genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  184  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56785791--56785863	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
56785954--56785991	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
56791022--56791206	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
56791015--56791206	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
56799025--56799209	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
56799018--56799209	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
56803286--56803334	24	2.0	24	100	0	98	44	4	16	34	1.66
56803866--56803939	29	2.6	29	95	0	130	24	16	33	25	1.95
56808757--56808926	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
56811836--56811893	25	2.3	26	82	14	77	68	1	8	20	1.25
56825207--56825242	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
56832734--56832865	61	2.1	61	97	1	246	54	3	13	28	1.54
56835484--56835650	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
56843463--56843613	40	3.8	40	80	6	164	26	22	27	23	2.00
56848984--56849101	24	5.0	24	87	11	172	27	22	20	29	1.98
56849005--56849100	46	2.1	47	94	5	169	29	20	19	30	1.97
56849155--56849216	20	3.2	20	93	2	108	32	17	12	37	1.88
56853399--56853482	42	2.0	42	86	4	116	41	20	11	26	1.86
56853630--56853800	24	7.2	24	85	4	222	25	22	22	29	1.99
56853632--56853800	71	2.4	71	94	1	295	26	21	23	28	1.99
56853630--56853798	47	3.6	47	87	2	232	26	22	22	28	1.99
56853857--56853913	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56853845--56853915	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
56853850--56853904	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
56853952--56853999	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
56855278--56855329	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
56855368--56855453	27	3.2	27	75	6	93	29	6	23	40	1.80
56855405--56855572	81	2.1	82	82	5	207	43	9	17	29	1.81
56855431--56855662	27	8.6	27	88	1	270	43	8	20	28	1.81
56855666--56855764	27	3.7	27	81	5	112	30	10	20	39	1.85
56855658--56855762	54	2.0	53	81	9	124	30	10	21	37	1.87
56855675--56855779	27	3.9	27	75	9	72	34	9	18	38	1.83
56857149--56857403	55	4.8	54	79	9	269	36	18	24	21	1.95
56859398--56859500	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
56861991--56862041	20	2.5	20	96	0	93	37	15	11	35	1.84
56863273--56863488	50	4.3	50	85	1	281	37	22	11	27	1.89
56863288--56863476	25	7.6	25	71	8	134	38	24	11	25	1.89
56868412--56868670	40	6.5	40	83	7	255	27	25	19	27	1.99
56868412--56868670	80	3.2	80	83	6	296	27	25	19	27	1.99
56882915--56882988	33	2.3	32	85	2	103	22	33	22	20	1.97
56886215--56886392	40	4.4	40	82	3	169	25	25	21	27	1.99
56896068--56896195	47	2.7	47	82	0	148	34	24	14	26	1.94
56906264--56906419	42	3.7	41	78	5	168	30	14	25	30	1.94
56915729--56915767	2	19.5	2	94	0	69	0	46	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56919069--56919114	22	2.1	22	95	0	83	32	6	26	34	1.82
56924847--56925088	48	5.0	48	95	0	421	35	6	27	30	1.82
56925229--56925368	37	3.8	37	95	0	244	22	20	32	25	1.98
56932462--56932575	39	2.9	39	92	0	174	17	23	33	25	1.96
56937977--56938090	39	2.9	39	90	0	174	18	24	32	24	1.97
56946143--56946216	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
56946200--56946274	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
56946143--56946274	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
56954011--56954084	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
56954068--56954142	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
56954011--56954142	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
56961879--56961952	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
56961936--56962010	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
56961879--56962010	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
56963962--56964134	43	4.0	43	78	9	174	30	25	16	28	1.96
56964820--56965587	382	2.0	382	98	0	1493	38	18	9	32	1.84
56968274--56968464	29	6.5	29	95	2	346	24	23	14	37	1.92
56968274--56968464	59	3.3	59	96	0	357	24	23	14	37	1.92
56968274--56968494	88	2.5	89	91	2	356	25	23	14	36	1.92
56975603--56975734	29	4.5	29	95	1	237	24	23	14	37	1.92
56975603--56975734	59	2.3	59	94	1	239	24	23	14	37	1.92
56978751--56978873	46	2.7	46	93	0	219	17	16	30	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56980430--56980515	44	2.0	44	88	0	127	29	13	22	34	1.93
56984513--56984688	45	3.9	44	78	7	151	36	29	12	21	1.90
56984513--56984599	44	2.0	45	93	2	149	34	32	14	18	1.92
56986965--56987045	23	3.5	22	77	13	74	34	16	25	23	1.95
56986951--56987046	23	4.1	22	75	16	70	31	18	26	23	1.98
56994345--56994440	44	2.2	44	90	3	151	29	12	21	36	1.90
57003804--57003906	29	3.6	29	90	2	154	26	14	32	27	1.95
57005406--57005478	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
57005406--57005538	29	4.6	30	84	6	141	26	16	31	25	1.96
57013344--57013416	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
57013507--57013537	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
57020435--57020612	40	4.5	40	80	4	175	23	25	22	28	1.99
57029986--57030045	24	2.5	24	100	0	120	20	16	26	36	1.93
57032694--57032805	27	4.2	26	80	7	116	16	22	24	37	1.93
57033866--57033899	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
57040521--57040632	27	4.2	26	83	7	125	16	22	23	38	1.93
57044267--57044515	27	9.2	27	88	3	340	27	22	9	41	1.84
57044547--57044723	27	6.6	26	80	6	115	38	20	12	27	1.90
57044651--57044742	27	3.4	27	86	3	114	39	18	18	23	1.92
57044945--57045038	25	3.8	25	92	1	145	27	23	22	26	1.99
57044944--57045063	50	2.5	51	77	13	144	28	22	22	26	1.99
57045258--57045340	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57050914--57051035	42	2.9	41	75	8	111	22	15	23	37	1.93
57055249--57055277	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
57056345--57056400	27	2.1	27	100	0	112	35	14	16	33	1.88
57056547--57056616	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
57066492--57066585	47	2.0	47	93	0	161	34	20	12	32	1.90
57068527--57068612	28	3.1	28	84	1	111	25	22	19	32	1.97
57068600--57068669	34	2.1	34	86	0	95	24	20	25	30	1.99
57068819--57069202	192	2.0	192	97	0	723	37	21	14	26	1.92
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57089234--57089288	26	2.2	26	96	3	103	36	27	7	29	1.84
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57092465--57092540	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
57092408--57092540	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
57100282--57100355	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
57100339--57100413	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
57100282--57100413	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
57101832--57102001	40	4.3	40	91	0	270	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57107634--57107699	32	2.1	32	100	0	132	59	6	6	28	1.46
57110952--57110984	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
57112980--57113040	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57117148--57117187	17	2.4	17	100	0	80	37	22	10	30	1.87
57121189--57121254	9	7.6	9	78	10	66	33	0	18	48	1.48
57121189--57121254	34	1.9	34	81	6	80	33	0	18	48	1.48
57121312--57121337	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
57121655--57121703	18	2.7	18	78	18	57	34	0	0	65	0.93
57129502--57129563	31	2.0	31	96	3	117	37	12	33	16	1.87
57147995--57148158	40	4.1	40	78	3	177	25	22	28	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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