	17	25	1.98
99511214--99512026	47	17.4	47	93	0	1301	26	31	9	32	1.88
99515482--99515586	28	3.7	27	76	12	95	31	30	16	21	1.95
99515613--99515951	40	8.5	40	95	0	588	28	26	18	25	1.98
99517605--99518266	46	14.3	46	93	2	1085	26	30	9	32	1.89
99517605--99518266	139	4.8	139	94	1	1105	26	30	9	32	1.89
99517605--99518266	185	3.6	186	94	2	1116	26	30	9	32	1.89
99521997--99522163	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
99522013--99522163	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
99524147--99524247	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
99529114--99529177	18	3.5	18	93	2	101	42	0	35	21	1.54
99537741--99537889	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
99537782--99537889	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
99545811--99546018	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
99545911--99546018	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
99549645--99549700	28	2.0	29	85	3	78	19	41	21	17	1.91
99552381--99552428	16	3.0	16	75	0	51	58	2	0	39	1.10
99553309--99553350	18	2.3	19	80	12	52	23	4	9	61	1.45
99555783--99555890	47	2.3	47	100	0	216	55	4	12	27	1.56
99557068--99557118	25	2.0	25	100	0	102	39	11	25	23	1.89
99560000--99560038	18	2.1	18	85	4	51	58	0	28	12	1.34
99563317--99563466	42	3.6	42	77	0	149	31	15	25	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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99597268--99597451	78	2.3	79	81	7	194	24	23	27	25	2.00
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99611453--99611650	68	2.9	67	84	8	192	33	15	29	21	1.94
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99637746--99637774	14	2.1	14	100	0	58	34	0	24	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99637740--99637828	18	5.1	18	83	15	107	34	8	22	33	1.86
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99637884--99638074	71	2.7	71	86	5	260	29	21	21	27	1.99
99638259--99638321	31	2.1	31	87	3	92	36	14	23	25	1.93
99640940--99641223	27	10.6	27	85	5	344	28	21	8	41	1.82
99640940--99641222	80	3.5	81	85	3	376	28	21	8	40	1.83
99640940--99641224	53	5.3	54	84	3	353	28	21	8	41	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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