genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18928116--18928228	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
18936087--18936228	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
18936126--18936238	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
18941758--18941866	38	2.8	39	84	8	141	22	24	29	22	1.99
18949728--18949869	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
18949766--18949895	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
18953554--18953578	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
18954131--18954170	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
18954332--18954466	41	3.3	41	92	1	209	17	24	24	33	1.96
18954332--18954506	82	2.1	82	81	5	194	17	22	23	36	1.95
18957358--18957383	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
18957435--18957518	41	2.0	41	97	0	159	33	4	25	36	1.77
18959367--18959473	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
18964416--18964634	28	7.8	28	73	5	181	28	35	19	17	1.94
18964395--18964636	57	4.2	57	92	2	389	28	35	18	17	1.93
18966614--18966776	28	5.8	28	91	0	245	29	25	10	34	1.89
18966614--18966776	56	2.9	56	94	0	272	29	25	10	34	1.89
18970195--18970319	41	3.0	41	98	0	241	31	4	27	36	1.78
18972433--18972458	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
18972510--18972593	41	2.0	41	100	0	168	32	4	26	36	1.77
18975750--18975908	86	1.8	86	79	2	185	30	17	21	30	1.96
18977302--18977437	26	5.2	26	96	0	236	33	5	25	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18979222--18979508	137	2.1	137	97	0	538	24	19	25	31	1.98
18981046--18981093	23	2.1	23	92	0	78	45	6	8	39	1.59
18981551--18981613	25	2.6	25	73	12	60	39	12	12	34	1.82
18984401--18984498	49	2.0	49	100	0	196	30	20	24	24	1.98
18988128--18988352	49	4.5	49	85	2	261	24	16	28	30	1.96
18991940--18992069	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
18999992--19000158	40	4.2	40	81	5	178	23	28	23	24	2.00
19001313--19001433	57	2.1	58	85	1	163	23	28	15	33	1.95
19001313--19001434	29	4.2	29	86	2	156	23	27	15	32	1.95
19008642--19008809	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
19008658--19008807	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
19012860--19012958	37	2.7	37	82	0	108	29	16	25	29	1.96
19016410--19016629	48	4.6	48	87	0	296	26	20	27	25	1.99
19016601--19016713	43	2.6	42	76	14	113	27	19	28	24	1.99
19023583--19023682	49	2.0	49	96	0	182	24	18	21	37	1.94
19024989--19025040	27	1.9	27	88	0	77	25	25	15	34	1.95
19025003--19025057	27	2.0	27	82	6	67	27	21	18	32	1.96
19025036--19025090	26	2.1	26	82	0	65	25	18	25	30	1.98
19032345--19032397	27	2.0	27	96	0	97	22	24	18	33	1.97
19032344--19032411	27	2.5	27	82	0	64	23	22	19	35	1.96
19039608--19039684	40	1.9	40	84	5	102	15	15	32	36	1.89
19048580--19048758	49	3.7	48	77	8	175	30	18	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19059890--19059950	22	2.9	20	67	11	50	26	14	16	42	1.87
19062019--19062180	39	4.2	39	91	2	245	24	32	20	22	1.98
19065938--19066105	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
19065954--19066103	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
19073218--19073379	39	4.2	39	91	2	245	24	32	19	22	1.97
19073218--19073368	77	1.9	79	91	2	252	23	32	20	23	1.98
19074086--19074135	25	2.0	25	100	0	100	44	28	0	28	1.55
19079005--19079112	29	3.7	29	90	5	155	25	16	31	25	1.97
19094185--19094356	48	3.6	48	88	3	168	27	28	16	26	1.97
19094230--19094365	48	2.8	48	93	0	218	25	28	18	27	1.98
19097953--19097999	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
19097963--19098025	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
19099801--19099850	20	2.5	20	75	18	50	44	22	0	34	1.53
19099801--19099852	21	2.5	20	75	9	52	44	21	0	34	1.52
