genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  170  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52162447--52162491	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
52171126--52171164	20	2.0	20	89	0	60	33	7	15	43	1.75
52171125--52171174	20	2.5	19	78	12	55	36	6	16	42	1.72
52172544--52172577	17	2.0	17	94	0	59	29	26	23	20	1.99
52173866--52174100	40	5.9	41	82	7	189	23	25	22	27	2.00
52173912--52174100	40	4.7	40	86	3	227	25	25	22	25	2.00
52174805--52174832	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
52182012--52182230	40	5.5	39	84	5	226	23	26	23	26	2.00
52182012--52182232	80	2.7	79	83	2	271	23	26	23	26	2.00
52183155--52183218	31	2.1	31	100	0	128	34	35	9	20	1.85
52184837--52184945	43	2.6	42	81	8	123	28	25	21	24	1.99
52195276--52195323	25	2.0	24	87	4	69	33	2	0	64	1.05
52196559--52196904	129	2.8	124	81	6	351	30	23	17	28	1.97
52196559--52196904	43	8.2	43	76	9	300	30	23	17	28	1.97
52197210--52197259	21	2.4	21	82	0	64	4	42	14	40	1.64
52197695--52197723	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
52202724--52202807	43	1.9	43	90	7	134	39	1	13	46	1.50
52202977--52203019	18	2.4	18	96	0	77	27	16	4	51	1.64
52206499--52206688	48	3.9	48	90	5	292	35	7	26	30	1.84
52206507--52206685	98	1.8	98	93	2	315	35	7	27	29	1.84
52206838--52206943	37	2.9	37	92	0	176	23	18	31	26	1.98
52208678--52208728	20	2.6	20	90	3	77	13	33	33	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52219651--52219751	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
52227571--52227671	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
52230007--52230173	40	4.2	40	81	2	176	23	26	22	26	2.00
52237995--52238161	40	4.2	41	81	5	173	25	26	22	26	2.00
52238011--52238161	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	26	2.00
52238979--52239024	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
52241735--52241781	22	2.2	21	84	3	58	34	21	8	36	1.84
52241754--52241804	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
52241752--52241794	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
52242433--52242544	46	2.6	41	70	17	100	30	22	16	31	1.95
52242212--52243142	206	4.5	206	93	0	1513	29	22	18	30	1.97
52243091--52243583	44	11.2	44	72	9	344	26	24	17	30	1.97
52243109--52243574	131	3.5	132	85	3	586	26	24	17	31	1.97
52243260--52243574	87	3.6	88	74	11	313	26	25	18	29	1.98
52243216--52243583	175	2.1	175	88	2	542	27	25	17	29	1.97
52244452--52244499	9	5.1	9	81	16	53	2	12	0	85	0.69
52244437--52244499	20	3.1	19	84	13	72	3	14	0	82	0.79
52244452--52244499	19	2.5	19	87	9	71	2	12	0	85	0.69
52251106--52251203	19	5.2	19	90	7	155	36	14	11	37	1.82
52251106--52251203	36	2.6	37	88	9	144	36	14	11	37	1.82
52251603--52252342	206	3.6	206	92	0	1160	28	21	18	31	1.97
52252328--52252779	132	3.4	132	88	2	588	27	24	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52252309--52252780	44	10.8	43	75	7	360	27	23	18	30	1.97
52252392--52252784	175	2.2	175	89	1	590	26	24	17	30	1.97
52253638--52253698	7	8.7	7	77	13	63	4	13	0	81	0.83
52253638--52253699	13	4.5	13	76	9	61	4	12	0	82	0.82
52253639--52253712	22	3.5	20	83	10	85	4	14	0	81	0.84
52255514--52255701	40	4.7	40	88	1	252	26	28	21	24	1.99
52257766--52257803	18	2.1	18	100	0	76	23	21	18	36	1.95
52258023--52258060	2	19.5	2	89	5	60	47	0	0	52	1.00
52257889--52259229	659	2.0	661	88	3	1965	34	19	7	38	1.80
52264067--52264205	55	2.6	53	79	10	156	37	17	22	23	1.94
52264978--52265041	31	2.1	31	84	0	83	26	21	14	37	1.92
52265253--52265399	24	6.2	24	89	3	217	27	19	21	31	1.97
52265253--52265399	47	3.1	48	88	1	217	27	19	21	31	1.97
52265253--52265399	71	2.1	71	92	0	240	27	19	21	31	1.97
52265449--52265515	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
52265449--52265504	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
