genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  175  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53905688--53905759	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
53908497--53908526	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
53910423--53910594	44	3.8	45	80	10	199	28	30	19	21	1.98
53910428--53910614	44	4.1	45	72	20	122	28	29	19	21	1.98
53915970--53916139	93	1.8	93	93	0	295	28	29	20	21	1.98
53915961--53916136	46	3.8	46	78	15	200	28	28	20	21	1.98
53917547--53917586	19	2.2	18	86	13	55	20	10	0	70	1.16
53922552--53922693	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
53922590--53922719	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
53927878--53928007	39	3.3	39	90	0	197	29	19	27	23	1.98
53927875--53928043	78	2.2	77	82	3	196	28	19	26	25	1.99
53930577--53930784	40	5.2	39	81	3	193	25	25	23	25	2.00
53930580--53930783	80	2.5	80	81	3	223	25	25	23	25	2.00
53937775--53937836	24	2.6	24	97	2	117	35	25	17	20	1.95
53955527--53955595	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
53957336--53957506	48	3.6	46	80	6	164	22	30	20	26	1.98
53957336--53957519	96	1.9	96	84	4	246	24	30	19	25	1.98
53958532--53958586	28	2.0	28	88	0	83	32	14	29	23	1.94
53958537--53958595	28	2.1	28	83	0	73	35	16	23	23	1.95
53961238--53961373	50	2.7	50	87	2	193	28	19	32	19	1.96
53961243--53961413	50	3.5	49	83	7	179	29	18	29	22	1.97
53961345--53961488	43	3.3	43	76	9	139	27	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53966246--53966331	40	2.2	39	85	6	111	25	15	27	31	1.95
53969663--53969824	25	6.5	25	87	0	216	30	14	9	45	1.78
53970653--53970917	45	6.0	45	87	2	367	22	20	30	27	1.98
53977310--53977490	25	7.2	25	89	0	263	28	11	12	48	1.74
53978325--53978781	45	10.0	45	82	10	534	24	21	28	26	1.99
53978457--53978486	15	2.0	15	100	0	60	26	20	26	26	1.99
53978412--53978531	60	2.0	60	93	0	204	24	19	27	29	1.98
53978369--53978576	105	2.0	105	95	0	371	23	20	27	28	1.99
53978325--53978601	150	1.8	150	94	0	491	23	21	27	28	1.99
53978481--53978781	132	2.3	132	95	1	530	23	21	29	24	1.99
53981076--53981245	47	3.6	47	75	11	152	28	17	28	24	1.97
53987999--53988289	24	12.1	24	95	0	465	35	25	18	20	1.95
53995251--53995539	24	12.1	24	95	1	474	35	25	18	20	1.95
53995251--53995539	71	4.0	72	94	1	492	35	25	18	20	1.95
53998972--53999289	48	6.8	48	77	7	265	23	28	20	27	1.99
53999042--53999123	42	2.0	42	85	4	112	21	28	19	30	1.98
54000635--54000741	40	2.7	40	89	0	160	35	23	15	25	1.94
54006183--54006313	40	3.3	40	79	4	138	32	23	16	26	1.96
54013257--54013358	29	3.5	29	97	0	186	23	23	14	38	1.92
54020786--54020917	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
54020786--54020917	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
54027384--54027494	43	2.6	43	77	4	118	26	19	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54048451--54048553	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
54052691--54052860	46	3.7	46	75	17	172	22	22	27	27	1.99
54052689--54052858	93	1.8	93	91	2	279	22	22	27	27	1.99
54061051--54061181	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
54061051--54061181	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
54069004--54069134	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
54069004--54069134	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
54082229--54082360	47	2.8	48	89	1	194	31	28	18	21	1.97
54091491--54091528	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
54094395--54094600	43	4.7	43	73	8	152	26	20	20	32	1.97
54098540--54098565	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
54100398--54100525	9	13.6	9	76	9	121	31	1	20	46	1.60
54100398--54100525	57	2.2	57	85	0	175	31	1	20	46	1.60
54101341--54101390	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
54104214--54104373	75	2.2	74	80	9	168	31	15	18	35	1.91
