genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  269  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83611137--83611257	43	2.8	42	82	1	143	27	15	25	31	1.96
83613451--83613632	40	4.6	39	85	6	183	25	27	20	26	1.99
83613479--83613628	39	3.8	39	88	7	198	26	26	20	28	1.99
83613470--83613633	79	2.1	78	83	8	208	25	27	20	26	1.99
83644892--83645201	39	8.0	39	93	0	523	23	29	25	21	1.99
83645315--83645388	35	2.1	35	100	0	148	40	20	10	28	1.86
83653289--83653387	28	3.5	29	91	5	150	26	12	29	32	1.92
83661012--83661109	28	3.5	29	93	6	159	27	12	27	32	1.92
83666398--83666507	42	2.6	42	80	7	116	29	25	20	25	1.99
83666398--83666502	43	2.5	43	81	7	117	28	25	20	25	1.99
83672537--83672693	79	2.0	79	98	0	305	36	19	4	39	1.72
83675748--83675868	43	2.8	44	82	3	147	23	17	25	33	1.96
83680403--83680503	38	2.7	38	90	0	157	20	20	24	33	1.97
83681806--83681844	18	2.0	20	85	9	55	35	2	15	46	1.60
83683716--83683872	43	3.7	43	78	8	160	25	19	27	27	1.99
83686337--83686419	41	2.0	41	97	0	157	25	16	22	34	1.95
83689577--83689833	40	6.5	40	88	2	351	24	28	24	22	2.00
83692475--83692535	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
83694209--83694368	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
83702239--83702398	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
83706357--83706530	45	3.8	46	78	13	189	20	21	29	28	1.98
83706362--83706535	46	3.8	46	79	13	214	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83709439--83709507	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
83709430--83709517	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
83711877--83712052	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
83711874--83712044	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
83714968--83715036	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
83714959--83715046	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
83717425--83717600	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
83717422--83717592	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
83720319--83720483	40	4.2	40	91	1	269	26	24	27	21	2.00
83720239--83720468	79	2.9	79	85	3	266	28	23	24	23	1.99
83720319--83720483	79	2.1	80	94	1	287	26	24	27	21	2.00
83723300--83723396	40	2.4	40	87	0	140	20	18	27	32	1.96
83723384--83723464	28	2.9	28	90	0	117	27	6	33	33	1.82
83726318--83726468	40	3.8	40	77	11	157	25	28	21	24	1.99
83727072--83727161	38	2.4	38	98	0	171	34	27	11	26	1.90
83732858--83732954	6	15.8	6	70	16	65	46	15	18	19	1.84
83732867--83732964	31	3.2	31	86	0	124	46	13	19	20	1.83
83733114--83733215	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
83733882--83734220	27	12.6	27	88	0	489	24	19	20	35	1.96
83734202--83734734	27	19.8	26	74	6	120	32	11	19	36	1.87
83734267--83734382	54	2.1	54	88	0	169	37	6	23	32	1.79
83734397--83734601	81	2.5	81	77	7	227	32	9	18	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83734396--83734734	54	6.3	54	74	8	235	30	12	19	38	1.88
83741417--83741475	30	2.0	30	83	6	75	32	25	1	40	1.66
83747083--83747142	28	2.1	28	100	0	120	45	6	21	26	1.77
83754248--83754282	17	2.1	17	100	0	70	22	0	17	60	1.37
83759849--83760016	40	4.2	40	80	6	171	26	22	26	23	2.00
83761808--83761937	40	3.3	40	81	4	165	26	26	21	24	1.99
83761808--83761974	40	4.2	40	78	9	144	25	26	21	26	2.00
83769821--83769987	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
83772480--83772509	13	2.2	14	94	5	53	46	0	13	40	1.43
83774264--83774366	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
83774491--83775036	48	11.3	48	93	0	885	32	26	5	35	1.80
83776199--83776227	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
83779337--83779552	107	2.0	107	100	0	432	27	12	21	38	1.89
83780437--83780560	39	3.2	39	88	1	176	22	20	32	25	1.98
83786586--83786768	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
83786629--83786777	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
83786625--83786796	80	2.1	81	77	5	179	23	24	29	22	1.99
83794680--83794786	40	2.7	39	85	9	137	23	26	29	20	1.99
83794676--83794863	79	2.4	81	78	6	186	23	24	29	22	1.99
83798634--83798735	46	2.2	47	92	1	170	29	28	8	33	1.87
83810735--83810836	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
83818593--83818694	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83825625--83825662	20	1.9	20	88	0	58	36	10	21	31	1.87
83831223--83832348	205	5.5	205	91	0	1766	31	17	21	30	1.96
83834000--83834071	16	4.9	15	76	15	71	34	1	0	63	1.03
83834005--83834072	9	7.7	9	76	17	63	35	1	0	63	1.04
83834000--83834171	20	8.3	20	72	20	99	33	4	0	62	1.19
83834011--83834153	39	3.5	40	75	19	134	33	4	0	61	1.20
83833999--83834121	13	9.3	13	65	23	53	34	3	0	62	1.11
83834468--83834516	14	3.8	13	82	15	66	44	0	0	55	0.99
83834481--83834522	12	3.5	12	78	12	50	45	2	0	52	1.13
83836835--83836872	20	1.9	20	88	0	58	36	10	21	31	1.87
83840415--83840585	93	1.8	93	93	0	297	28	27	22	21	1.99
83840407--83840582	46	3.8	46	78	10	205	29	27	21	21	1.99
83842507--83842562	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
83845527--83845697	92	1.9	92	96	0	315	28	28	21	22	1.99
83845523--83845694	46	3.7	46	81	11	226	29	27	21	22	1.99
83850915--83850969	27	2.0	27	96	0	101	38	1	3	56	1.28
83852937--83853132	39	5.0	38	88	3	230	32	29	20	18	1.96
83866375--83866504	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
83874354--83874465	39	2.8	40	87	4	156	23	25	29	22	1.99
83877458--83877576	40	3.0	40	86	1	157	25	23	26	24	2.00
83877514--83877638	65	1.9	66	95	1	225	28	21	26	24	1.99
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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