genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  262  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81362045--81362172	49	2.6	49	86	2	168	30	18	25	25	1.98
81371165--81371376	46	4.5	47	78	8	218	31	17	26	24	1.97
81371165--81371376	94	2.3	94	91	0	334	31	17	26	24	1.97
81371396--81371568	49	3.6	48	76	8	163	30	20	25	23	1.99
81374809--81374905	26	3.8	26	86	4	126	39	19	6	35	1.77
81376178--81376269	48	1.9	48	84	4	123	27	22	23	26	2.00
81376213--81376426	90	2.4	89	79	4	207	28	20	23	27	1.99
81380007--81380067	31	2.0	31	100	0	122	22	14	0	62	1.32
81380006--81380058	17	3.3	17	65	24	51	24	13	0	62	1.31
81386694--81386809	31	3.7	31	84	0	151	29	18	25	26	1.98
81386691--81386838	62	2.4	60	81	5	181	30	16	25	27	1.97
81386797--81386862	29	2.3	29	94	0	123	30	13	28	27	1.94
81386872--81387070	33	6.0	33	89	0	281	33	8	22	36	1.83
81406766--81406858	39	2.4	39	92	1	150	33	4	4	58	1.37
81417606--81417655	21	2.4	20	81	15	57	62	4	2	32	1.25
81417616--81417667	23	2.3	22	83	12	61	65	1	0	32	1.04
81417649--81417708	19	3.0	19	71	21	59	71	0	3	25	1.01
81417684--81417732	16	3.2	15	77	11	55	69	0	0	30	0.89
81417649--81417732	35	2.3	35	82	9	98	69	0	2	28	1.01
81417600--81417730	16	7.2	17	69	21	54	64	1	2	31	1.15
81419637--81419683	24	1.9	25	87	12	71	51	0	0	48	1.00
81420858--81420895	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81421381--81421418	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
81425030--81425065	12	3.0	12	100	0	72	25	0	25	50	1.50
81425397--81425490	47	2.0	47	100	0	188	40	21	14	23	1.90
81425872--81425947	38	2.0	38	100	0	152	31	18	2	47	1.62
81430455--81430479	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
81430803--81430851	24	2.0	24	100	0	98	40	8	8	42	1.64
81431307--81431376	36	1.9	37	88	2	106	55	5	8	30	1.53
81431391--81431444	19	2.8	19	86	5	65	37	1	33	27	1.68
81442051--81442154	46	2.3	45	83	9	122	30	18	26	24	1.98
81443124--81443158	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
81449762--81449987	40	5.7	40	88	4	305	24	20	27	27	1.99
81461623--81461807	40	4.6	40	81	2	210	24	24	23	27	2.00
81461623--81461807	80	2.3	81	83	4	232	24	24	23	27	2.00
81466368--81466539	93	1.8	93	95	2	310	27	29	21	21	1.99
81466361--81466536	46	3.8	46	79	14	209	28	28	21	21	1.98
81470394--81470495	29	3.6	29	75	10	102	21	15	33	29	1.94
81470879--81470904	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
81476698--81476740	19	2.3	19	80	8	52	37	6	6	48	1.57
81478822--81478854	15	2.2	15	94	0	57	15	0	36	48	1.45
81480541--81480579	19	2.1	19	85	0	51	33	7	20	38	1.81
81483776--81483987	6	34.8	6	73	16	170	48	13	18	20	1.81
81483776--81483981	110	1.9	107	92	5	346	48	13	18	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81484105--81484170	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
81484105--81484178	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
81484129--81484186	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
81484700--81484763	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
81484745--81484939	27	7.2	27	77	8	137	26	17	17	37	1.93
81484742--81484929	54	3.5	53	84	2	241	25	18	19	37	1.94
81484772--81484930	81	2.0	81	88	2	239	25	16	18	38	1.92
81484745--81484938	81	2.4	80	82	5	237	26	18	18	37	1.93
81484943--81485516	27	21.3	27	83	5	714	40	9	22	27	1.85
81484947--81485545	162	3.7	162	92	0	959	39	9	23	27	1.85
81484947--81485516	54	10.6	54	88	6	798	40	9	22	27	1.85
81490098--81490373	49	5.6	49	98	0	525	27	8	33	30	1.86
81490475--81490596	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
81492587--81492779	29	6.7	29	97	0	350	25	16	33	24	1.96
81494160--81494435	49	5.6	49	98	0	525	27	8	33	30	1.86
81494537--81494658	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
