genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  270  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83977630--83977747	43	2.8	42	83	2	164	23	16	27	33	1.96
83988092--83988252	71	2.3	71	86	2	234	17	26	19	36	1.94
83995590--83995750	71	2.3	71	86	2	234	17	26	19	36	1.94
83997552--83997639	29	3.1	29	93	1	142	25	12	31	30	1.92
84002043--84002163	47	2.6	48	80	5	147	25	29	19	25	1.98
84002043--84002219	94	1.9	93	83	6	232	24	29	19	26	1.98
84009596--84009767	47	3.7	45	74	11	141	27	30	15	26	1.96
84011563--84011593	16	1.9	16	93	0	53	29	6	16	48	1.70
84011876--84011915	17	2.4	17	91	0	62	77	10	0	12	0.99
84011954--84011999	3	15.3	3	95	0	83	65	0	2	32	1.05
84012278--84012304	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
84023051--84023271	40	5.6	40	82	2	241	25	23	25	24	2.00
84025035--84025218	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
84025075--84025263	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
84032133--84032303	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
84032125--84032300	46	3.8	46	80	12	216	28	29	21	20	1.98
84037176--84037396	40	5.6	40	83	2	250	25	23	26	24	2.00
84040031--84040080	20	2.5	20	90	6	75	28	14	16	42	1.86
84040491--84040561	38	1.9	37	82	5	90	33	7	22	36	1.81
84043103--84043183	24	3.3	23	77	8	81	32	16	22	29	1.95
84043089--84043183	47	1.9	51	85	8	135	33	15	22	28	1.95
84043089--84043158	23	2.9	23	80	6	86	37	17	21	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84045721--84045849	40	3.2	40	80	5	147	24	28	24	23	1.99
84053816--84053982	40	4.2	40	81	5	178	23	28	23	24	2.00
84058164--84058371	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
84058190--84058371	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
84066203--84066410	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
84066229--84066410	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
84068990--84069208	40	5.6	40	91	2	338	22	21	30	26	1.99
84076972--84077151	40	4.6	40	93	3	285	23	21	30	25	1.99
84081201--84081226	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
84082067--84082127	30	2.0	30	83	0	77	37	6	24	31	1.81
84102279--84102381	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
84110277--84110379	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
84130323--84130471	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
84130364--84130471	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
84138265--84138325	30	2.0	30	100	0	122	29	16	19	34	1.94
84139401--84139566	40	4.2	39	80	6	149	24	27	22	25	2.00
84139417--84139566	80	1.9	78	83	8	196	23	28	22	26	1.99
84141737--84141843	39	2.7	38	80	11	110	22	29	25	22	1.99
84146557--84146822	47	5.7	47	82	6	276	22	30	20	27	1.98
84146556--84146825	94	2.9	93	83	7	325	22	30	20	27	1.98
84151242--84151309	27	2.6	27	95	2	120	27	14	27	29	1.95
84151242--84151321	27	3.0	27	85	8	76	28	16	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84159064--84159132	28	2.6	27	93	4	113	27	14	28	28	1.95
84159064--84159144	28	3.0	27	84	10	69	28	16	25	29	1.96
84163842--84164062	40	5.6	40	92	1	347	25	30	21	22	1.99
84171913--84172093	40	4.6	40	90	2	267	25	30	21	22	1.99
84186198--84186327	29	4.5	29	90	1	190	27	26	7	37	1.84
84189398--84189561	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
84189398--84189595	71	2.8	70	91	3	267	20	28	17	33	1.95
84196953--84197116	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
84196953--84197150	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
84202008--84202216	40	5.2	40	87	3	296	22	28	23	25	1.99
84202008--84202216	79	2.6	79	89	2	294	22	28	23	25	1.99
84208060--84208247	49	3.8	49	82	2	232	25	17	26	30	1.97
84208058--84208241	100	1.8	100	91	0	305	24	18	27	29	1.98
84210596--84210692	51	1.9	51	91	0	158	28	15	24	30	1.96
84210983--84211056	37	2.0	37	97	0	139	29	9	16	44	1.79
