genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  147  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43928464--43928539	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
43934339--43934425	28	3.1	28	93	0	138	33	10	27	28	1.90
43934339--43934445	56	1.9	56	80	3	126	32	12	25	29	1.92
43934557--43934685	44	3.0	43	81	10	138	25	17	28	27	1.98
43934618--43934765	41	3.6	43	74	12	123	28	18	28	24	1.98
43934619--43934766	40	3.6	40	77	4	118	28	18	27	25	1.98
43936222--43936466	49	4.9	49	81	3	301	29	26	17	25	1.98
43936235--43936460	100	2.3	98	86	2	299	30	26	17	25	1.97
43938256--43938325	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
43940137--43940196	30	2.0	30	83	6	77	28	25	8	38	1.84
43947128--43947234	28	3.8	28	88	0	124	33	13	24	28	1.93
43947345--43947471	42	3.0	42	78	11	125	25	18	29	25	1.98
43947407--43947551	40	3.5	41	75	6	143	26	20	29	23	1.98
43950825--43950952	40	3.2	40	76	6	145	24	28	23	23	1.99
43950841--43950989	40	3.8	37	80	10	131	22	26	23	26	2.00
43950841--43950989	78	1.9	78	83	8	196	22	26	23	26	2.00
43961176--43961224	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
43962046--43962211	40	4.2	40	80	8	171	25	21	27	25	2.00
43962046--43962211	79	2.1	79	84	6	212	25	21	27	25	2.00
43969153--43969201	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
43970023--43970189	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
43978751--43978781	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43980467--43980507	15	2.9	14	80	20	50	34	2	14	48	1.57
43989617--43989656	20	2.1	19	86	9	55	55	15	25	5	1.60
43993209--43993364	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
43999756--43999814	29	2.0	29	100	0	118	59	6	10	23	1.54
44001007--44001033	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
44005642--44005722	40	2.0	40	100	0	162	22	29	12	35	1.91
44012034--44012267	55	4.4	54	78	9	216	36	17	24	21	1.95
44018427--44018478	27	1.9	27	88	0	77	30	17	23	28	1.97
44018465--44018706	27	9.0	27	77	6	204	39	17	9	33	1.83
44018758--44018833	27	2.8	27	81	0	89	35	23	21	19	1.96
44020422--44020498	33	2.3	33	93	0	127	27	19	23	29	1.98
44020762--44020826	18	3.9	16	71	13	51	40	13	13	32	1.85
44023222--44023476	55	4.8	54	74	12	201	36	16	23	23	1.94
44023271--44023429	53	2.9	54	77	7	162	35	16	23	24	1.94
44034999--44035130	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
44043034--44043136	29	3.6	29	89	0	143	25	15	33	26	1.95
44076377--44076552	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
44076374--44076545	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
44112070--44112229	29	5.5	30	86	8	204	34	13	25	26	1.93
44112099--44112229	59	2.3	57	90	5	201	35	13	24	25	1.93
44125310--44125348	18	2.2	18	100	0	78	25	23	15	35	1.94
44127501--44127599	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44128910--44129039	30	4.4	30	84	8	160	33	13	25	27	1.94
44128910--44129039	58	2.2	58	84	4	163	33	13	25	27	1.94
44134218--44134388	43	4.0	42	77	7	166	25	15	25	33	1.95
44134215--44134387	85	2.0	86	85	3	233	24	15	25	34	1.95
44143169--44143271	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
44151186--44151288	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
44163541--44163691	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
44163577--44163707	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
44167622--44167750	29	4.4	29	95	1	231	37	14	22	24	1.92
44167622--44167746	59	2.1	58	95	1	223	39	15	21	24	1.91
44174978--44175165	40	4.7	39	89	3	191	25	27	22	25	2.00
44174962--44175165	80	2.5	80	83	3	248	26	27	21	24	1.99
44184974--44185133	29	5.5	29	90	0	221	29	15	31	24	1.95
44187511--44187542	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
44194789--44194952	40	4.1	39	81	4	168	25	28	21	24	1.99
44194789--44194952	80	2.0	80	84	2	213	25	28	21	24	1.99