19104419--19104589	43	4.0	42	83	7	211	22	30	21	25	1.99
19111655--19111704	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
19112174--19112216	18	2.3	18	84	4	50	74	0	2	23	0.93
19117521--19117764	43	5.7	42	81	6	215	30	25	17	26	1.97
19117520--19117755	129	1.8	129	80	5	289	31	26	16	25	1.97
19117919--19117955	19	1.9	19	94	0	65	54	27	8	10	1.63
19118618--19118646	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
19123688--19123839	9	17.1	9	71	11	91	35	0	15	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19123697--19123807	43	2.5	44	88	5	170	36	0	15	48	1.45
19123706--19123858	79	1.9	77	83	8	193	36	1	15	46	1.57
19123749--19123862	36	3.1	36	92	2	183	36	2	14	45	1.59
19127231--19127376	7	20.6	7	80	9	113	22	0	30	47	1.52
19127216--19127272	22	2.5	22	86	8	71	26	0	28	45	1.54
19127296--19127386	28	3.3	27	81	3	92	23	1	30	45	1.60
19127919--19128108	41	4.7	40	80	8	188	30	23	14	32	1.94
19127917--19128118	81	2.5	80	78	14	232	28	22	15	33	1.95
19130512--19130553	22	1.9	22	85	9	59	59	2	9	28	1.41
19137324--19137362	20	2.0	20	94	0	69	10	23	20	46	1.81
19137342--19137456	40	2.9	40	88	0	158	18	28	19	33	1.95
19140100--19140204	50	2.1	50	82	5	124	21	26	22	28	1.99
19140141--19140204	25	2.6	25	76	0	65	21	28	23	26	1.99
19144640--19144684	20	2.2	20	88	0	63	35	13	0	51	1.41
19148673--19148844	43	4.0	44	79	7	201	25	18	23	33	1.96
19161169--19161207	19	2.1	18	85	4	51	51	10	25	12	1.71
19163241--19163401	29	5.6	29	87	0	178	27	15	32	24	1.95
19169983--19170020	7	5.3	7	90	6	58	13	2	2	81	0.90
19169983--19170022	14	2.7	15	88	7	64	12	5	2	80	0.98
19172323--19172368	6	8.0	6	81	16	53	15	4	0	80	0.86
19172333--19172363	15	2.1	15	100	0	62	12	0	0	87	0.55
19172328--19172368	21	2.0	21	95	0	73	14	2	0	82	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19172328--19172383	26	2.1	26	83	3	67	17	3	0	78	0.89
19177893--19177932	22	1.9	20	85	10	53	85	5	7	2	0.83
19178726--19178884	43	3.7	43	72	12	139	25	17	23	33	1.96
19194771--19194843	36	2.0	36	94	0	128	28	16	30	24	1.96
19194729--19194887	83	1.9	81	84	5	212	25	17	30	25	1.97
19204945--19205043	25	4.0	24	76	13	94	17	28	19	35	1.94
19213129--19213179	19	2.5	20	73	17	52	39	1	15	43	1.58
19213474--19213515	17	2.2	20	88	12	63	66	0	33	0	0.92
19213828--19213881	27	2.1	26	86	10	76	57	0	12	29	1.36
19215790--19215956	40	4.2	40	86	2	212	25	21	26	26	2.00
19215790--19215956	79	2.1	80	84	2	212	25	21	26	26	2.00
19223883--19224050	40	4.2	40	86	0	221	26	21	26	26	1.99
19231961--19232137	40	4.4	40	84	0	212	25	22	25	25	2.00
19236163--19236315	42	3.7	40	75	6	135	31	16	22	29	1.96
19242946--19242986	20	2.0	20	85	0	55	34	17	2	46	1.61
19247355--19247427	20	3.7	20	80	7	94	13	21	19	45	1.85
19247339--19247433	20	4.8	20	79	5	93	15	24	17	42	1.89
19247319--19247495	40	4.4	40	76	1	149	18	26	18	36	1.94
19248951--19248998	22	2.2	22	85	7	62	43	27	20	8	1.80
19249201--19249265	22	3.0	22	84	8	96	32	24	23	20	1.98
19249727--19249791	27	2.4	27	86	0	85	32	13	20	33	1.91
19249746--19250089	27	12.7	27	74	8	117	30	9	18	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19249758--19249909	82	1.9	81	81	4	189	29	8	15	46	1.75
19249753--19250089	54	6.2	54	73	5	181	29	8	19	42	1.81
19249727--19250088	81	4.5	81	71	9	227	30	8	19	41	1.81
19252833--19252957	41	3.0	41	92	0	196	28	29	20	21	1.98
19252993--19253053	29	2.1	29	93	0	104	52	11	6	29	1.62
19253225--19253294	27	2.6	27	83	0	77	31	10	21	37	1.86
19253252--19253434	27	6.8	27	76	9	144	27	10	20	42	1.84
19253394--19253465	35	2.1	34	84	2	90	30	8	18	43	1.79
19253456--19253530	27	2.8	27	91	0	114	29	24	16	30	1.96
19270463--19270560	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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