genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  243  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75376304--75376333	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
75376841--75376899	29	2.0	29	100	0	118	37	13	16	32	1.88
75378728--75378824	31	3.2	29	80	5	95	47	7	3	42	1.46
75378832--75378863	14	2.3	14	100	0	64	46	12	0	40	1.42
75384208--75384267	28	2.1	28	87	0	84	33	25	5	36	1.78
75387414--75387577	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
75387414--75387611	71	2.8	70	89	3	240	20	28	18	32	1.96
75398238--75398527	48	6.0	48	75	7	257	29	16	26	26	1.97
75398239--75398520	98	2.9	97	84	3	354	29	17	26	26	1.97
75399719--75399757	21	1.9	21	89	5	62	10	41	30	17	1.83
75400689--75400766	30	2.7	29	75	13	88	38	21	12	26	1.90
75405195--75405220	12	2.2	12	100	0	52	7	23	42	26	1.81
75413236--75413314	26	3.0	27	77	9	99	49	2	7	40	1.45
75413734--75413763	15	1.9	16	93	6	53	20	0	53	26	1.46
75414455--75414903	54	8.3	53	73	11	288	36	13	21	28	1.91
75414462--75414848	162	2.4	162	78	7	392	37	13	20	28	1.91
75414476--75414935	108	4.2	108	78	5	385	37	13	20	28	1.90
75418220--75418357	42	3.2	42	77	9	134	39	24	12	23	1.89
75429017--75429184	42	4.0	43	76	14	145	33	25	16	25	1.96
75429017--75429184	86	2.0	84	80	11	191	33	25	16	25	1.96
75429080--75429179	44	2.3	44	83	8	125	33	27	15	25	1.95
75431746--75431794	22	2.2	22	81	0	62	24	8	6	61	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75431822--75431885	30	2.2	30	91	2	103	25	1	14	59	1.44
75432849--75432916	34	2.0	34	100	0	136	26	17	8	47	1.77
75432849--75432901	17	3.1	17	68	10	54	26	15	9	49	1.74
75432850--75432928	34	2.3	34	93	0	131	26	16	6	50	1.69
75434357--75434412	2	28.0	2	83	7	69	46	3	3	46	1.37
75441600--75441677	29	2.7	29	86	2	104	51	10	2	35	1.50
75441612--75441683	28	2.6	27	86	6	90	50	11	4	34	1.57
75451857--75451881	7	3.6	7	100	0	50	44	12	32	12	1.78
75452203--75452241	2	19.5	2	84	10	53	48	0	2	48	1.15
75464297--75464465	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
75472336--75472504	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
75476157--75476289	46	2.9	47	88	3	189	33	25	19	21	1.97
75479513--75479550	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
75486577--75486647	37	1.9	37	82	0	88	36	4	21	38	1.73
75487468--75487525	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
75487865--75488125	47	5.6	45	78	9	240	26	20	31	21	1.98
75487863--75488128	94	2.9	91	81	9	292	26	20	31	21	1.98
75489508--75489786	95	2.9	95	88	0	398	26	18	20	35	1.95
75490947--75491051	25	4.2	25	72	1	86	21	27	17	33	1.96
75491357--75491402	15	2.9	17	78	12	53	47	2	19	30	1.61
75499940--75500041	53	1.9	54	86	9	147	46	21	13	18	1.84
75499938--75500066	27	4.9	27	81	3	147	44	21	15	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75500059--75500124	27	2.4	27	87	0	87	36	13	16	33	1.88
75500476--75500570	34	2.8	34	90	3	147	25	25	24	25	2.00
75507505--75507625	26	4.7	25	79	6	107	36	9	23	30	1.87
75507505--75507625	51	2.3	51	81	5	127	36	9	23	30	1.87
75509292--75509463	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
75509316--75509499	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
75512007--75512057	2	26.0	2	96	4	95	0	50	0	49	1.00
75513220--75513381	80	2.0	80	93	2	281	26	14	26	32	1.94
75519761--75519930	93	1.8	93	98	0	331	28	18	13	39	1.88
75520589--75520640	22	2.4	22	90	0	86	28	15	23	32	1.95
75521233--75521264	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
75523207--75523309	29	3.6	28	77	5	107	29	32	16	22	1.96
75526292--75526631	49	6.8	49	81	3	410	28	26	18	26	1.98
75526293--75526634	100	3.4	99	88	2	470	28	26	19	26	1.98
75530217--75530308	26	3.5	26	83	0	121	41	8	20	29	1.82
75531456--75531480	13	1.9	13	100	0	50	8	48	36	8	1.62
