genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  251  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77810034--77810260	119	1.9	119	91	1	375	25	26	22	25	2.00
77818188--77818330	39	3.6	39	88	0	205	23	29	20	26	1.99
77820190--77820387	40	4.9	40	90	3	276	26	20	25	26	1.99
77820191--77820434	40	6.1	40	87	5	135	26	20	26	26	1.99
77820197--77820438	80	3.0	79	84	8	251	27	19	25	27	1.99
77825977--77826153	37	4.8	37	87	1	219	28	29	16	24	1.97
77826382--77826718	51	6.9	49	84	7	447	26	29	12	32	1.93
77826382--77826718	98	3.4	98	94	0	584	26	29	12	32	1.93
77836062--77836285	46	4.8	46	75	10	161	22	29	19	28	1.98
77836062--77836231	46	3.6	47	80	5	168	22	30	20	27	1.98
77838340--77838378	21	1.9	21	89	5	62	33	12	5	48	1.63
77842735--77842778	15	2.9	15	82	0	61	11	18	13	56	1.66
77844398--77844460	22	2.8	23	80	7	76	28	23	25	22	1.99
77844604--77844685	41	2.0	41	88	4	121	30	28	20	20	1.98
77844903--77845275	27	13.8	27	79	6	236	30	9	19	39	1.84
77844906--77845275	54	6.8	54	78	3	332	30	9	20	40	1.84
77845206--77845317	27	4.2	26	76	7	91	28	8	19	43	1.79
77845268--77845325	26	2.2	27	87	6	84	34	10	15	39	1.81
77845307--77845414	27	4.0	27	85	0	153	29	19	16	34	1.94
77859979--77860026	5	8.6	5	82	17	51	18	4	0	77	0.93
77859978--77860026	6	8.5	6	81	4	57	18	4	0	77	0.92
77859978--77860026	24	2.1	22	88	7	71	18	4	0	77	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77860020--77860076	24	2.3	25	85	14	75	22	12	1	63	1.38
77863418--77863466	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
77864287--77864387	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
77864287--77864469	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
77871451--77871499	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
77872320--77872503	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
77878234--77878323	24	3.8	24	94	2	146	21	40	4	34	1.73
77884328--77884432	24	4.4	23	88	7	147	19	36	5	39	1.75
77885651--77885708	30	1.9	30	92	0	98	29	12	27	31	1.92
77886132--77886256	48	2.5	50	77	7	130	28	17	27	26	1.98
77888512--77888536	13	1.9	13	100	0	50	8	0	16	76	1.02
77893057--77893143	27	3.2	27	90	0	120	35	16	19	28	1.93
77893579--77893641	27	2.4	26	75	15	74	19	20	19	41	1.91
77893761--77893822	25	2.5	25	89	5	90	22	17	14	45	1.85
77893808--77893857	6	8.3	6	82	8	66	18	16	14	52	1.76
77895926--77896060	27	5.0	27	84	0	162	34	20	20	24	1.96
77896416--77896463	20	2.4	20	75	6	53	14	18	29	37	1.91
77896620--77896719	6	16.3	6	72	15	80	19	19	13	49	1.80
77896620--77896711	37	2.5	37	92	0	148	19	19	11	48	1.79
77902270--77902489	46	4.7	46	74	11	155	27	20	28	22	1.99
77902367--77902521	46	3.4	45	80	12	156	26	18	30	24	1.97
77905077--77905118	21	2.0	21	100	0	84	33	19	28	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77912210--77912284	31	2.4	31	95	0	132	28	25	17	29	1.97
77912308--77912399	42	2.2	42	90	0	139	34	20	15	29	1.93
77912544--77912668	52	2.4	53	94	2	218	27	22	22	28	1.99
77912544--77912668	26	4.8	26	92	2	198	27	22	22	28	1.99
77913469--77913546	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
77913565--77913764	56	3.7	54	77	5	170	31	7	20	41	1.80
77913650--77913772	27	4.6	27	84	8	153	27	6	22	43	1.78
77913649--77913772	53	2.3	53	86	4	160	28	6	22	42	1.78
77913803--77913999	27	7.3	27	83	7	222	39	8	23	28	1.83
77913803--77913999	54	3.7	54	86	3	247	39	8	23	28	1.83
77913803--77913999	81	2.5	80	88	5	274	39	8	23	28	1.83
77918173--77918218	20	2.3	20	84	0	56	34	6	0	58	1.24
77918183--77918231	20	2.5	20	100	0	98	30	0	0	69	0.89
77918183--77918231	10	4.9	10	79	0	62	30	0	0	69	0.89
77918677--77918774	52	1.9	51	95	2	178	29	29	13	27	1.94
77919950--77920064	49	2.4	48	83	12	146	26	20	24	28	1.99
77922709--77922928	93	2.4	93	80	8	232	30	17	29	22	1.97
