genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  212  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65787700--65787726	12	2.2	12	100	0	54	59	7	18	14	1.58
65790103--65790274	27	6.4	27	84	1	229	35	18	21	25	1.95
65790104--65790257	80	1.9	80	89	0	236	36	18	20	24	1.95
65790103--65790270	53	3.1	54	89	2	241	35	17	22	25	1.95
65790648--65790679	8	4.0	8	95	0	55	25	28	37	9	1.87
65790934--65790985	27	2.0	26	84	3	68	19	26	21	32	1.97
65791018--65791053	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
65799031--65799327	48	6.2	48	91	0	479	36	6	25	31	1.81
65799031--65799327	143	2.1	144	91	0	479	36	6	25	31	1.81
65799459--65799602	37	4.0	36	89	6	202	22	16	31	29	1.96
65799460--65799602	73	2.0	73	87	5	209	23	16	31	28	1.96
65801325--65801391	27	2.5	27	90	2	100	11	25	31	31	1.92
65801351--65801499	43	3.4	43	95	0	253	12	24	32	30	1.92
65801294--65801434	70	2.0	70	94	0	246	12	24	31	31	1.91
65801656--65801812	29	5.4	29	66	15	85	22	17	28	31	1.97
65801653--65801818	58	2.9	57	88	4	244	23	17	28	30	1.97
65801747--65801839	28	3.3	28	73	7	80	21	15	33	30	1.94
65805446--65805741	48	6.2	48	93	0	502	36	6	25	31	1.81
65805876--65806022	37	4.0	37	90	0	222	22	17	32	27	1.96
65805876--65806020	74	2.0	74	95	0	263	22	17	33	27	1.96
65808071--65808275	27	7.6	27	88	0	302	34	17	21	26	1.95
65808071--65808275	81	2.5	81	92	0	338	34	17	21	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65813403--65813449	23	2.0	23	95	0	85	21	6	8	63	1.44
65819291--65819378	40	2.2	40	95	0	158	53	11	11	23	1.69
65820325--65820425	53	1.9	53	86	11	145	24	17	25	31	1.97
65820392--65820492	47	2.2	46	85	1	130	27	17	25	28	1.98
65825431--65825477	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
65825830--65826217	50	7.7	50	79	2	366	26	17	25	30	1.97
65825826--65826206	101	3.8	100	81	4	428	25	17	25	30	1.97
65825826--65826214	151	2.6	151	88	0	618	25	17	25	30	1.98
65826417--65826448	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
65827682--65827771	45	2.0	45	95	0	162	44	11	26	17	1.82
65829061--65829194	69	1.9	70	90	1	216	31	12	18	37	1.89
65830257--65830473	45	4.9	45	88	5	300	23	21	29	25	1.99
65833162--65833313	43	3.6	43	74	3	119	32	28	15	22	1.95
65836665--65836717	26	2.1	25	82	10	63	64	3	0	32	1.12
65837011--65837038	7	4.0	7	100	0	56	42	0	14	42	1.45
65838212--65838295	44	1.9	44	87	0	123	47	3	8	40	1.51
65838601--65838707	32	3.4	29	68	19	81	58	0	0	39	1.11
65838608--65838701	32	2.9	31	73	23	95	56	1	1	41	1.13
65849930--65849991	31	2.0	31	100	0	124	48	6	3	41	1.45
65849978--65850004	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
65851699--65851883	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
65851700--65851891	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65851699--65851916	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
65859728--65859912	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
65859729--65859920	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
65859728--65859945	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
65869769--65869811	20	2.2	20	86	0	59	62	2	6	27	1.33
65872044--65872068	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
65875043--65875080	18	2.1	18	90	0	58	57	7	7	26	1.54
65878030--65878111	25	3.3	25	91	0	128	30	19	20	29	1.97
65878040--65878120	25	3.2	24	82	6	90	27	22	22	28	1.99
65878100--65878157	25	2.3	25	85	5	73	32	25	17	24	1.96
65878030--65878157	50	2.6	50	81	7	145	31	21	18	28	1.97
65884378--65884716	123	2.8	123	94	0	579	30	10	25	33	1.90
65884687--65884888	40	5.1	40	87	0	233	24	20	27	27	1.99
65888034--65888106	38	1.9	38	88	0	110	43	12	6	36	1.69
65888491--65888521	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
