genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.427.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  427  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131773650--131773847	67	2.9	66	89	3	281	41	15	14	28	1.87
131773725--131773971	71	3.5	72	79	5	231	33	19	15	30	1.94
131773841--131774543	160	4.4	160	96	0	1273	32	20	16	29	1.95
131773998--131774131	71	1.9	70	87	1	196	29	22	16	32	1.96
131773836--131774543	321	2.2	320	96	0	1292	32	20	16	29	1.95
131774159--131774292	71	1.9	71	90	0	214	29	23	16	30	1.96
131774319--131774452	71	1.9	71	88	0	205	29	23	15	31	1.95
131791417--131791467	18	3.1	18	75	18	56	62	0	3	33	1.13
131793571--131793610	21	1.9	22	85	10	57	65	5	2	27	1.27
131793864--131793916	26	2.0	28	81	7	65	58	9	5	26	1.52
131794478--131794524	22	2.1	22	92	0	76	59	2	2	36	1.21
131795542--131795649	26	4.2	26	95	0	180	33	7	23	36	1.83
131799489--131799692	40	5.1	40	81	2	194	25	21	26	25	1.99
131799489--131799692	80	2.5	80	82	3	230	25	21	26	25	1.99
131804431--131804456	9	2.9	9	100	0	52	80	0	19	0	0.71
131805835--131805906	23	3.5	21	78	12	78	80	0	15	4	0.86
131806854--131807550	84	8.3	84	88	3	1039	29	22	22	24	1.99
131806907--131807462	41	13.3	41	63	22	158	29	22	22	24	1.99
131809142--131809258	27	4.3	27	86	4	164	29	25	5	38	1.80
131809290--131809413	27	4.6	27	85	3	160	40	20	8	29	1.83
131809257--131809412	54	2.9	53	81	3	150	39	18	10	30	1.85
131809290--131809440	27	5.6	27	80	12	141	41	20	8	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131809315--131809496	54	3.3	54	78	7	145	41	19	9	29	1.82
131809418--131809503	27	3.1	27	76	14	77	38	16	10	34	1.83
131810432--131810500	25	2.8	25	82	4	86	24	26	23	26	2.00
131810648--131810781	42	3.2	42	97	0	259	32	14	19	34	1.91
131810805--131810888	31	2.7	31	90	1	134	27	15	27	29	1.96
131812409--131813186	84	9.3	84	90	2	1201	30	22	22	25	1.99
131813005--131813142	41	3.3	41	66	17	113	31	20	21	26	1.98
131814701--131815381	84	8.2	84	85	6	953	30	21	22	25	1.99
131814573--131815093	128	4.1	127	73	15	502	30	20	22	27	1.98
131815077--131815304	75	3.0	72	78	14	222	29	24	22	23	1.99
131815197--131815334	41	3.3	41	67	17	113	33	19	20	26	1.96
131815772--131815825	7	7.9	7	80	14	51	85	0	11	3	0.73
131815780--131815827	11	4.5	10	80	14	60	87	0	8	4	0.66
131815769--131815826	21	2.8	20	84	5	80	86	0	10	3	0.69
131815769--131815827	19	3.1	18	81	13	66	86	0	10	3	0.68
131815769--131815827	20	3.0	19	80	7	73	86	0	10	3	0.68
131816776--131817716	84	11.4	84	85	6	1273	30	22	21	25	1.99
131816939--131817410	43	11.2	43	63	20	176	30	21	21	26	1.98
131816774--131817712	250	3.8	248	85	8	1136	30	22	21	25	1.99
131816814--131817716	334	2.7	333	89	3	1352	30	22	22	25	1.99
131818368--131818465	19	5.2	19	90	7	155	38	10	15	35	1.81
131818358--131818465	36	2.9	35	78	20	112	38	10	14	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131820352--131820649	10	31.1	10	63	23	67	59	1	5	33	1.29
131820568--131820601	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
131820560--131820627	25	2.8	24	74	10	59	61	0	4	33	1.16
131823947--131824045	17	5.6	17	85	7	135	38	11	13	37	1.80
131823939--131824045	35	3.0	35	94	4	178	38	10	14	37	1.80
131823947--131824045	18	5.6	18	87	4	148	38	11	13	37	1.80
131823965--131824081	18	6.1	20	79	8	70	35	7	15	41	1.76
