genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  125  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36911207--36911297	43	2.1	45	83	4	114	53	1	8	36	1.39
36912250--36912317	22	3.1	22	91	0	118	27	13	25	33	1.93
36914828--36915053	40	5.7	40	86	4	287	28	26	19	24	1.99
36917353--36917534	46	4.0	46	90	1	258	21	23	14	40	1.91
36919666--36919717	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
36926527--36926747	40	5.7	40	88	7	296	26	27	20	24	1.99
36931240--36931341	29	3.6	29	80	5	109	21	16	32	29	1.95
36934253--36934351	29	3.4	28	75	4	90	33	25	14	27	1.94
36935682--36935844	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
36942742--36942905	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
36946767--36946950	40	4.6	40	84	4	244	24	23	26	25	2.00
36946771--36946950	83	2.2	80	89	3	263	23	24	27	24	2.00
36951786--36951967	78	2.3	78	88	2	258	24	22	30	23	1.99
36951786--36951967	39	4.6	39	87	2	231	24	22	30	23	1.99
36957593--36957733	39	3.6	40	78	3	133	24	28	21	25	1.99
36964219--36964385	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
36966018--36966201	39	4.7	39	89	0	251	24	22	30	22	1.99
36966025--36966239	79	2.7	79	82	5	186	25	22	30	21	1.99
36971607--36971790	40	4.6	40	84	4	244	24	23	26	25	2.00
36971611--36971790	83	2.2	80	89	3	263	23	24	27	24	2.00
36981012--36981110	23	4.4	23	80	11	107	35	18	21	25	1.95
36981022--36981107	45	1.9	45	83	4	111	38	16	22	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36986110--36986242	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
36986140--36986242	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
36995530--36995680	43	3.5	43	84	7	209	31	25	18	24	1.98
37001871--37001905	15	2.3	15	85	0	52	25	11	37	25	1.90
37007264--37007315	20	2.6	20	93	0	95	21	36	30	11	1.89
37012409--37012577	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
37020439--37020607	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
37025802--37026023	48	4.6	48	84	6	263	26	17	29	26	1.98
37025802--37026070	96	2.8	97	82	3	314	27	17	27	26	1.98
37031936--37032229	50	5.8	50	82	4	322	31	26	17	24	1.97
37032142--37032226	26	3.3	26	64	18	68	36	25	11	25	1.90
37037504--37037552	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
37038375--37038541	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
37046388--37046554	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
37053502--37053550	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
37054372--37054538	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
37065825--37065987	44	3.6	43	82	9	152	28	19	29	23	1.98
37066766--37066876	55	2.0	55	86	6	154	21	25	30	22	1.99
37067385--37067430	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
37067392--37067436	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
37075156--37075201	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
37083544--37083649	41	2.5	42	93	3	187	28	15	33	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37083657--37083726	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
37090774--37090879	41	2.5	42	93	3	187	29	15	33	22	1.94
37090887--37090956	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
37093967--37094000	15	2.3	15	94	0	59	29	38	8	23	1.85
37097776--37097948	46	3.8	46	79	9	192	20	20	30	28	1.98
37097772--37097941	92	1.9	91	93	1	295	20	21	30	28	1.98
37105315--37105489	46	3.8	45	80	11	203	20	21	29	29	1.98
37105312--37105482	92	1.9	92	94	0	306	20	21	29	28	1.98
37116196--37116363	40	4.2	40	79	3	151	26	22	27	23	2.00
37129469--37129561	43	2.2	44	88	3	136	51	11	6	30	1.63
37129583--37129622	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
37134200--37134292	43	2.2	44	90	3	145	51	12	6	29	1.65
37134314--37134353	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