54106287--54106430	49	2.9	48	80	8	155	28	20	23	27	1.99
54107887--54107928	2	21.0	2	80	9	50	47	7	0	45	1.30
54107978--54108034	22	2.7	21	81	8	62	21	1	24	52	1.56
54108164--54108206	21	2.0	21	86	8	61	32	2	20	44	1.65
54108441--54108551	40	2.8	40	87	5	163	24	17	23	35	1.95
54112688--54112751	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
54112943--54113085	24	6.0	24	88	4	191	27	22	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54112943--54113084	47	3.0	48	88	5	189	28	22	21	28	1.99
54112942--54113085	71	2.0	72	86	6	204	27	22	20	29	1.99
54113135--54113195	20	3.0	20	90	0	104	31	22	11	34	1.90
54113238--54113285	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
54113708--54113743	8	4.5	8	92	0	54	8	22	22	47	1.77
54114995--54115085	29	3.1	29	98	0	173	30	16	26	26	1.97
54114995--54115122	58	2.2	58	84	2	159	26	17	30	25	1.97
54118733--54118818	42	2.0	42	95	0	154	38	6	24	30	1.82
54125153--54125194	20	2.1	20	86	0	57	30	2	14	52	1.54
54131245--54131373	40	3.2	40	80	6	156	24	28	24	23	1.99
54131261--54131370	39	2.8	40	83	12	138	21	29	25	23	1.99
54139254--54139383	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
54139254--54139416	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
54141651--54141786	36	3.7	38	75	18	117	24	22	29	24	1.99
54147406--54147569	40	4.1	40	80	6	188	25	21	28	25	1.99
54155511--54155676	79	2.1	79	83	4	201	25	21	27	25	1.99
54155511--54155676	40	4.2	40	80	8	187	25	21	27	25	1.99
54158033--54158138	40	2.7	39	73	12	99	25	26	21	26	2.00
54158716--54158807	40	2.3	40	84	3	114	38	20	19	21	1.94
54158794--54158885	41	2.3	39	81	7	105	29	21	25	23	1.99
54159351--54159389	14	2.8	14	88	0	60	23	2	28	46	1.65
54159508--54159548	14	2.8	15	85	3	57	14	0	46	39	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54159516--54159556	21	2.0	21	85	9	57	19	0	39	41	1.52
54160343--54160682	158	2.2	157	79	6	384	35	12	22	30	1.90
54162946--54163128	41	4.5	41	85	6	223	24	22	27	25	2.00
54162930--54163129	81	2.5	81	83	6	244	23	22	28	26	1.99
54162930--54163155	81	2.8	75	78	12	202	24	21	27	26	1.99
54167108--54167390	98	2.9	99	91	4	425	44	7	6	42	1.58
54167275--54167309	16	2.2	16	89	0	52	42	8	0	48	1.33
54167353--54167897	91	6.0	91	90	3	893	34	6	5	53	1.51
54168081--54168181	18	5.5	18	70	17	82	43	14	1	39	1.57
54168128--54168181	9	6.0	9	77	0	63	42	14	3	38	1.64
54174013--54174071	31	1.9	31	89	0	91	16	10	16	55	1.67
54177023--54177193	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
54177015--54177190	46	3.8	46	80	10	205	28	28	21	21	1.98
54181663--54181870	40	5.2	40	83	2	224	26	27	21	25	1.99
54183111--54183152	21	2.0	21	100	0	84	14	19	14	52	1.75
54188881--54189003	38	3.2	38	80	2	129	32	26	19	21	1.97
54190737--54190820	24	3.5	24	96	0	159	36	25	16	21	1.94
54202057--54202183	38	3.3	38	86	2	164	32	22	22	22	1.98
54202073--54202201	38	3.4	38	83	2	152	33	21	20	24	1.97
54207385--54207517	38	3.4	38	78	2	131	32	25	19	22	1.97
54212438--54212617	48	3.8	48	85	1	236	29	19	22	28	1.98
54217367--54217411	23	2.0	23	90	0	72	35	11	13	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54220019--54220110	40	2.3	39	83	12	125	25	21	27	26	2.00
54220338--54220379	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
54227829--54227925	40	2.5	40	83	11	128	24	22	27	24	2.00
54228153--54228194	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
54233581--54233716	59	2.3	60	81	7	152	27	20	26	25	1.99
54236533--54236561	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
54238724--54238860	60	2.3	59	83	8	161	27	20	26	25	1.99
54242406--54242582	48	3.7	47	80	6	194	28	18	24	28	1.98
54253119--54253206	45	2.0	45	84	4	115	25	15	23	35	1.95
54253693--54254033	170	2.0	171	95	0	612	24	19	19	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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