genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  127  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37604659--37604825	40	4.2	40	79	5	160	23	26	22	27	1.99
37604675--37604823	80	1.9	79	83	6	194	22	26	22	27	1.99
37611253--37611480	40	5.7	40	91	3	361	25	26	22	25	2.00
37634229--37634262	15	2.3	15	89	0	50	79	2	5	11	1.02
37637787--37637959	50	3.5	49	84	3	202	30	26	17	24	1.97
37648442--37648560	29	4.2	29	82	6	163	26	12	27	33	1.92
37650057--37650149	33	2.8	33	76	16	84	32	24	20	22	1.98
37652571--37652734	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
37652571--37652768	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
37657261--37657392	29	4.6	29	81	1	131	24	32	17	25	1.97
37664994--37665125	29	4.6	29	81	1	131	24	32	17	25	1.97
37666824--37667030	40	5.2	40	78	6	177	25	25	22	27	2.00
37666824--37667029	80	2.6	81	83	3	238	24	25	22	27	2.00
37669483--37669587	6	17.8	6	71	18	78	49	14	16	20	1.79
37669719--37669786	27	2.6	26	88	6	93	35	25	23	16	1.95
37669984--37670170	26	7.2	26	85	3	216	27	20	14	36	1.92
37670251--37670376	25	4.9	25	71	16	87	46	8	15	29	1.76
37670181--37670628	27	17.2	27	79	10	411	41	9	21	27	1.84
37670181--37670628	53	8.6	53	79	11	432	41	9	21	27	1.84
37672587--37672688	6	16.8	6	76	13	102	50	13	16	19	1.78
37672566--37672688	30	4.1	29	83	5	138	49	13	17	19	1.79
37672810--37672892	27	3.1	26	86	5	103	37	22	21	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37673104--37673305	27	7.5	27	84	2	235	26	20	18	34	1.96
37673108--37673312	54	3.8	54	87	2	268	25	20	19	35	1.95
37673104--37673314	81	2.6	81	86	2	280	26	20	18	34	1.96
37673317--37673842	81	6.5	79	84	10	609	41	10	21	26	1.85
37673317--37673849	27	19.8	27	81	10	522	41	10	21	27	1.85
37676867--37676935	5	12.4	5	74	19	57	23	2	1	72	1.06
37683701--37683880	90	2.0	90	97	0	342	27	12	15	45	1.82
37684623--37684796	89	1.9	90	80	5	201	28	19	17	35	1.94
37684815--37685056	43	5.5	43	71	11	152	27	26	16	29	1.97
37684710--37685675	177	5.5	177	81	5	1105	26	23	17	32	1.97
37684706--37685672	349	2.7	349	82	4	1140	26	23	17	32	1.97
37685310--37685405	43	2.2	45	81	12	119	29	25	14	31	1.95
37695031--37695183	40	3.8	40	77	6	148	27	22	26	23	1.99
37712305--37712374	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
37714208--37714258	24	2.1	24	92	7	86	43	7	25	23	1.81
37716957--37717057	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
37716986--37717057	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
37726303--37726509	80	2.6	80	81	4	229	27	22	25	25	2.00
37726302--37726509	40	5.2	40	81	4	186	27	22	25	25	2.00
37727939--37728039	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
37727968--37728039	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
37735236--37735299	32	2.2	27	72	25	67	31	18	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37735244--37735324	32	2.5	32	93	0	135	29	20	25	23	1.99
37740946--37741096	78	1.9	80	85	5	209	23	28	22	25	1.99
37740894--37741096	40	5.1	39	79	4	176	24	28	23	24	2.00
37746050--37746842	393	2.0	393	99	0	1568	32	5	20	41	1.75
37749324--37749361	14	2.6	15	84	16	53	57	2	39	0	1.12
37750952--37750982	16	1.9	16	93	0	53	51	29	9	9	1.66
37751823--37751891	24	2.8	23	74	18	59	42	2	5	49	1.41
37759119--37759172	27	2.0	27	85	7	74	38	7	12	40	1.72
37759418--37759664	49	5.0	50	79	2	255	26	17	27	28	1.98
37762369--37762395	13	2.1	13	100	0	54	22	7	29	40	1.81
37767130--37767584	131	3.5	130	90	2	666	36	20	17	26	1.94
37767908--37767942	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
37769320--37769391	35	2.0	36	94	2	128	59	13	15	11	1.61
37770084--37770122	20	2.0	20	90	10	62	51	7	0	41	1.31
37774854--37774933	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
37777447--37777498	17	2.9	17	88	5	68	15	5	3	75	1.14
37780458--37780621	87	1.9	87	92	0	274	46	1	38	14	1.52
37788715--37788828	34	3.4	34	73	0	102	31	15	10	42	1.81
37790574--37790754	78	2.3	81	83	6	228	24	28	22	24	1.99
37790571--37790754	40	4.7	40	80	10	200	25	28	21	24	1.99
37794580--37794788	46	4.5	46	72	10	142	29	17	27	26	1.97
37800127--37800189	31	2.0	31	93	0	108	53	6	3	36	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37802748--37802842	40	2.4	40	84	10	124	31	15	25	27	1.96
37820622--37820885	48	5.5	49	85	4	299	27	28	16	28	1.97
37822917--37823043	43	3.0	42	78	12	134	23	17	26	32	1.97
37828101--37828127	10	2.7	10	100	0	54	51	7	11	29	1.64
37835384--37835416	9	3.7	9	95	0	57	54	21	12	12	1.69
37852588--37852811	48	4.7	48	89	0	322	28	27	17	26	1.98
37852580--37852811	96	2.4	96	91	0	356	28	27	17	27	1.97
37859442--37859613	93	1.8	93	91	2	283	28	27	20	22	1.99
37859434--37859609	46	3.8	46	73	12	171	29	27	20	22	1.99
37861996--37862084	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
37861996--37862075	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
37862007--37862084	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
37862244--37862280	14	2.8	13	88	8	56	54	10	21	13	1.69
37865027--37865198	93	1.8	93	91	2	283	27	29	20	22	1.99
37865019--37865194	46	3.8	46	76	12	189	28	28	20	22	1.98
37865070--37865213	46	3.1	46	71	16	127	29	28	19	22	1.98
37870375--37870480	43	2.5	43	84	1	133	30	16	23	29	1.97
37878083--37878243	68	2.4	68	93	0	277	23	32	16	26	1.96
37878978--37879101	31	3.8	34	79	12	120	46	14	5	33	1.68
37878988--37879070	36	2.2	36	79	14	89	45	12	6	36	1.66
37885327--37885369	19	2.2	20	83	4	52	34	2	20	41	1.65
37885833--37886033	94	2.1	94	80	5	228	30	17	27	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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37890032--37890083	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
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37898228--37898364	22	5.9	23	81	7	145	23	21	18	35	1.96
37898228--37898356	67	1.9	69	83	12	169	23	20	19	36	1.95
37898218--37898356	45	3.1	44	82	8	181	23	21	19	35	1.96
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37930390--37930573	40	4.6	38	76	9	145	28	21	26	23	1.99
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37946900--37947077	40	4.5	40	76	6	155	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37946900--37947077	80	2.2	77	80	8	187	25	21	26	26	1.99
37954922--37955125	40	5.1	40	86	1	268	24	20	27	27	1.99
37967073--37967107	16	2.2	16	100	0	70	37	14	11	37	1.82
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37971371--37971471	40	2.5	39	82	9	123	30	15	23	29	1.96
37978690--37978952	40	6.6	40	90	2	395	25	26	22	25	2.00
37983200--37983300	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
37991120--37991220	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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