37134569--37134621	27	2.0	26	85	3	70	13	16	24	45	1.83
37136264--37136482	40	5.5	39	82	3	215	24	25	22	26	2.00
37136277--37136484	80	2.6	79	82	2	254	24	25	22	27	2.00
37138216--37138276	28	2.1	29	87	3	88	29	29	13	27	1.94
37139802--37139833	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
37140117--37140157	18	2.2	19	83	12	50	14	39	26	19	1.90
37140351--37140409	23	2.6	23	79	15	61	44	15	5	35	1.68
37145525--37145563	16	2.4	17	91	4	62	12	2	33	51	1.54
37151586--37151616	10	3.1	10	100	0	62	22	9	9	58	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37160973--37161026	27	2.0	27	92	0	90	40	25	12	20	1.88
37164000--37164038	20	2.0	19	85	5	51	28	5	0	66	1.12
37183272--37183305	10	3.0	12	83	16	54	73	8	8	8	1.25
37187488--37187609	43	2.9	41	80	7	136	30	18	23	27	1.98
37188209--37188244	17	2.1	17	94	0	63	27	5	27	38	1.79
37188694--37188747	20	2.7	20	91	0	90	20	35	29	14	1.93
37190808--37190905	27	3.6	27	85	0	133	40	14	21	23	1.90
37193014--37193104	34	2.7	34	76	8	105	29	21	20	27	1.98
37200125--37200298	40	4.3	39	77	8	161	25	28	21	24	1.99
37200141--37200292	80	1.9	80	83	2	198	23	28	23	25	2.00
37206954--37207082	40	3.3	39	83	5	154	26	27	22	23	1.99
37206969--37207124	40	3.9	40	79	5	138	25	26	22	26	2.00
37206969--37207119	80	1.9	79	82	6	189	23	26	23	26	2.00
37214908--37215074	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
37218718--37218793	34	2.2	33	83	4	89	28	22	21	27	1.99
37219353--37219424	27	2.7	27	80	0	90	44	9	22	23	1.82
37227060--37227127	28	2.4	28	95	0	127	23	32	29	14	1.94
37227882--37228176	143	2.1	141	98	1	563	21	10	29	38	1.87
37228820--37228951	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
37235835--37236129	143	2.1	141	98	1	563	21	10	29	38	1.87
37236773--37236904	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
37242040--37242101	27	2.3	27	85	0	79	41	14	14	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37244143--37244202	30	2.1	28	84	6	75	35	16	3	45	1.64
37256859--37256888	14	2.1	14	93	0	51	33	0	46	20	1.51
37260466--37260519	20	2.7	20	100	0	108	11	27	38	22	1.88
37279069--37279100	13	2.6	13	90	9	50	15	6	0	78	0.95
37281994--37282117	39	3.2	39	98	0	239	29	26	17	26	1.98
37281955--37282117	78	2.1	78	87	0	227	30	26	18	25	1.98
37285428--37285542	29	4.0	28	83	8	142	26	30	15	26	1.96
37285414--37285529	58	2.0	57	88	3	171	26	31	15	25	1.96
37285414--37285529	29	4.1	29	81	7	130	26	31	15	25	1.96
37288266--37288447	40	4.6	40	75	13	180	25	28	20	25	1.99
37288266--37288449	78	2.3	80	80	7	214	26	27	20	25	1.99
37298776--37298822	25	2.0	24	87	8	69	53	12	8	25	1.67
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37299848--37299882	9	3.5	10	88	11	54	77	0	2	20	0.90
37299848--37299893	19	2.4	19	89	7	67	76	2	2	19	1.00
37299848--37299882	5	7.0	5	90	9	54	77	0	2	20	0.90
37308968--37309097	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
37313990--37314205	9	23.1	9	67	20	90	36	1	13	47	1.54
37314029--37314211	18	10.8	18	67	22	103	36	1	14	48	1.52
37313973--37314206	74	3.1	74	92	2	371	35	2	14	47	1.56
37314479--37315778	106	12.4	104	90	5	2059	56	3	4	35	1.39
37314650--37314676	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37314649--37314688	14	2.8	14	84	3	53	72	0	0	27	0.85
37314479--37315778	210	6.2	210	95	1	2341	56	3	4	35	1.39
37318875--37318969	44	2.2	44	90	0	145	40	1	38	20	1.59
37319851--37319911	7	9.0	7	80	7	72	45	36	0	18	1.49
37319852--37319914	21	3.1	21	88	9	94	47	33	0	19	1.49
37319848--37319908	26	2.3	27	85	8	88	45	34	0	19	1.51
37319851--37319936	33	2.6	34	81	5	95	45	34	0	19	1.51
37321814--37321920	39	2.7	39	86	2	151	26	20	28	24	1.99
37321820--37321949	40	3.3	40	89	3	183	23	22	29	24	1.99
37321819--37321984	79	2.1	79	78	6	176	24	21	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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