genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  47  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11819823--11819937	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
11819823--11819956	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
11822485--11822578	47	2.0	47	97	0	179	39	8	18	34	1.81
11830550--11830596	15	3.2	14	82	14	51	46	8	2	42	1.46
11832575--11832611	19	1.9	19	94	0	65	35	29	8	27	1.85
11833334--11833391	30	1.9	30	85	0	80	43	1	34	20	1.62
11851228--11851312	37	2.4	35	83	13	102	34	1	2	62	1.16
11851927--11851958	16	1.9	17	93	6	57	68	0	0	31	0.90
11856193--11856254	32	1.9	33	83	3	81	45	3	6	45	1.45
11858724--11858760	9	4.1	9	96	0	65	54	24	13	8	1.66
11858718--11858759	18	2.5	16	82	14	57	57	19	14	9	1.64
11873421--11873468	24	2.0	24	96	4	89	58	16	8	16	1.61
11875666--11875699	17	1.9	18	88	5	52	50	11	0	38	1.39
11875880--11875938	31	1.9	31	82	6	75	45	16	27	10	1.80
11877425--11877477	26	2.0	26	100	0	106	47	26	0	26	1.53
11881209--11881242	16	2.2	15	89	5	50	67	0	26	5	1.13
11882098--11882191	27	3.5	28	78	11	90	59	17	9	13	1.60
11882900--11882969	27	2.6	28	82	8	83	58	15	11	14	1.63
11882903--11882987	27	3.2	26	78	8	75	56	18	11	12	1.66
11885814--11885875	24	2.4	27	81	13	76	58	16	12	12	1.64
11889208--11889244	3	12.3	3	88	0	56	27	32	5	35	1.79
11889208--11889244	15	2.5	15	100	0	74	27	32	5	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11895159--11895308	77	1.9	77	98	0	291	30	18	16	34	1.93
11898738--11898819	42	1.9	43	90	5	130	34	18	15	31	1.92
11903644--11903691	25	1.9	24	84	16	62	29	16	6	47	1.71
11905060--11905089	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
11906131--11906300	57	2.9	58	84	3	218	49	12	14	24	1.77
11906131--11906345	57	3.7	57	81	6	211	48	12	13	25	1.77
11906131--11906345	116	1.9	116	82	7	276	48	12	13	25	1.77
11907166--11907232	29	2.2	31	81	5	75	31	13	17	37	1.89
11909826--11909894	29	2.4	29	87	2	95	34	20	10	34	1.86
11909845--11909902	29	2.0	29	89	0	89	32	18	13	34	1.91
11917091--11917120	4	7.2	4	92	7	51	70	0	3	26	1.03
11918538--11918639	47	2.2	47	82	3	116	16	22	24	36	1.94
11918708--11918811	36	2.9	36	77	0	118	35	12	16	35	1.86
11918708--11918807	18	5.6	18	78	0	92	36	13	16	35	1.87
11918827--11918859	16	2.0	17	88	5	50	48	12	15	24	1.78
11920577--11920941	46	8.0	46	88	1	446	20	23	14	40	1.90
11924485--11924545	26	2.3	26	88	8	88	40	22	19	16	1.90
11924496--11924553	26	2.4	23	79	20	73	37	22	24	15	1.93
11929446--11929485	21	1.9	21	85	10	55	57	2	5	35	1.34
11929437--11929499	31	2.1	31	82	8	76	57	4	4	33	1.41
11933868--11933986	44	2.8	41	83	8	141	30	25	20	24	1.99
11934549--11934594	23	2.0	23	100	0	92	47	17	8	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11936178--11936218	20	2.0	22	90	9	68	36	7	7	48	1.59
11937493--11937545	24	2.3	23	86	3	70	32	28	28	11	1.91
11937610--11937655	23	2.0	23	86	0	65	34	23	26	15	1.94
11937710--11937779	27	2.7	25	79	16	63	37	15	25	21	1.93
11946306--11946335	3	10.0	3	92	0	51	30	33	33	3	1.74
11949372--11949529	43	3.7	43	78	8	151	28	13	24	32	1.94
11949372--11949529	86	1.8	86	83	2	210	28	13	24	32	1.94
11950365--11950426	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
11954113--11954205	6	15.7	6	82	10	95	16	4	0	79	0.88
11954120--11954204	30	2.9	29	81	10	109	17	3	0	78	0.88
11955497--11955537	9	4.4	9	84	6	55	85	0	14	0	0.60
11955496--11955526	10	3.2	10	90	9	55	90	0	9	0	0.46
11955496--11955537	19	2.2	19	91	0	66	85	0	14	0	0.59
11965603--11965684	28	2.9	28	87	1	110	17	32	29	20	1.95
11965681--11965743	32	2.0	32	96	0	117	28	12	15	42	1.84
11967273--11967328	28	2.0	29	85	3	78	64	1	0	33	1.04
11971255--11971849	78	7.7	77	85	2	773	35	22	8	34	1.85
11971255--11971849	155	3.8	156	85	3	783	35	22	8	34	1.85