75536262--75536317	15	3.7	15	81	9	60	53	16	14	16	1.73
75540559--75540707	40	3.7	40	95	1	255	26	22	27	23	2.00
75540516--75540707	80	2.4	80	85	5	262	25	23	27	23	2.00
75540516--75540746	40	5.8	40	84	5	179	24	22	27	24	2.00
75540550--75540773	80	2.8	80	81	7	244	26	22	26	24	2.00
75546319--75546360	12	3.4	12	90	6	66	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75546316--75546363	13	3.8	13	86	5	71	29	0	0	70	0.87
75549111--75549973	48	18.0	48	92	0	1388	35	6	27	31	1.81
75550018--75550103	37	2.3	37	95	0	154	24	19	32	23	1.98
75554855--75554911	16	3.6	16	80	7	71	31	24	5	38	1.78
75555878--75555929	21	2.5	21	69	12	52	30	0	9	59	1.29
75569013--75569195	40	4.5	40	77	9	165	34	26	14	24	1.94
75572809--75573051	40	6.1	40	84	7	284	25	27	21	25	1.99
75572828--75573051	79	2.8	78	82	8	283	26	27	21	24	1.99
75581703--75581854	40	3.8	40	77	8	139	26	24	26	22	2.00
75581741--75581870	40	3.3	39	76	11	138	24	24	26	24	2.00
75584880--75585072	56	3.4	56	89	1	298	34	23	13	27	1.93
75587642--75587711	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
75592538--75592738	40	5.0	40	86	2	262	29	26	19	23	1.99
75596720--75596789	21	3.2	21	70	18	70	40	27	12	20	1.88
75596707--75596797	45	2.0	45	93	0	155	36	26	13	24	1.92
75604219--75604364	43	3.4	42	81	5	141	29	23	19	28	1.98
75610361--75610402	18	2.4	17	84	11	50	52	26	2	19	1.58
75611841--75611997	43	3.7	43	74	13	169	31	26	14	28	1.95
75614197--75614246	24	2.1	24	88	0	73	30	26	16	28	1.96
75616519--75616558	10	3.9	10	81	18	55	12	27	0	60	1.33
75618352--75618441	46	1.9	47	86	2	128	51	11	7	30	1.65
75620289--75620358	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75620289--75620370	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
75631451--75631520	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
75631451--75631532	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
75635487--75635589	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
75638957--75638996	13	3.2	13	74	25	50	17	30	0	52	1.45
75646815--75646935	26	4.7	26	80	9	104	31	8	20	39	1.82
75646924--75646997	27	2.7	27	93	0	121	27	21	16	35	1.94
75650279--75650331	16	3.3	16	97	0	97	37	18	5	37	1.75
75655312--75655461	6	24.3	6	66	17	67	48	13	16	22	1.81
75655321--75655461	31	4.5	31	90	0	192	48	12	17	21	1.80
75655581--75655646	27	2.4	27	85	5	89	39	22	19	18	1.92
75655820--75655877	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
75656226--75656636	27	15.3	27	87	0	527	24	18	19	36	1.94
75656593--75656849	27	9.7	26	74	9	148	29	11	19	39	1.87
75656244--75656689	81	5.5	78	85	6	452	25	17	19	37	1.93
75656593--75656849	80	3.2	79	82	8	274	29	11	19	39	1.87
75657821--75657889	31	2.3	31	87	7	97	46	10	13	30	1.75
75661912--75662079	40	4.2	40	84	5	191	27	27	20	23	1.99
75670077--75670244	40	4.2	40	87	2	223	26	28	21	23	1.99
75673881--75673981	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
75673910--75673985	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
75684959--75685107	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75685000--75685107	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
75696350--75696388	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
75698320--75698345	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
75698324--75698400	33	2.4	31	78	6	82	46	11	7	33	1.69
75698905--75698985	35	2.2	38	80	12	107	11	16	2	70	1.26
75699082--75699148	35	2.0	34	88	8	102	38	1	1	58	1.17
75699095--75699150	13	4.6	13	70	30	52	41	0	1	57	1.09
75699079--75699163	20	4.5	20	70	19	83	40	1	1	57	1.14
75699119--75699171	20	2.6	20	87	3	79	43	0	0	56	0.99
75699885--75699961	40	1.9	40	97	0	145	35	7	2	54	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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