44201576--44201751	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
44201572--44201743	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
44204696--44204774	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
44204687--44204773	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
44207155--44207330	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
44207151--44207322	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44209474--44209604	38	3.2	38	74	17	145	30	25	15	29	1.96
44209519--44209640	48	2.6	48	89	1	183	31	23	15	29	1.95
44215153--44215248	48	2.0	48	100	0	192	22	16	35	25	1.95
44215589--44215736	70	2.1	70	96	1	269	36	9	21	32	1.86
44216843--44216891	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
44217712--44217878	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
44224842--44224890	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
44225712--44225878	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
44230953--44231013	30	2.0	30	90	0	95	40	8	21	29	1.82
44233644--44233757	43	2.7	43	82	8	126	31	26	18	23	1.97
44243976--44244060	27	3.2	26	78	9	73	35	20	17	27	1.95
44244015--44244084	27	2.6	27	88	0	104	41	20	20	18	1.91
44245478--44245665	40	4.7	40	92	3	308	25	27	22	25	2.00
44253550--44253775	39	5.7	40	92	5	379	25	26	23	24	2.00
44253550--44253771	79	2.8	79	93	3	369	25	27	23	23	2.00
44263419--44263630	85	2.5	85	87	2	293	26	14	25	34	1.94
44264964--44265093	27	4.8	27	89	0	170	38	21	9	30	1.85
44264964--44265120	54	2.9	53	84	3	172	38	22	8	30	1.85
44265018--44265137	27	4.4	27	86	4	118	38	22	8	30	1.84
44264964--44265140	27	6.6	26	81	7	99	38	22	9	30	1.85
44266810--44266985	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
44266806--44266977	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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44269928--44270015	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
44272399--44272574	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
44272395--44272566	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
44275576--44275743	40	4.2	40	82	1	176	25	26	22	26	2.00
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44294472--44294648	80	2.2	80	85	3	232	24	22	27	25	2.00
44294875--44294918	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
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44301061--44301130	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
44305786--44305970	40	4.6	40	92	2	284	22	22	28	26	1.99
44305782--44306002	80	2.8	79	87	4	293	24	21	27	26	2.00
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44317257--44317367	57	1.9	57	85	1	150	27	17	30	25	1.97
44317245--44317358	29	4.0	29	83	6	135	27	15	29	27	1.96
44326019--44326064	22	2.2	20	84	7	56	47	0	8	43	1.34
44327887--44327955	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
44335293--44335321	15	1.9	15	100	0	58	72	0	27	0	0.85
44341195--44341231	20	1.9	18	89	10	56	35	2	8	54	1.44
44342242--44342311	20	3.5	20	72	14	72	37	0	11	51	1.38
44342244--44342321	40	2.0	40	97	0	147	37	0	10	52	1.36
44346393--44346443	20	2.5	20	93	0	84	35	11	21	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44346490--44346656	23	7.1	23	90	2	244	28	21	20	29	1.98
44346489--44346678	24	8.0	23	87	4	238	28	21	21	28	1.98
44346490--44346677	47	4.0	46	85	5	234	28	21	21	28	1.99
44346871--44346934	31	2.1	31	88	5	94	34	18	23	23	1.96
44348795--44349002	40	5.2	40	80	0	182	26	22	25	25	2.00
44348796--44349002	80	2.6	80	80	4	202	26	22	25	26	2.00
44358177--44358512	49	6.9	49	96	0	613	32	8	29	29	1.86
44358599--44358688	36	2.4	37	94	3	155	23	18	32	25	1.97
44360509--44360682	40	4.3	40	94	0	285	24	20	28	26	1.99
44378692--44378896	39	5.2	40	78	5	204	26	26	21	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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