65889699--65889763	26	2.5	26	75	9	69	53	0	1	44	1.09
65889725--65889766	16	2.6	17	85	7	52	52	0	2	45	1.13
65889721--65889827	37	2.9	37	80	5	110	51	1	1	44	1.23
65889793--65889817	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
65893244--65893295	4	13.0	4	100	0	104	25	0	25	50	1.50
65905931--65905957	14	1.9	14	100	0	54	37	3	22	37	1.72
65911386--65911443	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65911422--65911472	17	2.8	19	88	11	88	35	13	11	39	1.82
65911413--65911460	19	2.5	19	75	25	55	33	16	8	41	1.78
65912076--65912212	41	3.2	41	64	20	100	35	24	13	27	1.93
65912045--65912692	87	7.4	87	86	4	876	31	25	15	27	1.96
65912482--65912736	44	5.8	43	72	13	180	29	25	15	30	1.96
65912521--65912768	131	1.9	131	87	1	363	29	23	15	31	1.95
65912785--65912864	41	2.0	41	97	0	151	20	25	23	31	1.98
65913812--65913873	7	8.9	7	81	10	65	3	12	0	83	0.75
65913835--65913876	13	3.3	13	87	12	61	4	9	0	85	0.72
65913812--65913855	22	2.0	23	90	4	72	2	13	0	84	0.73
65918640--65918691	15	3.5	15	70	15	54	25	9	15	50	1.74
65918641--65918699	29	2.0	29	100	0	118	23	6	16	52	1.68
65921470--65921520	12	3.7	13	82	15	50	54	0	5	39	1.24
65921444--65921550	24	4.7	24	69	20	70	57	0	5	36	1.29
65921479--65921565	15	5.8	15	75	12	72	62	0	4	33	1.16
65921475--65921580	30	3.7	30	73	15	82	62	0	3	33	1.20
65922745--65922855	48	2.4	48	92	3	181	25	9	31	34	1.87
65923190--65923714	289	1.8	291	89	1	822	30	21	16	30	1.96
65923446--65923919	207	2.3	205	91	1	777	29	22	17	30	1.97
65936159--65936269	30	3.9	26	75	18	89	56	0	5	36	1.28
65936185--65936234	11	3.7	13	82	17	50	54	0	6	40	1.25
65936185--65936285	17	6.2	16	72	19	68	59	0	3	35	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65936231--65936285	23	2.4	24	81	9	69	65	1	1	30	1.13
65936253--65936289	19	2.0	18	89	5	56	64	5	0	29	1.15
65937429--65937462	16	2.1	16	88	0	50	2	14	38	44	1.61
65937462--65937572	48	2.4	48	93	3	190	24	9	32	34	1.87
65938642--65938745	27	3.9	27	83	9	124	35	21	24	19	1.96
65938642--65938745	54	1.9	53	86	9	149	35	21	24	19	1.96
65938848--65938923	26	2.8	27	88	4	100	30	14	22	32	1.94
65939128--65939186	29	2.0	30	96	3	111	37	13	23	25	1.92
65941985--65942040	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
65944230--65944335	40	2.7	40	82	2	115	28	25	23	22	1.99
65948332--65948387	25	2.4	23	78	21	64	53	3	0	42	1.18
65948335--65948388	23	2.3	23	80	20	60	55	3	0	40	1.17
65959436--65959480	23	1.9	24	86	13	67	26	6	17	48	1.72
65976115--65976155	22	1.9	21	90	5	64	12	36	26	24	1.91
65979768--65980139	49	7.7	49	93	1	554	27	29	9	32	1.89
65979768--65980139	194	1.9	194	89	0	573	27	29	9	32	1.89
65990202--65990278	40	1.9	40	97	0	145	29	24	18	27	1.98
65990261--65990295	17	2.1	17	100	0	70	17	22	22	37	1.94
65990221--65990335	57	2.0	57	96	0	212	25	25	20	29	1.99
65992472--65993035	49	11.7	49	90	3	804	27	29	9	32	1.89
65992472--65993035	243	2.3	241	88	3	823	27	29	9	32	1.89
65999032--65999131	46	2.2	46	89	7	150	20	19	30	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66001921--66001961	17	2.2	18	87	12	57	48	0	29	21	1.50
66003339--66003555	39	5.7	40	87	7	249	25	27	23	23	2.00
66011419--66011641	40	5.6	39	91	2	290	26	27	22	23	2.00
66011394--66011641	79	3.2	80	86	5	328	25	27	22	24	2.00
66020309--66020473	77	2.2	74	84	7	208	29	19	27	23	1.98
66022529--66022574	24	1.9	24	91	8	76	21	2	6	69	1.22
66027348--66027516	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
66035355--66035523	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
66039607--66039673	33	2.0	33	100	0	134	26	14	11	46	1.80
66046381--66046505	40	3.1	40	88	6	182	29	16	18	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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