84216087--84216297	47	4.7	47	78	10	206	29	14	24	31	1.94
84216185--84216342	38	3.9	38	73	13	136	29	14	24	31	1.95
84216129--84216335	85	2.4	85	90	0	315	29	14	24	30	1.95
84219592--84219637	15	3.1	15	87	0	65	15	15	15	54	1.72
84222430--84222636	85	2.4	85	95	0	360	28	14	25	31	1.95
84222482--84222844	38	8.8	38	77	15	312	30	15	23	30	1.95
84222605--84222849	85	2.9	85	93	0	418	31	15	22	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84222482--84222759	123	2.3	123	94	0	475	28	15	25	30	1.95
84222350--84222851	208	2.4	207	88	5	736	30	15	22	31	1.95
84223959--84224002	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
84225734--84225802	28	2.5	28	95	2	122	44	26	10	18	1.81
84228030--84228181	40	3.8	40	76	6	139	28	23	25	22	1.99
84228068--84228197	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
84231390--84231433	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
84233221--84233288	27	2.5	28	88	7	104	44	25	10	20	1.83
84236271--84236385	43	2.7	43	76	11	110	30	24	20	25	1.98
84247112--84247295	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
84247152--84247340	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
84254108--84254283	46	3.8	46	79	4	192	20	19	30	30	1.97
84261848--84261979	44	3.1	42	84	8	169	24	18	23	34	1.96
84263742--84263770	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
84269434--84269591	24	6.5	24	70	10	115	32	29	13	25	1.93
84269434--84269591	50	3.2	48	73	9	122	32	29	13	25	1.93
84272881--84273124	49	4.9	50	82	2	276	27	18	25	29	1.98
84279219--84279376	24	6.5	24	71	7	122	32	31	12	23	1.92
84279219--84279376	50	3.2	48	75	9	131	32	31	12	23	1.92
84279231--84279370	74	1.9	75	82	7	178	33	32	11	22	1.90
84279830--84279872	4	10.8	4	84	0	50	41	4	4	48	1.44
84279830--84279872	6	7.2	6	81	0	50	41	4	4	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84283351--84283382	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
84283379--84283437	27	2.2	26	84	3	73	25	23	15	35	1.94
84289155--84289284	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
84294385--84294495	40	2.8	40	85	9	138	20	27	27	24	1.99
84295696--84295727	12	2.7	12	100	0	64	12	46	0	40	1.42
84307012--84307137	55	2.3	55	76	5	139	34	31	21	12	1.91
84312501--84312547	23	2.0	23	95	0	85	38	14	12	34	1.85
84315123--84315199	35	2.2	35	88	2	111	38	3	18	38	1.69
84317600--84317783	40	4.6	40	81	5	219	27	26	22	24	2.00
84320940--84321122	40	4.6	40	92	1	278	26	28	23	20	1.99
84331565--84331728	40	4.1	40	90	1	249	25	28	23	22	1.99
84339363--84339563	40	5.0	40	93	1	307	25	28	22	22	1.99
84347607--84347671	28	2.4	28	84	10	89	35	21	20	23	1.96
84348716--84348751	17	2.1	18	89	5	56	61	2	30	5	1.33
84355253--84355471	80	2.7	80	84	2	251	26	22	25	24	2.00
84355253--84355471	40	5.5	39	81	10	219	26	22	25	24	2.00
84355253--84355471	120	1.8	121	83	3	289	26	22	25	24	2.00
84361649--84361738	28	3.3	28	89	7	132	38	23	18	18	1.93
84362795--84362827	17	2.0	16	94	5	57	63	0	30	6	1.18
84370036--84370225	56	3.4	56	88	1	265	28	15	23	33	1.95
84373121--84373151	13	2.3	14	94	5	55	32	6	12	48	1.67
84380094--84380275	40	4.6	40	92	2	296	23	23	26	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84388161--84388422	40	6.6	40	93	1	438	22	22	26	28	1.99
84393253--84393353	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
84401212--84401312	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
84404200--84404230	13	2.3	14	94	5	55	32	6	12	48	1.67
84404303--84404341	19	2.1	19	100	0	78	28	0	20	51	1.48
84405109--84405137	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
84406205--84406252	21	2.2	22	85	3	62	56	20	4	18	1.58
84407262--84407347	29	3.0	29	75	11	95	26	30	15	27	1.96
84407271--84407373	29	3.6	29	78	3	100	27	27	17	28	1.98
84407262--84407373	58	1.9	57	83	7	145	26	27	16	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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