52265552--52265599	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
52268633--52268800	40	4.2	40	83	1	176	26	26	20	26	1.99
52270698--52270728	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
52280205--52280453	64	3.9	64	84	5	315	29	16	29	24	1.96
52281539--52281580	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
52283092--52283146	21	2.6	21	76	2	65	14	1	27	56	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52286356--52286380	7	3.6	7	100	0	50	16	0	36	48	1.46
52291649--52291677	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
52299904--52300004	28	3.5	28	83	6	105	29	26	12	30	1.93
52305105--52305314	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
52313240--52313449	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
52318654--52318705	14	3.9	14	75	14	56	0	30	0	69	0.89
52318646--52318693	11	4.2	11	78	17	53	0	25	0	75	0.81
52319026--52319087	28	2.3	27	76	15	65	64	1	0	33	1.03
52319035--52319094	22	2.7	21	75	12	57	71	1	0	26	0.95
52321372--52321425	20	2.6	20	80	13	56	57	0	0	42	0.98
52321457--52321495	18	2.2	18	90	0	60	58	2	0	38	1.12
52327316--52327360	20	2.2	20	84	7	56	40	13	2	44	1.56
52329809--52329847	21	2.0	21	85	10	55	12	23	35	28	1.91
52337954--52338126	47	3.7	47	92	0	274	28	30	7	32	1.85
52338029--52338104	22	3.3	22	67	16	64	27	31	10	30	1.90
52342402--52342700	43	7.0	43	87	3	359	27	18	25	29	1.98
52348437--52348482	14	3.1	15	75	15	51	58	0	4	36	1.18
52351192--52351344	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
52351193--52351375	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99
52351199--52351413	78	2.7	79	81	5	177	25	22	30	22	1.99
52359200--52359350	39	3.9	39	90	1	232	24	20	31	23	1.98
52359201--52359381	77	2.3	78	87	1	247	24	22	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52359201--52359381	39	4.6	39	86	2	229	24	22	30	22	1.99
52359207--52359418	77	2.7	77	83	3	194	25	22	30	21	1.99
52360648--52360714	33	2.0	33	100	0	134	20	20	25	32	1.97
52365888--52365938	25	2.0	25	100	0	102	19	35	7	37	1.81
52368220--52368386	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
52370759--52370800	12	3.5	12	100	0	84	30	26	16	26	1.97
52383912--52383949	20	2.0	20	89	5	60	39	2	13	44	1.57
52384116--52384155	17	2.3	18	86	4	55	52	0	5	42	1.23
52385055--52385102	20	2.4	20	96	0	87	29	14	27	29	1.95
52389235--52389511	48	5.8	48	78	3	290	25	29	17	27	1.97
52389241--52389511	96	2.8	96	84	4	334	25	29	17	27	1.97
52389241--52389522	144	2.0	143	86	4	399	26	29	16	26	1.97
52393683--52393726	23	1.9	23	86	9	63	59	4	4	31	1.38
52400605--52400788	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
52404902--52405116	47	4.6	49	78	12	186	24	28	18	28	1.98
52404954--52405116	46	3.5	46	78	12	138	25	29	17	27	1.97
52408061--52408133	36	2.0	36	91	0	119	27	19	23	30	1.98
52409823--52410030	40	5.2	40	80	3	186	20	25	25	28	1.99
52409849--52410030	80	2.3	80	82	1	213	20	26	24	28	1.99
52416477--52416686	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
52424609--52424818	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
52428223--52428390	40	4.2	39	75	7	133	27	23	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52432397--52432494	34	2.9	34	84	3	126	25	22	22	29	1.99
52432871--52432996	27	4.7	28	83	5	138	22	15	20	41	1.90
52432871--52432990	53	2.2	54	82	7	138	21	16	19	42	1.89
52450439--52450466	10	2.8	10	100	0	56	71	7	10	10	1.31
52454376--52454489	40	2.8	39	84	2	138	25	28	22	22	1.99
52462388--52462538	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
52462388--52462538	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
52468008--52468158	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
52468008--52468158	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
52476010--52476160	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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