81497865--81497961	48	2.0	48	93	0	167	39	7	22	30	1.81
81498552--81498599	24	2.0	24	91	0	78	18	27	18	35	1.95
81501625--81501881	39	6.3	39	81	11	275	29	28	21	20	1.98
81501756--81501850	50	1.9	50	97	0	181	31	32	20	15	1.94
81501711--81501881	89	1.9	89	91	2	281	30	29	21	19	1.97
81507606--81507844	39	6.2	39	92	0	363	29	28	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81507614--81507844	116	2.0	116	90	1	365	28	29	22	19	1.98
81511298--81511366	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
81511289--81511368	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
81513758--81513933	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
81513754--81513925	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
81525861--81525939	27	2.9	27	84	0	95	27	17	18	35	1.94
81525906--81526263	81	4.4	81	81	6	379	31	8	20	39	1.83
81525906--81526264	107	3.3	106	86	5	438	31	9	20	39	1.84
81525906--81526270	27	13.6	27	80	7	325	31	9	20	39	1.83
81529825--81530070	40	6.2	40	79	6	277	24	21	27	26	1.99
81529825--81530070	119	2.1	119	83	3	300	24	21	27	26	1.99
81529826--81530070	79	3.1	79	90	1	348	24	20	27	26	1.99
81537916--81538128	40	5.2	40	78	10	200	24	20	28	26	1.99
81540918--81541082	40	4.2	40	79	5	167	24	27	21	25	1.99
81540934--81541042	38	2.8	37	84	5	128	24	30	22	22	1.99
81540934--81541081	78	1.9	77	83	6	192	24	28	22	25	1.99
81541896--81541941	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
81545363--81545497	39	3.4	39	73	10	114	28	27	20	23	1.99
81547067--81547100	13	2.6	13	90	0	50	52	0	2	44	1.16
81547609--81547654	20	2.3	20	100	0	92	28	28	4	39	1.76
81552272--81552469	55	3.7	52	80	9	202	22	25	18	34	1.96
81558225--81558257	8	4.0	8	96	4	57	12	0	24	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81561593--81561639	24	2.0	24	91	0	76	34	4	14	46	1.64
81561624--81561676	27	1.9	28	85	11	74	32	5	3	58	1.39
81562013--81562039	13	2.1	13	100	0	54	29	0	14	55	1.40
81562814--81562858	23	2.0	23	86	0	63	31	4	0	64	1.13
81568009--81568053	20	2.2	21	88	11	67	31	2	4	62	1.27
81570220--81570272	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
81570279--81570313	4	8.8	4	93	0	61	51	0	22	25	1.48
81570710--81570740	14	2.2	14	94	0	53	22	6	25	45	1.76
81571368--81571635	134	2.0	134	98	0	518	40	17	11	29	1.85
81586999--81587058	25	2.3	27	80	8	70	35	1	13	50	1.52
81586999--81587063	27	2.4	29	73	17	68	35	1	13	49	1.52
81596566--81596606	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
81598679--81598704	11	2.4	11	100	0	52	19	15	15	50	1.79
81606387--81606572	40	4.7	40	85	5	218	25	26	22	25	2.00
81606387--81606572	80	2.3	82	83	10	242	25	26	22	25	2.00
81618137--81618223	43	2.0	43	93	0	147	26	13	14	44	1.83
81621187--81621340	39	3.9	39	86	0	191	22	21	31	24	1.98
81621187--81621340	79	1.9	79	85	2	211	22	21	31	24	1.98
81629128--81629281	39	3.9	39	86	0	191	22	21	31	24	1.98
81629128--81629281	79	1.9	79	85	2	211	22	21	31	24	1.98
81635748--81635800	17	3.1	17	83	2	70	11	20	45	22	1.83
81638724--81638776	17	2.9	17	81	16	54	33	5	0	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81663252--81663429	47	3.8	47	79	5	182	33	25	19	21	1.97
81665823--81666049	40	5.7	39	82	8	244	25	27	22	25	2.00
81665830--81666049	79	2.8	80	92	0	352	24	27	22	25	2.00
81676796--81676848	25	2.2	24	82	3	61	39	20	20	18	1.92
81678144--81678221	39	2.0	39	97	0	147	39	7	10	42	1.68
81679256--81679395	54	2.6	54	80	0	145	27	20	29	23	1.99
81686761--81686830	27	2.6	27	90	2	104	27	15	30	27	1.96
81689573--81689753	46	3.9	46	80	9	224	20	21	30	27	1.98
81689575--81689746	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
81692660--81692728	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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