131824350--131824383	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
131824351--131824459	21	5.3	21	67	20	70	37	2	0	59	1.12
131824348--131824378	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
131824356--131824465	7	15.4	7	71	20	52	37	3	0	59	1.15
131824391--131824575	26	7.2	26	66	24	81	37	5	0	56	1.24
131824839--131824885	3	15.3	3	95	4	85	34	0	0	65	0.93
131830328--131830379	9	5.6	9	82	8	68	86	0	11	1	0.65
131830326--131830381	22	2.5	22	81	16	71	85	0	12	1	0.67
131830329--131830360	8	3.9	8	95	4	55	90	0	9	0	0.45
131830326--131830379	21	2.6	21	88	5	74	87	0	11	1	0.63
131831255--131831434	44	4.1	44	72	11	152	30	16	25	28	1.96
131831426--131832015	119	5.0	119	93	1	981	34	17	18	29	1.94
131831426--131832015	235	2.5	236	93	1	977	34	17	18	29	1.94
131831939--131832269	83	4.0	83	97	0	608	32	20	20	26	1.98
131832673--131832771	17	5.6	17	85	7	135	38	11	13	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131832665--131832771	35	3.0	35	94	4	178	38	10	14	37	1.80
131832673--131832771	18	5.6	18	87	4	148	38	11	13	37	1.80
131832691--131832807	18	6.1	20	79	8	70	35	7	15	41	1.76
131833078--131833180	8	11.9	9	72	18	51	36	1	0	60	1.15
131833077--131833110	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
131833565--131833610	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
131839287--131839350	18	3.4	18	71	12	56	12	25	25	37	1.91
131840863--131840905	20	2.2	20	100	0	86	44	13	9	32	1.76
131841358--131841538	8	23.1	8	69	17	89	59	0	4	35	1.22
131841308--131841540	7	34.1	7	65	24	81	58	0	5	35	1.24
131841400--131841522	51	2.5	48	81	16	135	60	0	4	34	1.18
131841306--131841510	89	2.3	89	80	12	213	58	0	5	35	1.22
131841308--131841542	23	10.8	20	68	22	70	58	0	5	35	1.23
131843850--131843918	21	3.4	21	72	11	72	13	21	21	43	1.86
131843832--131843920	39	2.3	39	96	0	160	13	22	23	40	1.89
131853492--131854041	206	2.7	206	91	2	915	28	22	18	31	1.97
131865574--131865606	17	2.0	17	88	5	50	54	18	0	27	1.44
131866019--131866062	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
131866268--131866448	8	23.1	8	67	15	69	59	0	5	34	1.25
131866306--131866425	51	2.4	50	80	8	145	60	0	6	33	1.23
131877203--131877237	13	2.7	13	83	16	54	65	5	11	17	1.43
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131882900--131883002	54	1.9	54	88	4	154	30	6	23	39	1.80
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131907333--131907407	25	2.8	27	73	15	66	38	2	1	57	1.21
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131924132--131924212	41	2.0	42	95	2	146	35	8	28	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131941314--131941372	19	3.2	19	65	18	52	54	5	3	37	1.39
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131966289--131966332	21	2.1	21	100	0	88	20	22	18	38	1.93
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131972532--131972657	62	2.0	61	89	1	189	41	7	15	35	1.76
131975888--131976012	58	2.1	61	84	10	161	54	5	4	35	1.45
131988082--131988195	60	1.9	60	89	3	176	29	7	12	50	1.68
131992068--131992115	20	2.5	20	80	19	57	75	2	0	22	0.91
131992080--131992113	12	2.9	12	86	4	52	76	0	0	23	0.79
132006413--132006492	26	3.1	26	94	0	133	37	25	6	31	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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