genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.381.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  381  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118742731--118742864	72	1.9	72	84	3	180	20	13	31	35	1.91
118742731--118742895	72	2.3	72	80	2	170	20	13	32	33	1.91
118743569--118743603	18	1.9	18	88	0	52	0	5	5	88	0.63
118749700--118749730	14	2.2	14	100	0	62	22	0	19	58	1.40
118750158--118750316	24	6.6	24	79	9	155	20	14	32	32	1.93
118750158--118750292	72	1.9	72	84	3	182	20	14	31	34	1.92
118750158--118750316	72	2.2	72	81	2	176	20	14	32	32	1.93
118754686--118754716	13	2.4	13	94	0	53	74	3	22	0	0.96
118755524--118755695	43	4.0	43	76	8	163	25	18	26	29	1.98
118755536--118755695	86	1.9	86	85	5	225	25	18	26	28	1.98
118765902--118765939	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
118770560--118770618	29	2.0	30	86	3	84	28	25	6	38	1.81
118778465--118778489	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
118779624--118779739	43	2.7	43	83	11	159	25	18	23	33	1.96
118782745--118782780	14	2.6	14	91	4	56	72	0	27	0	0.85
118782746--118782787	13	3.2	13	86	6	57	73	0	26	0	0.83
118784973--118785102	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
118793193--118793230	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
118795895--118796004	39	2.8	41	83	12	133	23	26	28	21	1.99
118795892--118796020	40	3.2	40	80	6	156	23	24	27	24	2.00
118802577--118802678	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
118807056--118807228	49	3.6	48	76	5	161	28	20	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118815165--118815335	45	3.7	45	80	12	222	29	28	20	21	1.98
118815170--118815339	93	1.8	92	97	1	322	29	28	20	21	1.98
118815757--118815816	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
118822137--118822191	22	2.5	21	80	8	65	40	14	10	34	1.81
118822270--118822295	13	2.0	13	100	0	52	38	30	0	30	1.58
118845422--118845566	57	2.5	57	77	10	152	31	17	23	26	1.97
118850183--118850301	22	5.1	23	84	7	127	21	21	20	36	1.95
118854904--118854953	26	1.9	27	84	8	68	26	4	42	28	1.73
118856276--118856342	20	3.3	20	95	0	125	35	11	19	32	1.88
118856287--118856342	11	5.5	11	75	16	66	35	12	19	32	1.89
118856391--118856504	26	4.4	26	85	0	156	26	21	22	28	1.99
118856391--118856515	52	2.4	52	86	2	180	24	22	21	31	1.98
118863141--118863207	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
118863256--118863354	26	3.8	26	83	0	135	29	25	20	25	1.99
118872913--118872947	14	2.5	14	90	0	52	74	14	0	11	1.08
118884740--118884854	25	4.5	26	88	6	155	36	13	22	27	1.91
118884737--118884854	50	2.3	52	89	5	179	35	14	22	27	1.93
118884840--118884897	21	2.9	19	82	5	62	31	22	20	25	1.98
118885568--118885619	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
118891507--118891678	27	6.4	27	86	1	238	34	18	22	25	1.96
118891507--118891674	53	3.1	54	89	2	259	34	17	22	25	1.96
118893479--118893626	40	3.7	40	87	3	190	36	25	14	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118894939--118894976	20	1.9	20	88	0	58	44	10	7	36	1.68
118896921--118897019	27	3.6	27	83	6	94	39	17	9	34	1.81
118897025--118897207	27	6.8	27	86	3	235	27	24	9	38	1.86
118897132--118897326	27	7.1	27	77	9	126	38	20	7	34	1.80
118896971--118897219	54	4.6	54	76	5	164	30	24	8	36	1.86
118897075--118897254	81	2.2	81	81	2	200	31	22	7	38	1.82
118897060--118897272	54	3.9	54	80	4	146	33	22	7	37	1.81
118897283--118897334	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
118898669--118898731	20	3.2	20	90	0	99	36	12	17	33	1.88
118898785--118898996	24	9.0	24	92	3	333	28	24	21	25	1.99
118898787--118899001	71	3.0	71	91	3	328	29	23	21	25	1.99
118898785--118899008	95	2.4	93	92	4	367	29	23	21	25	1.99
118902083--118902172	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
118902083--118902188	54	2.0	53	81	9	126	38	19	10	31	1.86
118902167--118902225	26	2.3	26	84	0	73	33	27	8	30	1.86
118902178--118902386	27	7.8	27	89	1	280	28	23	9	38	1.86
118902311--118902505	27	7.1	27	75	9	126	38	20	7	34	1.80
118902165--118902403	54	4.5	54	84	2	196	31	23	8	36	1.85
118902124--118902433	81	3.9	81	77	5	270	31	23	8	36	1.85
118902462--118902513	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
118903852--118903908	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
118903850--118903912	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118903966--118904203	24	10.0	24	88	5	333	28	23	21	26	1.99
118903968--118904182	71	3.0	71	91	3	328	29	22	21	26	1.99
118903966--118904203	95	2.5	93	90	5	361	28	23	21	26	1.99
118913397--118913489	31	3.1	31	95	3	163	23	22	13	39	1.90
118913681--118913800	24	5.0	24	90	3	170	26	22	22	28	1.99
118913851--118913910	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
118919112--118919140	14	2.1	14	100	0	58	34	6	37	20	1.80
118919516--118919560	17	2.9	16	83	12	58	68	15	11	4	1.34
118922154--118922238	42	2.0	42	93	0	143	31	32	17	17	1.94
118925204--118925371	40	4.2	40	75	7	144	23	26	23	27	2.00
118930608--118930829	40	5.6	40	93	1	367	23	22	25	27	2.00
118937648--118937822	47	3.7	47	87	0	224	32	28	15	24	1.95
118938469--118938497	10	2.7	11	89	10	51	48	17	0	34	1.47
118952605--118952663	30	2.0	30	83	6	75	32	23	0	44	1.54
118954759--118954822	32	2.0	32	90	0	101	26	17	26	29	1.97
118963968--118964096	46	2.8	46	94	2	215	20	20	27	30	1.98
118974262--118974684	39	10.7	39	85	3	454	29	26	22	22	1.99
118974296--118974684	119	3.3	118	82	5	473	28	26	22	22	1.99
118985504--118985630	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
118993520--118993649	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
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119047528--119047844	96	3.3	93	88	6	465	31	7	31	29	1.85
119054392--119054502	58	1.9	58	88	1	170	27	30	16	26	1.96
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119062559--119062600	23	1.9	21	85	9	57	76	0	16	7	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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119078059--119078309	39	6.5	39	90	7	383	19	22	28	29	1.98
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119102512--119102643	29	4.6	29	83	1	97	25	32	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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