11971255--11971843	233	2.5	233	89	0	885	35	22	8	34	1.85
11972566--11972653	40	2.3	39	78	9	99	27	23	21	27	1.99
11972823--11972874	21	2.4	21	78	9	52	26	1	25	46	1.63
11972899--11972946	25	1.9	25	87	8	71	18	0	41	39	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11972924--11972978	22	2.6	21	82	2	65	18	0	41	40	1.50
11972990--11973035	22	2.1	21	84	4	56	28	2	26	43	1.66
11973183--11973230	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
11973178--11973227	22	2.3	21	82	3	64	22	0	32	46	1.52
11973219--11973259	14	2.9	15	85	7	59	19	2	43	34	1.64
11973212--11973251	21	1.9	21	84	0	53	15	2	42	40	1.60
11978088--11978120	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
11978167--11978225	21	2.8	21	80	12	68	23	0	6	69	1.12
11978155--11978206	12	4.6	12	79	13	56	23	0	9	67	1.20
11978196--11978244	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
11988819--11988969	42	3.6	42	79	5	153	22	19	35	23	1.96
11992574--11992603	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
11994243--11994287	22	2.0	22	95	0	81	46	11	17	24	1.81
12000999--12001070	37	1.9	37	100	0	144	23	16	15	44	1.86
12001009--12001084	37	2.1	36	85	4	100	25	19	14	40	1.89
12002168--12002215	25	2.0	25	84	8	64	45	0	2	52	1.12
12002318--12002368	20	2.5	20	90	0	75	60	3	1	33	1.26
12008770--12008808	20	2.0	19	85	5	51	69	0	15	15	1.20
12019062--12019111	21	2.4	22	70	12	52	68	22	4	6	1.29
12027146--12027189	22	2.0	22	95	0	79	38	18	11	31	1.86
12033604--12033635	14	2.3	15	89	10	50	31	12	15	40	1.85
12035881--12035955	35	2.2	35	85	2	98	28	22	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12035889--12035963	34	2.2	35	82	2	89	34	22	20	22	1.96
12035770--12036065	143	2.1	143	86	1	405	34	23	21	21	1.97
12037515--12037539	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12039556--12039588	17	1.9	17	93	0	57	75	18	0	6	1.00
12039550--12039596	14	3.1	14	77	16	58	72	19	0	8	1.10
12044062--12044091	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
12044084--12044129	23	2.0	23	83	4	58	47	13	4	34	1.62
12044091--12044135	23	2.0	23	81	0	54	42	15	6	35	1.73
12049216--12049257	14	2.9	15	79	13	61	80	0	14	4	0.86
12049198--12049290	32	2.9	32	78	10	100	77	3	11	7	1.09
12051762--12051869	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
12059150--12059257	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
12060842--12061104	133	2.0	133	85	4	361	27	18	25	28	1.98
12061149--12061554	137	3.0	137	83	5	421	30	18	23	27	1.98
12061335--12061567	44	5.2	44	71	10	166	32	16	23	27	1.96
12061422--12061817	177	2.2	176	81	5	458	31	18	22	27	1.97
12062375--12062417	22	2.0	22	85	0	59	11	6	13	67	1.41
12064322--12064373	26	2.1	24	82	13	61	32	7	21	38	1.82
12066715--12066765	24	2.0	26	85	7	70	39	3	0	56	1.18
12066889--12066992	26	4.2	24	78	14	104	27	3	6	61	1.39
12068678--12068778	28	3.6	28	86	0	121	57	10	12	18	1.64
12069661--12069702	12	3.3	12	81	12	57	28	11	0	59	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12069660--12069709	26	1.9	26	91	0	82	28	12	0	60	1.32
12070152--12070223	28	2.6	30	79	16	84	58	1	1	38	1.15
12071087--12071143	28	2.0	28	100	0	114	29	10	17	42	1.83
12071333--12071394	23	2.5	26	77	15	69	45	4	0	50	1.23
12074995--12075055	30	2.0	31	84	9	81	29	24	6	39	1.80
12076126--12076163	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
12078057--12078284	46	5.0	46	89	1	305	38	14	24	22	1.91
12089148--12089202	21	2.6	21	82	5	67	30	20	16	32	1.94
12089967--12089993	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
12090049--12090337	81	3.5	82	91	3	460	35	22	22	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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