77922701--77922927	47	4.9	46	77	9	219	29	17	29	22	1.97
77924007--77924045	21	1.9	21	89	5	62	12	38	28	20	1.89
77927899--77928159	138	1.9	138	83	3	337	28	10	7	53	1.63
77934210--77934259	15	3.5	14	76	17	50	40	2	0	58	1.10
77934212--77934259	7	6.7	7	79	11	53	39	2	0	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77939742--77939783	22	1.9	22	90	0	66	61	9	9	19	1.53
77942297--77942338	20	2.2	19	87	12	59	45	0	0	54	0.99
77942281--77942335	18	3.0	18	77	15	58	47	1	0	50	1.11
77942481--77942516	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
77948467--77948503	19	1.9	19	100	0	74	18	16	16	48	1.81
77951061--77951189	25	5.2	25	77	3	98	34	17	27	20	1.95
77955732--77955913	93	2.0	93	93	0	310	28	20	21	28	1.99
77958583--77958623	20	2.0	20	85	0	55	41	17	29	12	1.85
77962771--77962917	66	2.2	67	77	14	153	24	25	24	25	2.00
77964144--77964275	50	2.6	51	84	3	176	37	12	14	34	1.84
77964283--77964358	39	1.9	39	89	0	116	47	11	7	32	1.69
77975072--77975116	22	2.0	22	83	8	56	24	4	46	24	1.71
77976206--77976230	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
77976539--77976670	42	3.1	41	76	8	131	22	16	24	36	1.94
77976552--77976670	43	2.8	41	74	9	114	22	16	25	35	1.95
77982380--77982508	39	3.3	39	89	1	170	36	10	6	45	1.66
77984631--77984688	21	2.8	21	79	7	66	72	0	18	8	1.10
77984649--77984696	15	2.6	19	72	27	50	68	0	20	10	1.18
77984669--77984704	15	2.2	17	90	9	58	72	2	16	8	1.21
77984669--77984725	18	3.5	16	79	11	62	64	3	21	10	1.39
77984721--77984830	48	2.3	48	90	0	175	53	4	23	18	1.62
77988019--77988172	39	4.0	39	86	1	193	34	11	11	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77990506--77990634	46	2.8	45	90	6	181	31	28	20	19	1.97
77992177--77992244	30	2.3	30	82	5	75	45	5	20	27	1.74
77993107--77993233	33	3.9	32	72	12	105	32	19	23	24	1.98
77993248--77993357	45	2.4	45	86	1	139	38	18	22	20	1.94
77993332--77993603	46	5.9	46	89	1	366	39	13	24	21	1.90
77993332--77993603	92	2.9	93	90	1	404	39	13	24	21	1.90
77993339--77993598	139	1.9	138	87	2	387	40	14	24	21	1.90
77995587--77995689	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
78003376--78003478	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
78005394--78005494	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
78005423--78005498	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
78008048--78008090	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
78010330--78010416	40	2.1	41	85	2	113	65	9	2	22	1.33
78011709--78011860	27	5.6	27	81	2	137	38	21	9	30	1.85
78011703--78011878	54	3.3	53	80	4	174	37	22	9	31	1.85
78011789--78011915	27	4.7	27	76	5	114	37	22	10	30	1.87
78011757--78011915	54	2.9	54	76	7	144	36	22	10	31	1.87
78011898--78012004	53	2.0	53	98	0	205	36	17	18	27	1.94
78011899--78012005	27	4.0	27	83	2	144	35	17	19	27	1.94
78012660--78012711	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
78012754--78012813	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
78019431--78019503	27	2.7	27	84	0	92	34	19	21	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78020239--78020298	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
78029492--78029708	40	5.4	40	86	3	296	23	22	28	25	1.99
78029936--78029977	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
78037848--78037956	27	4.1	26	85	5	137	38	19	24	17	1.93
78039368--78039462	24	4.0	24	91	0	136	26	36	3	33	1.72
78041755--78041789	17	2.1	17	94	0	61	31	14	22	31	1.94
78043835--78044046	40	5.3	40	77	7	173	36	15	25	23	1.93
78043840--78044032	80	2.4	80	80	5	223	36	15	25	21	1.93
78050735--78050838	34	3.1	34	79	6	97	25	23	23	27	2.00
78052910--78052984	34	2.2	34	95	0	132	49	24	9	17	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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